genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21314968--21315175	91	2.3	90	83	11	262	46	3	3	46	1.36
21318395--21318925	97	5.5	97	97	0	1001	38	7	12	40	1.73
21319005--21319031	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
21330385--21330439	18	3.1	17	76	23	60	58	0	7	34	1.26
21336738--21336781	3	14.0	3	86	9	61	31	2	4	61	1.28
21336837--21336874	18	2.1	19	90	5	60	42	7	0	50	1.31
21336895--21336959	24	2.7	24	80	4	69	41	7	1	49	1.41
21336987--21337046	22	2.7	22	84	2	66	40	10	1	48	1.47
21337004--21337061	23	2.5	24	80	11	66	39	13	0	46	1.44
21337424--21337463	14	2.9	14	82	14	55	25	0	2	72	0.97
21337429--21337468	20	2.0	20	85	9	55	20	2	2	75	1.04
21338967--21339000	17	1.9	17	88	5	50	44	17	0	38	1.49
21339836--21339908	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
21340038--21340159	23	5.3	23	89	0	190	30	26	21	22	1.99
21340385--21340423	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
21343063--21343155	31	2.9	31	80	4	96	56	1	3	38	1.22
21346519--21346749	120	1.9	120	88	3	349	27	28	9	34	1.88
21351708--21351751	6	7.3	6	92	0	61	50	0	6	43	1.29
21351708--21351751	14	3.1	14	93	0	70	50	0	6	43	1.29
21351708--21351751	8	5.5	8	91	0	61	50	0	6	43	1.29
21355338--21355375	3	13.0	3	94	5	69	68	0	0	31	0.90
21357407--21357455	24	2.0	26	88	8	75	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21358120--21358207	43	2.0	46	86	8	128	30	5	1	62	1.26
21358115--21358207	47	1.9	49	86	4	136	30	6	1	62	1.27
21359459--21359511	15	3.5	15	72	10	54	26	18	7	47	1.75
21359441--21359563	30	4.1	30	91	2	176	26	22	6	44	1.77
21359477--21359557	15	5.4	15	68	11	67	23	20	7	48	1.75
21364145--21364228	30	2.8	30	90	0	132	26	21	7	45	1.77
21364145--21364222	15	5.2	15	68	11	61	26	20	7	44	1.78
21373871--21373926	24	2.3	25	75	3	60	19	25	23	32	1.98
21378516--21378568	19	2.8	19	82	0	61	37	1	0	60	1.08
21380309--21380359	27	1.9	26	84	4	66	31	25	13	29	1.94
21382823--21382861	12	3.2	12	85	0	51	53	17	0	28	1.44
21387326--21387618	106	2.8	106	90	1	444	33	20	15	30	1.94
21389156--21389329	92	1.9	92	95	0	312	24	14	10	49	1.76
21390053--21390433	131	2.9	131	90	2	570	24	25	20	29	1.99
21389971--21390479	175	2.9	174	84	3	594	24	25	21	29	1.99
21390012--21390477	44	10.6	44	77	6	374	24	25	21	29	1.99
21391697--21391729	15	2.3	14	94	5	57	24	0	0	75	0.80
21402187--21402417	106	2.2	106	97	0	435	32	20	15	31	1.94
21403926--21404103	92	1.9	91	98	1	347	23	14	11	50	1.76
21404613--21404674	31	2.0	32	87	6	92	32	3	0	64	1.09
21404625--21404673	16	3.1	16	80	16	66	32	0	0	67	0.91
21408151--21408184	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21412925--21412958	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21417527--21417562	13	2.8	13	86	0	54	83	0	11	5	0.80
21423225--21423473	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
21423224--21423473	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
21423568--21423599	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
21423811--21423868	30	1.9	30	85	0	80	31	24	1	43	1.64
21427023--21427058	19	1.9	18	88	5	54	55	19	0	25	1.43
21434429--21434840	46	8.6	48	86	8	472	34	14	21	29	1.93
21434804--21434876	37	2.0	37	91	2	121	36	16	21	24	1.94
21436130--21436371	49	4.9	49	95	0	421	23	16	30	29	1.96
21439495--21439907	46	8.6	48	87	8	481	35	14	21	29	1.93
21439509--21439890	196	1.9	196	93	0	647	34	14	21	29	1.93
21439871--21439943	37	2.0	37	91	2	121	36	16	21	24	1.94
21441196--21441437	49	4.9	49	95	0	421	23	16	30	29	1.96
21444559--21444971	46	8.6	48	87	8	481	35	14	21	29	1.93
21444573--21444954	196	1.9	196	93	0	647	34	14	21	29	1.93
21444935--21445007	37	2.0	37	91	2	121	36	16	21	24	1.94
