genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617684--7617723	8	4.9	8	85	14	55	2	2	7	87	0.71
7617681--7617723	18	2.4	18	88	0	59	2	2	6	88	0.68
7617723--7617788	28	2.3	29	92	5	109	51	0	6	42	1.26
7630810--7630853	22	2.0	22	100	0	88	50	4	0	45	1.22
7640929--7640971	19	2.3	19	80	4	52	39	2	0	58	1.11
7641458--7641491	13	2.6	13	100	0	68	52	23	5	17	1.66
7643990--7644083	31	3.0	32	81	7	86	61	1	1	36	1.10
7643998--7644108	42	2.7	43	80	14	119	63	0	0	34	1.06
7654919--7654981	13	5.1	13	79	11	69	42	23	3	30	1.70
7654931--7654975	23	2.0	23	90	0	72	33	28	4	33	1.77
7665047--7665080	16	2.0	18	88	11	54	47	5	11	35	1.65
7670873--7670903	2	15.0	2	93	6	53	48	0	48	3	1.17
7675664--7675705	21	1.9	23	85	9	61	57	14	2	26	1.50
7677434--7677478	18	2.5	18	85	0	63	55	4	0	40	1.20
7677438--7677478	12	3.4	12	86	0	55	53	4	0	41	1.22
7678200--7678239	19	2.2	19	90	4	64	15	12	0	72	1.12
7678391--7678445	5	11.2	5	74	18	53	58	1	0	40	1.09
7678389--7678441	27	2.0	25	89	7	79	54	1	0	43	1.11
7678952--7678995	17	2.4	18	79	20	56	36	0	4	59	1.18
7679928--7679953	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7687335--7687392	27	2.1	27	93	0	98	27	24	13	34	1.93
7708126--7708176	24	2.1	24	100	0	102	35	11	29	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7715490--7715602	21	5.4	21	80	8	124	16	20	16	46	1.85
7715491--7715590	42	2.4	42	93	3	166	18	21	16	45	1.86
7715491--7715602	42	2.7	41	90	5	163	16	20	16	45	1.85
7717893--7718128	50	4.7	50	90	4	359	26	22	30	19	1.98
7719864--7719999	67	2.0	67	98	0	263	36	21	19	23	1.95
7721441--7721505	16	4.1	15	74	14	60	1	20	6	72	1.14
7724295--7724334	21	1.9	21	84	0	53	20	20	20	40	1.92
7726107--7726278	72	2.4	72	87	4	269	25	6	13	54	1.63
7728221--7728463	118	2.1	118	96	0	450	39	19	6	35	1.77
7736814--7736847	6	5.7	6	89	0	50	29	2	35	32	1.73
7747501--7747539	13	3.0	13	88	0	60	28	7	20	43	1.79
7748250--7748314	22	3.0	22	84	8	87	41	18	24	15	1.89
7749272--7749312	8	5.0	8	88	5	64	58	0	0	41	0.98
7749277--7749347	28	2.4	29	76	19	76	53	1	1	43	1.18
7760328--7760352	12	2.1	12	100	0	50	52	24	8	16	1.70
7762128--7762249	51	2.4	51	80	6	138	43	5	13	37	1.67
7764312--7764355	22	2.1	20	87	8	61	47	4	6	40	1.50
7764681--7764765	44	1.9	44	83	4	109	29	8	10	51	1.65
7769389--7769422	9	3.7	9	84	7	50	82	0	2	14	0.79
7770772--7770803	16	1.9	17	93	6	57	31	31	18	18	1.95
7791702--7791731	14	2.1	14	93	0	51	70	0	3	26	1.03
7791688--7791740	22	2.3	23	87	9	74	64	1	5	28	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7794154--7794265	37	2.8	39	76	9	120	25	16	23	35	1.94
7795046--7795107	31	2.0	31	100	0	124	22	6	25	45	1.76
7796988--7797104	41	2.8	42	83	5	141	30	28	20	20	1.98
7809101--7809125	9	2.8	9	100	0	50	24	44	0	32	1.54
7809187--7809227	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7830050--7830135	27	3.2	27	85	6	113	31	22	26	19	1.98
7830207--7830276	19	3.7	19	82	3	97	38	8	0	52	1.32
7830212--7830283	37	1.9	37	100	0	144	41	9	0	48	1.36
7830550--7830621	19	3.8	19	83	3	83	51	1	8	38	1.41
7830545--7830615	37	1.9	37	85	0	97	49	1	8	40	1.42
7830588--7830626	19	2.1	19	100	0	78	51	0	10	38	1.36
7830836--7830907	37	1.9	37	100	0	144	48	0	9	41	1.36
7830843--7830911	19	3.7	19	82	5	97	52	0	8	39	1.33
7830503--7831263	293	2.6	291	94	0	1324	44	8	13	32	1.75
7831130--7831200	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
7831136--7831204	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
7831393--7831447	24	2.2	26	81	15	71	50	0	7	41	1.30
7832671--7833185	252	2.0	252	99	0	1014	34	11	5	47	1.63
