genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33245788--33245870	28	2.8	29	83	7	87	26	15	7	50	1.70
33245935--33245973	21	1.9	20	84	5	51	20	10	20	48	1.78
33246233--33246297	18	3.8	17	73	18	62	1	18	3	76	0.99
33246235--33246287	18	2.9	18	81	13	65	1	18	0	79	0.83
33249448--33249526	29	2.6	29	70	20	72	50	16	11	21	1.76
33253970--33254018	21	2.2	22	85	7	64	22	6	8	63	1.44
33254050--33254089	21	2.0	20	90	5	62	17	10	2	70	1.27
33255552--33255603	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
33257485--33257537	24	2.2	24	89	0	79	54	9	1	33	1.43
33258882--33258917	4	9.0	4	87	0	54	30	0	0	69	0.89
33261977--33262071	45	2.3	42	77	15	106	38	6	6	48	1.54
33263851--33263940	42	2.1	41	84	8	110	26	3	14	55	1.55
33267389--33267430	22	2.0	21	90	4	66	59	14	11	14	1.61
33267385--33267522	62	2.3	59	81	9	163	50	10	11	27	1.72
33269136--33269168	10	3.0	11	86	13	50	45	9	3	42	1.51
33269242--33269291	20	2.6	19	81	6	55	40	0	0	60	0.97
33269250--33269291	20	2.1	20	86	0	57	40	0	0	59	0.97
33269242--33269297	20	2.8	20	78	8	51	41	3	0	55	1.17
33276403--33276481	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
33276600--33276972	47	7.8	47	91	2	494	28	30	9	31	1.89
33276600--33277220	141	4.1	141	75	14	539	29	29	9	31	1.88
33276948--33276996	24	2.0	24	100	0	98	32	34	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33276897--33277045	75	2.0	73	97	2	280	31	31	5	31	1.80
33276842--33277092	124	2.0	122	91	5	409	31	29	6	31	1.83
33276748--33277190	222	2.0	216	91	3	717	30	29	7	31	1.86
33276972--33277218	47	5.0	50	89	7	400	30	29	8	31	1.86
33276968--33277218	98	2.6	98	97	1	472	31	29	7	31	1.86
33276701--33277218	269	1.9	263	91	4	831	30	29	8	31	1.87
33284181--33284232	14	3.6	14	82	10	52	69	1	9	19	1.26
33286914--33286963	24	2.1	24	100	0	100	32	16	18	34	1.92
33287222--33287273	24	2.2	24	100	0	104	30	15	17	36	1.91
33286757--33287378	310	2.0	311	98	0	1201	34	12	20	31	1.90
33288165--33288234	35	2.0	35	100	0	140	51	8	20	20	1.73
33293768--33293804	17	2.2	17	90	0	56	43	2	2	51	1.30
33293778--33293822	17	2.5	18	85	7	56	33	2	2	62	1.20
33294078--33294132	23	2.2	23	84	12	65	36	1	1	60	1.18
33294730--33294760	11	2.7	11	95	5	53	58	0	3	38	1.15
33295133--33295162	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
33296032--33296235	102	2.0	102	100	0	408	32	13	26	27	1.94
33299709--33299858	75	2.0	75	100	0	300	28	22	12	37	1.90
33300478--33300559	41	2.0	41	100	0	164	39	4	31	24	1.76
33300566--33300634	32	2.2	32	94	0	120	30	18	13	37	1.89
33301834--33301913	39	2.1	39	100	0	160	27	12	5	55	1.58
33302126--33302375	125	2.0	125	100	0	500	37	16	14	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33308118--33308162	18	2.4	18	88	3	63	40	20	11	28	1.86
33308228--33308281	18	2.9	18	80	2	63	11	3	46	38	1.57
33308534--33308564	12	2.6	12	94	0	53	6	25	38	29	1.81
33311666--33311695	13	2.3	13	94	0	51	46	13	16	23	1.82
33319278--33319320	20	2.2	20	100	0	86	32	9	13	44	1.76
33325642--33325682	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
33333408--33333452	22	2.0	22	86	0	63	33	0	8	57	1.30
33341354--33341388	18	1.9	18	88	0	52	34	5	2	57	1.37
33341424--33341497	19	3.9	20	75	8	75	35	2	1	60	1.19
33341529--33341610	29	2.8	29	77	14	80	31	6	2	59	1.35
33347126--33347389	103	2.5	104	90	3	415	20	20	29	29	1.97
33358249--33358276	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
33358153--33358360	68	3.1	68	95	2	370	45	9	4	40	1.57
33358349--33358390	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
33360462--33360580	63	1.9	63	94	0	211	28	13	26	31	1.94
33361819--33361862	20	2.2	20	95	0	79	36	15	27	20	1.93
33361819--33361874	20	2.8	20	89	2	69	33	14	26	25	1.94
33369918--33369986	18	3.4	19	75	16	68	2	17	7	72	1.20
