genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14255207--14255276	24	3.0	23	82	12	97	31	17	24	27	1.97
14255203--14255275	23	3.1	23	83	11	103	34	17	23	24	1.96
14256455--14256519	34	1.9	33	87	3	94	60	4	4	30	1.37
14269593--14269621	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
14276188--14276226	13	3.1	13	85	3	53	79	0	7	12	0.93
14276205--14276284	12	6.4	12	72	13	63	75	3	18	2	1.07
14277968--14278012	21	2.1	21	83	0	54	44	0	15	40	1.47
14282004--14282105	49	2.1	50	94	1	179	41	13	14	30	1.85
14283887--14283954	27	2.5	27	87	2	91	60	0	1	38	1.06
14292813--14292856	15	2.9	15	86	0	61	15	6	72	4	1.22
14298163--14298209	14	3.2	15	85	11	62	61	0	2	36	1.08
14298161--14298214	15	3.9	14	79	13	58	61	0	1	37	1.07
14299636--14299669	13	2.6	13	85	0	50	41	0	0	58	0.98
14299769--14299825	27	2.1	27	86	0	78	22	22	33	21	1.97
14299968--14300086	60	2.0	60	91	0	193	54	11	0	32	1.43
14300303--14300352	25	2.0	24	84	3	64	60	2	0	38	1.09
14302495--14302539	21	2.1	22	87	4	65	62	6	8	22	1.48
14310050--14310099	16	3.1	16	94	0	82	30	0	36	34	1.58
14310080--14310174	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
14310334--14310368	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14329296--14329336	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
14335039--14335131	3	31.3	3	72	10	57	58	2	3	36	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14336447--14336562	44	2.6	44	100	0	232	25	27	18	27	1.98
14336363--14336562	88	2.3	88	82	6	228	25	26	21	28	1.99
14336641--14336726	44	1.9	44	83	2	109	26	25	20	26	1.99
14336848--14337359	100	5.1	100	87	0	657	25	20	20	32	1.98
14336874--14337371	50	10.0	50	71	4	313	25	21	21	31	1.98
14337181--14338044	252	3.3	256	82	6	932	25	24	21	28	1.99
14339404--14339456	22	2.3	22	87	6	70	13	11	0	75	1.05
14339955--14339986	13	2.5	13	100	0	64	6	6	6	81	0.99
14342603--14342637	16	2.2	16	89	0	52	42	17	17	22	1.88
14343956--14344054	34	3.0	34	71	8	87	50	2	8	39	1.43
14344069--14344108	18	2.2	19	82	13	57	57	0	7	35	1.27
14348738--14348772	5	7.0	5	86	0	52	20	20	54	5	1.64
14350192--14350246	23	2.4	24	82	11	62	47	1	0	50	1.11
14352423--14352459	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
14356637--14356692	25	2.2	25	80	0	67	35	19	16	28	1.93
14357874--14358144	136	2.0	136	98	0	524	42	13	20	23	1.87
14359032--14359061	12	2.5	12	94	0	51	36	3	0	60	1.14
14360481--14360585	31	3.4	30	79	7	122	39	0	5	54	1.31
14360481--14360588	11	10.5	11	64	20	54	39	0	5	53	1.30
14360459--14360592	61	2.2	61	93	0	232	42	0	6	50	1.34
14363442--14363511	26	2.6	25	78	14	70	62	8	0	28	1.24
14363470--14363510	10	4.3	10	82	17	52	68	7	0	24	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14363443--14363511	18	3.8	18	76	17	63	63	8	0	27	1.23
14363609--14363668	30	2.0	31	87	9	88	21	8	21	48	1.76
14365445--14365472	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
14367519--14367728	106	2.0	106	86	3	298	39	15	16	28	1.89
14373927--14374105	75	2.4	74	84	8	224	53	10	6	30	1.60
14374280--14374363	33	2.5	33	80	3	89	27	13	42	16	1.85
14375228--14375329	50	2.0	50	96	0	186	29	22	21	26	1.99
14376406--14376842	106	4.2	103	82	8	510	53	16	0	29	1.49
14376366--14376842	208	2.3	207	81	9	542	54	15	0	29	1.47
14384212--14384437	103	2.2	103	91	0	362	29	28	19	23	1.98
14384357--14384509	71	2.1	72	91	1	245	31	30	16	21	1.96
14384875--14384939	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
14384882--14384939	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
14387577--14387701	59	2.1	59	86	0	169	27	12	21	38	1.90
14388058--14388117	31	2.0	30	90	3	93	38	5	6	50	1.51
14388576--14388601	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
