genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  70  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25712363--25712665	167	1.8	168	88	0	464	35	17	12	34	1.87
25713389--25713525	63	2.2	62	78	18	135	48	0	1	49	1.15
25713447--25713530	19	4.4	18	75	13	55	51	0	1	47	1.08
25713443--25713525	27	3.0	26	75	20	80	50	0	1	48	1.08
25714948--25715131	71	2.6	71	100	0	368	38	17	11	31	1.87
25715661--25716090	4	107.5	4	88	1	594	25	1	28	44	1.62
25717747--25717808	25	2.5	25	84	7	74	50	19	30	0	1.48
25717751--25717818	25	2.9	23	80	8	73	47	19	30	2	1.64
25717909--25717937	15	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
25719450--25719496	21	2.2	21	81	7	60	48	17	12	21	1.79
25721532--25721668	42	3.3	42	79	5	125	45	17	21	15	1.84
25728811--25728967	42	3.7	41	80	3	152	45	17	21	15	1.86
25731192--25731263	17	3.9	17	73	23	65	37	1	0	61	1.05
25731217--25731293	30	2.4	33	85	12	106	36	2	0	61	1.10
25731191--25731275	41	2.1	39	93	4	143	36	2	0	61	1.09
25731208--25731275	11	6.4	11	74	17	63	36	2	0	60	1.12
25731188--25731276	11	8.7	11	70	17	59	35	2	0	61	1.08
25732025--25732065	20	2.0	20	86	9	57	60	4	0	34	1.18
25732544--25732577	18	1.9	17	88	5	50	35	5	17	41	1.74
25735437--25735467	7	4.4	7	100	0	62	16	41	25	16	1.88
25745320--25745574	124	2.1	123	88	3	377	29	15	23	31	1.95
25748749--25749783	28	38.5	28	76	14	976	30	0	22	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25748836--25748878	23	2.0	21	86	13	61	25	0	25	48	1.51
25748831--25748930	22	4.4	20	79	19	67	30	0	24	46	1.53
25749216--25749815	23	23.7	22	71	24	239	30	0	22	47	1.53
25749712--25749736	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
25749769--25749803	17	2.0	18	88	5	54	31	0	20	48	1.50
25752072--25752108	19	2.0	19	85	15	51	54	0	2	43	1.14
25752182--25752223	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
25752173--25752275	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
25752225--25752316	22	4.2	22	84	8	116	41	1	27	30	1.63
25755341--25755381	19	2.2	19	95	4	75	53	0	0	46	1.00
25757163--25757229	34	1.9	34	88	8	100	32	7	13	46	1.71
25758514--25758547	9	3.8	9	84	0	50	73	11	2	11	1.20
25763012--25763045	9	3.8	9	84	0	50	73	11	2	11	1.20
25764012--25764080	30	2.3	30	80	16	81	40	0	4	55	1.20
25764066--25764137	27	2.6	27	91	2	108	33	0	4	62	1.14
25764097--25764142	18	2.6	18	78	0	56	34	0	2	63	1.07
25764099--25764223	10	13.3	10	67	19	56	32	1	3	63	1.20
25764096--25764213	36	3.2	38	78	15	106	33	1	3	61	1.22
25764153--25764226	18	4.1	17	78	13	76	33	0	2	63	1.09
25766305--25766360	28	2.0	27	86	3	76	33	10	0	55	1.35
25769740--25769774	14	2.4	15	95	4	63	28	8	0	62	1.24
25781268--25781297	14	2.1	14	93	0	51	30	0	20	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25802421--25802466	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
25806865--25806916	21	2.5	21	96	0	95	32	15	11	40	1.83
25809913--25809973	31	2.0	31	96	0	113	42	4	13	39	1.65
25814307--25814445	60	2.3	60	87	5	199	30	14	12	42	1.82
25818682--25818720	15	2.7	15	88	4	53	58	0	0	41	0.98
25818670--25818741	37	1.9	37	83	10	94	58	0	1	40	1.07
25818732--25818797	19	3.4	19	71	10	62	56	3	1	39	1.24
25819256--25819300	21	2.1	22	84	12	58	35	2	2	60	1.22
25822092--25822142	18	2.7	18	84	6	57	41	17	17	23	1.90
25822359--25822417	7	8.3	7	81	3	73	16	16	13	52	1.75
25822665--25822770	37	2.9	37	88	0	158	32	3	13	50	1.59
25822770--25822871	9	11.4	9	86	2	116	30	7	25	36	1.84
25822770--25822871	18	5.7	18	89	2	143	30	7	25	36	1.84
25822770--25822871	27	3.8	27	88	2	152	30	7	25	36	1.84
25825337--25825382	23	2.0	24	86	4	67	6	8	10	73	1.23
25827810--25827886	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
