genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21662049--21662085	15	2.4	16	90	4	58	72	2	0	24	0.97
21662081--21662196	30	3.9	29	81	7	117	31	21	3	43	1.69
21662442--21662491	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
21662445--21662487	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
21662547--21662592	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
21662550--21662578	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
21662547--21662592	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
21662547--21662605	25	2.3	24	85	8	73	67	0	32	0	0.91
21662878--21662955	23	3.5	22	80	16	79	83	0	16	0	0.65
21662895--21662945	7	6.9	7	93	6	75	86	0	13	0	0.58
21662878--21662954	16	5.1	15	84	12	95	83	0	16	0	0.66
21662891--21662956	8	8.4	8	93	6	93	83	0	16	0	0.65
21663496--21663551	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
21663496--21663569	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
21663619--21663672	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
21663496--21663941	17	25.1	18	70	16	152	33	11	9	45	1.74
21663669--21663734	22	3.0	21	88	4	87	43	7	7	40	1.61
21663517--21663942	18	24.0	17	68	20	107	33	11	9	45	1.73
21663920--21663966	19	2.3	19	80	20	51	51	8	6	34	1.58
21674828--21674939	45	2.5	44	78	7	111	44	16	25	13	1.84
21675713--21675939	122	1.9	122	86	1	330	28	14	22	35	1.92
21675867--21678079	143	15.6	144	94	4	3288	30	16	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21675867--21676290	72	5.9	72	91	4	610	31	16	19	33	1.94
21676303--21678075	72	24.8	72	96	2	3256	31	17	18	33	1.94
21676303--21678075	358	5.0	359	97	1	3277	31	17	18	33	1.94
21678159--21678191	14	2.4	14	95	5	59	12	9	9	69	1.36
21677990--21678181	86	2.2	87	77	11	214	24	18	16	40	1.91
21678204--21678450	53	4.6	54	89	6	380	30	15	18	35	1.92
21678694--21678729	15	2.4	16	90	9	58	72	2	0	25	0.98
21678725--21678841	30	3.9	29	80	7	119	30	21	3	44	1.69
21679087--21679136	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
21679090--21679132	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
21679192--21679237	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
21679195--21679223	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
21679192--21679237	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
21679192--21679250	25	2.3	24	85	8	73	67	0	32	0	0.91
21679359--21679389	16	1.9	16	93	0	53	77	12	6	3	1.08
21679525--21679600	23	3.3	22	76	20	84	82	0	17	0	0.66
21679528--21679601	22	3.4	21	80	14	71	82	0	17	0	0.67
21679525--21679599	15	5.1	15	84	12	93	82	0	17	0	0.67
21679550--21679590	7	5.7	7	94	5	73	87	0	12	0	0.53
21680140--21680195	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
21680140--21680213	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
21680263--21680316	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21680140--21680396	17	14.2	18	71	14	138	31	12	10	45	1.76
21680313--21680377	22	3.0	21	88	4	85	43	7	7	41	1.62
21680161--21680582	17	24.0	17	68	20	96	33	11	9	44	1.74
21680356--21680393	16	2.2	18	90	9	62	34	7	10	47	1.67
21680405--21680456	16	3.1	16	83	10	52	44	3	7	44	1.51
21680413--21680503	37	2.6	36	69	23	84	37	8	12	41	1.73
21680545--21680583	18	2.2	18	85	0	51	41	12	7	38	1.72
21681688--21681726	12	3.3	12	85	7	53	53	0	2	43	1.14
21681659--21681720	32	1.9	32	83	6	81	53	1	6	38	1.37
21687582--21687609	10	2.8	10	100	0	56	71	0	0	28	0.86
21688368--21688392	12	2.1	12	100	0	50	24	0	44	32	1.54
21692788--21692825	19	2.0	20	84	5	51	34	2	2	60	1.24
21695507--21695543	12	3.1	12	88	11	58	48	0	18	32	1.49
21700202--21700232	16	1.9	16	93	0	53	70	0	6	22	1.09
21710826--21710889	25	2.5	25	76	16	60	67	6	6	20	1.35
