genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37549187--37549306	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
37556211--37556527	47	6.6	47	88	5	463	32	8	30	29	1.87
37556223--37556472	51	5.1	51	89	7	417	32	8	28	30	1.87
37556211--37556527	98	3.3	98	93	1	516	32	8	30	29	1.87
37556646--37556724	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
37574171--37574354	40	4.7	40	81	7	207	25	28	21	23	1.99
37574171--37574354	79	2.3	81	79	9	200	25	28	21	23	1.99
37583187--37583480	43	6.8	43	78	3	263	22	14	24	38	1.92
37583199--37583551	86	4.1	86	76	8	299	23	15	22	37	1.93
37583221--37583551	129	2.6	129	81	4	339	22	16	22	38	1.92
37583502--37583608	43	2.5	43	78	6	119	24	19	19	36	1.95
37586175--37586230	29	1.9	29	92	7	96	19	17	37	25	1.94
37587785--37587825	15	2.7	15	88	7	57	21	12	12	53	1.70
37589942--37590168	41	5.5	40	75	4	175	36	20	17	25	1.94
37589940--37590168	82	2.8	82	81	2	262	36	20	17	25	1.94
37595822--37595848	12	2.2	12	100	0	54	55	7	7	29	1.55
37595875--37596112	51	4.6	51	90	3	343	47	5	1	44	1.35
37620748--37620855	38	2.8	38	85	0	153	33	30	19	16	1.94
37626306--37626344	16	2.4	16	82	0	51	2	23	7	66	1.30
37635189--37635229	21	2.0	21	85	9	57	29	12	0	58	1.34
37640005--37640099	43	2.4	37	79	17	102	49	20	20	10	1.77
37646562--37646745	51	3.6	51	77	6	169	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37649555--37649724	41	4.1	40	87	3	205	37	3	0	58	1.15
37649601--37649688	30	2.9	31	80	12	94	34	2	0	63	1.07
37649572--37649677	10	10.2	10	74	11	63	34	1	0	63	1.06
37649555--37649724	82	2.1	82	87	5	245	37	3	0	58	1.15
37649644--37649724	30	2.7	31	83	7	87	37	3	0	59	1.15
37652125--37652158	17	1.9	18	88	5	52	47	5	0	47	1.26
37652925--37652950	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
37653368--37653414	19	2.6	18	83	9	60	68	4	2	25	1.19
37656795--37656982	50	3.8	50	89	2	270	20	30	21	27	1.98
37658699--37658759	27	2.3	27	88	0	86	27	22	18	31	1.97
37658710--37658767	27	2.1	27	90	0	89	25	25	13	34	1.93
37661079--37661173	48	2.0	48	95	0	172	42	22	16	18	1.89
37661377--37661440	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
37666177--37666270	48	2.0	48	91	0	152	43	22	14	19	1.87
37670386--37670422	19	1.9	18	89	10	56	37	2	8	51	1.46
37672324--37672368	22	2.0	22	91	0	72	28	20	2	48	1.61
37679546--37679576	14	2.1	15	94	5	55	74	0	25	0	0.82
37685479--37685543	31	2.0	33	82	5	80	36	0	13	49	1.43
37686621--37686741	64	1.9	64	98	0	233	51	9	8	30	1.64
37690276--37690359	18	4.6	17	76	17	62	39	2	4	53	1.35
37690506--37690607	44	2.4	43	79	14	113	35	29	3	31	1.76
37690519--37690611	44	2.1	46	89	4	145	36	29	4	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37694758--37694786	14	2.0	15	93	6	51	68	6	0	24	1.13
37694916--37694984	10	6.9	10	73	15	54	62	1	0	36	1.04
37694916--37694976	19	3.2	19	84	11	63	62	1	0	36	1.05
37694916--37694976	10	6.3	9	81	9	59	62	1	0	36	1.05
37696400--37696472	23	3.0	23	80	11	76	47	1	4	46	1.30
37696525--37696577	9	6.1	9	89	8	83	33	0	11	54	1.36
37696525--37696568	16	2.6	16	89	7	61	34	0	11	54	1.36
37696522--37696578	25	2.3	25	93	0	96	35	0	10	54	1.35
37696565--37696700	68	2.0	68	98	0	263	36	6	10	46	1.64
37696901--37697050	65	2.6	54	72	22	160	56	5	10	27	1.55
37705527--37705583	27	2.2	25	87	6	78	15	10	0	73	1.09
37706265--37706316	25	2.0	26	85	3	70	48	1	1	48	1.24
37710967--37711027	22	2.7	23	73	17	65	32	8	11	47	1.69
37711371--37711409	20	1.9	20	89	5	60	23	2	7	66	1.30
37716585--37716824	101	2.4	100	88	4	347	32	15	23	27	1.95
37716619--37716779	35	4.7	35	67	11	91	30	16	25	27	1.96
37716992--37717457	154	3.0	154	96	0	869	38	4	20	36	1.74
37719632--37719671	20	2.0	20	85	9	55	25	10	7	57	1.57