25827826--25827865	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25827814--25827880	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
25827849--25827888	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
25828261--25828311	23	2.2	24	85	3	68	27	3	3	64	1.28
25829786--25829836	21	2.4	21	86	0	66	31	33	7	27	1.85
25830806--25830864	29	2.1	28	84	12	77	55	6	1	35	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25831465--25831497	17	1.9	18	88	11	52	24	9	9	57	1.58
25832341--25832406	28	2.4	26	78	9	69	68	0	25	6	1.13
25846963--25847032	29	2.3	31	78	7	81	44	1	18	35	1.59
25860297--25860330	13	2.6	13	90	0	50	32	14	0	52	1.42
25863278--25863385	15	7.2	15	68	12	78	25	22	7	45	1.78
25863278--25863392	30	3.8	30	96	0	203	24	22	6	46	1.76
25868918--25868944	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25871006--25871129	30	4.1	30	92	4	196	26	23	6	43	1.78
25871016--25871123	15	7.2	15	66	12	69	26	21	7	44	1.78
25875704--25875797	30	3.1	30	87	6	127	27	23	5	43	1.75
25875714--25875760	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
25877807--25877842	15	2.3	16	90	4	56	66	0	16	16	1.25
25878495--25878588	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
25881011--25881104	48	2.0	48	85	8	129	40	27	12	19	1.88
25889085--25889116	17	1.9	16	93	6	55	3	40	37	18	1.67
25889706--25889748	17	2.5	17	96	0	77	23	37	27	11	1.89
25892578--25892752	87	2.0	87	95	0	314	26	14	14	43	1.85
25892747--25892833	43	2.0	43	84	4	113	40	21	1	36	1.61
25901201--25901252	25	2.1	25	100	0	104	32	0	36	30	1.58
25906276--25906325	22	2.4	21	78	12	59	22	2	2	74	1.03
25909005--25909056	24	2.2	24	83	13	63	71	5	0	23	1.07
25919757--25919798	13	3.2	13	80	6	57	47	7	4	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25930687--25930755	31	2.3	30	80	11	79	31	8	10	49	1.67
25931757--25931839	29	2.7	31	79	9	98	51	13	3	31	1.58
25937605--25937772	40	4.2	40	82	8	139	26	27	21	24	1.99
25937642--25937825	40	4.6	40	81	7	196	27	27	21	23	1.99
25937605--25937825	80	2.8	79	78	12	220	26	27	21	24	1.99
25943546--25943570	6	4.2	6	100	0	50	16	20	48	16	1.82
25969768--25969819	23	2.3	23	93	0	86	38	0	11	50	1.39
25979437--25979479	13	3.5	13	75	18	56	37	0	13	48	1.43
25979429--25979479	23	2.3	23	96	3	95	39	0	11	49	1.40
25980335--25980400	31	2.2	31	78	13	75	16	6	7	69	1.32
25981192--25981221	14	2.1	14	93	0	51	50	6	3	40	1.45
25983749--25983795	16	2.9	16	80	3	58	34	2	2	61	1.20
25983819--25983850	12	2.5	13	90	10	57	65	6	0	28	1.16
25989108--25989148	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
25994103--25994142	20	2.0	20	85	0	53	37	12	25	25	1.91
25997187--25997261	8	8.9	8	76	12	62	69	0	4	26	1.06
25997197--25997265	17	3.9	17	76	22	70	68	0	4	27	1.09
25997204--25997269	10	7.2	10	75	14	54	68	0	4	27	1.09
25997197--25997265	27	2.6	27	82	8	88	68	0	4	27	1.09
25998986--25999185	108	1.9	106	84	6	269	37	18	16	28	1.92
25999986--26000022	18	2.1	18	89	0	56	70	0	2	27	1.01
25999988--26000030	12	3.6	12	80	0	50	67	2	4	25	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26001556--26001588	7	4.9	7	88	7	50	81	0	0	18	0.68
26001556--26001588	13	2.5	13	95	0	57	81	0	0	18	0.68
26001802--26001875	34	2.2	34	100	0	148	50	12	8	29	1.68
26004806--26004861	18	3.1	17	77	10	58	60	3	3	32	1.31
26009364--26010131	46	16.4	46	74	8	613	38	13	23	24	1.91
26009364--26010135	94	8.2	94	81	5	771	38	13	23	24	1.91
26009946--26010118	23	7.4	23	71	12	84	40	13	24	21	1.89
26013443--26013488	22	2.1	22	100	0	92	47	0	8	43	1.34
26014701--26014732	16	2.0	16	100	0	64	50	12	6	31	1.65
26020275--26020322	24	2.0	24	83	0	60	18	16	22	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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