genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  208  ( 24943 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59208715--59208840	59	2.1	59	98	1	243	47	12	7	31	1.70
59210837--59210908	27	2.8	27	72	8	78	63	5	5	25	1.38
59213068--59213159	46	2.0	46	95	0	166	31	23	15	29	1.95
59216466--59216536	34	2.0	36	94	5	128	43	5	8	42	1.58
59218333--59219168	158	5.4	157	86	6	1112	54	8	8	28	1.59
59218333--59219168	317	2.7	315	87	5	1157	54	8	8	28	1.59
59219096--59219157	16	3.8	16	72	8	52	64	4	6	24	1.37
59221103--59221322	44	5.0	44	97	0	404	40	20	17	21	1.91
59221683--59221785	30	3.4	30	81	2	127	29	30	25	15	1.96
59221652--59221785	60	2.2	60	82	5	155	32	28	23	15	1.95
59221683--59221799	30	3.9	30	78	2	119	29	29	24	15	1.96
59222339--59222486	30	4.9	30	77	0	125	13	27	28	31	1.94
59225287--59225325	18	2.2	18	86	13	55	69	0	0	30	0.89
59225286--59225325	19	2.2	18	91	8	64	70	0	0	30	0.88
59225287--59225352	27	2.5	26	85	9	89	63	3	1	31	1.19
59227331--59227365	16	2.1	18	89	10	56	40	0	0	60	0.97
59228584--59228696	3	36.7	3	89	7	165	66	1	2	29	1.15
59230362--59231404	82	12.7	82	94	0	1723	23	21	24	31	1.98
59231371--59231678	132	2.4	131	91	1	492	26	24	19	29	1.98
59231658--59231985	45	7.3	44	73	11	260	22	23	24	29	1.99
59231669--59231984	89	3.6	89	88	3	483	21	24	24	29	1.99
59231936--59232407	86	5.5	86	91	0	746	25	23	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59233607--59233674	5	13.0	5	81	18	77	4	16	1	77	0.99
59237833--59237929	3	31.7	3	77	10	72	68	2	6	23	1.23
59239175--59239215	18	2.3	18	86	0	64	53	7	7	31	1.56
59242734--59242820	37	2.4	37	82	5	113	20	18	36	24	1.95
59242734--59242821	38	2.4	38	84	3	117	20	18	37	23	1.94
59245108--59245283	86	2.0	87	93	4	300	19	14	23	42	1.88
59248961--59249132	86	2.0	86	96	0	317	18	14	24	42	1.88
59250149--59250212	20	3.3	20	75	12	62	37	0	3	59	1.13
59256609--59256667	20	3.0	21	74	18	63	50	22	0	27	1.49
59258389--59258437	21	2.5	20	86	6	64	20	6	0	73	1.04
59261417--59261664	105	2.4	105	81	3	295	22	30	22	24	1.99
59262277--59262301	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
59263174--59263217	18	2.4	19	81	11	56	40	0	2	56	1.11
59276815--59277547	367	2.0	367	95	0	1304	27	17	24	30	1.97
59287856--59287913	17	3.5	17	72	13	59	39	0	1	58	1.08
59296425--59296484	27	2.2	27	85	5	77	66	3	5	25	1.27
59296425--59296508	27	3.3	26	78	18	72	67	3	3	25	1.22
59296481--59296614	69	2.0	68	90	1	214	56	8	7	27	1.55
59297529--59297568	21	1.9	21	89	0	62	62	10	2	25	1.39
59315669--59315809	40	3.5	40	84	0	183	41	19	23	16	1.90
59315616--59315809	41	4.8	40	78	1	172	39	19	24	17	1.92
59316199--59316246	25	1.9	25	100	0	96	33	8	0	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59319824--59320042	72	3.1	72	74	6	219	35	4	13	47	1.63
59319820--59320012	71	2.7	71	76	7	194	35	4	12	47	1.62
59321023--59321108	36	2.4	38	86	7	117	48	15	0	36	1.45
59327209--59327463	43	6.0	43	81	1	280	25	16	28	29	1.97
59327209--59327470	86	3.1	86	82	1	321	25	16	28	29	1.97
59327363--59327518	43	3.6	43	74	12	131	23	15	25	35	1.94
59330565--59330668	34	3.1	34	85	2	129	44	16	5	33	1.71
59330565--59330689	34	3.7	34	83	2	108	44	15	6	34	1.72
59331571--59331599	13	2.2	13	100	0	58	55	0	0	44	0.99
59336651--59336717	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
59338408--59338456	10	4.8	10	76	14	55	63	2	0	34	1.06
59340748--59340808	15	4.1	15	78	0	68	49	1	16	32	1.56
59342114--59342176	29	2.2	29	80	8	76	30	9	3	57	1.46
59342386--59342436	15	3.4	15	83	0	66	39	0	17	43	1.49
59342609--59342692	40	2.1	40	95	0	150	41	8	4	45	1.55
59344514--59344540	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
