genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13679899--13679953	16	3.4	16	94	0	101	29	27	7	36	1.84
13682015--13682078	31	2.0	32	81	3	76	40	7	6	45	1.58
13683204--13683322	61	2.0	61	84	0	157	42	4	14	39	1.65
13683418--13683462	23	2.0	23	90	0	72	42	17	8	31	1.80
13685936--13686037	41	2.5	41	85	3	134	29	19	24	26	1.98
13687932--13688002	29	2.4	29	82	17	85	32	22	8	36	1.84
13688530--13688613	7	12.4	7	72	22	56	73	0	26	0	0.83
13688535--13688614	27	3.1	26	85	10	94	76	0	23	0	0.79
13688545--13688617	12	6.2	12	77	19	75	78	0	21	0	0.76
13688534--13688625	47	2.0	47	83	12	120	77	0	21	1	0.84
13688543--13688625	20	4.0	20	78	7	78	78	0	20	1	0.82
13688844--13688882	20	2.0	20	89	0	60	17	46	28	7	1.76
13689316--13689359	18	2.4	18	76	0	52	31	11	9	47	1.71
13689616--13689860	17	13.3	17	68	19	109	35	14	8	42	1.76
13689684--13689729	23	2.0	23	87	8	67	45	8	6	39	1.61
13689650--13689802	58	2.7	57	81	10	179	34	13	8	43	1.74
13689738--13689842	39	2.7	38	80	2	129	36	13	7	42	1.73
13689677--13689863	96	1.9	96	81	6	227	36	13	8	41	1.75
13689707--13689860	39	4.1	37	71	11	118	36	14	7	41	1.75
13689924--13689965	19	2.2	19	86	4	57	47	7	7	38	1.58
13701617--13701655	12	3.2	12	85	0	51	12	12	23	51	1.74
13708317--13708344	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13709832--13709861	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
13711872--13711914	21	2.1	20	82	4	50	30	9	4	55	1.52
13711921--13711959	15	2.6	15	83	0	51	38	12	5	43	1.65
13713385--13713425	21	1.9	22	85	5	57	63	4	2	29	1.28
13716078--13716125	21	2.3	21	100	0	96	31	25	25	18	1.98
13719982--13720006	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
13726237--13726288	26	2.1	27	82	13	67	46	0	1	51	1.12
13734081--13734122	21	2.0	21	100	0	84	33	4	19	42	1.72
13734605--13734687	23	3.5	23	71	18	71	21	27	18	32	1.96
13734733--13734801	27	2.6	27	81	2	86	18	23	21	36	1.95
13744307--13744352	23	2.0	23	87	8	67	41	2	0	56	1.11
13744690--13744776	43	2.0	43	95	4	158	47	12	9	31	1.73
13745387--13745722	126	2.7	124	89	2	494	29	16	23	30	1.97
13746391--13746444	11	4.8	12	86	6	51	46	1	27	24	1.63
13748889--13748950	21	2.9	21	80	4	70	33	1	0	64	1.03
13755269--13755322	16	3.4	16	86	0	63	35	0	31	33	1.58
13755303--13755391	44	2.0	44	84	6	117	32	5	26	34	1.80
13755303--13755410	45	2.6	43	77	15	118	34	5	27	32	1.80
13755557--13755591	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13755572--13755891	61	5.3	61	69	16	254	49	5	2	43	1.38
13755660--13755697	16	2.4	17	82	13	53	55	0	0	44	0.99
13755656--13755707	15	3.6	15	80	12	56	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13755535--13755952	120	3.5	120	94	1	721	49	4	2	44	1.35
13755991--13756074	38	2.2	40	93	4	145	60	11	5	21	1.52
13759186--13759282	50	1.9	50	100	0	194	30	28	10	29	1.90
13763878--13763911	14	2.4	14	90	0	50	70	2	26	0	1.01
13765160--13765214	27	2.0	29	82	13	71	50	10	1	36	1.48
13767349--13767386	19	2.1	18	85	9	51	2	68	7	21	1.28
13770929--13770963	13	2.7	13	81	0	52	45	25	0	28	1.54
13771059--13771126	33	2.1	33	97	0	127	25	11	23	39	1.88
13771253--13771301	20	2.4	22	73	16	59	40	0	6	53	1.26
13773551--13773777	50	4.6	50	79	9	189	29	22	26	21	1.99
13775055--13775121	9	7.4	9	86	0	98	40	22	11	25	1.88
13775055--13775121	27	2.5	27	92	0	116	40	22	11	25	1.88
13775806--13775837	15	2.2	15	94	5	57	15	6	15	62	1.51
13777762--13777821	30	2.0	30	93	0	102	26	3	13	56	1.52
13780301--13780356	17	3.4	16	81	18	62	33	1	3	60	1.24
13780320--13780348	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
13780310--13780355	16	2.8	15	84	15	56	34	2	2	60	1.21
13791128--13791161	12	2.8	12	86	0	50	41	8	5	44	1.60
