genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24435634--24435742	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
24472988--24473085	41	2.4	41	82	3	99	30	5	15	48	1.66
24474136--24474203	21	3.3	20	78	10	57	35	8	1	54	1.41
24474305--24474369	9	7.0	9	77	6	67	33	4	0	61	1.16
24474305--24474369	19	3.5	19	82	2	69	33	4	0	61	1.16
24479062--24479408	46	7.6	46	95	0	599	30	21	15	32	1.94
24483233--24483275	18	2.3	20	84	15	65	76	0	13	9	1.01
24483245--24483303	15	4.2	14	72	23	52	77	0	8	13	0.97
24483262--24483303	14	2.8	15	78	7	50	76	0	7	16	1.00
24485269--24485294	10	2.6	10	100	0	52	19	0	23	57	1.40
24486612--24486809	50	3.8	50	82	6	218	26	21	28	23	1.99
24486623--24486809	100	1.8	103	82	6	245	26	20	28	24	1.99
24488645--24488725	36	2.3	36	93	2	137	38	4	3	53	1.41
24491989--24492026	14	2.7	15	88	8	53	42	5	2	50	1.39
24500273--24500518	126	2.0	126	99	0	483	24	18	17	39	1.91
24500313--24500569	126	2.0	126	82	4	304	26	17	17	38	1.92
24505687--24505732	21	2.2	22	88	7	69	69	0	0	30	0.89
24506059--24506122	31	2.1	30	85	2	83	45	7	20	26	1.78
24509150--24509228	29	2.7	29	82	7	106	51	7	13	26	1.68
24509412--24509462	13	3.6	14	82	12	52	56	0	0	43	0.99
24509822--24509892	34	2.1	34	94	0	124	5	35	1	57	1.31
24511995--24512035	13	3.1	14	86	10	59	41	19	4	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24512047--24512101	21	2.6	22	77	5	60	40	3	9	47	1.53
24513007--24513071	32	2.1	32	82	2	78	49	12	4	33	1.61
24518682--24518713	11	2.8	11	95	4	55	40	3	0	56	1.15
24519262--24520849	797	2.0	791	96	0	2663	35	13	18	32	1.90
24525705--24526130	92	4.6	91	87	3	559	45	16	7	29	1.76
24525705--24526119	31	13.5	31	88	2	543	45	16	7	29	1.76
24525705--24526119	123	3.4	123	88	3	604	45	16	7	29	1.76
24531725--24531818	29	3.2	29	98	0	179	31	15	18	34	1.92
24534696--24534757	29	2.1	31	84	6	83	50	11	3	35	1.55
24534946--24534978	15	2.2	15	94	0	57	36	0	0	63	0.95
24535402--24535447	20	2.3	20	84	0	65	41	30	4	23	1.74
24537220--24537360	68	2.1	67	80	14	164	46	9	5	37	1.61
24537280--24537307	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
24537250--24537391	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
24537380--24537421	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
24537395--24537456	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
24537250--24537413	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
24553444--24553472	15	2.0	15	93	6	51	86	6	0	6	0.72
24553537--24553803	132	2.0	132	97	0	498	38	12	17	30	1.88
24554886--24554915	16	1.9	15	93	6	51	66	10	0	23	1.21
24580809--24580844	17	2.1	17	89	0	54	38	11	0	50	1.38
24595904--24595968	31	2.1	31	88	5	96	46	7	10	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24609430--24609472	21	2.0	22	82	13	54	27	13	20	37	1.91
24611456--24611508	22	2.3	23	84	12	74	66	1	30	1	1.13
24614675--24614716	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
24614753--24614835	38	2.2	39	95	2	150	38	2	3	55	1.30
24614869--24614990	60	2.0	60	82	3	147	53	15	0	30	1.48
24614965--24615016	21	2.4	21	81	9	61	55	9	0	34	1.32
24615031--24615232	27	8.0	26	79	15	221	52	13	1	32	1.49
24614978--24615224	49	5.1	49	85	5	315	53	14	1	31	1.49
24615031--24615243	98	2.2	98	91	2	351	53	13	1	31	1.51
24614976--24615367	22	17.4	20	68	22	114	54	13	1	31	1.47
24615537--24615573	14	2.5	14	91	8	56	0	40	0	59	0.97
24615535--24615576	14	3.2	13	83	12	50	0	38	0	61	0.96
24628604--24628649	21	2.2	21	100	0	92	45	6	21	26	1.76
24629857--24629920	6	10.7	6	100	0	128	82	0	0	17	0.66
24637551--24637590	3	13.0	3	89	5	62	32	2	0	65	1.06
24638895--24638929	17	2.1	17	89	10	54	40	0	2	57	1.14
24642024--24642163	46	3.0	46	92	0	235	29	27	8	35	1.86
