genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  194  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60463742--60463779	3	12.7	3	88	0	58	31	2	2	63	1.22
60464343--60464545	30	6.8	30	92	2	338	25	48	3	22	1.66
60464343--60464545	88	2.3	89	94	3	363	25	48	3	22	1.66
60465114--60465252	25	5.3	27	73	11	92	33	7	3	56	1.44
60465202--60465260	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
60465218--60465266	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
60465415--60465466	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
60465415--60465462	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
60475322--60475496	70	2.5	70	83	4	194	30	14	21	32	1.94
60475496--60475683	69	2.7	69	82	8	204	27	13	21	37	1.91
60475573--60475805	122	1.9	122	84	3	308	30	13	20	35	1.91
60475322--60476195	191	4.6	191	94	2	1504	29	14	21	34	1.93
60476084--60476501	74	5.5	74	84	6	505	30	17	21	30	1.96
60476079--60478274	233	9.7	230	81	11	2078	27	16	21	34	1.95
60476466--60476677	85	2.5	84	81	12	218	25	16	21	37	1.93
60476831--60476971	72	1.9	73	89	1	221	22	13	24	39	1.90
60476981--60478237	73	16.6	73	78	10	1130	28	16	22	32	1.95
60477182--60477215	14	2.5	14	90	4	52	17	8	8	64	1.47
60477415--60477443	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
60477451--60478274	74	11.0	72	83	6	966	28	16	21	32	1.96
60476807--60478237	465	3.1	461	86	5	1901	28	16	21	33	1.95
60477429--60478237	226	3.6	225	94	1	1394	28	16	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60478251--60478292	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
60478254--60478303	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
60479049--60479222	30	5.8	30	90	1	278	25	48	3	22	1.66
60479049--60479222	59	2.9	60	95	1	314	25	48	3	22	1.66
60479049--60479222	89	1.9	90	90	1	278	25	48	3	22	1.66
60479303--60479359	29	2.0	29	93	6	98	15	0	45	38	1.47
60479817--60479873	14	3.9	13	75	22	51	33	3	0	63	1.12
60479808--60479866	25	2.4	25	85	0	82	35	3	0	61	1.13
60479797--60479868	25	2.7	26	76	8	74	36	4	1	58	1.26
60479887--60479945	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
60479903--60479951	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
60480100--60480147	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
60480100--60480151	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
60480772--60480806	18	1.9	18	94	0	61	37	5	2	54	1.39
60491418--60491475	9	6.4	9	83	0	71	31	10	18	39	1.85
60491418--60491475	18	3.2	18	87	0	80	31	10	18	39	1.85
60502908--60503046	71	1.9	72	88	4	210	22	13	25	38	1.91
60503057--60503259	71	2.9	69	78	11	200	30	16	23	30	1.96
60503424--60504223	72	10.8	73	82	8	908	28	16	22	33	1.96
60503392--60504186	220	3.6	224	91	5	1282	28	16	22	32	1.95
60504200--60504241	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
60504203--60504252	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60504995--60505167	30	5.8	30	89	2	269	25	47	3	23	1.67
60504995--60505167	59	2.9	60	94	2	305	25	47	3	23	1.67
60504995--60505167	89	1.9	89	89	2	267	25	47	3	23	1.67
60505759--60505817	14	4.1	13	76	21	55	33	3	0	62	1.12
60505831--60505889	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
60505847--60505895	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
60506043--60506089	16	3.1	15	84	12	60	31	2	2	63	1.18
60506043--60506090	14	3.3	14	85	11	53	31	2	2	64	1.16
60506050--60506093	23	2.0	22	86	4	61	31	0	2	65	1.05
60506715--60506749	18	1.9	18	94	0	61	37	5	2	54	1.39
60517690--60517747	9	6.4	9	83	0	71	31	10	18	39	1.85
60517690--60517747	18	3.2	18	87	0	80	31	10	18	39	1.85
60522589--60522622	17	2.0	17	88	11	52	70	0	0	29	0.87
60531380--60531411	14	2.3	14	94	0	55	21	18	6	53	1.67
60531730--60531887	54	2.9	54	88	0	253	27	15	31	25	1.96
