genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1203647--1203680	16	2.1	16	88	0	50	2	23	58	14	1.50
1203772--1203833	27	2.4	26	86	5	81	61	1	0	37	1.06
1203778--1203862	38	2.2	38	77	10	93	65	1	1	31	1.07
1205537--1205594	24	2.4	24	82	5	64	17	31	22	29	1.96
1212114--1212190	30	2.5	32	74	23	83	62	5	0	32	1.17
1218434--1218486	26	2.0	26	88	0	79	22	26	24	26	2.00
1226697--1226727	4	7.8	4	92	0	53	29	22	22	25	1.99
1231642--1231838	72	2.7	73	81	6	236	38	14	6	41	1.70
1232271--1232332	26	2.4	26	94	0	115	41	8	0	50	1.32
1232388--1232439	27	1.9	27	96	0	95	26	23	30	19	1.98
1232743--1232806	19	3.4	19	78	4	85	35	10	1	51	1.47
1233041--1233099	19	3.2	18	79	13	66	50	0	11	37	1.39
1233041--1233091	18	2.8	18	82	8	59	52	0	11	35	1.38
1233648--1233699	27	1.9	27	96	0	95	19	32	23	25	1.97
1233759--1233822	28	2.4	28	94	5	114	48	0	10	40	1.38
1235846--1235875	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
1236757--1236787	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
1249331--1249393	30	2.0	32	87	6	94	52	1	1	44	1.20
1250084--1250137	24	2.2	25	86	3	74	66	14	1	16	1.34
1254512--1254549	3	12.7	3	88	0	58	36	31	28	2	1.71
1254933--1254976	20	2.2	20	84	8	54	40	2	0	56	1.11
1259162--1259297	51	2.7	51	78	0	164	39	5	13	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1272625--1272767	75	1.9	75	89	2	225	23	42	16	16	1.88
1272671--1272853	99	1.8	99	87	2	269	24	40	16	18	1.90
1272746--1272791	24	1.9	24	90	0	74	26	41	13	19	1.88
1272799--1273131	93	3.6	92	76	6	321	22	41	16	19	1.90
1274468--1274519	15	3.5	14	80	15	52	78	7	0	13	0.94
1274463--1274490	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
1274705--1274808	3	35.0	3	71	19	60	62	1	3	31	1.24
1288788--1288950	82	2.0	82	93	0	281	32	17	15	34	1.91
1290250--1290310	17	3.5	17	73	8	68	47	16	11	24	1.79
1290250--1290322	36	2.0	36	97	0	137	47	15	15	21	1.81
1295134--1295177	23	1.9	23	90	0	70	56	11	22	9	1.62
1301796--1301865	31	2.3	31	77	2	79	35	20	4	40	1.72
1304881--1304995	21	5.5	21	69	8	72	18	20	17	43	1.88
1304881--1305010	42	3.1	42	70	8	113	18	20	16	43	1.88
1308973--1309020	20	2.4	20	89	0	78	39	2	18	39	1.63
1309249--1309396	58	2.6	58	84	0	188	46	15	10	27	1.79
1309288--1309418	58	2.3	58	81	4	149	49	14	10	25	1.75
1310344--1310396	27	2.0	26	82	10	63	58	3	1	35	1.27
1325171--1325208	7	5.4	7	84	9	51	2	10	0	86	0.66
1325171--1325199	13	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
1325667--1325718	18	2.7	20	74	17	56	59	0	3	36	1.16
1325792--1325868	14	5.0	15	72	20	61	44	14	7	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1325808--1325847	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
1325796--1325862	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
1326081--1326117	19	1.9	19	89	10	58	72	5	2	18	1.15
1326789--1326828	21	2.0	20	90	5	62	40	2	17	40	1.63
1332166--1332223	10	5.9	10	84	6	57	75	3	17	3	1.07
1332863--1332911	12	4.2	12	81	5	55	34	2	4	59	1.28
1333263--1333358	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
1334845--1334905	16	3.5	16	68	20	50	59	1	16	22	1.46
1334833--1334906	37	2.0	37	100	0	148	59	2	16	21	1.49
1335449--1335499	19	2.6	19	87	3	66	35	3	1	58	1.28
1343986--1344028	21	2.0	21	100	0	86	46	4	9	39	1.57
1350813--1350864	14	3.6	14	82	7	52	51	7	0	40	1.30
1352887--1352932	17	2.7	17	81	15	51	50	4	2	43	1.34
1352898--1352932	18	2.0	17	88	5	52	51	5	0	42	1.25
1359382--1359524	69	2.1	69	100	0	286	21	25	18	34	1.96
1372185--1372369	91	2.0	91	97	0	352	20	14	18	45	1.84
1373022--1373083	21	3.0	21	80	0	70	35	8	38	17	1.80