21446301--21446491	41	4.6	41	93	0	319	29	19	27	24	1.98
21464306--21464354	25	2.0	24	88	4	71	67	8	0	24	1.18
21467253--21467302	20	2.5	20	71	12	57	54	8	2	36	1.42
21468574--21468604	9	3.4	9	100	0	62	12	0	9	77	0.99
21482771--21482808	6	6.5	6	90	6	51	28	0	71	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21482773--21482807	17	2.1	17	88	0	52	25	0	74	0	0.82
21490579--21490617	20	2.0	20	85	10	53	38	0	10	51	1.36
21491048--21491424	125	3.0	125	83	6	492	29	16	22	31	1.96
21494715--21494789	11	6.9	11	69	24	61	42	1	30	25	1.63
21494715--21494789	22	3.5	22	74	20	77	42	1	30	25	1.63
21496526--21496552	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21497171--21497222	7	7.1	7	82	8	59	38	28	3	28	1.75
21501426--21501485	23	2.5	25	86	10	97	41	1	0	56	1.09
21506572--21506740	82	2.1	82	94	0	293	25	18	13	42	1.87
21507868--21508132	141	1.9	141	94	0	467	28	15	17	38	1.90
21512106--21512131	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
21512161--21512202	19	2.2	19	83	8	50	28	21	9	40	1.84
21513891--21513954	29	2.1	30	88	5	94	42	14	10	32	1.80
21520445--21520701	111	2.3	111	99	0	505	40	6	9	43	1.63
21520655--21520698	22	1.9	23	81	9	54	45	0	2	52	1.13
21535191--21535455	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
21542674--21542938	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
21543269--21543329	30	2.0	30	83	0	77	32	24	4	37	1.77
21545961--21546029	3	23.0	3	77	16	72	28	5	1	63	1.26
21545968--21546028	15	3.9	15	87	8	86	27	6	1	63	1.28
21546342--21546373	12	2.7	12	95	0	55	18	9	0	71	1.12
21550837--21550900	32	1.9	33	84	6	85	79	3	9	7	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21551315--21551381	7	9.6	7	85	6	82	71	0	16	11	1.14
21551344--21551391	21	2.2	21	85	3	60	72	0	14	12	1.11
21552615--21553807	87	13.8	87	90	2	1787	30	22	22	24	1.99
21553199--21553324	39	3.0	43	67	19	104	30	24	22	23	1.99
21560310--21560406	23	4.2	23	83	0	131	24	21	24	28	1.99
21560308--21560406	46	2.2	46	88	3	155	25	21	24	29	1.99
21585778--21585807	10	3.0	10	95	0	51	40	3	0	56	1.16
21586634--21586690	24	2.4	24	77	11	64	35	0	3	61	1.13
21588885--21588915	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
21588914--21588981	3	22.7	3	96	0	118	30	0	35	33	1.58
21602098--21602176	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
21602297--21602415	47	2.5	47	87	0	166	27	31	8	32	1.86
21602640--21602821	40	4.6	40	81	6	201	26	27	20	25	1.99
21605629--21605938	40	7.8	40	91	1	478	26	28	20	23	1.99
21607153--21607231	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21607350--21607709	47	7.6	47	93	2	603	29	30	8	32	1.86
21607350--21607709	96	3.8	94	94	1	603	29	30	8	32	1.86
21607350--21607709	143	2.5	141	92	2	603	29	30	8	32	1.86
21607934--21608114	40	4.6	40	82	6	199	26	27	20	25	1.99
21612191--21612242	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
21614839--21615052	45	4.8	45	94	0	347	26	17	16	39	1.91
21615388--21615442	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21617930--21617980	24	2.1	24	88	0	75	35	3	9	50	1.54
21622434--21622467	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
21623736--21623763	12	2.3	12	100	0	56	7	7	7	78	1.09
21624303--21624536	63	3.7	63	77	5	215	24	21	25	28	1.99
21624303--21624536	126	1.9	126	83	7	305	24	21	25	28	1.99
21636485--21636519	17	2.1	17	88	0	52	48	0	5	45	1.26
21637756--21637817	20	3.2	19	75	13	54	69	3	3	24	1.18
21639176--21639220	19	2.3	20	85	11	58	53	2	0	44	1.13
21660597--21660640	21	2.2	19	88	8	61	36	0	0	63	0.95
21660608--21660680	15	4.7	15	71	17	51	35	0	2	61	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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