genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14355521--14355569	17	2.9	16	76	8	53	30	0	12	57	1.36
14357878--14358002	43	2.9	42	77	4	124	20	18	29	32	1.96
14358649--14358697	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
14358921--14359086	23	7.1	23	67	20	94	33	10	15	40	1.82
14358925--14359086	47	3.4	47	95	0	297	33	11	15	40	1.83
14358930--14359138	94	2.2	93	86	6	271	33	10	16	39	1.83
14359700--14359838	46	3.0	46	89	2	217	35	10	25	28	1.90
14372596--14372648	25	2.2	24	82	3	61	33	3	13	49	1.60
14378326--14378510	51	3.7	50	78	5	176	23	16	27	32	1.96
14378326--14378510	101	1.8	102	88	3	284	23	16	27	32	1.96
14378519--14378607	45	2.0	45	90	0	142	25	17	24	31	1.97
14380506--14380654	45	3.4	45	85	5	178	22	17	26	34	1.96
14384156--14384184	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
14400225--14400278	24	2.2	25	80	6	67	64	1	7	25	1.30
14401762--14401911	75	2.0	75	100	0	300	48	17	5	29	1.69
14406117--14406168	24	2.2	24	89	0	77	38	1	7	51	1.42
14407819--14407853	17	2.2	15	90	10	52	57	11	0	31	1.34
14408917--14408971	15	3.5	15	71	9	56	45	14	0	40	1.45
14408907--14408969	32	2.0	32	100	0	126	47	15	0	36	1.46
14409029--14409065	19	1.9	19	89	10	58	0	24	0	75	0.80
14409116--14409168	7	7.6	7	76	16	56	52	0	1	45	1.11
14412131--14412161	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14412215--14412251	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14412309--14412371	30	2.1	30	82	5	74	20	47	0	31	1.51
14416164--14416201	20	1.9	20	88	0	58	50	13	7	28	1.69
14436312--14436353	21	2.1	19	86	8	57	54	4	0	40	1.21
14442093--14442155	18	3.5	17	76	22	58	31	1	0	66	1.01
14442535--14442572	20	1.9	20	100	0	76	44	0	10	44	1.38
14442535--14442611	20	4.0	20	77	16	74	49	1	6	42	1.36
14445034--14445069	17	2.1	17	89	0	54	11	16	8	63	1.49
14451000--14451075	37	2.1	37	100	0	152	43	15	22	18	1.88
14467161--14467188	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
14490633--14490657	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
14501873--14501897	6	4.2	6	100	0	50	0	48	52	0	1.00
14502429--14502479	3	17.3	3	75	4	50	33	1	3	60	1.26
14502604--14502633	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
14514626--14515072	44	10.2	44	71	7	266	28	17	24	28	1.97
14514654--14514903	87	2.9	87	86	1	313	28	16	25	29	1.97
14514786--14515072	132	2.2	132	93	0	495	29	18	24	27	1.98
14514632--14515035	219	1.8	219	90	0	655	27	17	24	30	1.97
14516118--14516142	6	4.2	6	100	0	50	0	48	52	0	1.00
14516660--14516710	3	17.3	3	75	4	50	33	1	3	60	1.26
14537691--14537757	21	3.2	21	93	0	107	14	22	17	44	1.86
14537934--14537979	21	2.2	21	88	3	67	39	4	28	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14539570--14539636	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
14545121--14545247	50	2.5	51	80	3	150	20	26	24	28	1.99
14545649--14545719	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
14545677--14545719	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
14545817--14545844	4	7.0	4	100	0	56	75	0	25	0	0.81
14546330--14546386	30	1.9	30	88	0	87	42	3	22	31	1.71
14546719--14546833	44	2.6	44	87	2	158	34	13	23	27	1.93
14546719--14546852	46	3.0	45	83	4	162	34	14	24	26	1.94
14549243--14549270	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
14551156--14551226	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
14551184--14551226	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
14551324--14551351	4	7.0	4	100	0	56	75	0	25	0	0.81
14551837--14551893	30	1.9	30	88	0	87	42	3	22	31	1.71
14552226--14552340	44	2.6	44	87	2	158	34	13	23	27	1.93
14552226--14552359	46	3.0	45	83	4	162	34	14	24	26	1.94
14556502--14556597	50	1.9	50	85	4	131	41	2	12	43	1.54
