genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19877009--19877068	5	11.8	5	76	16	52	18	5	0	76	0.96
19879084--19879134	22	2.3	22	93	0	84	50	0	9	39	1.35
19879086--19879144	22	2.8	21	85	10	68	52	1	8	37	1.42
19880277--19880316	21	1.9	21	84	0	53	5	15	57	22	1.57
19880718--19881001	95	3.0	95	94	1	487	28	21	20	29	1.98
19881037--19881916	132	6.7	132	94	0	1494	29	26	17	26	1.97
19881919--19882078	45	3.4	45	69	17	135	28	24	18	28	1.98
19881917--19882112	97	2.0	95	94	1	338	27	23	19	29	1.98
19882014--19882289	134	2.1	134	94	1	482	28	22	20	28	1.99
19882237--19882586	86	4.1	86	92	0	547	26	24	23	26	2.00
19882312--19882532	42	5.2	42	60	20	98	24	23	25	27	2.00
19883811--19883867	24	2.3	26	81	9	73	8	21	0	70	1.14
19886692--19886735	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
19889029--19889079	22	2.3	22	93	0	84	50	0	9	39	1.35
19889031--19889089	22	2.8	21	85	10	68	52	1	8	37	1.42
19890222--19890261	21	1.9	21	84	0	53	5	15	57	22	1.57
19892540--19892590	25	2.0	26	92	3	86	25	5	15	52	1.65
19892564--19893068	31	16.6	31	77	11	413	30	8	18	42	1.80
19892565--19893070	61	8.3	61	75	12	375	30	8	18	42	1.80
19892585--19893068	92	5.3	92	86	6	610	30	8	18	42	1.80
19892933--19892985	25	2.1	25	89	6	81	28	11	13	47	1.77
19893179--19893382	43	4.8	43	87	2	268	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19893179--19893339	87	1.9	86	92	1	268	33	17	27	21	1.96
19893184--19893382	87	2.3	85	86	4	231	33	17	26	22	1.96
19928618--19928658	17	2.4	17	87	4	55	65	2	2	29	1.18
19928627--19928669	17	2.6	16	82	10	50	60	2	4	32	1.30
19928751--19928800	22	2.3	22	86	3	66	60	4	0	36	1.16
19932493--19932559	9	7.4	9	86	0	89	44	25	7	22	1.78
19932493--19932559	18	3.7	18	89	0	98	44	25	7	22	1.78
19943303--19943367	31	2.1	31	85	5	87	30	10	12	46	1.76
19948401--19948430	16	1.9	15	93	6	51	16	6	3	73	1.18
19949279--19949328	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19953918--19953967	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19956391--19956445	23	2.2	25	81	12	69	41	5	5	47	1.49
19959351--19959385	18	1.9	18	88	11	54	51	8	2	37	1.47
19960360--19960408	23	2.0	23	84	7	62	57	4	2	36	1.30
19962193--19962217	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
19962378--19962424	9	5.2	9	92	0	67	40	25	10	23	1.87
19962980--19963044	21	3.2	21	62	16	55	21	30	21	26	1.98
19962952--19963101	40	3.8	40	81	8	155	21	27	25	26	1.99
19963855--19963984	67	1.9	67	90	3	208	14	32	8	44	1.75
19965590--19966135	106	5.1	109	82	10	610	41	14	15	27	1.87
19965590--19966031	215	2.0	216	87	7	628	43	14	15	26	1.85
19965921--19966138	103	2.1	105	95	1	395	35	15	17	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19968687--19968737	14	3.6	14	83	0	66	29	17	1	50	1.57
19968673--19968868	87	2.3	87	82	6	229	26	18	4	51	1.64
19968837--19969105	53	5.3	52	71	18	185	27	20	0	51	1.53
19968912--19968976	14	4.6	14	86	0	94	33	16	0	49	1.47
19972021--19972278	99	2.4	111	85	9	344	28	18	17	34	1.95
19972173--19972412	103	2.3	105	90	7	387	26	15	14	43	1.86
19974461--19974495	16	2.2	16	89	0	52	28	8	0	62	1.24
19980937--19980975	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
19986534--19986647	40	2.8	39	75	11	113	36	3	13	46	1.60
19986645--19987758	152	7.3	152	83	7	1352	31	10	6	51	1.61
19986645--19987756	457	2.4	452	84	7	1435	31	10	6	51	1.61
19987573--19987621	16	2.9	16	76	8	53	34	4	0	61	1.15
19987574--19987631	18	3.3	18	69	16	50	32	5	0	62	1.18
19987611--19987878	140	1.9	139	84	7	355	28	12	7	51	1.65
19988228--19988280	4	14.5	4	77	18	62	0	22	0	77	0.77
19988227--19988280	11	4.6	11	80	19	65	0	22	0	77	0.76
