genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22356487--22356545	31	1.9	31	86	3	84	69	3	6	20	1.26
22356558--22356653	10	10.4	10	68	25	52	60	2	2	35	1.20
22356559--22356653	27	3.5	26	78	13	77	61	2	2	34	1.20
22356558--22356653	19	5.2	19	73	14	67	60	2	2	35	1.20
22356689--22356741	20	2.5	22	78	9	56	66	3	1	28	1.20
22357363--22357424	25	2.3	27	76	17	67	41	4	0	53	1.22
22376412--22376447	19	1.9	18	88	5	54	63	8	2	25	1.36
22376759--22376820	32	1.9	32	86	0	88	70	3	6	19	1.22
22376833--22376929	9	10.4	10	68	23	52	60	2	2	35	1.20
22376833--22376929	19	5.2	19	71	16	60	60	2	2	35	1.20
22377638--22377699	25	2.3	27	76	17	67	41	4	0	53	1.22
22385948--22385978	7	4.4	7	95	0	53	64	0	35	0	0.94
22395409--22395455	23	2.0	23	100	0	94	34	25	4	36	1.76
22397571--22397650	40	2.0	40	100	0	160	25	25	5	45	1.73
22403791--22403829	13	3.0	12	82	17	51	51	0	0	48	1.00
22408305--22408332	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
22409587--22409639	23	2.2	24	78	21	58	33	1	5	58	1.32
22412928--22412964	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
22413096--22413138	21	2.0	21	86	0	59	20	30	0	48	1.50
22415505--22415534	16	1.9	16	93	6	53	43	0	16	40	1.48
22416886--22416935	15	3.3	15	74	0	55	58	2	8	32	1.39
22420168--22420206	20	2.1	19	85	9	53	56	5	0	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22422963--22422996	15	2.3	15	89	0	50	44	0	20	35	1.52
22441781--22441816	13	2.8	12	91	8	54	30	0	0	69	0.89
22442105--22442165	27	2.2	28	85	5	81	54	13	11	21	1.70
22445129--22445172	20	2.2	20	83	0	52	52	0	20	27	1.47
22450943--22451008	33	1.9	35	84	6	91	30	16	13	39	1.87
22461093--22461246	21	7.3	21	78	4	134	14	21	16	46	1.83
22461092--22461246	42	3.7	42	85	1	186	14	21	16	47	1.83
22461109--22461246	63	2.2	63	85	5	190	15	21	17	45	1.85
22469513--22469632	61	2.0	61	80	14	140	45	12	5	36	1.66
22470159--22470203	23	2.0	23	100	0	90	35	20	13	31	1.91
22477135--22477201	29	2.3	29	85	7	84	46	19	13	20	1.83
22479523--22479557	5	7.0	5	100	0	70	0	20	60	20	1.37
22492917--22492943	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
22500817--22500908	3	30.7	3	75	8	71	27	35	4	32	1.77
22508553--22508677	18	6.9	18	89	0	178	29	23	13	33	1.93
22520212--22520252	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
22526064--22526358	128	2.3	127	83	4	371	52	7	3	36	1.44
22527060--22527150	30	3.0	30	96	0	173	27	9	19	42	1.83
22532688--22532733	23	2.0	23	95	0	83	39	10	26	23	1.88
22540430--22540495	35	1.9	34	87	9	98	50	4	0	45	1.22
22544222--22544264	22	2.0	22	85	0	59	55	11	13	18	1.68
22563529--22563572	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22564732--22564774	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
22573534--22573569	17	2.1	17	100	0	72	36	5	13	44	1.68
22581978--22582009	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
22587386--22587422	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
22587334--22587574	57	4.3	57	85	7	316	29	23	13	34	1.92
22591248--22591283	17	2.1	18	89	5	56	11	5	25	58	1.54
22594551--22594577	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
22597152--22597218	34	2.0	34	96	0	125	52	25	2	19	1.60
22600550--22600617	25	2.7	25	83	0	82	35	14	25	25	1.94
22603000--22603046	24	2.0	23	84	12	60	23	2	6	68	1.24
22605701--22606024	165	2.0	165	95	0	585	48	4	17	30	1.65
22617828--22617871	18	2.4	18	88	3	61	70	4	11	13	1.31
22618901--22619047	39	3.7	39	87	1	204	21	20	18	39	1.93
22618890--22619041	79	1.9	79	89	2	234	23	21	17	38	1.93
22625297--22625338	18	2.4	19	88	11	63	50	9	0	40	1.35
22626066--22626262	98	2.0	98	94	0	349	37	23	9	29	1.87