21710871--21710908	12	3.2	12	85	3	51	78	5	0	15	0.91
21710871--21710908	18	2.2	17	90	4	58	78	5	0	15	0.91
21712537--21712575	20	1.9	21	84	5	53	69	0	5	25	1.09
21712586--21712663	23	3.5	23	78	15	76	69	5	0	25	1.09
21712596--21712671	7	10.6	7	74	14	57	68	6	0	25	1.13
21712585--21712677	21	4.2	22	71	22	79	69	5	1	23	1.15
21712609--21712711	44	2.4	46	78	18	114	70	5	2	20	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21719163--21719231	27	2.8	26	82	10	74	59	2	30	7	1.39
21719180--21719239	27	2.2	27	90	0	93	51	3	30	15	1.59
21722317--21722482	51	3.3	51	96	0	305	28	21	15	34	1.94
21726641--21726667	14	1.9	14	100	0	54	77	0	7	14	0.97
21727433--21727531	3	33.0	3	100	0	198	66	0	33	0	0.92
21729988--21730026	11	3.5	11	82	0	51	48	2	0	48	1.15
21738190--21738254	34	1.9	34	90	0	103	50	20	9	20	1.74
21742980--21743034	20	2.6	21	77	5	58	36	1	16	45	1.58
21749905--21749958	21	2.6	21	84	0	72	29	5	29	35	1.80
21753559--21753913	130	2.7	130	91	0	548	27	24	19	28	1.99
21753611--21753792	43	4.2	43	67	4	105	26	27	18	26	1.98
21753820--21754111	45	6.4	45	65	13	130	28	23	19	28	1.98
21753818--21754011	95	2.0	95	95	0	352	28	22	19	29	1.98
21753913--21754746	134	6.2	134	96	1	1476	29	23	20	27	1.99
21754666--21755458	45	17.9	46	78	4	401	30	26	16	27	1.97
21754666--21755458	88	9.0	88	78	5	699	30	26	16	27	1.97
21754748--21755421	133	5.1	133	92	1	1084	30	26	16	26	1.97
21754748--21755397	265	2.5	265	96	0	1183	30	26	16	26	1.97
21755837--21756032	108	1.8	108	92	0	329	46	10	17	25	1.80
21757192--21757375	62	3.0	62	95	0	323	33	4	20	41	1.74
21769901--21769928	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
21773148--21773263	58	2.0	58	98	0	223	42	13	16	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21778286--21778340	24	2.3	24	84	6	76	25	9	47	18	1.78
21786740--21786786	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
21789072--21789217	61	2.4	61	79	6	154	39	14	6	39	1.73
21789412--21789538	60	2.1	58	78	8	137	35	7	18	39	1.78
21794904--21794938	15	2.4	15	90	4	54	82	0	11	5	0.82
21803720--21803797	27	2.8	28	90	1	122	20	10	8	60	1.56
21804546--21804600	9	6.8	9	71	21	50	41	3	0	54	1.18
21805394--21805449	16	3.6	16	75	20	55	44	3	0	51	1.18
21805405--21805459	22	2.5	22	82	2	67	52	1	0	45	1.11
21805624--21805661	16	2.4	16	90	0	58	36	13	0	50	1.42
21807272--21807318	16	2.9	16	77	20	53	14	8	0	76	1.01
21807488--21807579	47	2.0	47	95	0	166	21	14	17	46	1.83
21812691--21812738	22	2.1	22	81	11	53	20	6	8	64	1.43
21812748--21812809	23	2.5	25	75	19	58	19	9	0	70	1.14
21815091--21815134	19	2.2	19	84	8	52	50	13	11	25	1.75
21815616--21815734	23	5.2	23	77	8	89	51	24	13	10	1.73
21823111--21823165	27	2.0	27	92	0	92	45	29	0	25	1.54
21824035--21824187	26	6.2	26	67	19	85	39	17	20	22	1.92
21825294--21825448	30	5.2	30	78	13	133	33	23	4	38	1.75
21826279--21826324	17	2.6	17	83	12	58	30	15	8	45	1.76
21826519--21826558	21	1.9	21	94	0	71	42	7	10	40	1.67
21826576--21826760	18	10.5	17	67	15	65	34	12	9	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21826682--21826760	34	2.3	35	84	6	106	30	15	10	44	1.79
21826844--21827230	17	22.3	18	69	16	185	30	14	10	44	1.79
21826864--21827166	34	8.9	33	76	5	273	31	14	9	45	1.77
21826850--21827166	68	4.6	68	93	1	526	31	14	10	44	1.78
21826852--21827230	68	5.5	67	87	5	483	31	14	10	44	1.79
21833802--21833839	15	2.5	15	100	0	76	23	0	7	68	1.16
21833817--21834800	74	12.9	74	86	6	744	27	15	20	36	1.93
21834216--21834741	78	6.7	78	90	4	742	27	16	20	34	1.94
21833836--21834721	156	5.8	153	84	7	808	27	16	19	36	1.93
21834066--21834741	78	8.7	78	87	6	735	27	16	20	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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