genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25173651--25173689	19	2.0	21	90	10	64	35	0	2	61	1.10
25174352--25174418	24	2.8	23	84	4	71	40	1	0	58	1.07
25174364--25174418	23	2.3	24	93	3	94	40	1	0	58	1.09
25174510--25174536	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
25177039--25177081	12	3.5	12	80	3	50	58	0	0	41	0.98
25177028--25177087	15	3.8	15	78	10	57	56	3	1	38	1.26
25177192--25177236	23	2.0	23	81	0	54	26	20	2	51	1.59
25177485--25177536	27	1.9	27	96	0	95	15	23	5	55	1.61
25178029--25178084	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
25181073--25181122	6	8.2	6	91	4	82	38	0	62	0	0.96
25181073--25181130	18	3.2	17	76	13	55	39	0	60	0	0.97
25186904--25186976	32	2.3	32	97	0	137	50	15	12	21	1.76
25197972--25198022	18	2.7	18	84	6	57	41	17	17	23	1.90
25198211--25198237	13	2.1	13	100	0	54	44	33	14	7	1.73
25198240--25198298	7	8.3	7	81	3	73	16	16	13	52	1.75
25198545--25198650	37	2.9	37	88	0	158	32	3	13	50	1.59
25198650--25198742	9	10.4	9	88	2	143	32	8	23	35	1.85
25208261--25208290	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
25213449--25213486	18	2.1	18	85	9	51	63	0	7	28	1.23
25213684--25213728	18	2.5	18	96	0	81	51	20	4	24	1.66
25213935--25214036	29	3.7	28	67	10	75	36	7	8	47	1.64
25214170--25214255	31	2.8	30	75	1	82	44	12	6	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25221497--25221998	254	2.0	254	98	0	977	34	20	15	30	1.93
25226345--25226588	33	7.3	33	68	10	118	27	24	17	31	1.97
25226262--25226595	101	3.3	101	92	1	539	27	24	16	30	1.96
25228962--25229050	43	2.1	43	85	4	117	29	7	13	49	1.70
25229583--25229636	20	2.7	20	83	13	67	55	5	1	37	1.34
25233957--25233987	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
25237310--25237408	42	2.4	42	91	0	153	26	25	10	38	1.87
25240223--25240288	24	2.9	24	71	22	61	37	6	6	50	1.52
25240833--25240977	71	2.0	71	95	0	263	43	13	18	24	1.86
25251730--25251777	25	2.0	23	84	8	60	35	0	6	58	1.23
25259081--25259121	11	3.2	13	76	16	50	29	0	2	68	1.03
25262895--25262941	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
25267809--25267851	23	1.9	22	86	13	61	53	2	4	39	1.34
25268198--25268230	17	1.9	17	100	0	66	42	12	0	45	1.41
25269399--25269518	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
25270379--25270636	80	3.3	79	80	7	256	25	20	27	25	1.99
25270379--25270603	40	5.7	40	83	5	269	24	21	27	26	1.99
25270386--25270636	119	2.1	119	80	7	269	26	20	26	26	1.99
25278001--25278225	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
25281384--25281414	4	7.8	4	92	0	53	48	22	3	25	1.66
25291076--25291167	36	2.5	36	80	1	103	61	5	5	27	1.40
25298453--25298501	23	2.1	23	100	0	98	28	18	8	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25299964--25300016	26	2.0	26	100	0	106	54	11	18	15	1.70
25302120--25302241	61	2.0	61	98	0	235	54	21	13	10	1.68
25306993--25307341	126	2.8	125	86	3	492	29	16	21	32	1.95
25310377--25310614	116	2.1	116	93	0	404	41	9	10	38	1.72
25310611--25311172	23	22.0	23	71	22	321	29	0	23	46	1.57
25310616--25311143	52	10.1	50	74	18	404	29	0	23	46	1.57
25310666--25310711	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
25310611--25311036	132	3.3	132	85	9	539	29	0	23	46	1.57
25310933--25311096	59	2.7	60	86	10	228	28	0	25	45	1.58
25310945--25311097	29	4.9	34	80	15	172	26	0	28	44	1.59
25310945--25311123	94	2.0	87	88	7	259	27	0	26	45	1.58
25311178--25311266	45	2.0	45	86	4	126	50	11	1	37	1.46
25311322--25312019	355	2.0	355	91	0	1135	19	24	28	27	1.99
25312043--25312077	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
25312713--25312758	7	6.6	7	100	0	92	58	13	0	28	1.35
25313683--25313734	22	2.4	21	81	12	61	44	0	34	21	1.52
25313699--25313733	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
