genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29098728--29098779	19	2.8	18	75	18	52	1	21	0	76	0.87
29098731--29098782	13	4.2	12	81	13	54	1	17	0	80	0.80
29103797--29103850	3	18.0	3	88	7	74	61	0	3	35	1.14
29116343--29116399	28	2.0	28	83	6	71	66	5	5	22	1.32
29116392--29116434	19	2.3	19	83	0	50	69	2	9	18	1.26
29130424--29131062	44	14.8	44	68	17	302	30	18	21	29	1.97
29130468--29131140	85	7.8	85	68	13	313	30	18	21	29	1.97
29130463--29131136	129	5.2	129	96	0	1195	30	18	21	30	1.97
29132857--29132888	14	2.1	16	88	11	50	34	15	3	46	1.62
29138914--29139001	45	2.0	45	97	0	167	46	15	5	31	1.70
29144604--29144705	50	2.0	50	100	0	204	40	18	17	23	1.91
29147885--29148618	365	2.0	365	99	0	1443	40	14	11	33	1.83
29154383--29154415	13	2.8	12	90	9	50	0	9	0	90	0.44
29156237--29157245	334	3.0	334	97	0	1876	33	21	11	33	1.90
29158699--29158771	30	2.4	30	81	0	74	49	5	4	41	1.45
29160750--29160791	18	2.4	18	88	4	59	47	0	0	52	1.00
29160783--29160824	18	2.3	19	80	12	52	66	4	0	28	1.12
29171826--29171960	58	2.3	58	77	11	141	21	16	10	51	1.73
29173790--29173820	14	2.2	14	94	0	53	38	12	9	38	1.77
29174844--29174883	21	1.9	21	100	0	80	30	30	5	35	1.79
29179132--29179242	23	5.0	23	77	15	101	19	22	21	36	1.96
29179556--29179600	23	1.9	24	86	13	67	53	0	15	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29189447--29189602	42	3.7	42	75	16	160	30	26	18	25	1.98
29195361--29195403	15	2.9	14	89	6	59	30	2	2	65	1.18
29200850--29200875	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
29201417--29201442	8	3.2	8	100	0	52	23	11	26	38	1.89
29207466--29207542	30	2.6	30	85	0	100	29	20	15	33	1.94
29207495--29207647	71	2.2	71	91	0	243	28	26	11	33	1.90
29207668--29207758	45	2.0	46	85	12	125	8	52	3	35	1.49
29213179--29213322	75	1.9	75	97	0	270	34	19	6	39	1.79
29214099--29214135	13	2.5	15	87	12	51	70	8	8	13	1.34
29214303--29214350	18	2.9	16	79	11	51	62	0	35	2	1.07
29217480--29217646	62	2.7	62	82	9	205	32	8	11	46	1.71
29218058--29218097	6	6.7	6	85	0	53	2	32	42	22	1.67
29218064--29218109	18	2.6	18	89	0	65	2	32	39	26	1.68
29218755--29218789	14	2.5	14	90	0	52	42	5	20	31	1.75
29221515--29221539	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
29225200--29225269	37	1.9	36	85	2	95	31	10	4	54	1.53
29225789--29225834	23	2.0	23	83	8	58	26	6	0	67	1.15
29229961--29230016	25	2.3	25	81	3	69	50	5	16	28	1.67
29233286--29233318	15	2.2	15	100	0	66	57	6	15	21	1.59
29233334--29233375	21	2.0	21	100	0	84	14	23	28	33	1.94
29240414--29240439	11	2.4	11	100	0	52	50	0	7	42	1.31
29246503--29246563	26	2.4	25	75	22	63	34	8	8	49	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29247415--29247699	143	2.0	143	97	0	534	28	14	15	41	1.87
29251866--29251923	5	11.6	5	80	7	64	24	34	0	41	1.55
29252823--29253220	51	7.8	51	73	7	283	28	25	15	30	1.96
29252929--29253011	26	3.2	26	66	10	71	33	27	9	28	1.88
29252828--29253220	102	3.9	102	84	3	463	29	25	15	30	1.95
29256332--29256438	44	2.5	44	87	1	153	32	26	16	24	1.96
29260087--29260138	21	2.5	21	80	0	59	26	5	32	34	1.80
29262180--29262220	16	2.6	16	84	7	57	46	4	0	48	1.23
29268033--29268067	17	2.1	17	94	5	63	28	2	11	57	1.48
29269615--29269665	20	2.5	20	84	6	59	52	0	3	43	1.19
29273600--29273779	43	4.2	43	76	9	161	32	27	18	22	1.97
29273600--29273779	86	2.1	86	83	4	220	32	27	18	22	1.97
29273625--29273846	86	2.6	83	81	7	223	30	27	18	23	1.97
29273748--29273857	41	2.6	42	73	11	100	33	24	16	25	1.96
29277236--29277590	148	2.4	148	90	0	561	32	13	15	38	1.86
29278401--29278468	21	3.2	22	77	6	77	39	33	0	26	1.57
29278909--29279142	41	5.7	41	88	1	326	29	24	21	24	1.99
