genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18184128--18184193	20	3.1	20	69	23	62	39	1	4	54	1.30
18184824--18184857	17	1.9	17	88	5	50	52	5	2	38	1.41
18202485--18202660	86	2.1	86	79	4	196	47	1	4	46	1.33
18207037--18207065	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18207381--18207566	46	4.0	46	95	0	327	31	27	7	33	1.85
18208791--18208838	17	2.9	17	84	3	62	50	18	2	29	1.59
18208917--18208996	42	1.9	42	92	0	133	28	26	17	27	1.98
18217336--18217386	21	2.5	20	84	12	59	35	3	15	45	1.65
18220604--18220651	16	3.0	16	93	0	87	43	2	6	47	1.40
18220697--18220880	93	2.0	93	95	0	332	38	5	7	48	1.55
18223690--18223736	18	2.7	18	80	9	53	23	0	4	72	1.02
18225768--18225884	40	3.0	39	77	8	121	29	24	18	26	1.98
18226019--18226076	17	3.6	16	72	23	50	51	12	0	36	1.39
18226878--18226919	21	2.0	21	85	0	57	38	4	2	54	1.34
18232267--18232329	32	2.0	32	84	3	83	50	4	4	39	1.44
18232393--18232497	54	1.9	54	88	0	156	21	29	20	27	1.98
18232887--18232912	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
18234765--18234936	88	2.0	88	94	0	299	33	28	8	29	1.86
18239822--18239901	40	2.0	41	92	2	135	62	10	26	1	1.34
18247957--18247991	16	2.1	17	89	5	54	40	22	0	37	1.55
18247995--18248033	2	20.0	2	85	15	55	48	2	0	48	1.15
18248770--18248801	16	1.9	17	93	6	57	3	18	3	75	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18250410--18250478	23	2.8	24	77	16	79	24	26	20	28	1.99
18251320--18251348	7	4.3	7	91	8	51	86	0	13	0	0.58
18251320--18251344	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
18264774--18264803	9	3.3	9	100	0	60	36	0	43	20	1.52
18270992--18271040	7	7.1	7	79	4	55	26	30	6	36	1.81
18270992--18271040	14	3.6	14	80	5	64	26	30	6	36	1.81
18270987--18271040	27	2.0	27	92	0	90	25	31	5	37	1.79
18270998--18271035	20	1.9	20	88	0	58	23	34	5	36	1.78
18274340--18274368	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
18275541--18275635	9	10.4	9	75	8	68	67	0	2	30	1.02
18280195--18280233	19	2.1	18	86	13	53	0	20	0	79	0.73
18280647--18280968	156	2.1	157	97	1	610	28	17	14	39	1.88
18282033--18282109	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
18282951--18282975	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
18286426--18286464	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
18307707--18307749	13	3.4	12	84	15	52	23	0	2	74	0.93
18323992--18324051	31	1.9	31	83	6	77	51	8	0	40	1.32
18333072--18333218	56	2.5	59	84	11	194	30	21	25	22	1.98
18333340--18333465	66	1.9	66	96	0	234	19	18	35	26	1.95
18336023--18336071	7	7.0	7	88	0	62	30	0	28	40	1.57
18336506--18336541	15	2.4	15	90	0	54	55	11	0	33	1.35
18336517--18336589	31	2.4	31	86	4	94	54	16	6	21	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18336545--18336599	16	3.5	16	72	5	58	54	16	7	21	1.66
18337561--18337612	22	2.3	21	84	15	61	57	0	0	42	0.98
18337588--18337631	19	2.3	20	84	11	65	61	0	0	38	0.96
18337568--18337626	23	2.7	22	74	7	59	62	0	0	37	0.95
18339383--18339437	28	2.0	28	96	0	101	47	9	7	36	1.63
18347045--18347081	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
18347461--18347515	9	5.8	9	75	24	51	43	5	3	47	1.44
18347454--18347518	31	2.1	31	97	0	121	43	4	6	46	1.49
18347842--18347884	11	3.8	12	80	20	56	30	30	0	39	1.57
18347942--18347966	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
18348748--18348773	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
18350760--18351136	125	3.0	124	91	1	585	33	22	14	29	1.94
18356966--18357038	28	2.9	24	77	15	92	12	24	4	58	1.51
18362408--18362435	6	4.7	6	100	0	56	28	35	0	35	1.58
18364534--18364583	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
18369173--18369222	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
