genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7954128--7954377	100	2.4	104	87	6	348	20	29	24	26	1.99
7954472--7954503	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7954715--7954772	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7961931--7961959	13	2.2	13	100	0	58	34	0	13	51	1.42
7962218--7962291	29	2.6	29	80	8	80	63	2	5	28	1.30
7962322--7962381	31	2.0	30	83	9	77	50	6	3	40	1.45
7962345--7962387	22	2.0	21	82	13	52	51	9	2	37	1.47
7964294--7964331	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
7977184--7977220	17	2.2	17	90	0	56	35	0	16	48	1.46
7977364--7977426	19	3.2	21	84	13	89	12	23	20	42	1.86
7977373--7977426	19	2.8	19	94	0	90	12	24	20	42	1.87
7977645--7977688	18	2.5	17	88	3	61	40	0	18	40	1.50
7982269--7982306	20	1.9	20	88	0	58	26	2	15	55	1.54
7985340--7985537	105	1.9	101	82	8	247	33	18	21	25	1.96
7985340--7985565	105	2.2	101	81	7	242	34	19	21	24	1.96
7987117--7987160	12	3.7	12	81	0	52	45	0	0	54	0.99
7989027--7989076	21	2.4	21	86	0	73	48	16	24	12	1.79
7995640--7995708	21	3.3	21	69	15	70	49	7	24	18	1.73
7995637--7995723	42	2.1	42	100	0	174	48	9	26	16	1.76
7999458--7999492	18	1.9	18	88	11	54	62	8	11	17	1.52
8002031--8002083	25	2.2	24	83	6	63	49	15	3	32	1.62
8009838--8009879	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014715--8014888	86	2.0	87	93	1	296	26	15	23	34	1.95
8022992--8023024	13	2.4	14	90	5	50	42	3	6	48	1.43
8025315--8025378	31	2.1	31	96	0	119	34	15	17	32	1.91
8038268--8038301	9	3.7	9	84	7	50	47	11	2	38	1.55
8038264--8038302	19	2.1	19	100	0	78	48	10	5	35	1.59
8039863--8039970	54	2.0	54	100	0	216	29	20	14	35	1.93
8041299--8041463	46	3.2	52	78	11	207	36	13	21	27	1.92
8041427--8041535	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
8042789--8042981	49	3.9	49	95	0	314	23	14	30	31	1.94
8044715--8044822	54	2.0	54	100	0	216	29	20	14	35	1.93
8046151--8046315	46	3.2	52	78	11	207	36	14	21	27	1.93
8046279--8046387	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
8047499--8047539	21	2.0	21	85	0	55	70	2	0	26	0.99
8051323--8051400	19	3.8	19	79	20	79	56	5	0	38	1.22
8051332--8051387	27	2.1	27	83	6	69	55	7	0	37	1.27
8051389--8051429	20	2.0	20	90	0	64	58	4	0	36	1.20
8063089--8063137	24	2.0	26	88	8	75	42	2	0	55	1.11
8063837--8063883	21	2.2	21	88	7	69	55	6	0	38	1.26
8064368--8064525	19	8.4	19	66	14	69	39	2	1	56	1.21
8064437--8064502	33	1.9	35	87	9	100	42	0	0	57	0.98
8064477--8064542	29	2.3	29	82	10	75	37	3	0	59	1.13
8064477--8064572	19	5.3	18	73	16	74	33	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8064475--8064564	9	9.5	10	75	14	59	33	3	0	63	1.11
8065136--8065178	22	1.9	22	85	4	59	58	9	16	16	1.63
8078160--8078214	27	2.0	27	85	0	74	23	29	23	23	1.99
8078229--8078471	103	2.4	103	86	4	350	55	15	0	27	1.45
8079490--8079557	27	2.5	26	83	9	91	17	17	35	29	1.93
8084014--8084263	122	2.0	123	90	2	396	38	16	12	32	1.86
8088405--8088464	23	2.4	25	76	18	63	51	0	3	45	1.17
8104794--8104862	35	2.0	35	88	0	102	37	7	23	31	1.82
8106720--8106792	23	3.2	23	92	0	128	30	24	21	23	1.99
8106879--8106907	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8107026--8107064	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
8110899--8112034	564	2.0	564	99	0	2263	26	19	24	30	1.98
8112872--8112940	35	2.0	35	85	0	93	34	7	26	31	1.84
8117207--8117272	34	1.9	34	96	0	123	24	25	22	27	2.00
8120101--8120143	9	4.8	9	94	0	77	37	30	9	23	1.86
8120735--8120773	20	1.9	20	84	5	51	56	0	2	41	1.13
8121367--8121403	17	2.2	17	95	0	65	59	0	0	40	0.97
8121367--8121408	19	2.4	17	88	8	57	59	0	0	40	0.97
