genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16865432--16865470	17	2.3	17	90	0	60	0	17	0	82	0.68
16865433--16865470	6	6.5	6	90	6	60	0	15	0	84	0.63
16877038--16877067	7	4.3	7	100	0	60	26	33	0	40	1.57
16879249--16879321	36	2.0	36	100	0	146	13	10	27	47	1.76
16880337--16880370	15	2.2	16	89	5	52	26	2	5	64	1.30
16882542--16882900	88	4.1	89	64	15	199	28	20	22	28	1.98
16882397--16882918	132	3.9	132	90	1	769	29	18	23	28	1.98
16882401--16882856	44	10.4	45	66	16	179	29	18	22	29	1.97
16884260--16884307	24	2.0	24	84	8	62	22	0	10	66	1.22
16884448--16884490	18	2.5	17	80	3	50	30	4	2	62	1.28
16897064--16897113	25	2.0	25	100	0	100	32	8	4	56	1.47
16897497--16897529	2	17.0	2	93	6	59	0	48	0	51	1.00
16910366--16910470	51	2.0	51	81	5	122	57	5	5	31	1.46
16910994--16911032	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
16916185--16916214	13	2.2	14	94	5	53	20	3	6	70	1.25
16917737--16917776	16	2.3	19	87	12	59	10	2	17	70	1.27
16920879--16920980	51	2.0	51	100	0	204	21	27	19	31	1.97
16936704--16936833	65	2.0	65	98	0	251	30	18	15	36	1.92
16939793--16939833	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
16954600--16954632	16	2.0	17	88	5	50	24	24	12	39	1.89
16958896--16959125	117	2.0	115	82	9	277	39	8	3	48	1.52
16963013--16963053	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16977836--16977868	16	2.0	17	88	5	50	24	24	12	39	1.89
16981490--16981519	15	2.0	15	93	0	51	30	0	6	63	1.20
16982136--16982365	117	2.0	115	82	9	277	39	8	3	48	1.52
16987566--16987604	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
16987830--16987882	23	2.3	23	90	0	79	24	20	24	30	1.99
16990567--16990627	25	2.4	26	83	8	81	29	21	26	22	1.99
16990583--16990638	25	2.2	25	87	0	76	33	16	28	21	1.95
16991960--16991999	21	1.9	21	89	0	62	5	47	12	35	1.63
16994301--16994346	15	3.1	15	83	0	65	52	10	21	15	1.73
16995877--16995940	27	2.4	27	81	0	74	28	20	35	15	1.93
16996899--16996958	14	4.3	14	74	14	61	60	23	0	16	1.36
16996898--16996983	21	4.0	21	71	15	61	54	29	0	16	1.42
16997233--16997274	14	2.9	15	75	10	52	45	28	0	26	1.54
16998027--16998181	41	3.8	41	85	0	193	18	23	19	38	1.93
16998052--16998206	82	1.9	82	81	6	188	17	23	18	40	1.91
17022323--17022349	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
17029617--17029665	21	2.3	21	86	13	66	8	14	12	65	1.47
17034628--17034698	14	5.2	14	77	6	74	33	25	11	29	1.91
17034665--17034698	7	5.0	7	85	7	52	29	26	14	29	1.95
17043821--17043881	28	2.2	28	100	0	122	39	16	3	40	1.65
17074174--17074217	22	1.9	24	86	9	65	40	0	2	56	1.11
17074175--17074222	15	3.2	16	78	21	59	39	0	2	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17074827--17074853	6	4.5	6	100	0	54	18	48	0	33	1.49
17077203--17077235	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
17078645--17078669	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
17083621--17084281	132	5.0	130	87	3	758	30	25	15	28	1.96
17083621--17084281	219	3.0	219	88	3	974	30	25	15	28	1.96
17106565--17106601	17	2.2	17	100	0	74	54	5	10	29	1.57
17121956--17122012	29	2.0	29	89	0	87	31	26	14	28	1.94
17129628--17129668	21	2.0	21	85	0	55	17	19	21	41	1.90
17129852--17129892	20	2.0	20	100	0	82	41	19	19	19	1.91
17136985--17137020	17	2.0	19	89	10	58	47	0	0	52	1.00
17139134--17139173	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
17139142--17139208	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
17139157--17139196	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
17140738--17140763	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
17156564--17156678	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