14556827--14556874	23	2.1	23	96	0	87	62	14	8	14	1.53
14561411--14561457	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
14566524--14566639	25	4.7	25	74	14	87	21	28	18	31	1.97
14566556--14566672	25	4.7	25	74	10	71	23	25	20	30	1.98
14569509--14569564	25	2.2	25	83	0	67	17	26	19	35	1.94
14578192--14578218	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14580129--14580160	3	10.7	3	93	0	55	0	34	0	65	0.93
14580688--14580763	40	1.9	40	97	0	143	32	10	13	43	1.78
14585184--14585212	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
14587853--14587889	15	2.4	16	82	17	51	40	0	0	59	0.97
14589346--14589372	6	4.5	6	100	0	54	18	33	29	18	1.95
14605730--14605754	7	3.6	7	100	0	50	24	32	16	28	1.96
14607371--14607408	15	2.4	16	82	4	51	36	23	7	31	1.84
14608567--14608596	6	5.0	6	95	0	51	0	0	36	63	0.95
14624863--14624924	30	2.0	30	87	3	88	35	0	40	24	1.55
14626190--14626267	24	3.2	24	73	12	61	39	24	17	17	1.91
14631287--14631344	30	1.9	30	86	6	82	41	6	24	27	1.80
14631683--14631973	50	5.8	50	88	0	411	26	24	29	19	1.99
14633662--14633691	11	2.6	11	94	5	51	53	10	0	36	1.35
14642109--14642241	44	3.0	44	91	5	200	33	24	13	27	1.93
14654115--14654190	31	2.5	31	77	0	80	46	9	17	27	1.78
14659082--14659124	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
14660661--14660700	21	1.9	21	94	0	71	57	0	0	42	0.98
14660668--14660783	11	10.9	11	72	21	79	57	0	2	39	1.12
14660668--14660805	74	1.9	71	91	4	222	59	0	2	38	1.10
14665585--14665643	29	2.0	30	83	9	77	52	1	1	44	1.21
14676379--14676453	26	2.9	26	82	4	89	37	21	22	18	1.94
14684490--14684517	14	2.0	14	100	0	56	21	21	0	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14686499--14686525	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
14687265--14687313	22	2.2	22	89	7	73	30	16	22	30	1.96
14694520--14694565	23	2.0	23	82	0	56	23	4	13	58	1.52
14702862--14702891	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
14716839--14716866	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
14734086--14734191	51	2.1	51	82	7	126	26	23	2	47	1.66
14736294--14736761	125	3.8	125	90	1	735	29	23	17	30	1.97
14736205--14736761	249	2.3	241	92	3	909	28	23	17	30	1.97
14749511--14749555	19	2.4	19	76	0	54	71	2	0	26	0.98
14752969--14753138	21	8.2	21	69	3	94	15	24	17	42	1.88
14752968--14753090	42	2.9	42	82	0	156	17	25	15	42	1.88
14752968--14753126	63	2.5	63	76	6	160	16	24	16	42	1.88
14754847--14754956	21	5.3	21	82	2	125	47	16	20	15	1.83
14754847--14754956	42	2.7	42	90	2	170	47	16	20	15	1.83
14759977--14760089	12	9.4	12	68	18	56	7	7	50	34	1.59
14759977--14760049	24	3.0	24	82	7	69	8	8	49	34	1.62
14760013--14760071	24	2.5	24	85	0	73	8	5	50	35	1.55
14759977--14760139	60	2.7	60	80	6	181	9	7	50	32	1.63
14760075--14760172	24	4.1	24	72	7	65	12	11	46	29	1.76
14760207--14760232	6	4.3	6	100	0	52	15	0	65	19	1.27
14760211--14760248	12	3.2	12	88	7	51	10	0	65	23	1.23
14766430--14766471	17	2.4	18	80	8	50	40	2	2	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14767887--14767938	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
14768535--14768792	29	8.2	30	83	13	333	38	10	0	50	1.40
14768599--14768681	42	2.0	42	95	2	150	40	12	0	46	1.41
14768542--14768742	101	2.0	101	96	2	368	38	10	0	51	1.37
14768838--14768964	43	2.8	46	90	7	188	8	51	4	34	1.53
14775367--14775503	46	3.0	46	93	0	238	27	26	10	35	1.90
14776731--14776778	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
14780116--14780182	24	2.7	25	81	13	93	49	4	2	43	1.38
14780127--14780190	21	2.9	20	76	17	56	51	6	0	42	1.27
14783976--14784033	29	2.0	29	93	0	98	31	20	6	41	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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