1373088--1373122	15	2.3	15	90	0	52	45	2	45	5	1.41
1382328--1382367	18	2.2	18	86	8	55	57	7	5	30	1.48
1383444--1383499	18	3.2	17	75	9	51	60	3	0	35	1.14
1387742--1388021	46	6.6	45	85	10	312	35	13	21	28	1.92
1387778--1387886	36	3.0	36	95	0	191	38	11	20	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389282--1389335	14	3.8	14	75	22	58	59	1	3	35	1.26
1389283--1389335	16	3.2	17	74	15	58	60	1	3	33	1.26
1398415--1398468	25	2.2	25	100	0	108	48	7	11	33	1.67
1405176--1405232	9	6.2	10	76	15	61	47	21	8	22	1.78
1405176--1405232	18	3.1	19	80	7	73	47	21	8	22	1.78
1405176--1405229	27	2.0	27	89	7	83	46	22	7	24	1.77
1421435--1421580	41	3.6	41	90	5	217	28	25	19	26	1.98
1462148--1462202	17	3.1	18	78	5	58	69	3	1	25	1.15
1462174--1462208	16	2.3	15	90	5	52	77	2	0	20	0.90
1467274--1467350	31	2.5	31	85	2	111	40	12	7	38	1.73
1471592--1471726	67	2.0	67	92	0	225	43	15	11	29	1.81
1475412--1475457	22	2.0	22	87	4	65	36	0	15	47	1.45
1475414--1475463	22	2.2	23	82	3	57	38	0	14	48	1.44
1475978--1476077	43	2.3	43	86	3	139	20	17	28	35	1.94
1476006--1476102	43	2.3	43	78	10	108	25	19	26	27	1.99
1476250--1476285	19	1.9	18	88	5	54	66	5	0	27	1.13
1476449--1476503	21	2.6	21	91	0	92	5	47	10	36	1.62
1480387--1480589	37	5.5	37	94	1	338	38	14	22	24	1.91
1481843--1482010	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
1481862--1481952	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
1481903--1482045	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
1485233--1485472	46	5.3	46	82	11	273	36	14	21	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485167--1485418	98	2.6	98	94	0	450	34	15	21	28	1.94
1485399--1485527	37	3.5	36	94	2	213	36	17	20	26	1.94
1485399--1485544	74	2.0	72	89	5	222	36	15	22	25	1.94
1486463--1486890	9	49.8	9	66	23	203	31	0	22	45	1.59
1486463--1486636	43	4.2	42	78	13	148	31	1	21	45	1.62
1486479--1486862	53	7.0	56	73	17	180	32	1	21	44	1.60
1486500--1486890	25	15.1	26	78	15	274	32	0	21	45	1.58
1486581--1486608	13	2.2	13	100	0	56	35	0	25	39	1.56
1486572--1486661	22	4.1	22	74	21	82	34	1	21	43	1.60
1486636--1486786	19	8.5	19	62	25	62	33	0	21	45	1.57
1486810--1486893	43	2.0	43	85	0	114	26	0	25	48	1.51
1486977--1487184	92	2.3	92	97	0	391	49	3	1	45	1.31
1489523--1489604	41	2.0	42	83	9	107	34	23	12	30	1.91
1490283--1490368	39	2.2	39	87	6	122	39	40	2	17	1.62
1491080--1491154	31	2.4	32	79	2	80	37	37	2	22	1.69
1491425--1491478	22	2.5	22	87	0	72	50	37	0	12	1.41
1491425--1491478	15	3.7	14	85	7	63	50	37	0	12	1.41
1491425--1491478	7	7.4	7	81	8	63	50	37	0	12	1.41
1491763--1492311	114	4.8	112	76	11	465	28	25	22	23	1.99
1491842--1492286	228	2.0	226	81	7	537	28	26	23	21	1.99
1493021--1493053	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
1500629--1500673	4	11.2	4	95	0	81	22	0	28	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1505554--1505647	47	2.0	47	97	0	179	42	11	19	26	1.85
1512936--1512976	20	2.0	20	100	0	82	36	0	0	63	0.95
1528702--1528726	3	8.3	3	100	0	50	32	36	32	0	1.58
1530308--1530361	29	1.9	28	82	14	67	59	3	9	27	1.45
1531852--1531963	34	3.3	35	79	12	133	38	0	17	43	1.50
1532050--1532423	124	3.0	123	88	1	541	36	15	18	29	1.91
1535447--1535488	15	2.8	15	89	7	59	54	4	0	40	1.21
1536524--1536548	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
1536974--1537025	27	1.9	27	96	0	95	28	1	0	69	0.99
1536964--1537032	27	2.5	27	85	2	93	33	1	0	65	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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