14390642--14390704	21	3.2	20	74	24	55	42	19	1	36	1.61
14391904--14391956	26	2.0	26	100	0	106	30	11	11	47	1.74
14392228--14392320	45	2.1	45	91	0	150	30	23	20	25	1.99
14392317--14392481	51	3.3	50	79	4	188	30	28	17	23	1.97
14393722--14393821	41	2.5	41	87	8	134	37	14	25	24	1.92
14395329--14396282	477	2.0	477	100	0	1908	35	16	13	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14400952--14400990	18	2.2	18	90	9	62	71	0	7	20	1.10
14400952--14400990	8	4.3	10	78	21	50	71	0	7	20	1.10
14400945--14401010	26	2.5	25	79	16	71	71	1	9	18	1.20
14401745--14402079	132	2.5	132	87	0	465	26	24	19	29	1.98
14425614--14425656	22	2.0	22	86	8	63	53	16	4	25	1.62
14425672--14425748	33	2.3	34	88	4	111	31	11	9	48	1.71
14425782--14425821	18	2.2	18	90	0	62	45	5	5	45	1.47
14425647--14425913	17	14.6	18	71	16	147	30	11	10	47	1.73
14429385--14429418	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
14430725--14430779	3	18.7	3	84	3	76	63	0	1	34	1.05
14433692--14433728	15	2.6	14	91	4	56	64	16	0	18	1.29
14441288--14441356	31	2.2	31	84	5	86	53	11	8	26	1.65
14443771--14443808	19	2.0	19	100	0	76	21	36	5	36	1.76
14443772--14443815	19	2.3	19	92	0	70	22	34	9	34	1.86
14444934--14444990	22	2.5	21	78	13	60	63	8	8	19	1.49
14445005--14445040	19	1.9	18	88	5	54	66	2	8	22	1.31
14448742--14448776	17	2.1	17	89	10	54	0	22	0	77	0.78
14448743--14448776	14	2.6	14	90	9	54	0	20	0	79	0.73
14450675--14450859	50	3.7	50	99	0	361	16	32	23	26	1.96
14450954--14450985	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
14451197--14451254	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
14457886--14457938	25	2.1	25	82	0	61	5	3	13	77	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14471728--14471799	20	3.4	21	81	12	85	68	8	1	22	1.24
14471873--14471924	18	2.8	19	76	5	52	59	13	1	25	1.44
14482149--14482194	23	2.0	23	83	4	58	30	6	0	63	1.20
14482160--14482210	24	2.2	23	82	3	57	25	3	3	66	1.26
14487452--14487499	25	2.0	24	83	4	60	37	22	25	14	1.92
14487470--14487581	24	4.7	24	87	2	145	33	16	28	21	1.95
14487468--14487624	72	2.2	73	78	6	158	35	17	26	20	1.95
14487623--14487696	27	2.8	26	80	6	78	35	20	27	17	1.95
14492480--14492524	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
14495037--14495342	111	2.8	109	89	4	440	29	16	20	33	1.94
14500225--14500425	35	5.8	35	82	2	253	39	19	21	18	1.92
14500225--14500420	69	2.8	69	91	0	311	38	19	21	19	1.93
14504968--14505014	19	2.5	19	100	0	94	42	8	4	44	1.54
14506280--14506379	24	4.1	24	85	3	130	34	21	27	18	1.96
14506280--14506448	48	3.5	49	73	14	154	35	21	26	16	1.94
14509886--14509960	23	3.3	23	86	3	116	32	26	21	20	1.97
14517242--14517316	23	3.3	23	86	3	116	32	26	21	20	1.97
14520429--14520458	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
14524811--14524849	15	2.5	15	87	8	51	35	0	0	64	0.94
14525290--14525350	26	2.4	25	75	8	68	52	0	3	44	1.17
14532800--14532940	50	2.8	50	76	0	147	25	21	21	31	1.98
14532801--14532961	50	3.2	49	73	5	144	26	20	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14532970--14533743	44	17.7	44	68	12	199	28	23	19	27	1.98
14532956--14533520	218	2.6	218	91	0	905	28	23	20	27	1.99
14533480--14533572	48	1.9	48	100	0	186	33	23	20	22	1.97
14533188--14533762	265	2.2	262	85	3	780	28	23	19	28	1.98
14533781--14534016	49	4.8	50	73	3	219	26	19	20	34	1.96
14533781--14534016	97	2.4	99	89	1	350	26	19	20	34	1.96
14534056--14534240	44	4.2	44	67	15	114	25	24	19	30	1.98
14534026--14534377	131	2.7	131	95	1	609	25	24	20	29	1.99
14534344--14534411	34	2.0	34	97	0	127	26	30	11	30	1.92
14534213--14534681	165	2.9	165	85	6	560	24	22	19	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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