genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19523927--19524110	93	2.0	93	95	0	332	40	4	6	48	1.51
19524005--19524078	33	2.2	34	87	4	105	39	2	8	50	1.46
19524009--19524077	16	4.2	16	68	17	52	39	2	8	49	1.49
19525375--19525463	27	3.1	27	85	14	133	30	11	7	50	1.66
19525969--19526012	22	2.0	21	83	12	54	47	0	0	52	1.00
19541274--19541314	20	2.1	19	86	4	55	34	0	2	63	1.08
19541284--19541355	24	3.3	21	73	19	60	33	0	8	58	1.28
19542433--19542497	34	1.9	34	93	0	112	30	33	18	16	1.94
19546943--19546977	7	5.0	7	100	0	70	14	28	28	28	1.95
19547314--19547385	31	2.4	30	83	4	90	34	12	12	40	1.81
19547333--19547393	31	2.0	31	86	0	86	37	13	9	39	1.77
19553545--19553570	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19554047--19554234	90	2.1	90	98	0	367	36	14	10	37	1.81
19554371--19554475	3	36.3	3	85	9	139	68	0	31	0	0.90
19565483--19565550	31	2.2	31	89	0	100	36	7	16	39	1.76
19575910--19575955	14	3.3	14	77	20	51	41	0	0	58	0.98
19583630--19583789	79	2.0	79	98	0	311	48	11	15	25	1.78
19594753--19594808	21	2.7	21	88	0	85	25	10	35	28	1.89
19598029--19598058	7	4.3	7	100	0	60	0	26	0	73	0.84
19604270--19604328	26	2.4	23	75	20	57	47	5	0	47	1.24
19604362--19604403	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
19604415--19604451	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19604480--19604536	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
19604986--19605023	14	2.7	14	91	0	58	39	15	2	42	1.61
19606056--19606542	243	2.0	243	99	0	956	39	19	22	19	1.92
19614188--19614232	19	2.4	19	81	7	56	46	4	0	48	1.22
19614338--19614362	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
19625524--19625772	50	4.8	50	84	6	277	20	28	24	26	1.99
19625523--19625772	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
19625867--19625898	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
19626110--19626167	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
19628527--19628585	23	2.6	22	81	7	57	61	5	3	30	1.34
19632445--19632489	24	1.9	23	95	4	81	42	15	6	35	1.73
19633592--19633633	21	2.0	21	85	0	57	42	19	0	38	1.51
19633604--19633633	10	2.8	11	90	10	53	40	23	0	36	1.55
19636268--19636299	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
19639760--19639804	23	2.0	22	82	8	54	33	11	4	51	1.58
19642303--19642503	106	1.9	106	96	0	375	30	19	20	29	1.97
19645394--19645443	24	2.1	24	96	0	91	64	14	6	16	1.48
19654487--19654754	104	2.6	104	90	3	430	19	20	30	30	1.97
19657037--19657086	21	2.5	20	77	9	57	46	6	14	34	1.69
19660092--19660172	6	13.2	6	71	17	60	3	19	2	74	1.09
19660076--19660166	25	3.5	25	78	15	87	4	21	2	71	1.15
19660181--19660256	28	2.7	29	85	8	111	47	5	0	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19662763--19662804	13	2.9	14	80	13	50	52	0	2	45	1.13
19662768--19662797	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
19665830--19665860	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
19683819--19684001	46	4.0	46	94	0	321	28	28	8	34	1.87
19685232--19685279	17	2.9	17	87	3	71	50	20	2	27	1.60
19687356--19687450	30	3.1	30	73	8	84	50	10	7	31	1.64
19687536--19687568	15	2.2	15	94	0	57	54	27	3	15	1.55
19699271--19699322	27	1.9	27	96	0	95	21	5	23	50	1.70
19702231--19702363	43	3.1	41	77	12	124	27	15	17	40	1.89
19702246--19702383	43	3.2	43	77	11	106	26	16	18	38	1.92
19703674--19703797	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
19703674--19703908	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
19703759--19703935	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
19719019--19719051	16	2.1	16	94	0	57	30	9	21	39	1.84
19721221--19721314	30	3.1	30	89	1	134	26	22	6	44	1.76
