genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26022558--26022667	41	2.7	41	89	0	175	24	29	18	28	1.98
26022658--26022763	41	2.6	41	100	0	212	32	25	20	21	1.98
26022558--26022763	82	2.5	82	80	4	193	28	27	18	25	1.98
26030313--26030422	41	2.7	41	88	0	166	24	29	18	28	1.98
26030413--26030518	41	2.6	41	100	0	212	32	25	20	21	1.98
26038646--26038670	11	2.3	11	100	0	50	36	8	0	56	1.29
26050893--26050947	26	2.1	26	100	0	110	52	21	0	25	1.47
26058635--26058678	19	2.3	19	92	4	70	36	0	2	61	1.09
26058635--26058671	19	1.9	19	100	0	74	37	0	0	62	0.96
26059529--26059577	25	2.0	25	83	0	62	59	6	6	28	1.46
26059841--26059869	15	1.9	15	100	0	58	62	0	6	31	1.22
26059892--26059937	23	2.0	23	82	0	56	60	15	0	23	1.34
26060144--26060200	21	2.7	21	94	0	105	36	12	10	40	1.77
26061494--26061996	251	2.0	252	93	0	864	29	11	19	39	1.87
26062866--26062900	6	5.8	6	100	0	70	17	0	34	48	1.47
26064866--26064928	2	32.0	2	96	3	119	0	50	0	49	1.00
26071515--26071561	18	2.6	17	83	9	58	63	0	6	29	1.19
26071520--26071576	15	3.7	15	77	20	55	61	1	8	28	1.36
26073103--26073199	44	2.2	44	83	0	113	26	24	19	28	1.99
26073432--26073624	43	4.4	43	64	14	108	28	24	17	29	1.97
26073677--26073992	44	7.2	44	64	8	167	29	24	18	28	1.98
26073696--26074042	44	7.9	45	65	15	118	28	25	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26073061--26074041	132	7.4	132	90	1	1459	28	24	18	28	1.98
26078364--26078389	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
26080329--26080375	18	2.6	17	83	9	58	63	0	6	29	1.19
26080334--26080390	15	3.7	15	77	20	55	61	1	8	28	1.36
26085072--26085128	25	2.3	26	84	6	73	56	19	0	24	1.42
26091502--26091540	16	2.4	16	86	0	60	33	17	5	43	1.72
26091720--26091750	16	1.9	16	93	0	53	41	0	25	32	1.56
26109066--26109111	24	1.9	24	86	0	65	58	0	2	39	1.10
26116959--26117062	42	2.5	43	74	4	113	24	30	19	25	1.98
26120028--26120121	30	3.1	30	89	1	134	28	22	6	42	1.78
26120038--26120114	15	5.1	15	72	12	68	29	18	7	44	1.78
26124688--26124781	30	3.1	30	89	1	134	28	22	6	42	1.78
26124698--26124774	15	5.1	15	72	12	68	29	18	7	44	1.78
26129471--26129522	24	2.1	24	82	3	59	13	11	0	75	1.06
26134776--26134807	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
26135016--26135040	7	3.6	7	100	0	50	48	0	12	40	1.40
26136227--26136271	21	2.1	21	95	0	81	68	0	20	11	1.19
26138234--26138265	14	2.4	13	90	10	55	25	0	0	75	0.81
26140113--26140158	24	1.9	24	86	0	65	30	28	28	13	1.94
26143217--26143284	33	2.1	33	97	0	127	25	25	19	30	1.98
26148108--26148163	24	2.3	24	81	0	58	35	25	25	14	1.93
26148096--26148285	26	7.7	26	67	12	71	34	19	26	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26155371--26155452	41	2.0	41	100	0	164	39	14	26	19	1.90
26156688--26156767	31	2.6	30	84	5	90	33	7	12	46	1.70
26156909--26156989	30	2.8	29	77	15	94	41	11	11	35	1.76
26158776--26158851	35	2.2	35	100	0	152	39	11	13	35	1.81
26168734--26168783	12	4.6	11	85	14	61	54	0	2	44	1.11
26168741--26168780	19	2.0	20	90	4	64	50	0	0	50	1.00
26169811--26169850	21	2.0	21	90	5	64	32	2	0	65	1.06
26169855--26169906	19	2.7	20	85	14	65	34	0	5	59	1.21
26173733--26173847	57	2.0	57	88	3	169	36	12	19	32	1.88
26175547--26175688	73	1.9	73	91	0	230	36	19	17	26	1.94
26176022--26176195	30	5.8	30	91	2	278	25	49	3	21	1.65
26176022--26176195	60	2.9	60	96	0	312	25	49	3	21	1.65
26176273--26176326	26	2.1	26	89	0	81	16	0	42	40	1.48
26176777--26176918	25	5.6	25	72	12	83	32	7	2	57	1.40
26177064--26177112	16	3.0	17	79	8	57	30	2	2	65	1.15
26185392--26185565	71	2.5	70	81	1	197	28	14	22	35	1.93
26185569--26185916	148	2.3	148	86	5	486	31	14	19	33	1.92
26185583--26185921	76	4.5	75	87	5	454	32	15	20	32	1.93
