genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  34  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13352320--13352370	5	10.0	5	76	19	52	78	0	0	21	0.75
13352321--13352370	11	4.8	11	81	18	63	80	0	0	20	0.72
13352322--13352364	16	2.4	19	88	11	65	79	0	0	20	0.74
13352328--13352364	19	1.9	19	89	10	58	78	0	0	21	0.75
13363429--13363552	46	2.8	46	90	3	191	28	22	16	33	1.95
13363429--13363663	37	5.8	45	87	8	198	27	21	15	36	1.93
13363514--13363690	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
13370643--13370801	46	3.7	45	83	12	203	27	22	16	34	1.95
13370728--13370904	37	4.8	37	94	0	291	26	21	12	38	1.90
13370891--13371066	88	2.0	88	100	0	352	23	18	10	47	1.79
13371955--13372014	28	2.1	28	90	6	95	31	0	0	68	0.90
13372490--13372558	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
13372490--13372558	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
13372539--13372629	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
13372794--13372828	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13372914--13372948	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13372777--13374239	120	12.2	120	98	0	2773	47	5	2	43	1.39
13373274--13373308	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13373394--13373428	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13377268--13377377	33	3.3	33	83	3	159	31	7	14	46	1.72
13377354--13377395	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
13378740--13378852	28	3.6	28	66	26	75	32	7	4	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13378742--13378841	32	3.0	32	72	18	105	32	8	4	56	1.47
13378839--13378867	15	1.9	15	100	0	58	20	10	6	62	1.50
13380574--13380609	11	3.0	13	88	11	51	75	0	5	19	1.00
13380588--13380612	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
13380575--13380613	19	2.0	20	90	5	62	76	0	7	15	0.99
13380937--13381002	30	2.2	28	77	15	69	30	10	7	51	1.64
13393029--13393133	44	2.3	47	71	12	121	49	1	10	38	1.48
13393221--13393262	10	4.1	10	80	17	50	64	0	2	33	1.07
13393188--13393297	23	4.8	23	69	14	75	60	1	2	35	1.22
13393224--13393297	25	3.2	24	75	15	68	63	1	1	33	1.11
13395583--13395620	7	5.4	7	96	0	67	42	10	28	18	1.83
13395539--13395672	65	2.1	65	91	0	214	33	13	26	26	1.93
13395597--13395717	50	2.4	51	87	4	174	33	14	24	26	1.94
13398434--13398589	25	6.2	25	81	3	161	32	18	27	21	1.97
13398434--13398597	75	2.2	75	84	4	206	32	18	28	20	1.96
13400538--13400576	20	2.0	20	85	9	55	38	5	0	56	1.22
13407657--13407681	5	5.0	5	100	0	50	20	60	0	20	1.37
13436770--13436838	16	4.2	16	90	3	111	26	1	36	36	1.66
13436770--13436838	33	2.1	32	91	2	111	26	1	36	36	1.66
13436819--13436909	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
13437056--13438360	120	10.9	120	99	0	2546	47	6	1	43	1.40
13437056--13438360	239	5.4	240	98	0	2546	47	6	1	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13437056--13438360	359	3.6	360	98	0	2546	47	6	1	43	1.40
13440186--13440213	12	2.3	12	100	0	56	35	7	0	57	1.26
13440186--13440257	10	6.9	11	72	24	59	41	2	0	55	1.14
13440138--13440245	40	2.7	41	91	5	175	35	3	0	61	1.14
13440404--13440565	46	3.6	46	91	4	251	31	15	22	30	1.95
13441758--13441823	29	2.3	29	81	2	71	40	0	3	56	1.15
13442118--13442386	40	6.8	40	82	6	296	42	15	4	36	1.69
13442138--13442386	20	12.4	20	76	11	208	42	16	5	36	1.70
13442118--13442389	80	3.4	80	83	5	336	42	15	4	37	1.69
13442503--13442587	20	4.3	19	71	14	64	34	12	8	44	1.73
13442488--13442569	40	2.0	40	90	0	128	40	15	4	39	1.69
13442678--13442750	21	3.5	21	90	1	112	43	15	0	41	1.46
13449938--13449969	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
13450084--13450165	8	9.1	9	74	20	57	39	1	2	57	1.20
13450084--13450121	17	2.2	18	90	9	62	42	0	0	57	0.98
13451003--13451037	15	2.3	15	90	0	52	54	0	14	31	1.40
