genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  78  of  208  ( 24943 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27803472--27803501	13	2.3	13	94	0	51	60	3	3	33	1.30
27803636--27803675	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
27806304--27806335	16	2.0	16	100	0	64	37	0	6	56	1.25
27806284--27806330	21	2.3	20	80	16	53	38	2	4	55	1.31
27831823--27831932	25	4.5	25	74	8	84	33	20	25	20	1.97
27831837--27832038	24	8.3	24	71	8	95	33	21	27	18	1.96
27831879--27832081	97	2.1	99	80	3	232	35	21	24	18	1.95
27831996--27832076	25	3.3	26	79	8	80	34	19	27	18	1.95
27832716--27832755	21	1.9	21	84	0	53	40	5	2	52	1.37
27837742--27837783	19	2.3	18	83	4	57	61	7	2	28	1.35
27838885--27838976	46	2.0	46	100	0	184	45	13	4	36	1.63
27838885--27838957	26	3.0	26	62	22	68	45	15	5	34	1.69
27842398--27842444	20	2.3	20	89	7	69	63	6	0	29	1.19
27846734--27846786	16	3.3	16	89	0	79	41	5	30	22	1.77
27846766--27846856	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
27846766--27846872	46	2.5	44	85	11	143	28	3	30	36	1.75
27847015--27847053	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
27847020--27847053	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
27847138--27847170	17	1.9	17	100	0	66	57	0	0	42	0.98
27847000--27847404	117	3.5	117	95	0	720	52	3	1	42	1.30
27847249--27847287	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
27847254--27847287	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27847320--27847359	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
27847371--27847404	17	2.0	17	94	0	59	55	2	0	41	1.15
27847380--27847469	23	3.9	22	72	18	67	53	5	0	41	1.24
27847420--27847483	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
27849904--27849962	29	2.0	29	100	0	118	27	10	10	52	1.67
27853622--27853873	126	2.0	126	96	0	459	33	25	11	30	1.90
27855868--27855992	47	2.6	48	78	2	137	21	16	31	31	1.95
27856543--27856644	22	4.3	25	76	6	90	19	24	17	38	1.93
27856543--27856654	47	2.4	48	78	15	117	20	23	17	38	1.93
27857585--27857641	28	2.0	28	86	6	80	31	0	3	64	1.10
27861163--27861208	23	2.0	24	83	12	60	32	0	2	65	1.05
27865542--27865577	16	2.1	18	90	10	58	44	0	0	55	0.99
27872400--27872453	10	5.3	10	86	2	63	46	0	0	53	1.00
27875229--27875373	47	3.1	47	73	16	149	43	2	3	50	1.33
27875214--27875429	91	2.4	91	90	0	333	46	2	3	47	1.33
27875359--27875396	16	2.4	16	82	4	51	52	0	0	47	1.00
27875297--27875496	101	2.0	97	79	14	210	48	2	3	46	1.31
27875287--27875439	47	3.3	45	69	15	125	47	1	3	47	1.32
27875436--27875846	120	3.4	120	97	1	763	44	2	4	47	1.39
27875508--27875815	59	5.1	60	67	16	224	43	3	6	47	1.44
27875797--27875832	18	2.0	18	88	0	54	50	2	0	47	1.15
27875979--27876083	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27875977--27876085	45	2.6	44	81	8	129	31	29	5	33	1.80
27876065--27876113	16	3.1	16	93	0	80	24	36	4	34	1.75
27876071--27876117	16	2.9	16	96	0	85	23	38	4	34	1.74
27876288--27876336	21	2.3	21	79	6	55	46	6	6	40	1.53
27876370--27876409	20	2.0	21	85	5	55	37	20	12	30	1.89
27878361--27878402	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
27879932--27879981	22	2.3	20	83	10	64	74	0	26	0	0.83
27879938--27879984	17	2.6	18	81	18	62	72	0	27	0	0.85
27880784--27880816	18	1.9	18	88	11	52	27	0	18	54	1.44
27881806--27881864	21	2.9	22	77	22	67	61	5	0	33	1.18
27881843--27881912	9	8.0	8	77	16	50	64	2	1	31	1.17
27881820--27881904	35	2.3	37	78	8	102	61	3	1	34	1.21
27885700--27885736	16	2.4	15	86	8	56	29	0	5	64	1.15
27886023--27886056	5	6.8	5	100	0	68	79	0	0	20	0.73
27889990--27890025	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