26185807--26186175	127	2.8	129	78	6	374	26	15	22	35	1.94
26186075--26186215	72	2.0	72	90	2	221	21	14	24	38	1.92
26186211--26186402	73	2.7	72	84	2	242	32	14	21	31	1.93
26186426--26186460	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26186279--26187165	162	5.6	159	83	6	1003	26	16	22	34	1.94
26186441--26186608	73	2.3	74	89	2	257	24	17	21	36	1.95
26186588--26186616	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
26186684--26186850	87	1.9	87	92	2	282	25	14	22	36	1.93
26186226--26187165	327	3.0	313	82	9	1130	27	16	22	34	1.95
26186767--26187167	73	5.2	73	76	15	362	27	15	21	35	1.94
26187150--26187184	17	2.1	17	89	10	54	11	17	5	65	1.43
26187325--26187648	77	4.3	76	89	4	424	24	18	20	36	1.95
26187343--26187856	152	3.3	154	82	9	590	27	17	21	33	1.96
26187630--26187657	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
26187495--26187807	165	1.9	167	91	2	513	26	18	22	33	1.96
26187644--26187856	72	2.8	77	80	11	276	30	15	20	33	1.94
26187644--26187876	80	3.0	78	79	11	282	30	15	20	34	1.93
26188002--26188284	73	3.9	72	84	7	331	25	16	24	32	1.96
26188275--26188309	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
26188289--26188495	77	2.8	74	86	6	299	29	15	20	34	1.94
26189183--26189296	30	3.8	30	89	4	176	25	50	3	21	1.65
26189183--26189296	60	1.9	60	92	3	194	25	50	3	21	1.65
26189374--26189425	28	1.9	27	92	7	88	15	0	38	46	1.46
26189888--26189952	16	3.9	17	76	17	66	35	3	0	61	1.12
26189888--26190028	25	6.3	23	70	19	75	33	7	2	56	1.41
26189967--26190025	25	2.5	24	84	10	77	35	8	5	50	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26189983--26190031	25	2.0	25	95	0	89	36	8	4	51	1.51
26190182--26190229	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
26190182--26190233	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
26191046--26191126	35	2.3	34	81	8	92	48	4	12	34	1.62
26191354--26191387	6	5.3	6	96	3	50	79	5	0	14	0.91
26192058--26192100	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
26192199--26192243	9	4.9	9	91	2	72	22	11	24	42	1.86
26192287--26192314	13	2.2	13	100	0	56	57	14	7	21	1.61
26192548--26192574	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
26193638--26193698	31	2.0	31	86	0	86	32	16	9	40	1.81
26193700--26193731	16	2.0	16	93	0	55	18	15	12	53	1.73
26196180--26196376	96	2.1	96	90	1	306	34	20	9	36	1.85
26196391--26196415	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
26201068--26201130	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
26209217--26209286	4	17.5	4	100	0	140	25	0	24	50	1.50
26214104--26214137	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
26214605--26214657	8	6.4	8	85	8	70	41	0	0	58	0.98
26215919--26216037	61	2.0	61	98	0	229	26	9	10	53	1.64
26222025--26222211	41	4.6	41	84	4	191	20	29	20	29	1.98
26222066--26222224	41	3.9	41	86	3	212	20	29	22	27	1.98
26234263--26234324	3	20.7	3	76	12	56	64	4	3	27	1.29
26236580--26236773	110	1.8	105	86	7	282	51	6	8	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26237022--26237072	21	2.5	22	75	12	54	47	25	5	21	1.73
26240626--26240664	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
26243269--26243301	15	2.3	15	89	5	50	39	0	12	48	1.40
26245996--26246366	144	2.6	144	97	0	697	29	23	18	28	1.98
26249479--26249506	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
26252413--26252493	41	2.0	41	100	0	162	19	28	4	46	1.70
26260852--26260971	60	2.0	60	90	0	186	30	19	25	25	1.98
26261704--26261741	16	2.4	16	95	0	67	36	2	34	26	1.71
26261723--26261815	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
26261723--26261828	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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