genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14053--14114	26	2.3	28	81	10	76	48	0	1	50	1.10
15769--15828	29	2.0	32	83	9	81	16	26	8	48	1.75
16870--16922	19	2.8	19	81	13	65	73	0	5	20	1.03
18882--18919	19	2.0	19	94	0	67	21	28	15	34	1.94
26752--26779	12	2.3	12	100	0	56	57	0	0	42	0.99
27670--27754	44	1.9	44	85	7	118	36	2	0	61	1.09
34682--34729	20	2.4	21	76	13	57	54	0	0	45	0.99
38055--38096	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
42045--42099	9	6.2	9	95	2	85	41	25	10	21	1.86
42795--42833	13	2.9	14	80	7	53	35	0	0	64	0.94
44526--44559	17	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
45388--45425	9	4.2	9	93	0	67	63	2	0	34	1.09
45738--45776	17	2.3	17	100	0	78	35	20	5	38	1.75
46068--46133	29	2.2	30	79	10	73	59	4	3	33	1.33
50150--50192	22	1.9	23	90	4	70	20	11	13	53	1.71
51013--51237	114	2.0	114	93	1	389	44	8	11	36	1.70
56778--56858	25	3.3	25	80	1	92	37	19	23	19	1.95
56948--57006	26	2.3	25	82	2	73	37	23	22	16	1.94
56868--57020	25	6.2	25	69	15	95	30	23	26	19	1.98
61471--61528	28	2.0	28	83	6	71	48	5	1	44	1.35
61869--61907	2	19.5	2	84	10	53	46	2	0	51	1.14
62515--62539	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63451--63542	37	2.5	37	98	0	175	26	18	18	36	1.94
63523--63974	52	8.8	52	94	2	754	28	22	13	34	1.93
70704--70813	18	6.1	18	76	13	91	43	11	9	35	1.73
70702--70813	17	6.3	16	73	17	62	44	11	8	34	1.72
70666--70772	35	2.9	36	80	13	112	45	9	10	34	1.70
70757--71148	38	10.3	37	72	14	150	43	10	13	32	1.77
70795--70836	22	2.0	20	86	9	57	45	7	7	40	1.59
70862--71150	17	15.8	17	69	15	168	43	10	14	32	1.79
70858--70977	39	3.2	38	83	8	147	40	8	15	35	1.77
71268--71334	17	3.7	18	88	6	100	59	10	11	17	1.60
71419--71476	28	2.1	29	87	6	84	58	0	3	37	1.15
74600--74645	19	2.4	19	85	7	58	39	8	0	52	1.33
83233--83266	10	3.3	11	88	12	54	55	0	0	44	0.99
88563--88662	23	4.3	23	82	5	121	23	19	26	32	1.97
91224--91432	103	2.0	103	96	0	382	33	22	21	22	1.97
94755--95340	100	5.9	100	93	0	949	27	21	25	25	1.99
96609--96638	8	3.9	8	91	8	53	10	0	0	90	0.47
96610--96638	15	1.9	15	100	0	58	10	0	0	89	0.48
97070--97115	16	2.8	17	75	15	51	26	13	2	58	1.46
97218--97259	22	1.9	22	85	9	59	30	2	0	66	1.04
99364--99442	38	2.1	39	82	2	97	36	0	3	59	1.16
102027--102256	100	2.3	98	96	1	424	40	11	13	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105027--105082	27	2.1	28	83	6	71	35	3	1	58	1.26
106306--106371	26	2.6	27	85	9	93	22	19	30	27	1.98
108162--108198	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
108493--108533	16	2.5	17	92	8	75	48	14	4	31	1.65
108651--108716	26	2.5	26	85	9	98	22	21	30	25	1.99
109093--109161	35	2.0	35	100	0	138	37	17	5	39	1.74
110627--110652	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
110900--110942	19	2.2	20	83	4	52	32	0	2	65	1.06
112613--112773	30	5.4	30	84	8	204	36	19	3	40	1.68
113287--113337	27	1.9	26	84	4	66	80	0	17	1	0.81
114141--114187	17	2.8	16	84	9	67	27	14	10	46	1.78
114283--114682	17	22.3	18	70	17	230	31	12	11	45	1.77
114283--114693	53	7.6	56	69	14	215	33	11	10	44	1.76
114283--114620	35	9.4	34	71	15	193	33	12	11	43	1.77
114366--114620	106	2.4	105	77	8	246	34	11	11	42	1.77
118718--118754	9	4.3	9	83	10	51	64	0	0	35	0.94
125059--125130	36	2.0	36	97	0	135	31	16	5	45	1.70
134874--134898	12	2.1	12	100	0	50	40	12	32	16	1.84
