genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28369486--28369833	132	2.6	132	87	2	457	27	17	25	29	1.97
28371369--28371456	37	2.3	38	81	11	94	34	4	4	56	1.40
28374153--28374186	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
28374271--28374330	27	2.2	27	80	13	70	63	1	0	35	1.05
28374270--28374329	28	2.1	28	82	11	70	61	1	0	36	1.06
28377191--28377251	33	1.9	33	86	6	90	39	1	4	54	1.32
28380439--28380515	33	2.3	32	80	6	82	33	16	22	27	1.95
28387589--28387785	105	1.9	105	81	2	243	34	16	23	25	1.95
28394124--28394162	20	1.9	21	84	5	53	56	2	5	35	1.35
28421781--28421909	50	2.6	50	86	2	179	17	17	32	32	1.93
28426910--28427079	89	1.9	88	84	5	227	39	14	7	39	1.73
28427438--28427492	22	2.4	22	82	14	58	21	3	3	70	1.18
28427930--28427959	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
28427941--28427997	27	2.1	27	83	3	71	31	1	3	63	1.22
28438043--28438674	320	2.0	320	99	0	1255	24	14	17	43	1.87
28439345--28439388	8	5.3	9	76	17	51	68	0	31	0	0.90
28439345--28439384	16	2.5	16	91	0	62	70	0	30	0	0.88
28449519--28449651	27	5.4	24	75	15	96	49	9	15	25	1.74
28449565--28449625	22	2.8	23	83	11	85	54	9	14	21	1.69
28449527--28449651	12	10.1	13	68	21	65	52	9	14	24	1.71
28452716--28452767	22	2.4	23	81	12	65	36	1	34	26	1.68
28458843--28458902	29	2.1	29	100	0	120	35	10	21	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28459979--28460111	27	5.4	24	75	15	96	49	9	15	25	1.74
28460025--28460085	22	2.8	23	83	11	85	54	9	14	21	1.69
28459987--28460111	12	10.1	13	68	21	65	52	9	14	24	1.71
28460509--28460564	21	2.8	20	74	17	53	39	10	3	46	1.56
28467130--28467735	304	2.0	305	96	1	1128	35	0	39	25	1.56
28467749--28467785	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28472121--28472170	23	2.0	23	81	11	55	56	12	12	20	1.67
28484662--28484814	4	38.0	4	77	16	79	67	0	32	0	0.91
28484682--28484843	37	4.5	37	73	21	121	66	0	33	0	0.92
28484722--28484834	10	11.3	10	71	20	53	70	0	29	0	0.87
28484661--28484826	24	6.8	26	71	15	97	66	0	33	0	0.92
28484714--28484837	32	3.7	33	80	16	148	69	0	30	0	0.89
28484707--28484878	69	2.5	71	83	8	219	66	0	33	0	0.92
28484778--28484871	31	3.1	31	77	10	86	68	0	31	0	0.90
28488466--28488505	9	4.4	9	93	0	71	25	12	22	40	1.89
28495770--28495845	27	2.8	27	97	0	143	17	30	27	25	1.97
28495914--28495969	27	2.1	27	93	3	96	55	0	5	39	1.23
28495914--28495978	27	2.4	26	89	5	94	52	0	6	41	1.26
28497257--28497282	7	3.7	7	100	0	52	42	11	15	30	1.82
28499589--28499678	44	2.0	45	83	12	114	36	3	22	37	1.71
28520858--28520891	10	3.3	10	84	8	50	52	0	0	47	1.00
28527754--28527791	20	1.9	20	94	0	67	52	18	13	15	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28527949--28527978	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
28540455--28540490	13	2.8	13	100	0	72	50	0	13	36	1.43
28550800--28550847	16	2.8	16	81	9	51	62	0	31	6	1.20
28553868--28553928	33	1.9	31	90	6	95	60	11	1	26	1.40
28553870--28553939	32	2.2	31	82	12	81	61	11	2	24	1.43
28556306--28556403	49	2.0	49	82	9	121	37	15	25	21	1.92
28556331--28556408	25	3.2	23	73	12	75	35	17	25	20	1.95
28556334--28556437	50	2.1	49	82	7	122	38	17	26	17	1.92
28560933--28561113	91	2.0	90	81	6	213	32	14	22	30	1.94
28562577--28562645	34	2.0	34	88	5	104	40	13	11	34	1.80
28562822--28562907	44	1.9	45	83	2	111	30	17	17	34	1.93
28563010--28563052	21	2.0	21	86	0	59	34	25	16	23	1.95
28565266--28565304	20	2.0	20	94	0	69	12	15	17	53	1.72
28578674--28578700	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
28580900--28581477	113	5.1	113	73	11	466	33	16	20	29	1.95
28580900--28581495	227	2.6	226	89	3	869	33	16	20	29	1.95
28581283--28581677	188	2.1	188	90	0	630	31	15	22	30	1.95
