genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19571113--19571148	12	2.9	12	91	4	54	16	27	0	55	1.42
19571113--19571148	18	1.9	19	88	5	56	16	27	0	55	1.42
19584251--19584320	29	2.5	28	77	13	79	24	30	12	32	1.93
19586761--19586814	19	2.6	20	82	11	56	37	1	3	57	1.27
19587649--19587691	21	2.1	20	82	4	50	37	2	4	55	1.33
19591696--19591747	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19593135--19593186	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19593904--19593928	13	1.9	13	100	0	50	72	0	8	20	1.10
19603022--19603082	27	2.2	28	91	5	99	32	32	13	21	1.91
19603037--19603093	27	2.1	27	90	0	87	26	29	10	33	1.90
19603309--19603342	17	2.1	17	94	5	61	17	0	11	70	1.16
19603421--19603461	20	2.0	20	90	0	64	21	7	4	65	1.37
19603502--19603550	13	3.8	13	81	5	55	20	2	10	67	1.30
19603517--19603557	19	2.2	19	90	0	64	21	4	7	65	1.37
19603798--19603836	16	2.4	16	91	0	60	56	7	0	35	1.28
19603906--19603947	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
19610942--19611135	106	1.8	105	81	9	243	37	8	6	46	1.61
19614545--19614582	16	2.4	16	86	4	51	60	0	2	36	1.11
19616608--19616647	19	2.0	20	90	4	64	32	5	2	60	1.32
19617138--19617222	33	2.7	30	80	14	91	35	3	14	47	1.61
19617138--19617221	29	2.6	31	76	18	82	35	3	13	47	1.60
19617695--19617743	21	2.4	21	93	3	82	59	14	12	14	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19620843--19621121	107	2.6	104	75	7	231	29	20	25	24	1.99
19624346--19624383	12	3.2	12	88	0	58	63	0	2	34	1.09
19624315--19624405	43	2.1	43	84	9	116	58	1	5	35	1.29
19626249--19626604	44	7.6	44	70	14	248	28	20	18	32	1.96
19626048--19626761	142	5.0	141	93	1	1124	28	20	18	32	1.96
19626526--19626746	44	4.8	44	67	20	146	27	20	20	31	1.97
19626668--19626761	44	2.1	44	86	0	125	26	21	23	28	1.99
19628125--19628159	6	5.7	6	86	6	52	17	14	0	68	1.21
19628125--19628163	13	3.1	13	92	3	62	17	15	0	66	1.25
19628122--19628159	19	2.0	19	94	0	67	18	15	0	65	1.27
19629054--19629109	29	1.9	29	82	7	69	14	12	10	62	1.55
19630830--19630867	20	1.9	19	89	5	58	42	13	21	23	1.88
19635057--19635118	32	1.9	32	90	0	97	48	4	6	40	1.50
19635235--19635412	98	1.8	98	87	6	270	45	5	3	45	1.44
19639335--19639409	37	2.0	37	94	0	132	21	16	21	41	1.90
19639963--19639988	7	3.7	7	100	0	52	38	0	0	61	0.96
19640032--19640150	60	2.0	60	93	0	202	32	0	12	53	1.44
19640700--19640739	21	1.9	21	85	10	55	50	2	0	47	1.14
19641016--19641048	17	1.9	17	93	0	57	18	0	3	78	0.87
19643422--19643543	27	4.5	27	93	0	190	25	26	22	25	2.00
19643408--19643566	27	5.9	27	87	0	75	25	26	22	25	2.00
19645395--19645424	13	2.3	13	94	0	51	70	6	10	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19647889--19647945	28	2.2	26	87	9	80	66	1	3	28	1.18
19649351--19649508	63	2.5	63	83	5	178	22	25	27	24	2.00
19649358--19649539	63	2.9	61	79	8	170	23	22	28	26	1.99
19650739--19650772	10	3.5	10	88	8	52	23	0	0	76	0.79
19650722--19650821	19	5.3	19	67	18	57	36	3	0	61	1.12
19650730--19650833	20	5.4	20	64	23	53	37	1	0	60	1.08
19650957--19650998	20	2.2	20	83	8	52	52	7	0	40	1.29
19652781--19652904	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
19652791--19652898	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
19656960--19657013	18	3.0	18	86	0	81	33	18	22	25	1.97
19657515--19657608	30	3.1	30	87	1	134	25	23	6	44	1.77
19657525--19657602	15	5.2	15	64	11	52	25	20	7	46	1.77
19660073--19660178	41	2.6	41	95	0	185	31	25	21	21	1.98
19674250--19674456	102	2.0	103	93	0	353	30	19	13	36	1.90
19676214--19676281	25	2.9	23	76	8	73	20	4	29	45	1.70
19676188--19676288	23	4.3	23	75	6	78	22	3	32	40	1.73
19676246--19676321	21	3.5	20	73	12	62	18	3	36	40	1.69