25315900--25315934	17	2.1	17	89	5	54	25	0	2	71	1.00
25327433--25327457	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25331929--25331978	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
25336567--25336616	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
25350660--25350703	22	2.0	22	100	0	88	18	9	18	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25351704--25351760	17	3.1	18	75	12	53	64	0	5	29	1.15
25356725--25356783	29	2.0	31	83	6	77	40	0	37	22	1.54
25360040--25360107	27	2.5	27	78	0	73	25	26	33	14	1.94
25360182--25360557	157	2.4	157	88	4	526	56	8	6	28	1.53
25360845--25360894	16	3.2	15	75	8	55	24	8	2	66	1.29
25363933--25364251	158	2.0	158	89	0	485	36	16	11	34	1.85
25366154--25366180	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
25367260--25367378	58	2.1	58	95	0	211	31	17	21	29	1.96
25367966--25368005	20	2.1	19	85	4	53	40	10	5	45	1.60
25370015--25370066	24	2.2	24	85	0	68	55	7	1	34	1.39
25382075--25382127	12	4.6	12	75	17	58	73	1	15	9	1.17
25382083--25382149	22	3.0	21	82	6	71	73	1	19	5	1.12
25382507--25382583	39	2.0	39	97	2	147	41	7	15	35	1.76
25383475--25383536	29	2.2	29	91	2	99	37	1	22	38	1.64
25385888--25386013	22	5.3	24	86	2	143	17	22	19	41	1.90
25390281--25390317	18	2.1	18	90	10	58	0	32	5	62	1.18
25397455--25397511	29	2.0	29	85	0	78	22	17	29	29	1.97
25398254--25398370	25	4.7	25	73	17	91	31	20	26	21	1.98
25398246--25398370	50	2.5	50	79	6	130	32	20	26	21	1.98
25398290--25398421	49	2.7	50	78	7	133	34	19	26	19	1.96
25398275--25398423	74	2.0	75	81	3	176	34	20	26	18	1.96
25398326--25398445	25	4.8	25	70	10	66	36	17	25	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25401798--25401831	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
25404629--25404669	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
25406575--25406608	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
25409200--25409293	48	2.0	48	85	4	127	39	25	13	21	1.90
25414654--25414693	14	2.9	14	88	0	62	32	5	17	45	1.70
25414677--25414716	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25414662--25414728	34	1.9	35	93	3	118	31	7	13	47	1.70
25414656--25414732	14	5.0	15	72	20	61	32	7	15	44	1.75
25414821--25414867	18	2.5	19	75	10	51	42	2	0	55	1.12
25416761--25416806	24	1.9	24	95	0	83	36	2	8	52	1.45
25439899--25439939	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
25444093--25444119	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
25446595--25446654	29	2.1	29	84	12	79	23	6	6	63	1.43
25450669--25450697	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
25455066--25455114	23	2.1	23	96	0	89	42	20	8	28	1.80
25463182--25463220	13	3.0	12	88	7	51	76	20	0	2	0.90
25464359--25464390	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
25478612--25478661	24	2.1	24	81	7	57	34	2	2	62	1.18
25478654--25478720	22	3.1	21	76	18	66	61	2	1	34	1.20
25482443--25482487	22	2.0	23	86	4	65	37	0	0	62	0.96
25482440--25482494	20	2.7	21	77	8	60	34	0	0	65	0.93
25489694--25489767	18	4.2	18	74	8	71	33	2	2	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25489704--25489772	35	2.0	34	83	13	88	30	1	2	65	1.16
25492280--25492342	25	2.5	26	85	12	71	47	14	1	36	1.54
25492297--25492350	25	2.2	25	93	0	90	44	12	1	40	1.54
25492838--25492892	21	2.6	21	80	11	60	63	5	3	27	1.33
25493012--25493042	15	2.1	15	94	5	55	51	6	0	41	1.27
25495830--25495880	23	2.2	23	100	0	102	52	5	7	33	1.54
25506462--25506509	15	3.1	15	79	5	51	70	2	4	22	1.15
25506462--25506503	16	2.7	16	81	3	50	69	2	2	26	1.13
25508488--25508682	97	2.0	97	96	0	363	41	4	2	52	1.34
25508606--25508669	28	2.3	28	77	20	71	43	4	0	51	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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