33377606--33378079	124	3.8	124	89	1	695	24	21	22	31	1.98
33382442--33382518	29	2.6	30	81	2	102	36	23	18	22	1.95
33388634--33388718	28	3.0	28	98	0	161	28	29	7	35	1.83
33410090--33410208	27	4.4	27	88	1	150	43	19	16	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33420525--33420767	82	3.0	82	84	4	303	17	18	27	36	1.94
33420525--33420724	41	4.9	41	89	1	303	16	17	29	37	1.91
33420529--33420789	123	2.1	123	82	5	305	17	18	25	38	1.93
33422327--33422462	66	2.1	66	94	0	236	41	18	26	13	1.88
33422811--33422943	43	3.1	43	89	2	205	27	18	27	25	1.98
33434611--33434960	125	2.8	126	91	2	589	29	15	21	32	1.95
33437128--33437374	121	2.0	121	100	0	494	31	23	21	23	1.98
33438137--33438161	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
33438153--33438481	56	5.9	55	86	6	486	46	5	11	35	1.65
33438144--33438480	110	3.0	110	96	1	611	47	5	11	35	1.64
33438479--33438854	29	12.8	29	87	3	529	23	0	30	45	1.53
33438839--33438874	5	7.2	5	100	0	72	19	0	41	38	1.52
33438940--33438988	25	1.9	26	83	4	64	36	12	6	44	1.67
33440072--33440096	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
33441158--33441223	30	2.2	29	94	5	114	62	0	1	36	1.05
33441822--33441924	54	1.9	54	87	0	152	38	29	16	15	1.89
33444949--33444984	11	3.1	11	85	14	54	38	2	0	58	1.13
33444949--33444987	13	3.2	12	86	13	53	41	2	0	56	1.13
33455207--33455242	15	2.5	14	86	8	54	44	0	0	55	0.99
33456329--33456359	13	2.4	13	94	0	53	25	0	9	64	1.24
33457997--33458124	4	32.0	4	93	0	211	46	0	53	0	1.00
33457997--33458124	6	21.3	6	96	0	211	46	0	53	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33459709--33459884	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
33459847--33459970	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
33466948--33466994	23	2.0	23	100	0	94	21	8	34	36	1.84
33467431--33467606	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
33467569--33467692	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
33475083--33475254	54	3.2	54	89	1	272	19	19	22	39	1.92
33475083--33475251	82	2.1	81	88	1	248	18	19	22	39	1.93
33475084--33475251	27	6.2	27	90	1	246	19	19	22	39	1.93
33475906--33475952	24	1.9	25	83	12	62	23	36	2	38	1.67
33478789--33478930	50	2.8	50	86	0	203	28	22	28	20	1.98
33494822--33494869	21	2.4	21	86	10	66	56	4	0	39	1.19
33498591--33498664	34	2.2	34	97	0	139	47	14	8	29	1.73
33499754--33499796	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
33499893--33499950	18	3.2	18	85	0	62	27	12	22	37	1.89
33499893--33499942	9	5.6	9	82	0	64	26	14	22	38	1.91
33499888--33499942	27	2.0	28	92	3	94	25	14	21	38	1.92
33499893--33499950	27	2.1	27	87	6	82	27	12	22	37	1.89
33500291--33500326	16	2.2	16	90	9	56	19	5	0	75	1.00
33502152--33502287	10	13.3	10	67	25	54	69	1	29	0	0.98
33502152--33502244	4	24.0	4	75	20	58	68	1	30	0	0.96
33502151--33502282	49	2.7	49	87	8	173	68	1	30	0	0.99
33502151--33502275	44	2.6	49	81	14	147	68	0	30	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33502405--33502458	28	2.0	28	88	3	83	42	5	9	42	1.60
33502702--33504198	285	5.3	284	87	6	2241	50	6	13	30	1.65
33506429--33506455	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
33509475--33509563	27	3.3	27	95	0	160	17	33	32	15	1.92
33510537--33510908	42	8.9	42	88	3	464	31	20	20	26	1.98
33510975--33511008	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
33511234--33511289	21	2.7	21	85	0	76	3	42	19	33	1.69
33516752--33516916	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
33516752--33516916	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
33516797--33517202	26	16.1	26	87	6	570	32	0	20	46	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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