13455052--13455076	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13466761--13466790	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
13469033--13469096	32	2.1	31	85	5	85	28	14	6	51	1.66
13476972--13477051	27	3.0	27	88	0	124	18	21	37	22	1.94
13477068--13477108	19	2.2	19	95	0	73	31	0	17	51	1.46
13477075--13477556	241	2.0	245	97	1	909	46	10	3	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13477515--13477570	27	2.1	27	89	0	85	50	14	1	33	1.53
13477607--13477705	48	2.0	49	92	1	164	32	1	13	53	1.46
13477954--13477985	12	2.8	12	86	13	50	71	0	0	28	0.86
13499299--13499345	19	2.5	18	83	13	51	55	2	6	36	1.37
13500103--13500143	20	2.2	20	86	8	59	39	7	0	53	1.29
13505810--13505851	21	2.0	21	86	9	59	21	0	7	71	1.09
13511668--13511707	18	2.2	19	90	4	64	57	17	2	22	1.52
13513707--13514034	108	3.0	107	81	11	399	31	16	18	33	1.93
13513748--13513966	117	1.9	118	92	1	368	30	15	18	36	1.91
13513748--13514034	119	2.5	114	83	10	351	33	14	16	35	1.89
13513746--13514034	117	2.5	117	82	9	350	33	14	16	35	1.89
13517607--13517636	16	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
13522472--13522536	30	2.1	31	88	2	96	43	9	10	36	1.72
13523535--13523568	6	5.7	6	93	6	52	50	0	0	50	1.00
13547171--13547217	20	2.3	20	85	7	60	29	4	2	63	1.25
13554976--13555024	20	2.5	21	83	9	59	57	0	0	42	0.99
13555173--13555217	22	2.0	22	83	8	56	31	0	4	64	1.13
13579132--13579180	18	2.7	18	77	0	53	61	0	2	36	1.08
13579521--13579582	27	2.3	26	75	10	63	53	3	8	35	1.47
13580495--13580543	26	2.0	24	88	8	71	55	0	2	42	1.11
13580994--13581100	31	3.3	31	74	14	106	41	9	0	48	1.42
13580993--13581095	37	2.9	37	78	14	112	41	8	0	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13580993--13581121	68	1.9	68	84	7	172	42	7	2	47	1.45
13581200--13581238	20	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
13581827--13581863	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
13583037--13583173	46	3.0	46	88	3	190	35	9	24	29	1.87
13584922--13584973	23	2.3	23	86	6	70	50	1	0	48	1.12
13587533--13587570	19	2.0	19	89	0	58	60	2	5	31	1.33
13592955--13592984	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
13594680--13595738	44	24.1	44	76	7	944	30	25	16	28	1.96
13594680--13595743	132	8.1	132	97	0	1970	30	25	16	28	1.96
13609405--13610114	42	16.0	42	73	14	402	29	25	16	28	1.96
13609378--13610119	273	2.8	251	82	15	877	29	25	16	28	1.97
13609378--13610119	125	5.6	127	84	10	897	29	25	16	28	1.97
13632226--13632278	23	2.5	21	77	19	56	60	1	0	37	1.08
13632226--13632283	22	2.7	22	84	7	75	58	3	0	37	1.15
13635542--13635575	15	2.3	15	100	0	68	38	8	41	11	1.73
13643387--13643466	40	2.0	40	92	0	133	40	21	8	30	1.83
13645368--13645445	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
13645379--13645446	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
13645652--13645677	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
13646332--13646380	18	2.7	18	93	0	80	36	0	8	55	1.30
13646334--13646381	3	16.0	3	82	0	60	35	0	6	58	1.23
13646334--13646381	12	4.0	12	91	0	69	35	0	6	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13646523--13646594	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
13661638--13661794	48	3.2	48	88	5	228	36	29	12	22	1.90
13664640--13664735	49	1.9	51	89	4	151	37	27	8	27	1.85
13666915--13666953	18	2.2	18	95	0	69	20	30	17	30	1.96
13679315--13679353	14	2.8	14	80	0	51	35	10	12	41	1.77
13679543--13679585	21	2.0	21	82	8	52	34	0	6	58	1.25
13679601--13679650	20	2.4	21	93	6	84	48	0	2	50	1.12
13679601--13679651	10	4.9	10	80	4	57	47	0	1	50	1.12
13679577--13679732	58	2.7	58	81	6	167	44	1	3	50	1.29
13679825--13679917	45	2.1	44	84	9	118	37	26	3	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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