genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13037496--13037557	29	2.1	29	85	11	83	38	0	1	59	1.07
13037648--13037681	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
13046936--13047117	28	6.2	29	86	9	237	45	25	0	29	1.54
13052434--13052660	42	5.5	42	84	4	239	29	18	22	28	1.98
13054470--13054527	29	2.0	29	93	0	98	48	13	27	10	1.75
13059379--13059549	42	4.1	42	83	2	202	30	18	20	30	1.97
13075990--13076028	11	3.5	11	78	0	51	56	0	0	43	0.99
13075992--13076041	22	2.3	22	100	0	100	60	0	0	40	0.97
13078153--13078192	9	4.4	9	96	0	71	25	10	27	37	1.88
13078353--13078377	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
13078598--13078640	21	2.0	21	100	0	86	41	4	18	34	1.71
13086364--13086390	14	1.9	14	100	0	54	44	22	3	29	1.70
13088977--13089113	41	3.4	41	78	10	156	32	26	16	24	1.96
13088998--13089112	40	2.8	40	85	1	149	32	26	17	23	1.97
13090609--13090666	30	1.9	31	89	3	91	43	10	15	31	1.80
13093164--13093207	21	2.1	21	86	0	61	36	22	0	40	1.54
13096675--13096707	16	2.1	16	88	11	50	9	24	3	63	1.38
13096728--13096762	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
13096719--13096762	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
13100316--13100368	24	2.2	24	89	0	79	20	24	18	35	1.95
13101057--13101085	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
13102230--13102380	42	3.5	42	78	7	110	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13102279--13102380	42	2.4	42	84	9	120	25	21	24	28	1.99
13104612--13104678	29	2.3	29	84	2	80	47	20	4	26	1.69
13105289--13105335	13	3.5	13	88	5	58	21	2	4	72	1.12
13105564--13105611	18	2.6	18	80	6	51	41	4	0	54	1.20
13105575--13105610	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
13105528--13105671	71	2.0	71	87	0	207	40	4	4	50	1.41
13105745--13105816	20	3.6	20	70	7	65	54	2	6	36	1.42
13105743--13105818	40	1.9	40	94	0	134	53	2	6	36	1.41
13106361--13106395	10	3.6	10	92	7	63	17	0	0	82	0.66
13106361--13106394	9	3.7	9	96	4	59	17	0	0	82	0.67
13106688--13106758	16	4.2	16	73	16	54	35	4	1	59	1.26
13106777--13106819	21	2.1	20	82	4	50	46	0	2	51	1.13
13107029--13107087	21	2.7	24	75	19	67	61	3	0	35	1.13
13107138--13107209	21	3.4	21	83	11	85	52	1	0	45	1.09
13107167--13107236	33	2.1	34	89	5	108	60	1	0	38	1.06
13107278--13107321	14	3.2	13	84	9	52	75	4	0	20	0.98
13107283--13107325	19	2.3	19	88	8	61	76	4	0	18	0.95
13107292--13107325	14	2.4	14	95	0	59	79	2	0	17	0.86
13107327--13107396	19	3.7	18	80	12	70	75	2	8	12	1.13
13121195--13121221	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
13121527--13121586	30	2.0	30	83	6	77	45	8	5	41	1.56
13145757--13145783	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13149157--13149220	23	2.9	23	88	4	96	37	26	21	14	1.92
13149546--13149585	16	2.5	16	84	11	55	25	22	0	52	1.47
13149795--13149842	16	2.9	16	87	3	60	0	18	10	70	1.15
13149816--13149861	16	2.8	16	83	12	58	2	13	6	78	1.04
13150509--13150547	21	1.9	20	94	5	69	69	5	0	25	1.09
13150922--13150979	17	3.4	17	75	13	57	41	0	1	56	1.09
13150928--13150981	25	2.3	23	79	17	65	42	0	1	55	1.10
13151159--13151235	31	2.5	30	85	6	100	44	7	15	32	1.75
13156409--13156554	33	4.4	33	66	13	93	32	16	21	28	1.95
13156339--13156577	101	2.4	101	89	2	365	32	15	23	28	1.95
13156854--13156896	21	2.0	21	90	0	68	53	6	16	23	1.67
13160085--13160353	36	6.6	44	75	21	241	36	12	21	29	1.91
13160085--13160274	82	2.3	81	95	0	335	36	12	21	29	1.90
13160203--13160310	35	3.0	35	93	2	180	37	12	20	30	1.89
13160126--13160353	117	2.0	115	92	3	386	36	12	21	29	1.90
13160256--13160355	43	2.3	43	81	10	116	37	11	23	29	1.89
13163414--13163537	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
13163414--13163648	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