60538497--60538564	24	2.8	23	78	12	66	26	1	11	60	1.40
60541988--60542021	17	1.9	18	88	5	52	23	0	8	67	1.18
60548834--60548860	12	2.2	12	100	0	54	77	0	7	14	0.97
60549643--60549711	30	2.3	31	84	2	86	33	7	23	36	1.82
60551984--60552062	38	2.1	38	97	0	149	34	24	6	35	1.81
60552126--60552175	24	2.1	24	88	7	75	20	20	10	50	1.76
60554206--60554252	24	2.0	24	84	12	62	36	6	0	57	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60555871--60555917	24	2.0	24	83	8	60	31	34	0	34	1.58
60557241--60557308	29	2.3	30	92	5	111	44	22	7	26	1.79
60557446--60557531	35	2.5	35	82	3	93	38	26	15	19	1.91
60558463--60558509	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
60559134--60559176	5	8.6	5	89	0	68	34	0	4	60	1.17
60559985--60560038	18	3.1	18	78	2	56	37	0	3	59	1.15
60559984--60560027	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
60566432--60566474	5	8.6	5	94	0	77	37	0	2	60	1.10
60567281--60567334	18	3.1	18	78	2	56	37	0	3	59	1.15
60567280--60567323	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
60573870--60573912	5	8.6	5	94	0	77	37	0	2	60	1.10
60574720--60574773	18	3.1	18	78	2	56	37	0	3	59	1.15
60574719--60574762	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
60582332--60582417	44	2.0	42	82	8	102	22	17	12	47	1.81
60588645--60588690	23	2.0	23	83	8	58	50	2	10	36	1.50
60588645--60588690	25	1.9	23	82	8	56	50	2	10	36	1.50
60588988--60589061	3	24.7	3	100	0	148	33	32	0	33	1.58
60589634--60589676	20	2.0	22	91	8	72	9	4	16	69	1.31
60590330--60590427	45	2.2	45	85	5	128	28	20	20	30	1.98
60590440--60590891	45	10.1	45	88	0	609	30	25	15	28	1.96
60596192--60596225	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
60596175--60596234	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60598571--60598609	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
60600009--60600042	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
60599992--60600051	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
60607277--60607305	8	3.6	8	100	0	58	62	10	0	27	1.28
60607635--60607680	25	1.9	23	86	8	65	54	0	13	32	1.39
60607967--60608046	3	26.7	3	94	0	142	36	30	0	33	1.58
60620117--60620181	21	3.1	21	84	6	80	58	1	4	35	1.28
60623065--60623097	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
60623528--60623573	20	2.2	21	85	11	60	71	0	0	28	0.86
60625337--60625580	125	2.0	125	100	0	488	39	25	11	23	1.87
60634512--60634550	18	2.2	18	100	0	78	48	0	10	41	1.37
60635682--60635724	21	2.0	21	100	0	86	30	4	18	46	1.69
60650840--60650876	19	2.0	19	89	5	58	29	5	0	64	1.15
60652212--60652267	27	2.1	27	86	0	76	28	23	19	28	1.98
60655626--60655692	21	3.4	19	74	10	53	65	1	1	31	1.10
60656869--60656922	26	2.1	26	82	6	65	12	20	24	42	1.87
60660442--60660631	41	4.5	41	87	6	254	47	5	25	21	1.72
60660447--60660620	87	2.0	87	94	0	303	48	5	24	21	1.72
60660598--60660655	23	2.4	25	80	8	66	51	5	27	15	1.64
60663669--60663874	29	7.1	29	79	2	216	37	14	27	20	1.91
60663620--60663685	29	2.4	27	85	9	82	36	7	28	27	1.84
60663620--60663873	87	3.0	85	80	8	273	37	12	27	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60673076--60673130	28	2.0	28	82	7	67	29	0	3	67	1.08
60677547--60677601	18	2.9	18	80	19	67	21	3	3	70	1.18
60677548--60677601	20	2.8	19	81	13	67	22	3	1	72	1.10
60680304--60680330	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
60681536--60681641	10	10.9	10	69	20	55	61	5	0	33	1.20
60681550--60681643	19	4.8	19	75	14	68	62	5	0	31	1.17
60681569--60681643	29	2.5	30	81	12	93	64	5	0	30	1.16
60682120--60682281	86	1.9	86	92	0	270	25	18	11	45	1.82
60682546--60682580	17	2.0	18	88	5	54	54	11	5	28	1.59
60703618--60703689	36	2.0	36	100	0	144	41	11	2	44	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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