genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64368997

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18545861--18545899	14	2.8	14	84	0	51	28	41	0	30	1.57
18552876--18553047	85	2.0	85	98	0	335	38	18	18	25	1.93
18601310--18601349	12	3.5	12	80	13	57	27	0	0	72	0.85
18601568--18601614	20	2.3	20	81	3	58	55	0	44	0	0.99
18601778--18601846	23	3.1	23	85	10	99	26	1	10	62	1.35
18601778--18601920	23	6.9	20	69	17	87	27	0	13	58	1.41
18601882--18602002	21	5.2	21	74	22	84	29	0	15	53	1.48
18601990--18602074	26	3.3	24	71	22	66	35	0	9	55	1.32
18602136--18602216	37	2.2	37	90	2	126	53	1	3	41	1.27
18602253--18602294	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
18603263--18603323	22	2.7	23	75	17	72	3	27	3	65	1.24
18603396--18603457	27	2.3	27	77	0	70	27	33	22	16	1.95
18606969--18607011	22	1.9	23	85	4	61	67	2	2	27	1.15
18614655--18614688	7	4.9	7	96	0	59	8	44	0	47	1.34
18615568--18615605	18	2.1	19	90	5	60	34	5	0	60	1.19
18622625--18622665	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
18640602--18640640	20	2.0	20	89	0	60	41	2	5	51	1.38
18641507--18641555	23	2.1	22	81	7	53	53	2	6	38	1.38
18642504--18642537	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
18647678--18647714	12	3.0	13	80	15	51	35	0	48	16	1.46
18669324--18669354	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
18673770--18673798	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18678560--18678598	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
18678645--18678688	3	14.3	3	90	4	70	31	0	4	63	1.14
18678687--18678721	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
18679567--18679611	18	2.5	18	88	0	72	28	4	48	17	1.66
18681449--18681519	31	2.3	30	78	19	76	0	28	0	71	0.86
18681479--18681607	39	3.4	37	74	19	111	1	27	1	69	1.06
18681753--18681797	23	2.0	23	95	0	81	55	0	8	35	1.31
18690885--18690971	36	2.4	36	92	0	147	33	13	22	29	1.93
18690885--18690977	18	5.2	18	85	0	123	32	15	23	29	1.95
18692696--18692724	14	2.1	14	100	0	58	55	6	20	17	1.65
18711542--18711588	24	2.0	24	87	8	69	38	2	0	59	1.09
18724676--18724709	17	2.0	17	88	0	50	44	0	14	41	1.45
18726352--18726417	32	2.1	32	94	0	114	25	10	10	53	1.68
18728217--18728291	24	3.3	23	73	23	61	20	4	1	74	1.05
18728249--18728290	5	8.2	5	94	5	75	19	0	0	80	0.70
18732318--18732361	19	2.4	19	84	3	54	20	2	2	75	1.03
18732239--18732521	141	2.0	139	88	4	417	31	5	8	54	1.53
18753678--18753717	21	1.9	21	89	0	62	65	2	0	32	1.06
18753689--18753897	9	21.8	9	68	14	89	56	0	3	38	1.22
18753774--18753897	40	3.2	38	84	7	142	58	1	4	36	1.27
18753679--18753890	10	21.8	10	67	20	103	57	1	2	38	1.22
18754096--18754228	21	6.6	21	71	18	77	42	3	1	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18754126--18754216	20	4.6	20	74	20	84	46	2	1	50	1.20
18788084--18788110	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
18803871--18803901	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18803955--18803991	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
18809740--18809786	23	2.1	23	88	4	69	10	17	2	70	1.26
18810814--18810870	24	2.3	25	81	3	62	66	5	5	22	1.32
18812688--18812770	22	3.5	23	76	14	89	40	0	2	56	1.12
18819141--18819190	21	2.4	22	76	10	59	40	8	2	50	1.43
18819113--18819223	55	2.0	55	98	0	213	43	9	2	45	1.49
18820928--18820965	13	2.9	13	84	0	58	34	26	7	31	1.85
18823119--18823149	16	1.9	16	100	0	62	22	32	6	38	1.80
18827795--18827853	29	2.0	29	83	3	73	32	5	11	50	1.61
18838873--18838908	18	2.0	18	94	0	63	47	5	5	41	1.50
18839069--18839110	22	1.9	22	80	9	50	28	2	2	66	1.16
18839266--18839291	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