59350110--59350144	6	5.8	6	100	0	70	34	34	14	17	1.90
59351902--59351963	31	2.0	31	84	6	81	43	6	9	40	1.63
59352725--59352867	43	3.3	43	84	3	182	31	27	16	24	1.97
59353352--59353423	19	3.7	19	90	7	117	34	11	16	37	1.84
59362273--59362302	15	1.9	16	93	6	53	73	3	0	23	0.98
59364958--59364992	2	17.5	2	87	0	52	5	0	45	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59368275--59368438	85	1.9	85	83	2	213	27	12	17	42	1.85
59375107--59375142	3	12.0	3	88	11	56	30	0	0	69	0.89
59380025--59380445	149	2.9	151	87	6	591	29	10	7	52	1.63
59380451--59381532	152	7.2	152	86	6	1453	52	7	9	30	1.63
59381176--59381532	151	2.4	147	87	4	529	53	7	9	29	1.61
59382068--59382121	19	2.9	19	81	8	58	55	3	0	40	1.17
59382068--59382106	18	2.1	19	85	4	53	58	2	0	38	1.12
59382055--59382137	28	2.9	28	78	12	71	55	3	0	40	1.17
59390448--59390522	32	2.3	32	74	17	75	20	25	18	36	1.95
59403230--59403275	23	2.0	23	86	0	65	54	0	0	45	0.99
59411502--59411547	22	2.1	22	88	8	67	69	0	0	30	0.89
59414471--59414639	88	1.9	87	89	3	259	37	13	13	35	1.84
59416363--59416399	18	2.1	17	90	5	56	43	8	0	48	1.32
59424443--59424505	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
59433589--59433629	10	3.9	11	75	12	50	58	0	0	41	0.98
59442660--59442694	18	2.1	18	89	10	56	40	11	8	40	1.72
59442630--59442723	45	2.1	45	95	0	170	35	10	9	44	1.72
59444806--59444842	19	1.9	19	89	10	58	48	5	2	43	1.40
59444806--59444843	20	1.9	19	89	5	58	50	5	2	42	1.39
59446108--59446171	33	1.9	33	96	0	119	25	45	6	23	1.76
59450092--59450139	3	16.3	3	86	4	71	29	2	2	66	1.14
59450424--59450463	17	2.4	17	82	0	53	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59462021--59462070	3	16.7	3	91	0	64	32	6	2	60	1.32
59474831--59475086	46	5.8	46	70	12	167	30	20	22	26	1.98
59475055--59475201	44	3.3	44	90	0	213	29	19	21	29	1.97
59474831--59475175	175	2.0	174	85	4	462	30	19	22	27	1.98
59474881--59475263	88	4.4	88	74	8	237	30	18	21	28	1.97
59475632--59475664	15	2.2	15	89	10	50	42	45	6	6	1.53
59477128--59477167	17	2.4	17	82	0	53	40	0	2	57	1.12
59484625--59484692	15	4.5	15	75	0	64	54	19	23	2	1.57
59485430--59485512	42	2.0	42	90	0	130	14	38	26	20	1.91
59485477--59485705	104	2.2	106	85	6	306	22	31	21	24	1.98
59487610--59487711	45	2.3	45	81	3	107	43	12	19	24	1.86
59487833--59487917	27	3.1	27	74	0	80	40	10	27	22	1.87
59489462--59489500	18	2.2	18	95	0	69	48	12	23	15	1.79
59492310--59492383	38	1.9	38	89	5	114	35	29	6	28	1.83
59492988--59493048	20	3.1	19	72	13	52	37	9	8	44	1.68
59493442--59493817	124	3.0	123	90	1	608	30	15	21	32	1.95
59496958--59497466	23	23.0	22	80	10	474	25	0	27	45	1.59
59496958--59497466	66	7.7	65	81	9	532	25	0	27	45	1.59
59496981--59497465	44	11.0	44	84	6	529	25	0	28	45	1.58
59497493--59497539	9	5.3	9	97	2	87	57	10	0	31	1.33
59497541--59497588	25	1.9	25	95	0	87	39	12	0	47	1.41
59498017--59498056	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59498894--59498931	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
59499916--59499951	11	3.2	11	88	4	54	44	2	36	16	1.63
59503076--59503126	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
59509529--59509578	26	1.9	26	87	0	73	40	4	10	46	1.56
59512918--59512953	18	2.0	18	100	0	72	38	27	16	16	1.90
59514962--59515074	56	2.0	56	92	0	190	34	18	17	29	1.94
59515121--59515179	29	2.0	29	90	0	91	54	10	8	27	1.63
59516888--59516923	18	2.0	18	88	0	54	30	13	30	25	1.94
59517311--59517358	22	2.1	23	85	11	64	56	16	6	20	1.62
59520232--59520274	5	8.6	5	100	0	86	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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