genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27009217--27009257	13	3.1	14	82	10	59	56	0	0	43	0.99
27014680--27014728	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
27014966--27015175	47	4.5	47	91	5	327	32	11	14	40	1.83
27014966--27015173	95	2.2	93	91	5	330	33	12	14	40	1.83
27014969--27015205	47	5.1	45	87	7	214	32	11	15	40	1.83
27015633--27015818	43	4.3	43	89	0	257	30	32	17	19	1.95
27016159--27016224	19	3.3	19	69	19	62	59	21	3	16	1.51
27016143--27016224	41	2.0	41	95	0	146	57	20	6	15	1.60
27018698--27018725	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27019645--27019702	20	3.1	18	74	18	55	58	0	5	36	1.20
27019833--27019859	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
27020343--27020387	7	6.4	7	86	0	63	33	46	0	20	1.51
27020344--27020522	96	1.9	97	83	5	238	39	32	1	25	1.66
27020700--27020736	14	2.6	14	91	0	65	45	29	0	24	1.53
27021076--27021315	41	5.9	41	90	0	372	28	28	23	19	1.98
27021076--27021313	123	1.9	123	93	0	413	28	27	23	19	1.98
27021351--27021484	40	3.4	38	78	8	144	20	20	22	36	1.95
27028625--27028764	71	2.0	71	81	2	165	40	17	13	29	1.87
27034570--27034620	15	3.4	15	80	20	70	41	29	0	29	1.57
27034561--27034635	30	2.4	30	93	4	123	42	25	1	30	1.63
27034559--27034636	15	5.5	14	78	21	67	41	25	1	32	1.64
27036900--27036959	21	2.9	21	82	0	75	38	5	20	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27036942--27036987	18	2.6	17	83	10	56	30	8	23	36	1.85
27043468--27043600	65	2.0	65	98	0	257	40	18	9	30	1.83
27043478--27043579	31	3.2	31	67	22	93	40	17	8	33	1.81
27044495--27044537	21	2.0	21	82	8	52	41	18	6	32	1.77
27044791--27044852	30	2.1	30	90	0	97	32	11	16	40	1.83
27045285--27045394	57	1.9	57	94	0	193	38	9	2	50	1.49
27048206--27048280	30	2.4	30	93	4	123	44	24	0	32	1.54
27048219--27048281	15	4.1	17	80	19	84	42	25	0	31	1.55
27068528--27068629	31	3.3	31	83	1	116	35	11	11	41	1.78
27068539--27068630	31	3.0	30	83	1	121	34	11	9	43	1.75
27068662--27068785	65	1.9	65	91	0	203	39	17	16	26	1.90
27085954--27086122	69	2.4	68	92	1	266	38	8	11	42	1.71
27091623--27091653	15	2.1	15	93	0	53	77	6	12	3	1.08
27097511--27097602	46	2.0	47	82	2	114	31	17	9	41	1.82
27102690--27102913	73	3.1	73	98	0	430	49	18	10	21	1.77
27106572--27106780	106	2.0	106	94	1	366	39	18	12	29	1.88
27107862--27107887	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27113543--27113580	16	2.4	17	82	13	53	52	0	0	47	1.00
27124765--27124809	17	2.6	17	78	0	63	48	0	0	51	1.00
27125223--27125274	21	2.5	21	90	0	77	32	36	7	23	1.83
27127976--27128050	37	2.0	38	84	5	98	66	1	0	32	1.00
27130694--27130732	19	2.1	19	100	0	78	20	15	10	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27130831--27130874	23	1.9	23	81	9	54	63	4	15	15	1.46
27132691--27132716	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27136286--27136490	107	1.9	108	90	6	328	35	18	16	29	1.93
27137430--27137505	29	2.6	28	81	10	80	61	5	1	31	1.26
27138171--27138221	25	2.0	25	88	0	75	78	7	5	7	1.09
27139214--27139389	50	3.5	48	67	6	136	27	20	19	32	1.97
27139141--27139447	100	3.1	99	85	1	389	28	20	18	31	1.97
27139455--27139944	89	5.5	89	90	1	732	21	24	26	27	1.99
27139455--27139944	177	2.8	177	89	1	748	21	24	26	27	1.99
27139455--27139944	266	1.8	266	89	0	766	21	24	26	27	1.99
27141136--27141207	6	12.0	6	80	11	85	0	19	0	80	0.71
27141138--27141215	32	2.2	34	79	18	72	0	20	0	79	0.73
27141136--27141217	26	3.2	26	84	8	96	0	19	0	80	0.71
27141138--27141215	9	8.9	9	74	19	67	0	20	0	79	0.73
27141142--27141218	14	5.6	14	80	17	83	0	19	0	80	0.71
27145515--27145718	106	1.9	106	89	2	320	35	19	15	29	1.92
27146567--27146607	12	3.6	12	77	9	50	56	0	2	41	1.13
27146664--27146739	29	2.6	28	81	10	80	61	5	1	31	1.26