27894711--27894746	18	1.9	18	88	5	54	50	5	2	41	1.40
27894720--27894767	24	2.0	23	84	4	60	45	2	2	50	1.25
27896026--27896056	12	2.7	11	95	5	53	64	0	0	35	0.94
27897600--27898302	127	5.5	127	93	0	1131	26	23	21	28	1.99
27897768--27898092	40	7.8	40	68	12	177	28	23	21	26	1.99
27897771--27898132	83	4.3	83	69	11	268	29	23	20	26	1.99
27899551--27899582	13	2.3	15	89	10	50	12	15	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27899551--27899589	7	5.7	7	90	9	55	12	15	0	71	1.14
27902022--27902056	14	2.3	16	90	9	56	45	14	22	17	1.84
27906035--27906065	12	2.7	11	95	5	53	64	0	0	35	0.94
27916568--27916658	45	2.0	45	100	0	182	48	10	17	23	1.79
27920401--27920450	26	2.0	26	88	4	75	68	4	2	26	1.18
27920401--27920469	26	2.7	24	82	13	68	68	4	2	24	1.22
27929457--27929499	22	2.0	22	86	9	61	51	11	11	25	1.72
27936141--27936183	19	2.2	20	80	19	56	48	0	0	51	1.00
27943633--27943883	126	2.0	126	92	0	421	41	11	16	30	1.83
27958114--27958145	16	2.1	16	94	5	57	53	6	3	37	1.42
27960161--27960655	143	3.5	142	82	6	606	28	22	20	28	1.98
27960978--27961033	24	2.3	24	93	0	94	25	26	14	33	1.94
27967672--27967718	22	2.1	22	96	0	85	6	23	14	55	1.63
27983451--27983496	20	2.3	19	82	14	56	43	2	0	54	1.12
27988766--27988828	30	2.1	31	96	3	119	25	14	3	57	1.52
27993398--27993430	17	1.9	17	100	0	66	33	0	0	66	0.92
27994776--27994837	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
27997535--27997574	21	2.0	20	85	5	53	50	2	10	37	1.50
27998007--27998040	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
28003665--28003689	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
28017172--28017227	20	2.8	20	86	8	78	30	1	1	66	1.12
28017736--28017778	11	3.8	11	81	6	50	34	4	0	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28020701--28020740	19	2.1	19	85	0	53	27	20	0	52	1.46
28020909--28020950	6	6.8	6	86	2	57	42	16	21	19	1.89
28020942--28021016	33	2.3	33	92	0	123	38	18	18	24	1.93
28020910--28021258	135	2.5	134	81	14	451	38	18	19	23	1.93
28021065--28021304	45	5.2	45	70	22	167	38	20	19	21	1.93
28021154--28021270	57	2.1	57	83	6	148	37	17	21	23	1.94
28020975--28021336	140	2.5	144	89	5	547	37	18	20	23	1.94
28025564--28025596	6	5.8	6	93	6	52	72	0	9	18	1.10
28025564--28025606	12	3.7	11	87	9	59	72	0	9	18	1.11
28039855--28039897	15	2.7	15	85	7	50	76	0	9	13	1.01
28044240--28044286	24	2.0	24	87	8	69	38	21	4	36	1.73
28047179--28047236	29	2.0	29	100	0	116	13	17	17	51	1.76
28054733--28054775	19	2.3	19	80	8	52	79	2	13	4	1.00
28069038--28069067	4	7.5	4	100	0	60	76	0	23	0	0.78
28072609--28072649	20	2.0	22	85	9	59	48	2	0	48	1.14
28074626--28074677	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
28082343--28082381	18	2.2	18	95	0	69	53	2	43	0	1.14
28082404--28082443	2	20.5	2	89	5	64	0	50	0	50	1.00
28083135--28083165	15	2.1	15	93	0	53	16	12	16	54	1.71
28083305--28083375	31	2.3	31	80	7	81	64	0	1	33	1.02
28083828--28083873	18	2.5	20	75	13	53	41	0	4	54	1.20
28084566--28084596	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28084963--28085015	19	2.8	18	82	8	61	66	1	5	26	1.25
28084963--28085017	20	2.8	19	78	10	58	65	1	5	27	1.25
28085069--28085098	15	2.0	15	93	0	51	43	0	6	50	1.28
28085238--28085287	21	2.3	22	83	13	68	22	6	4	68	1.29
28087028--28087066	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
28093862--28093895	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
28100727--28100766	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
28103923--28104009	43	2.0	43	91	4	140	25	31	9	34	1.87
28105248--28105484	68	3.5	68	87	1	341	36	21	10	31	1.88
28111583--28111624	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208