genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22789479--22789567	43	2.1	43	97	0	169	34	6	21	37	1.80
22791568--22793221	836	2.0	823	89	3	2519	27	17	18	36	1.93
22793573--22793609	17	2.2	17	90	9	58	35	0	8	56	1.29
22795203--22795243	6	7.2	6	97	2	68	51	29	0	19	1.47
22795693--22795772	30	2.7	31	86	7	105	56	1	3	38	1.25
22796122--22796269	30	5.0	31	86	6	193	34	22	2	40	1.66
22796132--22796269	58	2.3	60	87	7	210	35	23	1	39	1.64
22796122--22796291	88	1.9	88	83	7	220	34	22	2	41	1.67
22796472--22796525	27	2.0	27	85	0	72	72	14	11	1	1.21
22796767--22796827	32	1.9	32	93	0	104	77	3	19	0	0.91
22796767--22796827	11	5.7	10	75	19	52	77	3	19	0	0.91
22796766--22796823	16	3.7	15	76	19	64	75	3	20	0	0.94
22796928--22797001	4	18.0	4	77	13	62	74	0	25	0	0.82
22796931--22797001	13	5.4	13	81	8	74	74	0	25	0	0.82
22796928--22797018	7	13.0	7	76	12	53	76	0	20	2	0.88
22796944--22797001	18	3.3	18	77	18	59	74	0	25	0	0.82
22796928--22797003	31	2.5	31	82	8	93	75	0	25	0	0.81
22796929--22797020	17	5.2	18	73	17	68	78	0	19	2	0.86
22796929--22797009	6	13.5	6	69	19	53	76	0	22	1	0.86
22797626--22797668	19	2.2	20	92	8	72	53	2	6	37	1.41
22797610--22797724	56	2.1	56	81	6	135	40	12	8	39	1.73
22797677--22797824	52	2.9	51	77	9	140	33	14	7	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22797730--22797828	19	5.7	18	70	15	75	31	12	5	51	1.60
22797921--22797962	20	2.0	21	86	4	59	42	9	9	38	1.70
22797940--22798009	18	3.9	18	79	3	70	30	14	10	45	1.77
22798028--22798252	17	12.9	17	77	14	210	29	11	12	47	1.76
22798028--22798261	35	6.7	34	80	10	251	30	11	11	46	1.76
22798038--22798261	69	3.2	68	85	9	301	29	11	12	46	1.76
22801258--22801304	18	2.6	18	86	0	67	17	2	40	40	1.61
22806013--22806068	21	2.7	21	72	10	51	50	16	14	19	1.79
22809517--22809582	34	1.9	35	84	9	91	48	4	1	45	1.32
22810795--22810842	17	2.9	17	90	3	71	27	2	20	50	1.60
22811259--22811295	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22811663--22811707	20	2.6	16	83	16	54	31	26	0	42	1.56
22812212--22812242	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
22812332--22812357	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
22813328--22813509	46	4.0	46	94	2	305	37	9	24	28	1.87
22820057--22820141	26	3.3	26	88	0	116	42	20	11	25	1.86
22820057--22820152	26	3.7	26	79	8	79	41	18	13	26	1.88
22823667--22823693	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
22829169--22829213	17	2.6	17	92	0	72	20	0	6	73	1.05
22833433--22833469	2	18.5	2	88	0	56	43	0	2	54	1.14
22836754--22836796	14	3.0	14	86	3	50	58	4	2	34	1.32
22837022--22837063	4	10.8	4	84	5	59	71	0	4	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22838693--22838776	42	2.0	42	81	4	98	16	28	27	27	1.97
22840358--22840442	3	27.3	3	75	15	75	60	3	2	34	1.27
22840346--22840442	30	3.3	28	76	18	74	58	3	3	35	1.29
22840421--22840458	14	2.6	15	88	12	53	63	0	2	34	1.09
22840978--22841029	21	2.4	21	84	12	70	78	7	9	3	1.06
22841926--22843067	100	11.4	100	89	1	1624	22	25	23	29	1.99
22841918--22843067	401	2.9	398	88	1	1701	22	25	23	29	1.99
22844364--22844410	15	3.1	15	76	11	51	12	19	0	68	1.21
22849315--22849399	3	27.3	3	75	15	75	60	3	2	34	1.27
22849378--22849415	14	2.6	15	88	12	53	63	0	2	34	1.09
22849937--22849988	21	2.4	21	84	12	70	78	7	9	3	1.06
22853377--22853507	50	2.6	52	78	7	144	28	22	25	22	1.99
22859750--22859792	15	2.9	15	79	3	52	58	2	0	39	1.11
22860097--22860152	21	2.7	21	70	10	51	33	26	17	21	1.96
22860893--22860969	28	2.8	27	79	11	77	31	1	3	63	1.20
22860963--22861014	20	2.7	20	72	3	52	44	0	1	53	1.11
22861131--22861170	20	2.0	21	85	5	55	35	0	5	60	1.19
22867288--22867329	22	1.9	22	95	0	75	28	4	14	52	1.62