18848696--18848767	23	3.2	23	90	3	94	41	20	20	16	1.90
18848925--18848957	17	1.9	17	93	0	57	27	21	3	48	1.64
18850593--18850664	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
18850622--18850664	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
18850674--18850706	16	2.1	16	94	0	57	78	0	18	3	0.87
18851635--18851749	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18851635--18851768	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18853027--18853242	101	2.1	101	88	1	326	27	22	16	33	1.95
18857600--18857714	58	2.0	58	92	0	194	49	13	19	17	1.79
18863394--18863584	101	1.9	101	83	0	247	35	15	20	28	1.93
18863528--18863605	33	2.4	33	81	10	88	41	16	15	26	1.88
18878323--18878393	28	2.5	26	76	10	61	45	5	2	46	1.41
18881054--18881114	25	2.4	26	74	20	65	60	1	32	4	1.28
18881176--18881209	18	1.9	17	94	5	59	41	0	58	0	0.98
18882276--18882345	21	3.2	23	84	9	76	32	4	1	61	1.24
18882304--18882350	7	6.7	7	90	0	76	29	2	0	68	1.02
18883373--18883410	20	1.9	20	88	0	58	42	2	5	50	1.39
18884259--18884380	64	1.9	64	96	0	226	22	22	17	37	1.94
18886186--18886225	20	2.0	20	85	4	55	50	5	2	42	1.37
18909072--18909136	22	3.0	22	83	0	94	18	18	18	44	1.87
18911400--18911497	40	2.4	40	84	5	117	30	19	23	26	1.98
18915619--18915659	22	1.9	21	90	5	64	26	9	36	26	1.88
18933272--18933309	3	13.0	3	83	5	51	31	5	0	63	1.17
18933552--18933585	16	2.1	16	88	0	50	38	2	14	44	1.61
18935025--18935074	3	16.7	3	87	0	73	62	0	6	32	1.20
18936007--18936051	21	2.0	23	83	8	58	20	17	48	13	1.80
18936007--18936058	21	2.5	22	79	14	56	17	17	51	13	1.76
18936614--18936672	30	2.0	30	86	0	82	54	8	8	28	1.60
18936639--18936685	18	2.6	18	86	3	58	55	2	4	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18944604--18945097	50	9.7	50	89	2	664	26	23	30	19	1.98
18944604--18945097	151	3.2	151	91	2	738	26	23	30	19	1.98
18945014--18945094	26	3.2	26	61	22	62	29	24	24	20	1.99
18946517--18946557	11	3.6	11	86	3	55	21	31	2	43	1.66
18948019--18948061	19	2.3	19	84	8	52	18	2	6	72	1.19
18966336--18966376	22	1.9	21	90	5	64	21	4	17	56	1.60
18967816--18967842	12	2.2	12	100	0	54	59	11	7	22	1.56
18967928--18967967	21	1.9	21	100	0	80	55	5	25	15	1.60
18970077--18970180	49	2.1	48	85	7	138	30	8	9	50	1.65
18971418--18971558	26	5.5	26	67	24	86	43	0	3	51	1.23
18971548--18971577	15	2.0	15	93	0	51	36	0	6	56	1.26
18971511--18971647	26	5.5	26	70	18	85	43	2	3	50	1.32
18971418--18971647	102	2.3	100	92	5	385	43	1	4	50	1.32
18971781--18971882	44	2.4	43	79	14	113	35	30	4	29	1.79
18971794--18971886	44	2.1	46	89	4	145	35	30	5	29	1.80
18972808--18972853	21	2.2	21	84	3	67	19	2	8	69	1.25
18974954--18975046	25	3.7	25	72	7	80	32	21	23	22	1.98
18975308--18975345	11	3.5	11	85	0	58	47	0	0	52	1.00
18975277--18975345	22	3.1	22	77	6	77	42	1	0	56	1.08
18975482--18975531	25	2.0	25	92	0	82	28	22	34	16	1.95
18977800--18977833	11	3.0	11	95	4	59	61	0	0	38	0.96
19000247--19000327	33	2.4	36	73	19	86	45	2	2	49	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19000524--19000589	13	5.1	13	72	7	62	43	22	1	31	1.62
19016605--19016649	23	2.0	23	95	0	81	40	20	8	31	1.83
19016606--19016655	23	2.2	23	88	0	73	42	20	10	28	1.84
19018459--19018552	46	2.0	46	93	0	161	30	27	7	34	1.84
19021889--19021940	25	2.1	25	85	3	70	34	17	28	19	1.94
19024277--19024314	17	2.2	17	90	0	58	60	2	0	36	1.11
19025172--19025202	16	2.0	15	93	6	53	51	0	3	45	1.17
19025260--19025300	17	2.5	17	92	4	66	60	2	0	36	1.10
19025573--19025621	20	2.5	19	75	15	55	55	2	2	40	1.23
19025560--19025620	24	2.7	23	70	19	56	52	1	4	40	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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