28581412--28581551	74	1.9	74	85	7	194	31	18	22	27	1.97
28582092--28582142	7	7.6	7	86	8	79	15	0	50	33	1.44
28582097--28582164	33	2.1	33	85	0	91	19	0	47	33	1.50
28582244--28582323	7	11.4	7	77	5	63	21	2	47	28	1.64
28582266--28582323	14	4.2	13	87	10	80	20	1	48	29	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28582266--28582323	21	2.8	21	86	2	82	20	1	48	29	1.60
28582294--28582478	95	1.9	96	80	4	212	27	2	29	41	1.67
28582549--28582575	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
28582577--28582617	19	2.2	19	86	0	55	58	4	7	29	1.46
28582611--28582668	17	3.4	17	95	2	98	82	0	5	12	0.82
28582614--28582667	10	5.9	10	73	20	55	81	0	5	12	0.85
28582611--28582675	18	3.6	18	87	10	89	81	1	4	12	0.91
28582664--28582755	47	2.0	47	82	0	112	42	6	3	47	1.45
28583143--28583553	198	2.1	197	90	1	644	29	17	19	33	1.95
28583860--28583928	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
28583860--28583928	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
28583909--28583999	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
28584164--28584198	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28584147--28584889	120	6.2	120	97	0	1414	47	5	2	44	1.39
28587919--28588028	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
28587975--28588128	51	3.0	51	97	1	283	28	8	18	44	1.78
28588203--28588383	86	2.1	86	98	1	355	47	7	4	40	1.52
28592178--28592212	10	3.5	10	100	0	70	45	11	8	34	1.71
28592966--28593009	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
28593013--28593099	7	12.3	7	79	2	93	3	12	12	71	1.27
28592998--28593086	21	4.2	21	79	1	97	4	11	11	73	1.24
28593501--28593865	100	3.7	100	96	0	685	40	7	4	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28593553--28593815	53	5.2	52	71	23	231	39	6	4	49	1.50
28593569--28593837	47	5.5	46	72	23	212	39	6	3	49	1.47
28596491--28596660	66	2.6	65	85	5	218	40	19	27	12	1.87
28596631--28596703	21	3.5	21	82	0	74	35	19	41	4	1.70
28596651--28596743	42	2.2	42	88	0	132	35	15	43	6	1.72
28596643--28596743	21	4.8	21	80	0	103	36	15	41	5	1.72
28596906--28596959	9	6.2	9	75	14	51	27	0	3	68	1.06
28597050--28597226	43	4.1	43	72	2	122	24	17	27	31	1.97
28597349--28597425	31	2.5	31	97	0	145	33	27	24	14	1.94
28597375--28597448	13	5.6	13	66	30	50	37	27	22	12	1.90
28597357--28597413	18	3.4	18	70	22	61	31	26	24	17	1.97
28597410--28597452	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
28597756--28597789	11	3.1	11	84	16	52	47	0	0	52	1.00
28597748--28597789	22	1.9	22	95	0	75	47	0	0	52	1.00
28597990--28598068	29	2.7	29	84	4	86	25	13	13	46	1.81
28600843--28600902	28	2.2	28	91	5	97	28	25	23	23	2.00
28601014--28601083	26	2.7	27	82	6	90	37	24	21	17	1.94
28602938--28602972	15	2.3	15	90	0	52	37	11	25	25	1.90
28605072--28605304	62	3.7	62	90	4	335	34	7	11	46	1.68
28605182--28605210	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
28605206--28605363	65	2.4	67	94	0	243	31	10	14	43	1.79
28605072--28605386	62	5.0	61	83	10	307	35	7	10	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28607983--28608039	26	2.2	26	78	6	62	64	14	0	21	1.28
28608157--28608181	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
28609841--28609912	26	3.1	23	78	13	60	55	1	2	40	1.23
28609847--28609912	23	2.7	23	82	15	64	59	1	1	37	1.16
28610477--28610507	13	2.3	14	94	5	55	25	0	0	74	0.82
28615261--28615293	11	3.1	11	86	4	50	72	0	3	24	0.98
28615926--28615970	16	3.0	16	78	18	60	48	13	6	31	1.68
28617299--28617327	12	2.5	12	94	5	51	48	6	20	24	1.74
28618795--28618861	31	2.2	31	89	5	100	35	13	13	37	1.84
28620242--28620275	16	2.1	16	94	0	59	41	2	5	50	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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