genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1537745--1537801	27	2.1	27	83	6	71	64	3	1	29	1.20
1541473--1541547	18	4.2	18	94	0	132	26	24	17	32	1.97
1545853--1546101	50	4.8	50	85	3	291	20	29	24	25	1.99
1545852--1546101	100	2.4	104	88	5	364	20	29	24	25	1.99
1546196--1546227	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1546439--1546496	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1547199--1547293	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
1547314--1547366	5	10.8	5	88	11	83	60	0	0	39	0.97
1547305--1547366	24	2.5	23	84	12	70	59	0	0	40	0.97
1558115--1558229	11	12.0	10	69	25	63	59	0	2	38	1.12
1558117--1558230	17	6.1	17	71	19	84	58	0	2	38	1.12
1558117--1558229	9	11.9	9	71	20	79	59	0	2	38	1.12
1570368--1570393	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
1579488--1579512	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
1581407--1581440	15	2.1	16	89	10	52	47	0	0	52	1.00
1581419--1581483	29	2.2	29	75	5	69	38	3	4	53	1.37
1586505--1586547	21	2.0	21	100	0	86	44	0	23	32	1.54
1597542--1597594	23	2.3	23	93	0	88	52	7	16	22	1.69
1597683--1597740	26	2.1	28	84	6	75	60	5	3	31	1.35
1597835--1597920	39	2.2	37	86	11	120	62	6	0	30	1.21
1633406--1633455	24	2.1	24	82	14	59	26	24	16	34	1.95
1634168--1634207	20	1.9	21	85	10	55	75	7	15	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1636195--1636331	33	4.1	33	74	7	105	32	16	23	28	1.96
1642820--1642943	61	2.0	61	96	0	230	56	5	16	20	1.61
1647408--1647444	17	2.2	17	100	0	74	37	0	18	43	1.51
1656217--1656259	22	2.0	22	90	0	68	18	13	11	55	1.68
1659547--1659579	12	2.6	13	90	4	50	0	24	0	75	0.80
1671027--1671066	20	2.0	20	85	4	55	37	0	0	62	0.95
1682681--1682714	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
1686159--1686201	21	1.9	22	86	13	61	48	4	0	46	1.22
1686194--1686240	22	2.1	23	84	4	60	59	2	0	38	1.09
1686996--1687050	24	2.3	24	87	0	74	54	7	1	36	1.39
1690162--1690237	23	3.3	23	88	0	116	30	26	21	22	1.99
1691583--1691635	24	2.2	24	89	0	79	56	9	1	32	1.42
1691591--1691636	24	1.9	24	95	0	83	52	8	2	36	1.45
1692217--1692256	10	3.9	11	81	15	50	32	0	0	67	0.91
1699364--1699394	13	2.5	12	90	10	53	90	0	9	0	0.46
1720096--1720320	51	4.4	50	76	3	164	29	26	17	26	1.97
1721982--1722298	101	3.1	101	86	0	429	30	16	23	28	1.96
1727538--1727667	42	3.1	42	80	0	152	40	17	20	20	1.91
1727595--1727667	21	3.5	20	74	9	65	42	19	16	21	1.89
1728543--1728646	54	1.9	54	82	3	129	27	17	17	37	1.92
1729984--1730009	9	2.9	9	100	0	52	42	23	0	34	1.54
1733798--1733848	24	2.1	24	92	0	84	43	0	23	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1733914--1733978	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
1733889--1734001	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65
1733901--1733995	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
1734002--1734138	9	14.6	9	87	6	184	22	9	31	36	1.86
1734243--1734308	29	2.3	27	78	16	71	28	12	27	31	1.92
1734298--1734322	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
1736740--1736809	35	2.0	35	97	0	131	30	22	24	22	1.99
1738047--1738113	34	2.0	33	82	11	82	35	0	2	61	1.12
1738281--1738310	16	1.9	15	93	6	51	43	0	3	53	1.17
1754671--1754763	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1755118--1755161	3	15.0	3	80	4	54	61	4	0	34	1.16
1755860--1755893	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
1755882--1755932	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
1756082--1756118	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
1761055--1761097	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