29284622--29284669	26	1.9	25	87	8	71	20	6	6	66	1.36
29285833--29285876	16	2.7	17	86	10	65	40	2	27	29	1.68
29286569--29286598	10	2.8	11	95	5	53	13	6	0	80	0.91
29287195--29287251	3	18.3	3	78	7	60	35	7	0	57	1.26
29287195--29287245	13	4.1	12	78	9	57	35	5	0	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29287195--29287245	19	2.7	19	81	9	68	35	5	0	58	1.22
29287195--29287251	16	3.7	15	81	9	69	35	7	0	57	1.26
29287359--29287401	22	2.0	21	86	8	61	32	4	2	60	1.30
29292038--29292148	49	2.3	49	88	3	161	44	14	28	12	1.82
29292038--29292166	49	2.6	49	85	4	154	41	17	28	13	1.86
29293431--29294153	89	8.1	88	77	8	524	30	16	23	29	1.96
29293428--29294130	310	2.3	310	85	3	914	30	16	23	29	1.97
29293475--29294177	222	3.2	222	88	3	974	30	16	23	29	1.96
29293447--29294177	133	5.5	131	77	6	562	30	16	23	29	1.96
29295113--29295142	10	2.8	11	95	5	53	13	6	0	80	0.91
29295737--29295793	3	18.3	3	78	7	60	35	7	0	57	1.26
29295737--29295787	13	4.1	12	78	9	57	35	5	0	58	1.22
29295737--29295787	19	2.7	19	81	9	68	35	5	0	58	1.22
29295737--29295793	16	3.7	15	81	9	69	35	7	0	57	1.26
29296977--29297014	18	2.1	18	95	0	67	57	2	0	39	1.12
29297054--29297118	27	2.4	26	82	5	67	53	1	0	44	1.09
29297084--29297117	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
29297076--29297126	17	2.5	21	70	29	56	54	0	0	45	0.99
29297009--29297658	121	5.4	121	96	0	1182	51	5	1	42	1.33
29307215--29307267	26	2.0	27	82	10	65	45	32	5	16	1.71
29319838--29320273	44	9.6	44	76	13	368	32	17	20	30	1.96
29319838--29320128	132	2.2	132	88	4	419	32	16	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29321905--29321953	3	16.3	3	86	0	71	32	6	0	61	1.21
29326086--29326148	33	1.9	33	90	0	99	38	20	17	23	1.93
29330428--29330471	22	2.0	23	86	13	65	38	2	4	54	1.33
29334169--29334208	21	1.9	21	89	0	62	32	17	15	35	1.91
29340842--29340872	16	1.9	16	93	0	53	41	6	0	51	1.27
29341002--29341034	4	8.5	4	93	6	59	48	0	0	51	1.00
29344781--29344825	17	2.8	17	83	6	58	28	2	4	64	1.25
29345813--29345838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29346788--29346832	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
29356013--29356053	17	2.4	18	84	8	50	17	7	0	75	1.02
29363797--29363891	42	2.3	42	88	0	136	24	25	34	15	1.95
29364014--29365646	813	2.0	813	99	0	3221	27	15	20	37	1.92
29367458--29367490	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
29369224--29369582	44	8.0	44	75	8	260	28	18	18	33	1.95
29369240--29369582	88	3.8	87	76	9	289	28	19	18	33	1.95
29369329--29369633	138	2.2	138	81	3	337	29	19	18	33	1.95
29381115--29381143	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
29384822--29384871	13	3.5	16	70	30	58	48	4	0	48	1.20
29392627--29392666	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
29395461--29395490	16	1.9	15	93	6	51	53	16	0	30	1.44
29401795--29401837	8	5.1	8	91	8	68	23	4	0	72	1.04
29406237--29406265	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29408337--29408378	21	2.0	21	90	0	66	35	7	11	45	1.69
29409818--29409888	32	2.2	32	85	5	99	32	2	12	52	1.54
29412744--29412791	19	2.5	19	80	6	53	50	2	0	47	1.12
29413520--29413558	14	2.7	15	76	8	53	66	5	0	28	1.12
29422783--29422840	23	2.4	24	88	8	82	51	0	0	48	1.00
29422783--29422920	24	5.3	24	72	20	93	52	0	0	46	1.11
29422862--29422934	24	2.9	25	82	10	87	53	0	1	45	1.09
29423916--29423980	32	2.0	32	100	0	130	38	12	9	40	1.75
29425712--29425736	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
29425756--29425802	19	2.5	19	77	16	53	40	10	2	46	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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