genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  61  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23001058--23001125	18	3.8	17	73	11	55	47	25	1	26	1.61
23001492--23001562	27	2.7	26	78	6	70	45	19	1	33	1.60
23005420--23005500	31	2.5	33	82	11	98	17	38	23	20	1.93
23008545--23008628	42	2.0	42	100	0	168	30	21	9	38	1.85
23010009--23010084	26	2.9	26	78	0	89	39	25	17	18	1.91
23010267--23010401	27	5.0	28	82	6	136	19	17	21	41	1.90
23010267--23010410	54	2.6	54	85	3	173	19	17	20	42	1.89
23010284--23010410	27	4.7	27	84	5	157	18	16	22	43	1.88
23014297--23014330	13	2.5	14	95	4	61	52	0	2	44	1.16
23015345--23015404	12	5.1	12	78	9	70	31	1	1	65	1.13
23015345--23015404	6	10.2	6	74	15	54	31	1	1	65	1.13
23015348--23015407	24	2.5	24	84	7	79	31	3	1	63	1.20
23015345--23015404	9	6.8	9	74	14	54	31	1	1	65	1.13
23015552--23015611	26	2.3	26	83	13	72	28	5	5	61	1.38
23015549--23015611	25	2.5	26	82	12	78	28	4	4	61	1.36
23022322--23022897	44	13.2	44	67	17	263	26	18	24	31	1.98
23022366--23022749	87	4.4	86	68	16	218	26	18	25	30	1.98
23022316--23023051	131	5.6	131	95	0	1204	26	18	24	30	1.98
23024492--23024551	12	5.1	12	78	9	70	31	1	1	65	1.13
23024492--23024551	6	10.2	6	74	15	54	31	1	1	65	1.13
23024495--23024554	24	2.5	24	84	7	79	31	3	1	63	1.20
23024492--23024551	9	6.8	9	74	14	54	31	1	1	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23024700--23024759	26	2.3	26	83	13	72	28	5	5	61	1.38
23024697--23024759	25	2.5	26	82	12	78	28	4	4	61	1.36
23026070--23026110	22	1.9	22	90	5	66	43	0	7	48	1.30
23034613--23034666	23	2.3	25	75	18	62	38	11	7	42	1.68
23041012--23041062	20	2.7	18	80	11	57	66	0	1	31	1.03
23041256--23041296	21	2.1	20	82	13	50	21	2	4	70	1.18
23041273--23041334	18	3.3	18	72	25	56	20	4	3	70	1.19
23041264--23041334	20	3.6	19	75	7	70	21	4	4	70	1.22
23043035--23043107	6	11.8	6	80	11	76	13	6	35	43	1.71
23043423--23043486	31	2.1	31	83	13	80	57	0	15	26	1.38
23044484--23044544	27	2.3	28	81	13	76	21	22	18	37	1.94
23049302--23049347	23	2.1	21	88	8	65	43	0	2	54	1.12
23049315--23049353	16	2.5	16	83	4	53	48	0	0	51	1.00
23055722--23055805	43	2.0	43	97	0	159	19	20	17	42	1.89
23068142--23068215	29	2.5	30	82	10	89	55	9	6	28	1.57
23069984--23070028	23	2.0	23	100	0	90	8	15	22	53	1.69
23076005--23076066	6	10.3	6	100	0	124	32	0	17	50	1.47
23077560--23077597	12	3.2	12	85	7	51	26	31	0	42	1.56
23077568--23077603	11	3.2	11	92	4	54	19	33	0	47	1.50
23078634--23078673	20	2.0	21	85	14	57	40	2	5	52	1.37
23080012--23080121	22	5.0	22	71	16	84	50	26	0	23	1.50
23080110--23080178	7	9.9	7	75	0	57	44	36	0	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23080076--23080121	23	2.0	23	95	4	85	47	32	0	19	1.50
23080110--23080381	21	12.6	21	67	14	83	46	30	0	23	1.52
23080124--23080209	35	2.4	36	76	1	93	45	30	0	24	1.54
23080214--23080366	22	7.1	22	72	12	86	49	28	0	22	1.51
23080237--23080379	42	3.4	42	72	9	103	48	28	0	23	1.51
23080217--23080379	64	2.5	64	79	6	161	49	27	0	23	1.51
23080395--23080443	21	2.3	21	85	0	62	51	26	0	22	1.49
23080243--23080592	22	16.4	21	69	11	119	48	26	0	24	1.55
23080488--23080527	21	1.9	21	94	0	71	42	25	5	27	1.75
23080538--23080602	22	3.0	21	82	10	78	53	24	0	21	1.46
23080606--23080714	21	5.0	21	74	4	92	47	30	0	22	1.51
23080612--23080714	43	2.4	43	85	4	136	48	29	0	22	1.51
23080710--23080760	22	2.3	22	79	3	57	54	23	0	21	1.44
23080720--23080774	15	3.8	14	79	13	58	49	23	0	27	1.51
23080789--23080983	21	8.9	22	74	12	109	51	27	0	21	1.48
23080854--23080929	16	5.1	15	70	12	50	51	28	0	19	1.47
23080790--23080999	44	4.8	44	80	8	207	50	28	0	21	1.49