19681200--19681224	9	2.8	9	100	0	50	36	20	12	32	1.89
19682969--19683037	30	2.3	31	82	7	79	49	20	8	21	1.76
19694283--19694349	20	3.3	20	72	6	64	41	17	5	34	1.74
19694508--19694635	23	5.5	23	68	9	62	35	14	24	25	1.93
19694576--19694634	24	2.5	23	75	5	64	38	16	22	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19694803--19695115	124	2.4	128	86	5	445	41	19	1	37	1.62
19697008--19697046	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
19699850--19699881	4	8.0	4	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19700759--19700797	6	6.5	6	87	0	51	35	0	10	53	1.35
19712278--19712474	26	7.3	26	68	8	133	53	2	2	41	1.26
19712298--19712446	18	8.6	17	66	25	66	55	2	2	39	1.28
19712308--19712440	41	3.2	41	72	19	150	55	3	3	38	1.30
19712278--19712487	82	2.6	82	97	1	395	54	2	1	41	1.24
19722565--19722617	19	2.8	18	75	11	52	39	0	1	58	1.09
19741010--19741047	17	2.2	18	85	4	51	52	0	0	47	1.00
19741086--19741114	8	3.8	8	90	9	51	55	0	0	44	0.99
19741090--19741127	15	2.5	16	87	8	53	55	0	0	44	0.99
19747594--19747636	16	2.7	16	78	10	52	11	23	0	65	1.25
19751764--19751980	105	2.1	102	95	2	389	29	14	16	39	1.88
19756214--19756252	18	2.2	19	86	9	55	35	5	0	58	1.20
19756294--19756340	21	2.2	21	81	7	60	34	4	0	61	1.15
19756610--19756681	36	2.0	36	100	0	144	22	11	13	52	1.72
19767867--19767908	17	2.5	17	84	3	59	33	11	0	54	1.37
19769441--19769514	30	2.5	30	82	4	87	21	4	21	52	1.63
19776832--19776886	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
19780912--19781007	43	2.2	43	88	0	138	31	33	14	20	1.93
19788530--19788936	225	1.8	224	90	1	654	35	18	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19797800--19797826	12	2.2	12	100	0	54	33	48	11	7	1.67
19815981--19816117	73	1.9	73	89	3	213	44	9	5	40	1.61
19816228--19816287	31	2.0	30	83	3	75	50	3	16	30	1.62
19817614--19817672	27	2.1	29	87	6	86	59	0	15	25	1.36
19824232--19824376	30	4.8	30	83	1	150	26	47	4	22	1.69
19830366--19830410	19	2.3	20	88	7	67	44	6	22	26	1.77
19833718--19833839	38	3.1	39	80	5	122	33	20	19	26	1.97
19833718--19833849	40	3.4	38	78	7	122	33	21	19	25	1.97
19833742--19833867	40	3.2	37	75	14	103	26	21	21	30	1.98
19834810--19834947	7	19.3	7	71	10	57	21	0	34	44	1.53
19834820--19834872	21	2.5	21	84	9	63	20	0	33	45	1.52
19834810--19834857	15	3.3	15	85	5	71	18	0	33	47	1.49
19834840--19834969	29	4.5	28	69	12	66	20	0	36	42	1.53
19834839--19834973	50	2.7	49	76	15	132	20	0	36	42	1.53
19834839--19834950	29	3.9	29	74	14	81	20	0	34	44	1.52
19834807--19834947	14	9.9	14	70	10	70	22	0	33	43	1.54
19834835--19834974	7	19.6	7	71	12	63	20	0	36	42	1.53
19835234--19835338	54	2.0	53	92	3	176	59	4	13	22	1.53
19837740--19837822	42	2.0	42	85	0	112	33	25	19	21	1.97
19844352--19844536	79	2.3	82	83	7	220	25	27	22	24	2.00
19844352--19844536	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
19855407--19856024	309	2.0	309	97	0	1155	25	26	3	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19862345--19862382	20	2.1	19	85	14	53	26	15	2	55	1.54
19863339--19863386	24	2.0	24	95	0	87	31	18	12	37	1.88
19870182--19870249	34	2.0	34	97	0	127	11	13	19	55	1.67
19873666--19873724	26	2.3	26	94	2	102	40	1	0	57	1.09
19873779--19873830	27	1.9	27	88	0	77	32	19	32	15	1.93
19874380--19874438	19	3.2	19	73	4	66	40	13	0	45	1.43
19874767--19874818	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
19874769--19874827	27	2.2	27	84	0	73	15	28	25	30	1.96
19874870--19874931	27	2.3	27	97	0	115	51	0	9	38	1.35
19875032--19875061	14	2.1	14	100	0	60	36	20	13	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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