18370431--18370498	33	2.1	33	97	0	127	29	5	17	47	1.71
18377658--18377700	22	2.0	21	86	8	61	62	2	0	34	1.08
18377658--18377714	19	2.8	20	81	7	62	59	1	0	38	1.08
18383783--18383820	16	2.3	17	86	4	51	39	0	2	57	1.12
18383764--18383880	61	1.9	61	86	5	166	36	5	4	53	1.43
18383845--18383880	17	2.2	17	90	5	56	38	2	2	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18383972--18384128	70	2.3	70	85	3	210	42	2	4	50	1.36
18384024--18384160	17	7.8	18	69	14	90	40	2	2	55	1.24
18384223--18384262	20	2.0	21	85	5	55	37	5	0	57	1.21
18393573--18393611	16	2.3	18	86	8	55	48	0	7	43	1.31
18393814--18393875	22	2.9	21	77	15	56	48	4	0	46	1.23
18393532--18394353	256	3.2	251	82	5	935	38	8	6	46	1.60
18394079--18394111	16	2.0	17	88	5	50	45	0	9	45	1.35
18397491--18397555	29	2.3	27	77	15	76	33	4	0	61	1.16
18398443--18398478	12	2.9	12	87	4	54	16	11	0	72	1.12
18400947--18401449	251	2.0	249	96	0	934	28	16	14	40	1.88
18406143--18406181	20	2.0	20	89	0	60	12	10	17	58	1.61
18408187--18408237	20	2.5	21	79	17	63	54	1	0	43	1.11
18408212--18408274	20	3.2	19	75	18	58	63	3	0	33	1.10
18412129--18412159	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18418155--18418213	26	2.3	25	85	2	82	20	25	18	35	1.95
18418191--18418238	23	2.1	23	84	0	60	20	27	20	31	1.98
18418155--18418331	72	2.4	72	71	14	164	19	24	20	35	1.96
18418345--18418409	25	2.6	25	95	0	112	30	32	10	26	1.90
18420523--18420667	9	15.7	9	70	19	77	34	2	4	59	1.28
18420560--18420606	8	5.8	8	88	11	69	34	0	2	63	1.06
18420549--18420615	26	2.5	25	77	20	73	32	0	4	62	1.15
18420704--18420773	29	2.4	30	82	2	88	34	0	2	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18421280--18421310	15	2.0	16	93	6	55	32	3	6	58	1.40
18433038--18433103	25	2.7	24	73	15	62	37	1	4	56	1.29
18437215--18437249	17	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
18440161--18440213	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
18459479--18459507	10	2.9	10	100	0	58	17	0	0	82	0.66
18461283--18461332	26	1.9	26	88	8	75	54	14	10	22	1.69
18466423--18466459	13	2.6	15	83	12	51	29	0	10	59	1.31
18466952--18467016	24	3.1	21	77	16	55	40	1	4	53	1.31
18467706--18467796	44	2.1	44	87	8	132	51	9	6	31	1.61
18469263--18469336	26	2.8	26	81	4	69	18	20	24	36	1.95
18469330--18469377	23	2.1	23	88	0	69	16	35	20	27	1.94
18470756--18470838	43	1.9	43	88	9	125	15	20	31	32	1.94
18471528--18471562	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
18471816--18472164	47	7.5	47	90	1	533	32	12	14	40	1.83
18472120--18472164	21	2.1	22	87	4	65	28	13	15	42	1.85
18477062--18477124	21	3.1	21	90	4	103	14	25	19	41	1.89
18478583--18478620	11	3.4	11	92	3	58	42	0	5	52	1.24
18478545--18478612	18	3.9	17	69	21	52	42	2	2	51	1.32
18478993--18479091	41	2.4	41	94	0	162	38	4	23	34	1.74
18499909--18499955	23	2.0	24	83	4	60	46	8	12	31	1.72
18503627--18503668	22	1.9	22	95	0	75	52	7	4	35	1.50
18511745--18511791	7	6.7	7	100	0	94	14	29	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18511760--18511950	58	3.3	57	94	2	328	27	25	13	33	1.93
18511818--18511849	7	4.6	7	96	0	55	18	31	9	40	1.83
18511818--18511854	14	2.6	14	86	0	56	21	29	10	37	1.88
18511876--18511906	7	4.4	7	95	0	53	19	32	9	38	1.84
18519176--18519213	18	2.1	18	90	5	58	21	23	0	55	1.44
18528630--18528727	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
18528637--18528725	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
18536002--18536099	23	4.3	23	88	2	144	32	25	20	21	1.97
18536009--18536097	45	2.0	45	90	0	142	32	25	21	20	1.97
18545863--18545888	7	3.7	7	100	0	52	26	42	0	30	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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