13807309--13807378	35	2.0	35	100	0	140	25	17	14	42	1.86
13815371--13815404	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
13842199--13842251	25	2.2	24	83	12	72	41	0	0	58	0.98
13843521--13843582	22	2.8	22	80	4	63	69	6	6	17	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13843674--13843713	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
13843801--13843832	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
13844078--13844127	3	16.3	3	88	12	75	70	0	0	30	0.88
13844078--13844130	20	2.5	22	84	15	83	69	0	0	30	0.88
13844688--13844745	21	2.7	21	89	5	80	36	25	3	34	1.73
13845331--13845387	16	3.4	16	73	17	53	57	7	1	33	1.36
13854281--13854319	7	5.6	7	96	0	60	51	0	7	41	1.31
13854277--13854333	14	4.4	14	80	14	70	52	0	5	42	1.24
13854260--13854333	21	4.1	17	77	15	62	56	0	4	39	1.18
13858218--13859030	154	5.4	155	87	6	1130	30	10	7	52	1.63
13860642--13860666	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
13863002--13863054	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
13868815--13868863	24	2.0	24	100	0	98	24	20	12	42	1.86
13876255--13876370	60	2.0	57	88	8	173	21	11	15	51	1.74
13878233--13878294	31	2.0	31	96	0	115	25	19	11	43	1.84
13879531--13879555	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
13892393--13892444	23	2.3	22	75	21	54	50	0	0	50	1.00
13892629--13892691	23	2.7	23	80	9	58	61	3	1	33	1.21
13892645--13892691	22	2.1	23	84	4	60	61	4	2	31	1.27
13895125--13895180	19	2.8	20	78	8	60	53	1	3	41	1.29
13898693--13898740	23	2.1	23	100	0	96	50	8	25	16	1.73
13903654--13903693	9	4.3	9	84	6	53	17	5	0	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13905153--13905219	34	1.9	35	87	3	100	35	5	8	49	1.59
13906548--13906616	35	1.9	36	88	2	104	53	15	4	26	1.61
13906584--13906653	27	2.5	28	81	6	81	52	20	4	22	1.63
13908766--13909002	51	4.7	51	80	8	184	29	25	16	29	1.96
13911197--13911226	14	2.1	14	93	0	51	36	10	43	10	1.72
13911237--13911303	33	2.0	33	88	0	98	40	2	41	14	1.62
13914276--13914335	31	1.9	31	93	0	102	50	13	8	28	1.70
13914669--13914707	6	6.5	6	96	0	60	48	0	10	41	1.37
13922668--13922705	19	2.0	19	90	10	60	39	0	0	60	0.97
13922674--13922725	27	1.9	27	84	7	70	46	1	0	51	1.12
13924139--13924174	16	2.1	16	90	10	54	27	0	8	63	1.23
13924210--13924255	23	2.0	23	91	4	76	45	4	2	47	1.34
13931114--13931196	43	1.9	43	82	4	105	32	32	19	15	1.93
13933036--13933134	42	2.4	42	91	3	155	21	29	12	37	1.89
13939445--13939589	41	3.5	41	89	0	218	22	28	22	26	1.99
13939443--13939619	82	2.2	83	81	9	211	24	27	20	27	1.99
13940811--13940869	29	2.0	29	100	0	118	49	20	3	27	1.65
13955078--13955238	21	7.7	21	68	2	99	40	17	24	16	1.90
13955061--13955236	42	4.2	42	84	0	199	40	17	25	16	1.90
13955322--13955369	24	2.0	24	91	0	78	18	27	10	43	1.82
13958343--13958393	23	2.1	23	82	7	57	17	5	1	74	1.11
13971204--13971340	25	5.5	25	94	0	202	25	21	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13971208--13971387	75	2.5	72	84	7	208	22	22	17	37	1.94
13971215--13971379	25	7.0	22	87	6	102	23	23	17	36	1.95
13981620--13981656	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
13982343--13982376	15	2.4	14	90	5	50	44	17	0	38	1.49
13984485--13984517	10	3.3	10	88	12	50	0	0	9	90	0.44
13984478--13984516	16	2.4	17	95	4	71	0	0	10	89	0.48
13984649--13984733	40	2.2	40	81	8	102	57	3	2	36	1.29
13985898--13985931	14	2.4	14	95	0	59	5	23	14	55	1.61
13988513--13988546	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
13988919--13988948	15	1.9	16	93	6	53	40	13	20	26	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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