22626959--22626993	16	2.2	16	89	0	52	60	2	8	28	1.41
22627604--22627695	19	4.8	19	86	0	139	34	14	9	41	1.78
22627581--22627695	38	2.9	38	85	5	140	37	13	8	40	1.76
22629318--22629360	20	2.2	20	91	0	68	44	4	0	51	1.22
22633545--22633599	23	2.6	21	80	13	60	54	7	1	36	1.39
22643318--22643419	49	2.1	49	100	0	204	42	15	3	38	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22645084--22645456	185	2.0	185	99	0	737	26	25	16	32	1.96
22646022--22646076	17	3.1	17	74	23	58	43	1	0	54	1.10
22646940--22646972	16	2.1	17	88	11	52	45	0	0	54	0.99
22647040--22647105	21	3.2	21	66	12	55	57	4	1	36	1.28
22647029--22647121	41	2.2	41	90	1	141	52	3	3	40	1.33
22651524--22651679	42	3.7	42	87	0	204	22	21	24	32	1.98
22651521--22651770	42	5.9	41	80	2	135	25	20	21	32	1.98
22652151--22652201	21	2.4	21	86	0	66	3	45	17	33	1.67
22669302--22669335	7	4.9	7	88	0	50	26	0	14	58	1.36
22669871--22669923	25	2.2	23	84	15	72	3	20	0	75	0.96
22672134--22672219	44	2.0	43	86	6	120	50	4	9	36	1.56
22710999--22711032	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
22715639--22715672	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
22717194--22717251	22	2.7	22	89	7	84	70	0	5	24	1.07
22717187--22717251	4	15.0	4	73	20	51	69	0	4	26	1.08
22717183--22717251	22	2.8	24	78	17	79	68	0	5	26	1.12
22719325--22719505	89	2.0	89	95	0	326	48	5	6	39	1.51
22722608--22724407	899	2.0	894	94	1	3151	34	17	11	36	1.86
22726609--22726708	50	2.0	50	86	2	137	36	21	4	39	1.72
22728388--22728451	31	2.1	31	82	5	76	39	9	10	40	1.73
22731039--22731084	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
22731928--22732125	41	4.8	41	89	0	279	19	20	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22732983--22733076	48	2.0	47	85	6	127	27	13	20	38	1.90
22735611--22735644	6	6.0	6	93	6	54	0	52	47	0	1.00
22735682--22735707	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
22735658--22735737	41	2.0	40	92	2	133	33	3	0	62	1.13
22735693--22735774	28	2.9	29	92	7	141	31	2	0	65	1.05
22735741--22735780	19	2.0	20	95	4	73	37	0	0	62	0.95
22735704--22735774	9	7.6	9	71	13	54	29	1	0	69	0.98
22735745--22735786	19	2.2	19	83	8	50	38	0	0	61	0.96
22735744--22735787	20	2.3	19	88	4	61	36	0	0	63	0.95
22737314--22737549	50	4.7	50	75	8	181	29	26	17	26	1.97
22740898--22740933	18	2.0	18	100	0	72	27	5	11	55	1.57
22741251--22741393	57	2.4	59	86	9	193	21	25	20	31	1.98
22744019--22744103	20	4.1	20	76	11	80	12	21	24	41	1.88
22744032--22744157	44	2.9	44	83	3	164	12	15	25	46	1.82
22744056--22744126	24	3.1	24	75	19	80	12	12	29	45	1.79
22744060--22744130	22	3.2	22	72	18	67	14	11	26	47	1.77
22744580--22744624	15	3.0	15	81	12	65	66	0	0	33	0.92
22746634--22746883	110	2.3	110	93	0	428	35	16	14	34	1.88
22747346--22747376	13	2.4	13	88	0	53	64	3	0	32	1.09
22747514--22747552	3	13.0	3	88	0	60	66	5	0	28	1.12
22748627--22748695	35	1.9	37	83	13	92	1	4	40	53	1.30
22748775--22748967	98	2.0	98	84	1	253	47	8	11	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22751584--22751635	9	5.8	9	86	8	61	50	15	9	25	1.74
22751575--22751615	18	2.3	18	86	0	55	53	12	7	26	1.64
22751575--22751634	27	2.2	27	82	5	68	50	15	8	26	1.72
22751771--22751814	18	2.4	18	84	0	52	13	0	40	45	1.44
22758257--22758291	6	5.7	6	93	6	61	54	31	0	14	1.40
22758257--22758291	13	2.8	12	95	4	61	54	31	0	14	1.40
22778679--22778704	5	5.2	5	100	0	52	0	19	61	19	1.35
22780923--22780978	22	2.5	22	77	5	60	23	3	8	64	1.38
22780931--22780971	11	3.7	11	83	0	55	26	4	2	65	1.25
22786736--22786768	2	16.5	2	93	0	57	3	48	0	48	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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