24645728--24645938	25	8.5	25	69	14	105	18	26	20	34	1.96
24645728--24645873	24	6.0	24	71	19	97	17	26	21	35	1.95
24658440--24658485	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
24658697--24658724	13	2.2	13	100	0	56	21	39	7	32	1.80
24659686--24659737	20	2.6	20	82	14	63	57	5	0	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24659707--24659744	19	2.1	18	85	14	51	55	5	0	39	1.23
24671334--24671374	21	2.0	21	95	0	73	31	19	21	26	1.97
24675548--24675582	18	1.9	18	88	0	52	82	2	11	2	0.88
24692343--24692506	86	1.9	86	93	0	283	44	13	23	18	1.85
24707641--24707702	29	2.1	31	84	6	83	35	3	11	50	1.55
24708291--24708323	15	2.2	15	94	0	57	63	0	0	36	0.95
24711058--24711114	22	2.5	22	80	2	69	70	1	5	22	1.17
24711454--24711511	23	2.5	23	76	20	59	25	3	3	67	1.22
24713416--24713456	21	2.0	21	90	0	64	65	12	9	12	1.46
24716554--24716588	7	5.0	7	96	0	52	80	0	0	20	0.72
24719220--24719269	18	2.6	19	76	14	50	58	2	32	8	1.39
24723397--24723421	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
24723971--24724011	20	2.0	20	100	0	82	29	24	4	41	1.75
24724967--24724994	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
24732666--24732708	20	2.1	21	83	12	54	44	0	6	48	1.29
24732794--24732820	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
24734724--24734881	79	2.0	79	93	0	271	37	16	3	43	1.64
24735837--24735891	13	4.2	13	75	11	58	32	0	1	65	1.03
24742137--24742175	19	2.1	19	85	9	53	38	7	5	48	1.54
24743047--24743086	9	4.4	9	96	0	71	25	10	22	42	1.84
24751998--24752054	29	1.9	30	86	10	82	28	3	17	50	1.62
24754908--24755240	166	2.0	166	97	0	621	30	9	22	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24755920--24755956	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
24763158--24763197	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
24775596--24775684	30	3.0	30	79	0	97	35	22	16	24	1.95
24781238--24781646	178	2.3	180	77	7	374	44	17	14	23	1.85
24783484--24783530	23	2.0	23	84	12	60	34	4	6	55	1.45
24783491--24783544	24	2.2	24	81	15	67	33	3	5	57	1.40
24783525--24783589	30	2.2	30	83	10	80	32	1	9	56	1.40
24785457--24785519	27	2.4	27	91	2	110	42	7	0	49	1.32
24785579--24785630	27	1.9	27	96	0	95	30	23	32	13	1.93
24786496--24786555	30	2.0	31	90	3	95	41	0	38	20	1.52
24786769--24786805	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
24786788--24786900	61	1.9	59	84	12	151	38	18	14	29	1.90
24787637--24787700	18	3.5	18	79	12	85	45	1	12	40	1.51
24787621--24787716	37	2.6	37	96	0	183	47	1	12	38	1.48
24787621--24787716	19	5.2	19	77	5	115	47	1	12	38	1.48
24787911--24788092	86	2.1	86	87	1	256	31	8	18	41	1.80
24789531--24789571	21	2.0	21	85	0	55	46	21	0	31	1.52
24793488--24793522	5	7.0	5	93	0	61	0	37	0	62	0.95
24797655--24797704	14	3.6	14	71	12	50	68	2	4	26	1.18
24798369--24798408	22	1.9	20	90	10	62	70	2	2	25	1.13
24804140--24804201	24	2.7	23	75	12	63	62	6	9	20	1.47
24804133--24804201	24	2.9	23	74	18	61	65	5	8	20	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24804371--24804422	21	2.5	21	84	6	70	5	11	44	38	1.65
24804390--24804431	21	2.0	21	85	0	57	7	14	42	35	1.73
24806267--24806304	3	13.0	3	83	5	51	34	5	31	28	1.80
24810198--24810239	22	1.9	22	85	9	59	42	2	4	50	1.36
24810442--24810474	14	2.2	16	89	10	52	57	0	9	33	1.30
24812455--24812516	22	2.8	23	73	11	58	45	1	4	48	1.33
24821631--24821664	16	2.0	16	88	11	50	47	8	0	44	1.34
24822435--24822518	42	1.9	43	88	7	125	39	17	39	3	1.67
24822769--24822927	51	3.1	52	87	2	221	24	14	8	52	1.70
24823129--24823195	34	2.0	34	85	5	91	23	22	7	46	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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