8127256--8127301	15	2.8	17	75	18	53	63	6	0	30	1.20
8131425--8131466	20	2.0	20	86	9	57	69	7	16	7	1.34
8134498--8134764	130	2.1	130	100	0	534	29	14	16	38	1.89
8139441--8139480	20	2.0	20	90	0	62	37	7	2	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8139588--8139617	15	1.9	15	93	6	51	36	0	3	60	1.14
8139787--8139833	24	1.9	25	86	4	69	46	4	2	46	1.34
8149808--8149861	21	2.6	21	76	2	65	51	1	1	44	1.22
8156543--8156581	20	2.0	21	85	10	55	38	7	5	48	1.54
8156904--8156952	20	2.4	21	86	10	66	61	0	2	36	1.08
8156897--8156947	20	2.6	19	80	14	59	58	0	1	39	1.09
8158206--8158248	21	2.0	22	86	4	61	32	4	6	55	1.47
8158296--8158347	8	6.6	8	84	4	61	30	5	0	63	1.18
8158303--8158347	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
8161877--8161937	29	2.1	29	84	3	79	34	9	6	49	1.62
8187528--8187559	7	4.6	7	96	0	55	78	0	9	12	0.97
8192104--8192307	41	5.0	41	91	0	327	24	26	19	30	1.98
8192098--8192314	82	2.6	82	94	1	382	23	26	18	30	1.98
8194526--8194565	15	2.7	15	96	0	71	25	47	12	15	1.80
8195148--8195193	24	1.9	24	95	0	83	32	15	15	36	1.88
8195375--8195410	9	4.2	9	86	13	58	55	11	0	33	1.35
8195376--8195413	16	2.4	16	95	0	67	55	10	0	34	1.34
8195483--8195524	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
8196807--8196878	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
8196836--8196878	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
8196883--8196922	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
8197883--8198016	44	3.0	45	81	4	144	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8203047--8203118	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
8203076--8203118	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
8203123--8203162	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
8203222--8203250	12	2.3	13	94	5	51	75	0	24	0	0.80
8204122--8204236	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
8204122--8204255	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
8206753--8206800	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
8209047--8209075	13	2.2	13	100	0	58	41	41	0	17	1.49
8209216--8209283	9	7.4	9	83	9	84	22	10	26	41	1.85
8213009--8213047	19	2.1	19	90	0	60	69	0	2	28	1.02
8218894--8219332	218	2.0	218	98	0	842	25	15	20	38	1.92
8226946--8227010	33	2.0	33	84	6	87	30	23	10	35	1.89
8230414--8230466	26	2.0	26	88	0	79	39	22	3	33	1.72
8235314--8235364	21	2.3	23	86	10	70	76	3	5	13	1.11
8235635--8235687	22	2.5	21	82	11	63	39	1	3	54	1.29
8238877--8238917	8	5.2	8	85	11	50	0	0	12	87	0.53
8238884--8238917	11	3.0	11	91	4	50	0	0	11	88	0.52
8238879--8238910	12	2.6	12	95	5	55	0	0	9	90	0.45
8239908--8239941	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
8241876--8241997	62	2.0	62	93	0	208	40	21	4	32	1.74
8243228--8243258	12	2.5	12	94	5	53	80	6	12	0	0.89
8243720--8243769	13	3.8	13	84	12	66	82	0	14	4	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8243720--8243770	6	7.8	6	80	20	50	80	0	15	3	0.86
8243712--8243769	20	2.9	20	82	14	75	81	0	13	5	0.86
8244991--8245340	86	4.1	86	93	0	556	26	23	24	26	2.00
8245045--8245265	42	5.2	42	60	20	98	27	25	23	24	2.00
8245288--8245582	136	2.2	134	93	2	502	26	20	23	29	1.99
8245560--8245919	132	2.7	133	93	2	616	27	16	26	30	1.96
8245554--8245972	44	9.4	44	75	4	324	27	16	26	29	1.97
8245893--8246595	136	5.2	136	96	1	1240	27	19	23	29	1.98
8246025--8246490	46	10.3	46	64	12	212	26	19	23	30	1.98
8246363--8247121	229	3.3	229	96	0	1356	28	20	22	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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