37719695--37719739	16	2.6	18	86	6	58	40	2	4	53	1.33
37725800--37725872	29	2.5	30	84	8	96	30	26	16	27	1.97
37739182--37739238	21	2.7	21	83	5	71	40	21	7	31	1.80
37739205--37739252	21	2.3	21	81	0	60	37	20	6	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37739427--37739503	31	2.4	32	81	8	86	20	37	24	16	1.93
37750578--37750826	27	9.4	26	80	6	234	20	16	18	44	1.86
37750576--37750826	54	4.7	53	79	6	267	20	15	18	44	1.86
37750580--37750830	132	1.9	134	86	3	364	20	15	18	45	1.85
37750578--37750826	78	3.1	80	79	7	238	20	16	18	44	1.86
37751462--37751501	14	2.9	14	82	10	55	32	7	15	45	1.74
37753359--37753390	16	2.0	16	93	0	55	40	12	15	31	1.85
37754005--37754034	14	2.1	14	93	0	51	36	10	43	10	1.72
37755098--37755356	82	3.2	81	78	10	246	20	17	18	42	1.89
37755098--37755360	27	9.8	27	79	4	273	20	17	19	42	1.90
37758434--37758528	27	3.6	27	81	1	120	17	12	23	46	1.82
37758436--37758538	54	1.9	53	88	2	152	17	9	23	49	1.76
37762164--37762268	20	5.2	20	71	6	79	29	20	33	16	1.95
37771374--37771417	22	2.0	22	82	8	54	54	4	0	40	1.21
37771870--37771900	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
37778052--37778085	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
37778208--37778271	31	2.1	31	85	2	85	57	14	3	25	1.51
37782340--37782437	27	3.6	27	90	2	144	27	27	14	30	1.95
37787944--37788073	59	2.1	63	81	9	162	27	3	17	50	1.63
37787979--37788071	32	2.9	32	96	0	168	26	4	18	50	1.65
37789435--37789470	14	2.5	15	91	8	58	44	19	2	33	1.65
37791264--37791320	30	1.9	30	85	0	78	33	28	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37796903--37796989	37	2.4	37	82	7	106	50	8	19	21	1.73
37797328--37797383	23	2.5	23	80	11	71	55	7	0	37	1.27
37798520--37798557	19	2.0	19	100	0	76	15	26	15	42	1.87
37801339--37801400	18	3.4	18	76	8	63	61	1	3	33	1.22
37801349--37801395	19	2.6	19	86	6	62	68	2	2	27	1.13
37801501--37801570	23	3.1	23	70	11	56	31	2	2	62	1.24
37801735--37801778	17	2.6	17	82	3	54	29	0	2	68	1.02
37802495--37802534	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
37802480--37802546	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
37806837--37806881	18	2.5	18	79	10	56	40	2	17	40	1.62
37807324--37807353	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
37808386--37808440	29	1.9	29	92	3	94	41	12	1	43	1.53
37831599--37831776	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
37831620--37831775	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
37835405--37835457	19	2.7	20	76	5	63	52	1	0	45	1.11
37835610--37835638	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
37837809--37837860	26	2.0	25	85	3	68	53	15	9	21	1.70
37841434--37841730	30	9.9	30	85	0	360	29	10	17	42	1.82
37848119--37848429	30	10.4	30	81	1	363	29	9	18	42	1.83
37852721--37852786	28	2.4	28	76	14	73	6	24	1	68	1.21
37852750--37852783	17	2.1	16	88	5	50	5	23	0	70	1.09
37855104--37855190	36	2.4	37	94	5	158	11	13	11	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37855202--37855399	105	1.9	107	85	7	278	24	28	2	45	1.64
37861884--37861959	35	2.2	35	83	4	91	35	15	9	39	1.80
37867257--37867292	3	11.7	3	88	5	54	27	0	5	66	1.13
37872545--37872595	22	2.3	23	78	21	63	35	19	1	43	1.63
37872828--37873063	101	2.3	101	87	1	330	27	22	16	32	1.96
37872828--37873065	33	7.1	33	66	11	88	28	22	16	32	1.96
37874509--37874551	18	2.5	17	81	7	50	16	6	2	74	1.14
37875949--37875974	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
37879522--37879613	45	2.0	45	95	0	166	33	16	8	41	1.79
37889683--37889764	42	2.0	42	85	4	112	41	7	12	39	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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