genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27280867--27280924	28	2.1	28	86	0	80	24	6	8	60	1.51
27280904--27280946	22	2.0	22	81	9	52	20	2	13	62	1.42
27293344--27293389	21	2.2	21	100	0	92	52	23	13	10	1.71
27297666--27297868	43	4.7	43	80	9	227	22	18	27	32	1.97
27302139--27302556	109	3.8	109	96	0	764	31	17	18	32	1.94
27306158--27306191	17	1.9	17	88	5	50	52	0	2	44	1.16
27306095--27306216	40	3.1	37	74	17	118	52	2	4	40	1.34
27308366--27308413	26	1.9	24	86	4	60	20	10	6	62	1.49
27308740--27308804	27	2.4	26	78	14	69	63	4	4	27	1.34
27309543--27309610	29	2.3	30	80	12	79	23	16	20	39	1.91
27325188--27325269	31	2.7	30	79	5	94	37	12	9	40	1.76
27325412--27325470	29	2.0	29	93	3	100	50	13	5	30	1.63
27326846--27326911	32	2.2	30	80	15	75	36	0	12	51	1.39
27329674--27329723	13	3.7	13	76	10	55	60	4	0	36	1.16
27331373--27331442	31	2.3	31	82	4	81	40	14	10	35	1.79
27332122--27332159	18	2.1	18	95	0	67	0	55	0	44	0.99
27332219--27332268	25	2.0	25	88	0	73	4	30	4	62	1.32
27335593--27335645	15	3.2	15	80	17	52	54	1	1	41	1.22
27335676--27335714	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
27335812--27335851	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
27335800--27335866	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
27335835--27335874	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27340639--27340675	8	4.6	8	86	0	56	59	0	0	40	0.97
27341269--27341324	29	1.9	29	82	7	69	50	10	0	39	1.37
27348855--27348984	68	1.9	68	86	9	187	41	12	20	25	1.87
27353657--27353694	20	1.9	20	89	10	60	63	5	0	31	1.17
27360262--27360419	87	1.8	84	89	6	246	41	20	10	27	1.85
27360771--27360842	38	1.9	37	83	8	92	30	4	2	62	1.28
27361973--27362146	80	2.1	84	87	6	250	47	9	5	37	1.59
27365938--27366010	36	2.0	36	100	0	146	30	5	16	47	1.69
27366194--27366268	32	2.3	32	81	0	96	66	4	4	25	1.26
27367147--27367188	20	2.0	21	90	4	68	40	0	7	52	1.29
27367270--27367328	31	1.9	31	86	6	84	32	3	3	61	1.29
27369922--27369958	18	2.2	18	85	9	51	37	5	0	56	1.22
27376013--27376068	29	1.9	29	82	13	71	42	0	21	35	1.53
27376503--27376572	25	2.8	25	86	0	86	22	27	21	28	1.99
27376503--27376590	25	3.6	25	82	10	83	21	26	21	30	1.98
27377806--27377892	43	2.0	43	95	0	156	18	29	27	24	1.98
27381375--27381406	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
27381367--27381419	24	2.1	26	86	10	74	56	0	0	43	0.99
27381377--27381434	24	2.4	22	78	16	53	55	0	1	43	1.10
27381378--27381436	28	2.1	27	81	12	66	54	0	1	44	1.10
27381632--27381661	15	1.9	16	93	6	53	83	6	10	0	0.81
27382601--27382686	21	4.0	21	76	11	86	17	20	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27388466--27388497	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
27388458--27388510	24	2.1	27	86	10	76	54	0	0	45	0.99
27389659--27389702	22	2.0	23	90	4	72	20	20	20	38	1.94
27392852--27392962	33	3.4	32	74	10	91	24	27	18	29	1.98
27392839--27393097	101	2.6	101	84	1	315	28	25	16	30	1.96
27397357--27397417	11	5.3	11	76	21	54	68	1	27	1	1.08
27399718--27399825	43	2.6	43	82	5	123	17	24	14	43	1.87
27399723--27399789	21	3.1	21	69	12	64	16	20	16	46	1.84
27404956--27405051	9	10.8	9	73	16	58	38	2	4	55	1.31
27406262--27406301	15	2.7	15	96	0	71	37	5	12	45	1.64
27407773--27407822	18	2.8	18	71	20	50	40	12	0	48	1.40
27409450--27409606	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
27409523--27409893	46	7.6	46	84	9	409	29	22	14	34	1.93
27409566--27409723	56	2.9	55	88	8	225	27	22	14	35	1.93
27409523--27409893	98	3.7	97	82	12	455	29	22	14	34	1.93
27417429--27417464	18	1.9	19	88	5	56	58	5	2	33	1.36
27421037--27421082	24	1.9	24	82	8	58	30	2	2	65	1.16
27421869--27421906	20	2.0	20	89	5	60	42	0	5	52	1.24