22873150--22873179	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22873308--22873409	41	2.5	41	91	0	168	30	26	21	21	1.98
22892366--22892897	44	12.1	45	78	6	554	28	15	25	30	1.96
22905887--22906042	44	3.5	44	76	9	147	29	16	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22906468--22906529	1	62.0	1	100	0	124	0	100	0	0	0.00
22914267--22914306	20	2.0	20	85	0	53	45	5	5	45	1.47
22923537--22923561	11	2.3	11	100	0	50	48	16	24	12	1.79
22926864--22926909	23	2.0	24	91	4	76	34	2	2	60	1.21
22930594--22930622	9	3.0	10	90	10	51	20	0	0	79	0.74
22930594--22930622	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
22932945--22933088	49	2.9	49	91	1	216	24	15	29	30	1.96
22936219--22936590	46	8.6	45	83	12	460	34	14	22	28	1.93
22936301--22936455	36	4.0	36	79	15	184	36	14	20	28	1.92
22936255--22936590	82	4.0	81	87	7	460	34	15	22	28	1.94
22936219--22936590	128	2.9	126	80	14	440	34	14	22	28	1.93
22939376--22939470	29	3.2	29	80	1	100	32	23	4	40	1.74
22939425--22939484	30	2.0	31	86	3	86	36	18	6	38	1.77
22939944--22940050	3	35.0	3	76	14	78	72	0	27	0	0.84
22939948--22940068	13	9.2	13	71	16	81	74	0	25	0	0.82
22939945--22940060	36	3.3	34	80	12	121	74	0	25	0	0.82
22939945--22940066	6	19.3	6	76	15	86	74	0	25	0	0.82
22939948--22940067	26	4.6	27	78	16	110	75	0	25	0	0.81
22940501--22940544	5	8.4	5	83	14	54	20	0	2	77	0.88
22940501--22940543	16	2.6	17	76	23	56	20	0	2	76	0.89
22940490--22940538	22	2.3	21	83	13	64	22	0	4	73	1.00
22940849--22940881	14	2.2	15	89	10	50	27	9	12	51	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22940923--22940986	21	3.1	21	77	2	67	42	14	9	34	1.77
22940941--22941128	18	10.4	18	69	13	66	35	12	9	42	1.75
22941031--22941185	53	2.9	53	80	7	161	36	11	10	41	1.76
22941090--22941119	15	1.9	16	93	6	53	36	10	13	40	1.78
22940982--22941182	18	11.3	17	72	13	122	34	11	10	43	1.76
22940964--22941181	17	12.3	18	74	14	141	33	12	10	43	1.77
22942607--22942631	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
22954871--22954927	27	2.1	27	83	6	71	64	0	1	33	1.04
22955105--22955166	18	3.4	18	74	12	72	62	3	11	22	1.42
22955108--22955167	19	3.2	19	72	13	70	65	3	11	20	1.39
22955096--22955174	37	2.1	37	100	0	158	65	2	10	21	1.34
22956413--22956450	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
22956451--22956619	72	2.3	72	100	0	338	26	5	25	42	1.76
22956592--22956648	29	2.0	29	100	0	114	31	3	29	35	1.75
22956520--22956720	101	2.0	101	99	0	393	28	4	26	40	1.77
22960954--22961015	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
22961016--22961184	72	2.3	72	100	0	338	26	5	25	42	1.76
22961157--22961213	29	2.0	29	100	0	114	31	3	29	35	1.75
22961085--22961285	101	2.0	101	99	0	393	28	4	26	40	1.77
22961369--22961641	136	2.0	136	100	0	546	18	22	12	46	1.83
22965167--22965197	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22965251--22965287	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22965559--22965591	7	4.7	7	100	0	66	15	69	0	15	1.19
22972081--22972145	19	3.5	18	75	14	53	24	3	9	63	1.39
22979299--22979340	16	2.6	16	84	0	57	35	4	28	30	1.78
22979548--22979602	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
22980768--22980853	36	2.4	37	90	2	129	53	12	27	5	1.61
22981639--22981665	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
22982728--22982772	20	2.2	21	88	4	65	24	2	2	71	1.09
22994921--22994970	16	3.5	15	71	18	52	58	14	8	20	1.61
22999084--22999131	15	3.3	15	85	5	55	37	14	2	45	1.57
22999097--22999137	15	2.7	15	88	0	55	31	17	0	51	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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