genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16172455--16172580	46	2.8	44	75	19	105	57	0	2	39	1.17
16172460--16172521	20	3.2	19	73	11	54	59	0	1	38	1.07
16172883--16172908	11	2.4	11	100	0	52	19	7	0	73	1.07
16173004--16173178	91	2.0	88	81	5	208	36	8	17	38	1.79
16176273--16176366	42	2.2	42	94	0	161	20	30	30	18	1.96
16177362--16177518	42	3.7	42	89	0	233	44	15	21	18	1.86
16177345--16177474	63	2.1	61	87	5	181	45	16	23	15	1.85
16177359--16177509	21	7.2	21	79	3	169	42	16	22	18	1.89
16186879--16187358	238	2.0	242	90	2	752	31	20	19	29	1.97
16187706--16187738	9	3.7	9	91	0	57	0	30	9	60	1.27
16194426--16194470	24	1.9	24	86	4	65	68	2	2	26	1.12
16198803--16198841	18	2.2	17	86	4	51	23	7	2	66	1.30
16202448--16202517	30	2.3	31	78	7	81	34	21	1	42	1.62
16206232--16206281	23	2.2	23	82	7	57	4	8	42	46	1.52
16206230--16206282	24	2.2	24	80	12	65	5	7	39	47	1.56
16215180--16215216	12	3.1	12	100	0	74	32	0	8	59	1.27
16215350--16215406	26	2.2	27	81	15	75	52	8	1	36	1.43
16221864--16221908	19	2.4	19	100	0	90	37	26	31	4	1.76
16224039--16224082	11	3.8	11	77	11	52	65	4	0	29	1.12
16224552--16224583	16	1.9	17	93	6	57	43	0	6	50	1.27
16233640--16233671	16	2.0	16	100	0	64	25	18	37	18	1.94
16234890--16235154	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16235481--16235545	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
16235488--16235545	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
16247498--16247659	51	3.2	51	89	0	245	30	24	12	32	1.93
16247637--16247682	23	2.0	23	95	0	83	30	28	8	32	1.87
16247586--16247733	74	2.0	74	90	0	233	31	25	12	31	1.92
16247818--16247850	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
16257163--16257201	12	3.3	12	92	7	71	66	25	0	7	1.18
16257165--16257202	11	3.4	11	96	3	67	65	23	0	10	1.23
16260087--16260135	16	3.1	16	80	19	59	53	0	2	44	1.12
16262425--16262454	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
16266893--16266942	11	4.3	12	80	14	61	44	0	0	56	0.99
16266891--16266942	22	2.3	23	86	3	79	46	0	0	53	1.00
16268721--16268787	31	2.2	31	86	0	89	43	8	14	32	1.77
16281498--16281543	20	2.4	19	85	10	58	58	6	21	13	1.57
16284653--16284696	21	2.0	22	86	4	63	38	2	2	56	1.24
16284668--16284705	15	2.4	16	86	4	51	34	0	0	65	0.93
16286963--16286995	3	11.0	3	93	0	57	0	30	3	66	1.06
16289809--16289834	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
16299626--16299669	18	2.4	18	84	0	61	18	2	38	40	1.63
16328793--16328855	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
16334387--16334428	19	2.2	20	86	4	59	78	14	4	2	1.01
16347156--16347224	24	2.7	28	72	21	69	46	15	8	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16351755--16351801	22	2.1	22	100	0	94	21	8	17	53	1.70
16352280--16352312	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
16353909--16354090	25	7.3	24	74	9	80	34	23	24	18	1.96
16354019--16354101	26	3.3	26	83	9	109	32	22	26	18	1.97
16356769--16356860	42	2.2	42	90	0	139	18	22	30	28	1.97
16357483--16357523	14	2.9	14	100	0	82	36	4	21	36	1.75
16357941--16358003	22	3.1	19	74	14	54	28	1	15	53	1.51
16366326--16366360	16	2.2	16	90	10	54	5	17	0	77	0.96
16369606--16369757	76	2.0	76	98	0	295	34	13	16	35	1.87
16371114--16371138	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
16373237--16373299	32	2.0	32	90	3	101	36	15	36	11	1.84
16373849--16373906	28	2.1	28	100	0	116	27	17	27	27	1.97
16378080--16378127	24	2.0	25	83	4	62	66	6	4	22	1.32
16387512--16387549	21	2.0	20	85	15	53	34	5	0	60	1.19
16388397--16388598	43	4.7	43	91	0	323	28	34	18	18	1.95
16388655--16388698	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
16392093--16392117	11	2.3	11	100	0	50	44	8	48	0	1.32