27421871--27421912	20	2.2	19	83	8	50	42	0	7	50	1.30
27422235--27422267	14	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
27422416--27422492	31	2.5	31	80	0	91	37	11	9	41	1.73
27426826--27426913	42	2.1	42	97	0	167	30	9	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27433003--27433039	16	2.3	16	95	0	65	40	13	10	35	1.80
27437222--27437246	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
27441160--27441207	20	2.4	20	82	6	53	25	18	2	54	1.55
27445401--27445463	31	2.0	32	87	9	94	58	19	3	19	1.52
27451654--27451738	40	2.2	39	85	6	109	18	17	23	40	1.92
27454555--27455231	47	14.4	47	96	0	1165	31	8	30	29	1.88
27455350--27455428	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
27458652--27458677	10	2.6	10	100	0	52	34	11	0	53	1.37
27459374--27459415	20	2.0	20	86	9	57	2	21	2	73	1.06
27467150--27467240	37	2.5	37	96	0	164	49	0	13	37	1.42
27467150--27467240	18	4.9	19	77	5	96	49	0	13	37	1.42
27467887--27467952	29	2.3	29	87	10	93	48	0	9	42	1.35
27468194--27468230	18	2.0	20	89	10	60	59	2	0	37	1.12
27474472--27474710	50	4.7	50	79	3	219	28	20	27	23	1.99
27479453--27479495	21	2.0	21	90	0	68	37	4	0	58	1.19
27480544--27480598	21	2.6	22	82	8	78	27	9	36	27	1.87
27480818--27480856	20	2.0	20	84	0	51	56	2	0	41	1.13
27480845--27480896	25	2.1	25	82	3	61	44	3	3	48	1.39
27480985--27481027	15	2.7	16	82	7	52	62	0	2	34	1.08
27483774--27483812	20	2.0	19	85	5	51	15	10	5	69	1.34
27489080--27489545	232	2.0	232	97	0	878	43	18	9	29	1.81
27489515--27489578	31	2.1	31	96	0	119	34	21	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27500199--27500276	35	2.2	35	79	4	86	33	32	6	28	1.82
27505056--27505162	54	2.0	53	87	5	153	43	24	0	30	1.60
27505161--27505186	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
27510874--27510900	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
27517247--27517316	34	2.1	34	100	0	140	37	12	20	30	1.90
27522845--27522890	23	2.0	24	83	12	60	39	0	8	52	1.33
27526886--27526970	43	2.0	43	95	0	152	17	29	30	22	1.97
27529201--27529242	21	2.0	21	85	0	57	54	14	2	28	1.52
27532092--27532126	18	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
27540454--27540494	18	2.3	18	91	0	64	39	9	14	36	1.79
27540563--27540649	16	5.2	16	73	10	75	58	10	9	21	1.59
27540639--27540685	23	2.1	21	92	7	76	48	10	2	38	1.50
27540568--27540767	110	1.8	112	83	8	275	50	10	10	29	1.69
27540533--27540765	127	1.8	129	90	1	380	51	10	9	28	1.66
27540691--27540801	17	6.4	17	79	14	111	50	9	13	26	1.72
27540564--27540801	35	6.7	35	70	17	118	51	10	10	28	1.67
27540691--27540801	52	2.1	53	85	8	147	50	9	13	26	1.72
27540533--27540843	127	2.4	126	84	7	360	51	9	9	29	1.67
27541588--27541631	18	2.4	18	84	0	61	9	25	47	18	1.77
27541674--27541750	6	12.3	6	79	16	59	0	25	0	74	0.83
27541684--27541751	3	24.0	3	82	8	81	0	27	0	72	0.85
27541830--27541887	20	3.0	20	80	9	68	0	37	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27542101--27542217	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
27542116--27542217	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
27542493--27542689	50	3.8	50	89	6	268	34	18	16	30	1.93
27542493--27542689	104	1.9	104	91	3	324	34	18	16	30	1.93
27542717--27542874	79	2.0	79	89	8	241	36	18	18	25	1.94
27542802--27543204	72	5.7	72	94	3	692	33	18	17	30	1.94
27542802--27543204	143	2.8	142	93	4	697	33	18	17	30	1.94
27542802--27543204	215	1.9	213	95	3	738	33	18	17	30	1.94
27555517--27555557	18	2.3	18	91	0	64	39	9	14	36	1.79
27555624--27555710	16	5.2	16	73	10	75	58	10	9	21	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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