17156564--17156697	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
17163949--17164102	46	3.4	46	92	1	240	33	13	24	29	1.93
17163949--17164121	90	1.9	91	83	4	224	32	13	24	28	1.94
17165582--17165610	15	1.9	15	100	0	58	6	13	34	44	1.71
17179997--17180109	27	4.6	27	77	20	147	40	5	7	46	1.56
17184401--17184506	39	2.6	41	82	4	117	24	26	26	22	2.00
17186695--17186723	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17193984--17194326	126	2.7	127	89	2	526	25	20	20	32	1.97
17196494--17196528	15	2.4	14	86	9	52	68	2	14	14	1.32
17200585--17200657	31	2.4	30	77	11	76	46	9	4	39	1.56
17201272--17201325	18	3.2	18	71	15	60	40	18	7	33	1.78
17201263--17201325	33	1.9	33	93	0	108	36	17	7	38	1.79
17201262--17201316	17	3.3	17	68	14	51	34	14	5	45	1.68
17208008--17208107	43	2.3	43	89	3	148	33	25	19	23	1.97
17208031--17208153	43	2.8	45	87	7	166	31	26	18	22	1.97
17214639--17214678	18	2.2	19	86	4	55	10	0	7	82	0.84
17214638--17214678	19	2.2	19	86	8	57	9	0	7	82	0.83
17221006--17221042	14	2.6	15	83	12	51	40	2	10	45	1.53
17225066--17225156	18	5.1	18	89	0	137	26	23	17	32	1.96
17231404--17231464	18	3.4	18	73	10	54	42	1	4	50	1.33
17231373--17231545	80	2.2	80	82	5	206	41	4	2	51	1.35
17231485--17231554	18	3.9	18	81	9	81	47	1	0	51	1.09
17231485--17231554	19	3.8	19	83	5	83	47	1	0	51	1.09
17231576--17231644	20	3.3	21	78	8	79	57	0	1	40	1.07
17231583--17231658	22	3.4	23	75	10	70	52	1	2	43	1.23
17231649--17231687	19	2.0	19	85	5	51	33	5	0	61	1.18
17231751--17231789	17	2.3	17	86	0	51	48	5	2	43	1.38
17237849--17237888	21	2.0	20	85	14	55	2	62	2	32	1.22
17249964--17250162	52	3.9	52	83	5	239	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17253343--17253395	26	2.0	26	96	0	97	20	13	18	47	1.82
17253433--17253509	21	3.7	21	74	10	68	16	23	16	42	1.88
17256595--17256843	50	4.8	50	84	4	275	20	28	24	26	1.99
17256594--17256843	100	2.4	104	87	6	348	21	28	24	26	1.99
17256938--17256969	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17257182--17257238	30	1.9	30	88	0	87	29	24	3	42	1.71
17258758--17258964	51	4.2	51	83	9	268	31	15	23	29	1.95
17258749--17258962	95	2.3	94	92	0	356	31	15	22	29	1.95
17258749--17259006	95	2.7	94	83	7	240	33	15	22	28	1.94
17261097--17261286	25	7.9	24	71	12	122	34	19	27	18	1.96
17261151--17261286	24	5.7	26	73	14	91	33	19	27	18	1.96
17263577--17263619	22	2.0	21	86	4	59	44	0	4	51	1.22
17270519--17270597	18	4.4	18	79	9	81	17	0	74	7	1.04
17270515--17270603	30	3.0	30	80	6	117	16	0	73	10	1.10
17272434--17272480	15	2.8	17	78	15	53	63	0	0	36	0.94
17272439--17272482	16	2.8	16	83	10	54	63	0	0	36	0.95
17280432--17280546	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
17280432--17280565	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
17284688--17284961	25	11.1	26	72	12	197	36	19	25	18	1.95
17284750--17284831	24	3.4	23	71	24	62	36	23	21	18	1.95
17284686--17284898	73	2.9	73	76	8	209	36	20	25	18	1.95
17285872--17285902	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17288316--17288413	40	2.5	40	93	0	160	24	18	25	31	1.97
17303304--17303330	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
17309541--17309566	3	8.7	3	100	0	52	34	34	30	0	1.58
17315311--17315404	25	3.8	25	97	0	170	38	21	22	18	1.93
17316338--17316477	46	3.0	46	92	1	226	27	25	10	36	1.89
17319018--17319076	21	2.8	21	90	10	86	37	25	0	37	1.56
17323901--17323931	11	2.8	11	100	0	62	16	38	19	25	1.92
17326414--17326476	22	3.2	22	62	36	52	39	4	15	39	1.69
17326412--17326483	37	1.9	37	97	0	135	38	5	16	38	1.72
17328086--17328162	35	2.2	36	88	4	120	28	3	15	51	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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