16392907--16393063	81	1.9	81	82	7	192	43	26	1	28	1.63
16394385--16394418	17	2.0	17	88	0	50	23	0	5	70	1.09
16398836--16399009	73	2.4	72	75	8	170	34	20	25	19	1.96
16398951--16399009	26	2.3	26	82	2	84	30	22	28	18	1.97
16399083--16399146	25	2.6	25	84	0	83	39	20	23	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16403721--16403759	18	2.0	20	85	9	55	25	2	5	66	1.25
16404595--16404654	9	6.7	9	94	0	93	25	10	26	38	1.87
16404814--16404838	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
16409295--16409375	43	1.9	41	85	5	108	32	25	12	29	1.92
16409322--16409466	43	3.4	43	76	11	145	28	24	17	28	1.97
16410854--16411055	102	2.0	102	91	1	325	31	26	21	20	1.98
16410958--16411094	42	3.5	42	75	17	175	32	27	18	21	1.96
16410956--16411132	75	2.4	75	94	0	318	32	28	19	19	1.96
16411458--16411515	30	1.9	30	85	0	80	32	20	6	39	1.79
16413134--16413159	10	2.6	10	100	0	52	80	0	0	19	0.71
16416186--16416309	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
16416186--16416381	37	4.7	45	85	10	203	27	21	15	35	1.94
16416271--16416410	37	3.8	37	95	0	235	27	21	12	38	1.90
16417733--16417805	26	2.8	26	85	4	76	16	23	24	35	1.95
16419992--16420171	21	8.6	21	75	3	121	46	15	21	17	1.84
16419992--16420170	42	4.3	42	78	4	146	45	15	21	17	1.85
16419992--16420151	62	2.6	63	81	4	189	45	15	21	17	1.85
16423214--16423293	40	2.0	40	95	0	142	28	23	11	36	1.89
16424576--16424699	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
16424576--16424810	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
16424661--16424837	37	4.8	37	95	0	282	27	20	13	38	1.90
16426173--16426226	26	2.1	26	100	0	108	48	33	3	14	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16430918--16430970	25	2.1	25	82	6	63	60	5	1	32	1.31
16434315--16434398	44	1.9	44	85	4	116	42	11	13	32	1.80
16448223--16448285	17	3.4	17	68	19	54	31	9	11	47	1.71
16448207--16448312	39	2.7	39	97	0	194	31	8	13	47	1.72
16448237--16448307	22	3.5	22	70	18	80	28	7	14	50	1.68
16448504--16448597	48	1.9	49	84	2	127	21	11	21	45	1.83
16454433--16454477	20	2.3	19	92	7	81	33	2	0	64	1.06
16454425--16454520	31	3.2	30	77	4	104	35	1	1	62	1.09
16455210--16455325	26	4.7	26	88	4	143	14	24	23	37	1.92
16455270--16455336	23	2.8	23	90	4	98	14	29	25	29	1.95
16455284--16455354	23	3.1	23	89	0	79	15	29	23	30	1.95
16458346--16458385	15	2.7	15	92	0	62	30	7	5	57	1.48
16458345--16458395	15	3.4	14	84	10	57	29	5	3	60	1.38
16470162--16470208	24	2.0	24	83	8	60	51	0	0	48	1.00
16470263--16470338	27	2.8	27	82	4	82	21	17	35	26	1.95
16470400--16470444	17	2.6	17	80	10	56	66	2	31	0	1.04
16472764--16472845	38	2.2	38	95	0	146	40	2	3	53	1.32
16473014--16473077	8	7.4	8	73	16	56	45	18	0	35	1.50
16473116--16473491	19	19.2	19	68	20	165	54	12	0	32	1.41
16472994--16473358	115	3.0	118	85	7	450	52	13	0	33	1.47
16473040--16473358	27	13.1	27	71	24	239	52	12	0	33	1.46
16473129--16473296	49	3.6	47	90	5	259	55	13	0	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16473307--16473489	20	9.0	21	74	14	143	55	12	0	32	1.38
16473660--16473689	14	2.1	14	100	0	60	0	43	0	56	0.99
16473659--16473697	20	1.9	20	89	5	60	0	41	0	58	0.98
16473882--16473907	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
16478002--16478284	92	3.1	92	97	0	530	38	10	12	38	1.78
16478759--16478799	20	2.2	19	83	12	50	48	14	7	29	1.71
16480782--16480821	20	2.0	20	90	0	62	35	10	5	50	1.58
16483351--16483379	12	2.4	12	100	0	58	51	6	41	0	1.28
16483654--16483729	30	2.4	32	80	6	93	57	3	0	38	1.17
16484632--16484699	30	2.2	31	84	2	84	45	7	20	26	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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