13163499--13163675	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
13169185--13169231	18	2.6	17	80	9	58	53	2	0	44	1.12
13174066--13174222	83	1.9	82	82	10	194	43	3	2	49	1.34
13188801--13188924	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13188801--13189035	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
13188886--13189062	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
13202822--13202979	78	2.0	81	83	4	207	37	12	22	27	1.90
13203961--13203992	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
13220187--13220219	15	2.2	15	89	10	50	51	0	3	45	1.16
13225600--13225626	13	2.1	13	100	0	54	22	22	7	48	1.75
13227541--13227602	21	3.0	21	73	0	61	17	19	16	46	1.84
13227608--13227658	21	2.4	21	90	0	75	15	29	19	35	1.93
13231936--13231993	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
13232205--13232236	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
13232331--13232528	50	3.8	50	88	4	261	25	23	30	21	1.99
13232331--13232521	106	1.9	103	89	6	298	25	23	30	20	1.99
13236421--13236510	45	2.0	45	100	0	180	28	8	24	37	1.86
13239522--13239579	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
13239791--13239822	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
13239917--13240157	50	4.7	50	84	4	277	26	24	29	19	1.99
13239917--13240157	100	2.3	103	87	6	337	26	24	29	19	1.99
13240324--13240355	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
13240567--13240623	29	1.9	30	89	3	89	29	24	3	42	1.71
13242036--13242222	22	8.0	23	79	12	177	38	20	23	17	1.93
13242061--13242210	74	2.1	71	86	6	203	38	20	24	17	1.93
13242039--13242245	96	2.2	96	94	1	362	38	20	23	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13244864--13244956	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
13245312--13245356	18	2.5	18	85	0	63	55	4	0	40	1.20
13245316--13245356	12	3.4	12	86	0	55	53	4	0	41	1.22
13245868--13245907	19	2.2	19	90	4	64	15	12	0	72	1.12
13246044--13246099	22	2.6	23	80	11	73	55	1	0	42	1.10
13249519--13249549	11	2.8	11	95	0	53	41	16	0	41	1.48
13250710--13250763	21	2.4	23	77	22	62	40	0	1	57	1.09
13250713--13250763	22	2.3	23	80	12	63	39	0	1	58	1.09
13280509--13280537	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
13281454--13281494	20	2.0	22	90	9	68	56	4	36	2	1.34
13308234--13308273	21	2.0	20	85	5	53	52	15	12	20	1.74
13314745--13314837	45	2.1	45	89	4	143	45	11	1	41	1.48
13315695--13315734	18	2.2	18	90	0	62	40	22	7	30	1.81
13315742--13315804	17	3.5	17	69	12	54	49	11	3	36	1.54
13315733--13315810	37	2.1	36	92	2	129	46	12	5	35	1.65
13315936--13316052	39	3.0	38	91	3	189	17	3	28	50	1.62
13316033--13316066	13	2.6	13	95	0	59	17	0	41	41	1.50
13317295--13317357	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
13317481--13317514	11	3.0	12	87	12	54	67	0	0	32	0.91
13326470--13327376	453	2.0	453	100	0	1814	27	23	17	32	1.96
13328118--13328155	13	2.9	13	85	11	51	31	0	2	65	1.06
13329201--13329258	27	2.1	28	87	6	84	37	1	10	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13332170--13332327	46	3.5	45	92	2	257	26	24	15	33	1.95
13332307--13332344	14	2.6	15	87	4	51	18	28	13	39	1.88
13340595--13340670	25	3.3	23	76	21	54	46	2	1	50	1.24
13342303--13342426	46	2.8	46	90	3	191	28	22	16	33	1.95
13342303--13342537	37	5.8	45	87	8	198	27	21	15	36	1.93
13342388--13342564	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
13349504--13349662	46	3.7	45	83	12	203	27	22	16	34	1.95
13349589--13349765	37	4.8	37	94	0	291	26	21	12	38	1.90
13351001--13351049	17	3.0	17	82	5	57	4	10	2	83	0.85
13351176--13351405	118	1.9	118	86	1	327	29	28	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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