1762649--1762727	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
1762846--1763528	47	14.4	47	93	1	1096	29	29	8	32	1.87
1762846--1763528	190	3.6	190	94	0	1174	29	29	8	32	1.87
1762846--1763528	143	4.8	141	93	1	1105	29	29	8	32	1.87
1766812--1766904	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
1767995--1768028	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
1768017--1768067	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1768217--1768253	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
1782445--1782530	41	2.1	41	97	0	163	22	13	38	25	1.91
1788926--1788963	20	1.9	20	88	0	58	42	7	5	44	1.56
1791501--1791571	31	2.4	30	85	4	90	38	12	9	39	1.77
1791974--1792017	21	2.1	22	83	8	56	25	9	11	54	1.65
1793667--1793705	12	3.4	12	82	13	55	30	0	0	69	0.89
1793668--1793713	22	2.1	22	83	0	56	30	0	2	67	1.03
1813564--1813606	20	2.1	21	86	4	61	37	0	0	62	0.95
1813752--1813902	73	2.1	74	95	5	272	44	5	7	42	1.56
1814309--1814453	68	2.1	71	89	8	228	43	8	5	42	1.57
1814596--1814638	21	2.0	21	82	8	52	58	0	2	39	1.11
1828529--1829251	125	5.9	124	84	7	849	30	11	8	49	1.69
1828596--1829251	248	2.7	245	84	7	862	29	12	8	49	1.70
1829178--1829476	150	2.0	150	100	0	598	32	14	8	44	1.75
1833866--1833904	17	2.2	19	86	9	55	46	0	0	53	1.00
1833967--1833996	15	2.1	14	93	6	51	76	0	20	3	0.92
1834936--1834988	24	2.3	22	84	12	63	16	16	22	43	1.88
1852728--1852779	21	2.5	21	83	0	68	15	25	17	42	1.88
1854297--1854401	51	2.1	51	100	0	210	22	19	31	26	1.98
1854445--1854510	31	2.1	31	94	0	114	19	30	18	31	1.96
1855602--1855632	2	15.5	2	93	0	53	3	0	45	51	1.17
1856793--1856824	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1871490--1871554	32	2.0	32	85	5	87	16	18	21	43	1.88
1886806--1886915	36	3.1	35	71	18	102	62	7	10	19	1.50
1886783--1886915	70	1.9	70	92	3	223	61	7	12	18	1.54
1904994--1905029	18	1.9	19	88	5	56	44	13	0	41	1.44
1906634--1906666	14	2.3	15	89	5	50	72	0	3	24	0.98
1907101--1907134	16	2.2	16	89	5	52	52	2	5	38	1.41
1909219--1909258	6	6.5	6	82	5	53	80	0	5	15	0.88
1909219--1909258	12	3.2	12	89	6	62	80	0	5	15	0.88
1918590--1918639	26	2.0	25	92	4	82	38	6	0	56	1.24
1919137--1919199	19	3.3	19	67	8	56	41	7	3	47	1.48
1920637--1920699	28	2.3	27	88	2	90	55	1	7	34	1.39
1923322--1923364	23	1.9	23	85	4	61	30	16	16	37	1.91
1929758--1929802	21	2.1	22	83	4	56	40	0	8	51	1.33
1933315--1933341	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
1940331--1940453	33	3.7	33	80	4	158	34	17	21	26	1.95
1940329--1940510	66	2.8	66	87	5	253	34	15	23	26	1.95
1940329--1940467	33	4.2	32	78	6	143	35	16	21	26	1.95
1942025--1942381	178	2.0	178	99	0	705	40	18	5	36	1.72
1950127--1950207	42	2.0	41	82	7	101	58	2	1	38	1.20
1950143--1950203	21	3.0	19	77	18	52	57	1	1	39	1.18
1954133--1954178	11	4.1	11	88	2	65	19	30	2	47	1.61
1954133--1954194	22	2.8	21	83	16	72	22	30	1	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1954231--1954266	16	2.2	16	95	0	63	25	0	0	75	0.81
1956028--1956070	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
1957543--1957607	28	2.4	26	85	12	87	30	3	0	66	1.07
1957827--1957857	14	2.1	15	94	5	55	48	32	0	19	1.49
1962869--1962904	18	2.0	18	100	0	72	33	11	22	33	1.89
1987040--1987091	22	2.3	23	80	6	61	55	1	1	40	1.22
1998125--1998173	22	2.1	24	85	7	66	26	4	4	65	1.29
2000185--2000210	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2018590--2018662	36	2.0	36	83	0	92	53	13	9	23	1.69
2023710--2023750	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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