137531--138023	44	11.0	44	68	11	189	32	18	19	28	1.96
137543--137864	87	3.7	86	73	10	251	31	20	19	28	1.97
137947--138106	44	3.7	44	73	5	128	32	17	20	30	1.95
137943--138106	87	1.9	87	82	5	206	32	18	19	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143457--143504	22	2.1	23	81	14	55	50	0	22	27	1.50
146892--147023	72	1.9	70	88	3	201	48	7	21	22	1.75
148401--148502	31	3.4	31	82	10	147	50	9	12	26	1.71
148375--148479	29	3.6	29	81	11	142	51	10	12	25	1.71
148375--148502	60	2.2	59	97	1	238	50	10	12	26	1.71
149883--149920	20	1.9	20	89	10	60	50	5	5	39	1.48
150658--150713	20	2.5	22	75	16	62	41	0	5	53	1.24
151117--151202	41	2.1	41	91	4	138	51	12	8	27	1.68
160497--160540	20	2.2	20	100	0	88	34	13	13	38	1.84
163633--163721	45	2.0	45	93	0	151	24	19	24	31	1.98
167658--167712	27	2.0	27	100	0	110	36	18	10	34	1.86
168178--168233	21	2.7	21	71	0	67	21	5	17	55	1.62
170563--170644	41	2.0	41	100	0	164	41	29	4	24	1.75
173394--173467	29	2.5	28	80	8	85	39	0	1	59	1.06
176627--176671	22	2.0	22	100	0	90	35	33	0	31	1.58
182442--182520	25	3.2	25	87	7	115	22	21	22	32	1.98
182442--182552	50	2.2	50	85	0	141	26	18	22	32	1.97
185061--185109	20	2.6	18	81	15	62	30	36	0	32	1.58
185001--185160	75	2.2	72	85	6	207	26	33	0	39	1.61
186723--186781	23	2.7	22	82	7	68	23	30	15	30	1.95
200667--200714	17	2.9	17	79	17	57	37	12	20	29	1.90
207414--207448	18	1.9	18	88	11	54	42	8	0	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208256--208302	17	2.6	19	80	12	64	31	0	2	65	1.04
220290--220342	12	4.4	12	82	0	61	73	7	15	3	1.20
224109--224249	69	2.0	70	87	6	203	46	4	14	34	1.64
224522--224551	15	2.0	15	93	0	51	33	10	0	56	1.32
236812--236853	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
253953--254164	40	5.3	40	82	2	239	33	16	28	21	1.95
253962--254165	80	2.6	79	84	2	264	35	17	27	19	1.94
254090--254148	20	3.0	20	68	9	57	38	15	28	16	1.89
257300--257348	25	2.0	25	84	15	66	26	12	12	48	1.75
258402--258580	96	1.9	96	89	0	277	32	14	17	35	1.91
259570--259633	28	2.3	28	80	0	83	17	21	35	25	1.95
266078--266119	23	1.9	23	85	9	61	54	11	9	23	1.66
270827--271150	165	2.0	165	94	0	567	37	9	22	30	1.86
274048--274232	29	6.3	29	76	9	108	37	14	25	22	1.92
274159--274232	30	2.5	30	86	4	96	36	12	24	27	1.91
274052--274351	119	2.5	119	82	3	347	39	14	23	23	1.91
274213--274287	30	2.6	29	76	2	78	48	13	18	20	1.81
275355--275380	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
278105--278415	155	2.0	155	97	0	586	27	13	16	42	1.85
278656--278707	24	2.3	23	87	9	79	78	3	7	9	1.06
278756--278804	15	3.3	15	100	0	98	57	18	6	18	1.61
282159--282259	50	2.0	50	96	0	184	32	17	25	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283940--283988	22	2.2	23	82	10	66	30	8	18	42	1.79
286419--286545	49	2.5	51	85	3	168	33	13	13	40	1.83
288687--288728	19	2.3	19	84	8	52	69	0	23	7	1.13
291985--292116	50	2.6	52	82	3	169	34	16	12	36	1.86
295093--295128	18	1.9	18	88	5	54	36	22	11	30	1.89
298792--298979	50	3.6	52	81	7	204	22	29	20	26	1.99
298792--298979	100	1.8	103	81	6	238	22	29	20	26	1.99
299667--299702	18	1.9	18	88	5	54	36	22	11	30	1.89
301303--301333	11	2.7	12	90	10	55	64	9	0	25	1.24
307164--307223	25	2.4	25	77	0	66	5	23	16	55	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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