genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28620998--28621093	13	7.2	13	83	4	102	54	4	4	37	1.39
28620998--28621093	40	2.4	40	87	3	131	54	4	4	37	1.39
28620998--28621131	13	10.2	13	73	16	89	53	4	2	38	1.36
28621099--28621131	16	2.0	17	88	5	50	51	6	0	42	1.26
28621344--28621377	7	4.7	7	85	7	50	52	14	2	29	1.56
28624228--28624299	35	2.1	35	97	0	135	27	19	6	45	1.76
28625408--28625474	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
28626357--28626410	3	17.7	3	85	11	74	62	0	3	33	1.12
28626422--28626458	17	2.1	18	90	5	58	67	2	5	24	1.25
28627902--28629279	44	30.5	44	67	11	254	29	20	18	32	1.96
28627902--28629237	92	14.8	90	68	10	450	29	20	18	32	1.96
28627902--28629279	181	7.6	181	82	2	1498	29	20	18	32	1.96
28627954--28629205	364	3.5	363	86	2	1599	28	20	18	32	1.96
28628888--28629142	41	5.8	41	71	15	143	30	21	17	30	1.96
28628617--28629284	89	7.4	88	71	12	476	29	21	17	31	1.96
28633132--28633164	17	1.9	17	100	0	66	60	6	3	30	1.36
28642541--28642629	45	2.0	45	82	8	110	53	2	2	41	1.25
28644300--28644331	7	4.6	7	92	0	55	62	9	0	28	1.26
28645461--28645491	5	6.0	5	96	3	53	77	0	3	19	0.90
28664418--28664463	23	2.0	23	83	8	58	52	19	6	21	1.69
28671313--28671358	22	2.0	23	83	4	58	36	2	2	58	1.22
28672945--28673042	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28672952--28673040	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
28679276--28679373	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
28679283--28679371	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
28683694--28683737	21	2.0	23	86	8	65	65	0	13	20	1.26
28684873--28684897	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
28687910--28687961	27	1.9	27	84	0	68	30	15	34	19	1.93
28687942--28687992	24	2.1	24	85	0	66	29	11	35	23	1.90
28689475--28689533	2	29.5	2	100	0	118	50	0	49	0	1.00
28699239--28699286	25	1.9	25	86	0	69	33	18	27	20	1.96
28699325--28699462	73	1.9	73	82	11	176	34	20	28	17	1.95
28699239--28699462	98	2.3	98	80	7	233	35	20	26	17	1.95
28699325--28699461	48	2.8	49	77	10	136	34	20	27	17	1.95
28699253--28699462	25	8.6	25	75	10	148	34	20	26	17	1.95
28699418--28699611	105	1.8	105	83	0	253	31	21	26	20	1.97
28699892--28699937	21	2.2	21	88	7	67	43	15	0	41	1.46
28702828--28702881	23	2.3	24	78	15	60	70	7	9	12	1.33
28703007--28703077	26	2.6	27	89	8	101	40	9	1	47	1.45
28703143--28703209	27	2.5	27	92	0	107	29	29	25	14	1.95
28703251--28703388	4	34.0	4	74	17	92	70	0	28	1	0.96
28703251--28703334	18	4.6	17	79	15	71	69	0	29	1	0.97
28703253--28703355	22	4.7	23	73	15	78	69	0	29	0	0.94
28703282--28703423	43	3.4	44	79	15	192	70	0	28	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28703282--28703413	44	3.1	46	74	22	162	71	0	28	0	0.92
28703258--28703413	21	7.9	19	72	22	101	69	0	28	1	0.96
28703242--28703424	82	2.5	72	82	14	189	68	0	30	1	0.97
28703302--28703425	40	3.0	41	82	12	175	69	0	29	0	0.94
28704326--28704833	160	3.2	154	72	15	460	51	7	12	28	1.66
28704247--28704833	314	1.8	316	92	3	991	51	7	11	29	1.66
28708693--28708737	20	2.2	21	88	7	67	57	8	2	31	1.41
28708695--28708745	20	2.6	19	81	6	66	54	9	1	33	1.44
28709680--28709712	11	2.8	12	86	13	50	72	3	0	24	0.98
28714637--28714807	43	4.0	43	72	13	147	21	17	28	32	1.96
28717567--28717600	17	2.0	17	100	0	68	52	11	17	17	1.73
28718580--28718681	30	3.4	30	90	5	161	20	25	34	19	1.96
28722551--28722683	41	3.2	41	88	4	187	24	21	24	30	1.99
28729480--28729608	41	3.1	41	86	4	179	25	20	23	30	1.99
28733556--28733615	28	2.1	28	90	0	93	21	13	3	61	1.46
28736132--28736170	21	1.9	21	84	5	53	35	23	10	30	1.88
28736286--28736328	12	3.6	12	84	9	61	27	62	2	6	1.33