19988216--19988267	24	2.2	24	96	0	95	0	26	0	73	0.84
19988221--19988273	10	4.8	10	77	20	52	0	24	0	75	0.80
19989600--19989638	20	2.0	20	85	5	53	71	7	0	20	1.10
19989868--19990824	153	6.3	152	86	6	1278	52	7	10	29	1.63
19989868--19990824	454	2.1	457	87	5	1411	52	7	10	29	1.63
20006030--20006151	31	3.9	31	74	14	92	48	0	0	50	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20006030--20006136	50	2.1	50	81	15	130	46	0	0	53	1.00
20008230--20008264	18	1.9	18	94	0	61	68	5	0	25	1.11
20008503--20008542	17	2.3	18	86	4	55	45	0	0	55	0.99
20008503--20008547	18	2.6	17	85	3	54	42	0	0	57	0.98
20011164--20011240	37	2.1	37	100	0	154	27	12	14	45	1.81
20016096--20016141	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
20030842--20030887	3	15.3	3	82	8	58	34	2	2	60	1.21
20032186--20032236	18	2.8	18	90	0	75	66	0	0	33	0.92
20032193--20032253	27	2.2	27	86	13	81	68	0	0	31	0.89
20032222--20032286	20	3.2	20	82	8	69	63	0	1	35	1.04
20032206--20032285	26	3.1	25	77	12	65	65	0	1	33	1.01
20032221--20032286	23	3.0	23	74	17	77	63	0	1	34	1.04
20037453--20037512	30	2.0	31	90	3	95	18	18	8	55	1.67
20052377--20052413	18	2.1	18	89	0	56	67	0	32	0	0.91
20054794--20054835	11	3.6	12	84	15	61	64	0	0	35	0.94
20054794--20054841	23	2.1	22	85	11	62	64	0	2	33	1.05
20055110--20055160	19	2.6	20	73	14	52	58	1	0	39	1.09
20055663--20055687	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
20063021--20063195	88	2.0	90	87	3	255	41	7	25	26	1.81
20066317--20066554	116	2.0	116	99	0	467	36	10	15	37	1.81
20071112--20071148	18	2.1	18	94	0	65	27	18	18	35	1.95
20079527--20079577	22	2.3	23	89	3	77	50	1	1	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20079523--20079644	63	1.9	64	80	5	140	46	3	3	46	1.35
20079652--20079710	18	3.2	18	77	13	75	47	0	3	49	1.18
20081573--20081625	27	2.0	27	92	3	90	56	5	0	37	1.23
20082272--20082359	18	4.7	18	77	14	90	38	13	0	47	1.43
20082272--20082367	37	2.6	37	90	3	149	38	13	0	47	1.43
20082272--20082367	19	5.2	18	77	7	95	38	13	0	47	1.43
20082436--20082600	82	2.0	82	97	0	312	38	6	10	44	1.64
20083110--20083168	26	2.2	25	85	8	73	45	0	5	49	1.24
20083117--20083177	26	2.3	26	85	2	77	44	0	3	52	1.17
20083164--20083195	14	2.4	13	90	10	55	15	0	3	81	0.82
20091345--20091388	18	2.5	17	82	10	52	52	4	2	40	1.34
20093525--20093562	17	2.1	19	85	9	53	76	7	2	13	1.11
20093986--20094031	24	1.9	24	82	8	58	54	6	4	34	1.46
20095784--20095940	43	3.6	43	75	10	165	25	22	23	28	2.00
20095828--20095994	46	3.7	46	76	7	189	28	24	20	26	1.99
20095785--20095982	89	2.2	89	97	0	369	26	24	21	27	1.99
20095912--20096160	44	5.9	40	72	12	126	26	22	19	30	1.98
20117690--20117864	88	2.0	90	87	3	255	41	7	25	26	1.81
20120972--20121209	116	2.0	116	99	0	467	36	10	15	37	1.81
20125766--20125802	18	2.1	18	94	0	65	27	18	18	35	1.95
20134166--20134216	22	2.3	23	89	3	77	50	1	1	45	1.24
20134162--20134283	63	1.9	64	80	5	140	46	3	3	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20134300--20134361	6	10.2	6	73	16	56	46	1	1	50	1.20
20134291--20134349	18	3.2	18	77	13	75	47	0	3	49	1.18
20134298--20134374	11	6.5	11	73	14	64	48	1	3	46	1.28
20136191--20136243	27	2.0	27	92	3	90	56	5	0	37	1.23
20136879--20136973	18	5.2	18	79	13	97	38	13	0	47	1.43
20136879--20136973	37	2.6	37	91	1	156	38	13	0	47	1.43
20137042--20137203	82	2.0	79	93	3	279	38	5	11	45	1.63
20137705--20137765	25	2.3	26	83	8	70	45	0	3	50	1.17
20137753--20137779	14	1.9	14	100	0	54	14	0	3	81	0.82
20158766--20158811	24	1.9	24	82	8	58	54	6	4	34	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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