23080839--23081017	44	4.0	45	75	15	158	51	27	0	20	1.48
23081037--23081096	22	2.8	22	89	2	86	53	23	1	21	1.55
23081058--23081113	29	1.9	29	81	0	67	51	26	0	21	1.48
23083177--23083210	13	2.4	14	85	14	52	11	5	2	79	1.02
23083999--23084040	21	2.0	21	85	0	57	23	11	2	61	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23084095--23084155	25	2.4	25	86	0	86	39	6	1	52	1.37
23084204--23084244	2	20.5	2	84	0	55	43	7	0	48	1.30
23089545--23089591	7	7.0	7	80	9	62	65	0	17	17	1.27
23089547--23089591	13	3.4	14	84	6	58	64	0	17	17	1.29
23089545--23089591	20	2.3	20	92	0	76	65	0	17	17	1.27
23090834--23091748	44	21.1	43	69	12	372	30	18	21	29	1.97
23090830--23091377	129	4.2	129	92	0	882	30	17	21	29	1.96
23091008--23091377	85	4.3	85	69	12	236	31	18	21	29	1.97
23091222--23091687	218	2.1	219	89	3	726	29	19	22	28	1.98
23091393--23091809	131	3.2	128	69	11	315	30	18	22	29	1.97
23091613--23091782	88	1.9	88	79	2	189	30	17	22	29	1.97
23092707--23092735	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
23093523--23093564	21	2.0	21	85	0	57	23	11	2	61	1.42
23093621--23093681	25	2.4	25	83	0	77	39	6	3	50	1.45
23096312--23096867	249	2.2	250	91	0	880	30	22	17	28	1.97
23096312--23096873	125	4.5	125	86	2	783	30	22	17	29	1.97
23102085--23102181	50	1.9	50	89	0	149	36	12	22	28	1.91
23103441--23103471	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89
23103616--23103659	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
23106281--23106492	90	2.4	90	93	1	354	49	8	9	32	1.66
23106797--23106848	17	3.1	17	82	0	68	42	7	1	48	1.43
23107246--23107307	19	3.2	18	72	20	54	53	14	12	19	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23107839--23107868	10	3.0	10	100	0	60	10	10	10	70	1.36
23124885--23124961	3	25.7	3	100	0	154	66	0	0	33	0.92
23135508--23135544	19	1.9	19	100	0	74	64	2	10	21	1.37
23146246--23146278	15	2.1	16	88	5	50	48	27	0	24	1.51
23149516--23149712	41	4.8	41	91	5	299	28	20	22	27	1.99
23149927--23150024	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
23159527--23159568	19	2.2	18	87	8	57	16	19	9	54	1.69
23172289--23172342	27	2.0	27	85	7	74	50	12	16	20	1.78
23172919--23172975	29	2.0	29	89	0	87	29	12	26	31	1.92
23172993--23173116	62	2.0	62	100	0	248	48	4	14	32	1.65
23186485--23186530	23	2.0	23	95	0	83	45	17	17	19	1.85
23191854--23191894	13	3.2	12	89	10	55	48	0	0	51	1.00
23196054--23196101	25	1.9	25	100	0	96	41	12	16	29	1.85
23197826--23197860	18	1.9	18	88	11	54	8	11	22	57	1.61
23198489--23198518	10	3.0	10	95	0	51	23	0	0	76	0.78
23202856--23202896	16	2.6	16	88	0	64	41	14	4	39	1.67
23210544--23210601	29	2.1	27	83	6	71	36	1	1	60	1.17
23211350--23211399	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
23220435--23220615	91	2.0	89	92	4	301	23	30	10	34	1.89
23223093--23223162	36	1.9	37	94	5	126	48	14	11	25	1.77
23224294--23224350	28	2.0	28	100	0	114	33	14	17	35	1.90
23249007--23249046	17	2.4	17	86	0	53	15	22	27	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23249046--23249127	33	2.5	33	79	0	83	14	14	28	42	1.85
23251235--23251353	43	2.8	43	81	6	143	32	27	19	20	1.96
23258882--23259010	43	3.0	43	81	4	143	33	25	18	22	1.97
23261117--23261165	19	2.6	19	80	0	53	18	24	32	24	1.97
23263728--23263758	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
23271610--23271656	14	3.4	14	82	11	53	19	10	0	70	1.16
23271611--23271673	32	1.9	33	83	3	83	23	11	1	63	1.36
23278680--23278783	53	2.0	53	90	3	165	53	8	4	32	1.52
23281936--23281968	16	2.0	17	94	5	59	33	0	6	60	1.21
23284566--23284590	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208