28741345--28741548	50	4.1	50	83	3	230	36	20	17	25	1.94
28741357--28741548	25	7.6	25	75	7	174	36	21	16	25	1.94
28741345--28741548	75	2.7	75	76	8	198	36	20	17	25	1.94
28754292--28754385	38	2.6	39	79	17	107	65	3	5	25	1.28
28754436--28754481	15	3.1	15	77	22	53	60	0	8	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28755019--28755058	18	2.2	18	90	4	62	37	0	0	62	0.95
28755146--28755182	10	3.8	10	83	16	51	27	0	0	72	0.84
28755146--28755182	19	1.9	19	89	10	58	27	0	0	72	0.84
28755943--28755972	15	2.0	15	100	0	60	20	6	26	46	1.75
28756018--28756059	20	2.2	20	91	4	68	38	0	11	50	1.40
28756897--28756935	13	2.9	13	80	3	51	61	15	7	15	1.55
28759216--28759273	9	6.1	10	76	11	59	37	0	0	62	0.96
28762203--28762242	20	2.0	20	90	4	64	40	0	12	47	1.41
28763045--28763126	11	7.9	11	70	20	61	59	0	2	37	1.11
28763049--28763176	37	3.3	38	90	5	195	63	0	3	32	1.16
28763737--28764021	43	6.7	42	83	4	306	27	31	18	21	1.97
28763737--28764021	86	3.3	85	86	6	371	27	31	18	21	1.97
28763712--28764021	129	2.4	128	85	2	390	26	31	19	22	1.98
28764340--28764418	21	3.8	21	81	0	95	6	43	16	34	1.73
28764340--28764431	21	4.4	21	80	0	94	7	42	16	33	1.76
28764422--28764568	66	2.2	66	86	4	199	15	25	17	40	1.89
28765596--28765843	43	5.8	43	85	3	277	30	31	16	22	1.95
28767054--28767078	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
28767707--28767746	15	2.9	13	86	13	62	50	2	0	47	1.14
28772107--28772216	41	2.7	41	97	0	202	30	29	21	19	1.97
28772269--28772377	40	2.8	40	75	9	98	22	20	22	35	1.96
28774888--28774919	11	3.1	11	91	8	50	59	9	6	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28774945--28774989	20	2.2	20	92	0	72	77	13	2	6	1.05
28776189--28776312	61	2.1	58	80	7	133	25	18	16	39	1.91
28784265--28784328	31	2.0	32	84	3	85	54	3	3	39	1.32
28786339--28786394	21	2.7	21	100	0	112	3	44	14	37	1.62
28786407--28786451	21	2.1	21	87	0	63	4	40	17	37	1.70
28786427--28786587	66	2.4	66	84	4	200	13	27	19	39	1.89
28792025--28792084	16	3.6	16	81	4	66	35	0	16	48	1.47
28792036--28792092	25	2.1	28	87	9	84	40	0	12	47	1.41
28792030--28792115	34	2.6	34	83	3	104	39	0	13	46	1.44
28792097--28792143	9	5.7	9	80	19	66	31	0	23	44	1.54
28792099--28792143	16	2.8	16	100	0	90	31	0	24	44	1.54
28792164--28792208	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28792123--28792643	31	17.5	31	79	12	501	39	2	11	46	1.52
28792131--28792436	56	5.2	56	92	4	364	39	2	10	46	1.53
28792220--28792265	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
28792329--28792439	22	5.2	22	70	19	74	38	2	9	48	1.51
28792432--28792476	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28792414--28792641	56	4.0	56	90	4	348	39	2	10	46	1.51
28792146--28792643	268	1.9	267	96	1	935	39	2	10	46	1.51
28792488--28792533	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
28792554--28792641	22	4.2	21	66	24	51	37	1	12	48	1.48
28792642--28792672	6	5.0	6	96	4	53	32	3	0	64	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28795482--28795551	35	2.0	36	85	2	97	37	0	8	54	1.31
28795722--28795793	38	1.9	37	86	13	103	36	41	1	20	1.61
28796138--28796169	4	8.0	4	92	0	55	21	0	3	75	0.95
28797596--28797956	41	8.8	41	80	4	280	34	24	24	16	1.95
28797697--28797956	123	2.1	123	83	2	317	35	25	23	15	1.95
28799190--28799231	20	2.0	21	90	4	68	40	26	4	28	1.76
28804315--28804445	37	3.6	36	87	4	183	37	16	22	24	1.93
28804319--28804466	37	4.1	36	82	7	174	37	17	20	24	1.93
28804322--28804455	72	1.9	72	88	3	207	37	17	22	23	1.94
28805133--28805178	22	2.1	23	84	8	60	23	8	0	67	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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