19721258--19721308	15	3.4	15	71	10	50	25	19	7	47	1.76
19723971--19724003	17	2.0	17	88	5	50	36	15	9	39	1.79
19725864--19725957	30	3.1	30	89	1	143	26	24	7	41	1.81
19726729--19726805	33	2.4	32	81	10	86	27	5	5	62	1.38
19726768--19726819	25	2.1	25	82	7	61	34	7	3	53	1.48
19726888--19726938	14	3.6	14	76	12	50	35	0	1	62	1.06
19726866--19726939	29	2.6	28	75	14	71	37	0	2	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19726866--19726941	28	2.7	27	74	9	80	39	0	2	57	1.12
19727306--19727379	27	2.6	29	78	6	89	70	5	2	21	1.20
19727307--19727371	19	3.5	19	75	14	55	72	4	3	20	1.16
19727363--19727420	25	2.3	26	78	3	64	68	5	3	22	1.24
19727393--19727497	8	11.9	8	75	20	70	61	1	1	34	1.18
19727390--19727501	45	2.5	44	79	12	122	63	1	1	33	1.15
19727450--19727493	18	2.4	18	76	0	52	61	2	0	36	1.09
19727497--19727546	21	2.4	22	80	12	61	52	10	2	36	1.47
19727497--19727567	19	3.5	20	75	21	60	56	7	1	35	1.35
19727546--19727601	29	1.9	29	85	7	78	58	1	5	33	1.31
19728058--19728097	19	2.2	18	90	4	62	27	2	2	67	1.16
19728078--19728154	28	2.8	26	74	14	66	33	3	3	58	1.35
19728021--19728294	9	29.8	9	66	19	86	32	2	3	61	1.26
19730284--19730330	23	2.0	23	84	8	60	53	0	4	42	1.20
19736477--19736542	32	2.1	32	100	0	132	43	18	19	18	1.88
19741731--19741773	15	2.8	15	80	16	52	67	0	0	32	0.91
19742608--19742644	19	1.9	19	94	0	65	18	10	0	70	1.16
19747175--19747204	13	2.3	13	94	0	51	23	6	10	60	1.52
19748082--19748331	82	3.1	81	63	24	186	45	3	4	46	1.39
19748085--19748394	157	2.0	157	94	0	539	47	4	3	44	1.41
19748524--19748591	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
19748959--19749028	32	2.2	32	85	12	99	64	2	5	27	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19749994--19750174	95	1.9	95	83	6	233	35	18	11	34	1.87
19752254--19752284	4	7.8	4	100	0	62	22	0	25	51	1.48
19753852--19753918	9	7.4	9	78	6	64	41	17	8	31	1.81
19753852--19753923	18	3.9	18	77	1	72	41	18	9	30	1.82
19753852--19753918	27	2.5	27	82	0	89	41	17	8	31	1.81
19754026--19754066	18	2.3	18	86	0	55	19	0	39	41	1.52
19755260--19755294	8	4.4	8	100	0	70	11	11	62	14	1.54
19758694--19758727	17	2.0	17	100	0	68	52	0	5	41	1.25
19784241--19784288	23	2.2	23	88	7	73	75	4	8	12	1.18
19784763--19784808	8	5.5	8	80	10	56	50	0	0	50	1.00
19784773--19784824	28	1.9	28	88	7	81	46	0	0	53	1.00
19784756--19784831	26	2.8	27	80	9	84	48	0	1	50	1.09
19784773--19784824	27	2.0	25	85	11	68	46	0	0	53	1.00
19787341--19787404	29	2.2	29	97	2	119	50	20	6	23	1.71
19794990--19795033	22	2.0	22	90	0	70	13	22	18	45	1.84
19796293--19796327	13	2.8	12	86	4	52	31	20	2	45	1.65
19799354--19799393	17	2.4	17	82	0	53	52	0	5	42	1.23
19810398--19810443	19	2.5	18	83	13	58	23	4	2	69	1.17
19813029--19813067	20	2.0	20	85	10	53	38	0	23	38	1.55
19815611--19815738	29	4.3	30	73	16	88	36	2	3	57	1.27
19820487--19820515	15	1.9	15	100	0	58	48	17	13	20	1.81
19826403--19826593	36	5.0	36	83	12	229	37	14	19	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19826367--19826593	82	2.9	82	88	6	321	37	13	20	28	1.90
19832453--19832486	14	2.4	14	90	5	50	32	17	20	29	1.96
19833842--19834032	36	5.0	36	83	12	229	37	14	19	28	1.91
19833806--19833996	82	2.3	82	93	0	319	37	13	20	28	1.91
19854392--19854438	3	15.3	3	86	4	58	25	65	0	8	1.20
19861394--19861425	16	2.0	16	100	0	64	56	25	18	0	1.42
19862348--19862559	105	2.0	105	99	0	415	32	29	17	20	1.96
19865243--19865267	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
19865340--19865465	63	2.0	63	96	0	234	34	11	12	40	1.80
19869656--19869764	54	2.0	54	90	0	173	23	21	20	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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