genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59524746--59524823	31	2.6	30	78	11	90	35	16	8	38	1.80
59525696--59525733	19	2.0	20	94	5	69	26	0	5	68	1.11
59546629--59546668	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
59546652--59546691	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
59546637--59546703	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
59546789--59546827	20	2.0	20	89	0	60	46	2	0	51	1.14
59554220--59554255	16	2.2	16	95	0	63	27	47	19	5	1.72
59557284--59557341	18	3.4	16	83	7	62	65	3	8	22	1.36
59566857--59566888	15	2.2	14	94	5	55	18	0	0	81	0.70
59574412--59574467	25	2.3	25	84	3	78	48	28	3	19	1.66
59576068--59576097	14	2.1	14	100	0	60	30	6	30	33	1.83
59585447--59585510	28	2.2	30	83	8	78	48	4	1	45	1.32
59588349--59588398	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
59603244--59603281	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
59604410--59604507	44	2.2	44	78	3	108	31	20	15	32	1.93
59604386--59604694	88	3.4	87	70	16	248	28	20	17	33	1.96
59604353--59604742	188	2.1	187	87	4	554	27	20	19	32	1.96
59604574--59605345	44	17.4	45	69	11	342	29	23	17	29	1.97
59604573--59605584	224	4.5	222	80	7	1126	29	22	18	29	1.97
59604566--59605584	445	2.3	445	96	0	1869	29	22	18	29	1.97
59605581--59606033	88	5.2	88	87	2	551	26	24	20	27	1.99
59605748--59605975	44	5.2	43	64	16	135	27	25	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59606115--59606378	86	3.1	86	89	0	402	27	23	22	26	2.00
59608535--59608574	21	1.9	21	85	10	55	60	0	12	27	1.33
59610463--59610511	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
59613028--59613077	23	2.1	23	88	7	73	56	8	4	32	1.47
59613563--59613600	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
59615530--59615585	5	11.8	5	81	11	73	44	0	0	55	0.99
59621952--59621991	20	2.0	20	90	0	62	30	0	5	65	1.14
59633833--59633993	87	1.9	86	97	1	304	38	14	11	34	1.83
59644417--59644466	24	2.0	25	84	3	66	68	6	6	20	1.33
59645030--59645088	22	2.5	25	81	15	72	61	1	0	37	1.07
59671039--59671177	37	3.8	37	71	10	104	45	17	20	16	1.86
59671061--59671292	73	3.2	73	80	2	263	44	20	17	17	1.86
59671087--59671204	37	3.2	37	70	11	116	44	18	19	17	1.88
59674122--59674152	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
59683577--59683632	25	2.2	25	79	14	62	71	3	1	23	1.11
59685481--59686296	133	6.2	133	96	0	1447	27	22	18	31	1.97
59686300--59686476	46	3.9	46	93	0	302	28	29	16	24	1.97
59687532--59687578	21	2.2	21	85	7	60	25	36	10	27	1.89
59687661--59687712	8	7.0	7	77	16	52	15	15	0	69	1.20
59687670--59687713	8	5.6	8	83	5	63	13	13	0	72	1.12
59687661--59687713	15	3.5	15	89	5	72	15	15	0	69	1.19
59687661--59687712	23	2.3	22	86	3	68	15	15	0	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59688526--59688565	12	3.3	12	86	6	55	7	0	2	90	0.55
59688528--59688566	20	2.0	20	100	0	78	7	0	5	87	0.68
59692319--59692357	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
59697219--59698890	322	5.2	315	79	7	1554	35	16	14	32	1.89
59697219--59698807	638	2.5	638	80	6	1723	36	16	14	32	1.89
59709679--59709705	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
59719253--59719277	13	1.9	13	100	0	50	28	8	0	64	1.22
59721922--59721951	14	2.1	14	100	0	60	46	6	6	40	1.56
59728664--59729177	256	2.0	256	93	0	866	35	20	15	28	1.93
59730339--59730424	39	2.2	39	89	4	129	51	26	2	19	1.59
59731087--59731266	9	18.9	9	67	18	53	59	3	2	33	1.30
59731089--59731236	10	15.3	10	67	14	71	61	4	2	32	1.26
59731151--59731198	21	2.3	21	86	10	64	58	4	0	37	1.18
59731161--59731212	21	2.4	22	87	6	70	57	9	0	32	1.31
59731161--59731212	22	2.4	22	83	6	61	57	9	0	32	1.31
59731211--59731285	28	2.7	27	73	4	69	60	2	4	33	1.30