27151591--27151645	28	2.0	28	85	7	76	25	20	10	43	1.84
27153488--27153952	23	20.0	23	76	3	446	41	16	13	27	1.87
27153448--27153956	47	10.8	47	84	2	596	41	16	13	28	1.87
27153448--27153956	93	5.4	92	87	3	640	41	16	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27154845--27154960	43	2.7	43	82	12	148	28	30	19	21	1.98
27160177--27160279	27	3.8	27	81	7	120	22	23	34	19	1.96
27160526--27160551	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
27163597--27163623	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
27167135--27167202	21	3.2	21	75	10	75	0	29	0	70	0.87
27167162--27167320	5	32.6	5	70	13	75	0	32	0	67	0.96
27167171--27167319	4	36.0	4	69	24	71	0	30	0	68	0.95
27167103--27167291	77	2.6	74	89	5	287	0	31	0	68	0.94
27167164--27167320	10	16.6	10	70	22	85	0	31	0	67	0.95
27167362--27167440	27	2.9	27	90	0	122	16	37	21	24	1.93
27168032--27168141	43	2.6	43	77	8	107	24	20	27	27	1.99
27181102--27181187	30	2.9	30	89	0	127	29	24	13	32	1.94
27184468--27184600	66	2.0	66	100	0	266	24	13	25	36	1.92
27193154--27193203	16	3.2	15	81	13	57	56	0	8	36	1.29
27195092--27195134	22	2.0	21	82	17	52	55	0	6	37	1.27
27200137--27200181	21	2.2	21	84	4	56	11	13	11	64	1.50
27201535--27201576	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27205542--27205593	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
27209703--27209842	47	3.0	47	94	0	244	37	16	21	24	1.93
27213609--27213633	10	2.5	10	100	0	50	8	8	16	68	1.38
27215353--27215411	18	3.2	19	75	15	61	54	0	3	42	1.17
27215476--27215513	20	1.9	20	84	10	51	42	10	5	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27216402--27216432	7	4.4	7	95	0	53	25	3	0	70	1.02
27218186--27218227	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
27218248--27218304	4	14.2	4	96	0	105	26	0	22	50	1.49
27219768--27219801	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
27221980--27222045	24	2.6	26	75	15	66	60	0	1	37	1.06
27224478--27224549	35	2.1	35	100	0	144	52	2	5	38	1.39
27226579--27226690	54	2.1	54	96	0	206	32	10	10	46	1.73
27226856--27226911	24	2.4	23	82	8	69	44	1	0	53	1.11
27226870--27226903	17	2.0	17	88	11	52	38	0	0	61	0.96
27227214--27227254	21	2.0	21	100	0	82	43	9	4	41	1.59
27228163--27228376	110	2.0	110	84	2	288	41	5	8	44	1.58
27228632--27228709	31	2.5	32	89	8	124	35	3	0	60	1.15
27250917--27251131	107	2.0	106	85	0	286	27	10	12	50	1.72
27251176--27251374	108	1.9	107	91	1	326	25	11	12	51	1.71
27251130--27251606	244	1.9	243	89	5	735	27	12	13	46	1.79
27251382--27251606	114	2.0	114	94	3	400	29	11	14	45	1.79
27252225--27252266	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
27252221--27252267	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
27252452--27252507	30	1.9	28	85	7	76	33	39	0	26	1.57
27252833--27253369	114	4.7	113	85	4	693	26	25	22	25	2.00
27253438--27253463	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
27253581--27253630	20	2.5	20	87	6	66	48	36	0	16	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27253677--27253703	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
27254436--27254635	72	2.8	70	78	4	197	27	24	23	24	2.00
27270125--27270173	23	2.0	25	84	7	66	34	14	6	44	1.70
27271833--27271871	16	2.6	15	84	8	53	56	0	0	43	0.99
27276348--27276389	20	2.1	20	100	0	84	26	9	9	54	1.63
27277850--27277889	10	3.7	10	81	18	53	65	5	0	30	1.14
27277897--27277926	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
27278655--27278700	24	1.9	24	81	0	56	45	0	4	50	1.21
27280338--27280377	18	2.2	18	86	0	53	72	10	7	10	1.28
27280473--27280707	128	1.8	128	86	7	341	55	5	9	29	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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