7835431--7835473	19	2.3	19	80	8	52	67	4	4	23	1.28
7836413--7836452	9	4.4	9	83	0	53	27	12	20	40	1.88
7839457--7839532	37	2.1	37	92	5	127	27	13	22	36	1.91
7847099--7847149	27	2.0	25	84	7	66	45	7	9	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7848108--7848664	81	7.1	81	71	12	309	32	46	6	13	1.69
7848127--7849204	39	27.7	39	71	13	422	32	47	7	13	1.70
7848083--7848201	60	2.0	60	85	3	159	31	47	8	13	1.73
7848168--7848354	21	9.3	21	66	16	92	34	47	4	13	1.65
7848307--7848386	18	4.3	18	69	12	54	37	46	5	11	1.62
7848285--7849345	60	18.1	60	69	15	440	32	47	7	12	1.69
7848598--7849303	99	7.0	98	73	11	475	32	48	7	12	1.68
7848399--7849345	120	8.0	119	70	14	486	31	48	7	12	1.68
7848718--7848853	72	1.9	72	87	0	200	32	47	8	12	1.71
7848798--7848972	96	1.8	96	88	2	271	30	47	8	13	1.73
7849080--7849303	21	11.2	21	69	9	121	33	50	5	10	1.60
7848962--7849283	156	2.1	156	83	2	396	31	49	7	11	1.67
7849200--7849406	39	5.2	39	73	5	191	33	49	6	10	1.63
7849194--7849405	81	2.7	80	90	3	313	33	50	6	9	1.62
7849236--7849345	21	5.4	21	76	6	91	30	54	7	8	1.57
7849320--7849510	99	1.9	100	84	3	260	32	43	8	14	1.77
7849418--7849555	39	3.5	39	80	2	143	31	44	6	17	1.74
7854316--7854356	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7859943--7859983	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7868121--7868155	16	2.2	16	100	0	70	40	11	0	48	1.39
7874818--7874854	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7875703--7875768	13	5.1	13	81	0	78	34	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7887209--7887774	126	4.5	126	92	0	893	31	16	22	29	1.96
7887209--7887774	251	2.3	251	90	1	902	31	16	22	29	1.96
7890857--7890920	22	2.6	26	73	21	82	23	0	32	43	1.54
7890858--7890937	21	3.8	20	85	12	106	25	0	31	43	1.55
7890984--7891049	22	3.0	22	84	0	96	27	1	27	43	1.64
7891590--7891632	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
7892239--7892270	14	2.3	14	94	0	55	59	6	3	31	1.38
7894163--7894267	54	1.9	54	88	0	156	57	6	6	29	1.50
7894394--7894468	8	10.4	8	71	26	53	28	0	6	65	1.18
7894394--7894473	26	3.5	22	79	15	90	27	0	6	66	1.16
7894835--7894896	30	2.0	31	90	3	99	59	3	1	35	1.23
7894841--7894904	30	2.1	30	88	0	92	65	1	1	31	1.11
7894952--7894978	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
7894995--7895030	19	1.9	18	88	5	54	69	2	0	27	1.02
7895474--7895528	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
7895791--7895848	22	2.6	22	78	10	57	48	5	1	44	1.35
7899066--7899212	64	2.3	64	96	0	276	36	8	13	42	1.74
7899843--7899876	15	2.3	15	94	0	59	52	0	17	29	1.45
7900237--7900270	15	2.3	15	94	0	59	52	0	17	29	1.45
7899821--7900994	394	3.0	394	97	2	2193	25	15	17	41	1.88
7903270--7903313	21	2.1	21	100	0	88	9	15	31	43	1.79
7903531--7903578	24	2.0	24	100	0	96	50	25	12	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7920665--7920689	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
7935284--7935335	25	2.1	25	92	0	86	42	19	17	21	1.89
7943301--7943365	30	2.4	27	80	14	64	49	1	6	43	1.37
7943555--7943598	20	2.2	20	83	0	52	45	9	18	27	1.79
7943634--7943691	3	19.3	3	96	0	107	68	0	0	31	0.89
7946541--7946789	50	4.8	50	83	6	268	20	29	24	26	1.99
7946540--7946789	100	2.4	104	86	7	341	20	29	24	26	1.99
7946884--7946915	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7947127--7947184	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7954129--7954377	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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