59731681--59731927	9	26.6	9	66	19	73	36	4	2	56	1.33
59731710--59731825	38	3.1	37	79	12	103	35	4	1	58	1.28
59735146--59735182	18	2.1	18	89	0	56	70	0	0	29	0.88
59743183--59743230	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
59743383--59743464	37	2.2	37	80	8	96	35	8	2	53	1.45
59743450--59743484	14	2.5	14	90	0	52	34	0	8	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59743688--59743724	18	2.1	18	94	0	65	35	5	2	56	1.36
59766070--59766415	64	5.3	62	72	11	246	34	14	13	37	1.85
59765984--59766416	131	3.3	130	85	1	544	34	14	13	38	1.85
59774166--59774199	10	3.4	10	91	0	50	17	2	2	76	1.04
59774173--59774203	10	3.1	10	95	0	53	12	0	6	80	0.89
59774704--59774760	28	2.1	28	86	3	80	35	1	7	56	1.37
59776987--59777019	16	1.9	18	88	11	52	54	3	3	39	1.31
59778655--59778714	20	3.0	20	75	4	59	33	0	8	58	1.28
59780356--59780392	18	2.1	18	100	0	74	21	10	16	51	1.74
59783603--59783635	17	1.9	17	88	11	50	27	0	12	60	1.32
59789180--59789216	18	2.0	19	94	5	67	27	16	10	45	1.80
59792998--59793034	18	2.0	19	94	5	67	27	16	10	45	1.80
59805590--59805661	9	8.1	9	75	17	53	31	1	1	65	1.10
59805587--59805621	16	2.1	17	89	5	54	34	0	0	65	0.93
59805583--59805659	27	2.9	26	75	9	75	32	1	1	64	1.09
59805591--59805691	46	2.2	43	83	11	121	29	3	1	64	1.23
59808231--59808263	16	2.0	17	94	5	59	63	0	0	36	0.95
59808981--59809022	20	2.1	20	86	0	57	26	0	7	66	1.17
59809032--59809080	25	2.0	24	84	4	62	24	6	4	65	1.33
59823220--59823273	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
59823223--59823293	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
59824701--59824813	41	2.8	40	93	2	190	26	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59825000--59825553	186	3.0	186	98	0	1072	29	22	16	31	1.96
59825254--59825523	142	1.9	141	82	6	339	29	22	17	31	1.96
59825015--59825639	44	13.8	44	72	14	416	28	22	17	30	1.97
59825385--59825853	44	10.7	44	70	10	180	27	22	18	31	1.97
59825475--59825813	131	2.6	131	91	1	520	27	23	19	30	1.98
59826042--59826477	86	5.1	86	93	0	656	26	23	23	26	2.00
59826902--59827097	108	1.8	108	87	0	293	46	11	17	23	1.80
59827433--59827476	6	6.8	6	82	10	52	4	13	0	81	0.83
59827440--59827486	20	2.3	20	88	0	67	6	12	2	78	1.02
59827917--59827972	15	3.8	15	77	11	62	8	1	5	83	0.85
59827917--59827974	30	2.0	29	86	10	82	8	3	6	81	0.98
59831857--59831910	23	2.4	23	87	6	76	59	7	1	31	1.36
59831860--59831930	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
59841063--59841113	24	2.1	24	85	0	66	43	1	3	50	1.31
59846020--59846079	19	3.1	18	77	17	50	46	0	1	51	1.10
59846308--59846344	13	2.8	14	80	12	51	43	24	0	32	1.55
59852457--59852512	3	18.7	3	85	7	78	30	3	1	64	1.21
59855030--59855073	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
59857572--59857600	8	3.6	8	100	0	58	72	13	0	13	1.13
59858916--59859434	88	5.9	88	89	2	597	29	21	23	25	1.99
59858920--59859234	44	7.2	44	67	13	200	27	21	23	26	1.99
59861200--59861255	3	18.7	3	85	7	78	30	3	1	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59863443--59863503	12	5.2	12	75	18	58	54	3	0	42	1.17
59866478--59866521	18	2.5	18	88	3	63	13	29	43	13	1.83
59889928--59889956	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
59889955--59889990	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
59890308--59890383	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
59891463--59891798	132	2.5	132	87	1	460	25	25	19	29	1.99
59891771--59892870	45	24.4	45	87	0	1446	32	23	15	28	1.95
59895151--59895180	10	2.9	10	95	5	51	3	16	0	80	0.85
59895159--59895205	14	3.1	15	84	6	51	6	10	2	80	0.96
59895179--59895211	14	2.3	15	89	5	50	15	3	3	78	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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