genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1699863--1699904	12	3.5	12	75	12	50	64	2	9	23	1.35
1699857--1699908	24	2.2	24	100	0	104	61	5	7	25	1.45
1701584--1701629	23	2.0	23	87	4	67	63	2	0	34	1.07
1707108--1707218	40	2.8	40	92	0	177	30	21	27	20	1.98
1714871--1714920	25	2.0	25	96	0	91	28	30	8	34	1.86
1716937--1716983	24	2.0	23	84	8	60	57	0	0	42	0.98
1717000--1717065	32	2.1	31	91	2	105	62	1	0	36	1.05
1716990--1717080	25	3.4	25	80	19	119	57	1	0	41	1.06
1717249--1717337	46	2.0	46	80	8	103	39	16	5	38	1.73
1725064--1725116	6	8.8	6	78	0	61	20	0	3	75	0.96
1725070--1725116	18	2.6	18	86	6	69	21	0	4	74	0.99
1730680--1730736	6	9.7	6	78	17	57	24	0	3	71	1.01
1730680--1730736	11	4.8	12	78	16	57	24	0	3	71	1.01
1730691--1730730	19	2.1	19	86	9	55	25	0	2	72	0.97
1730686--1730737	25	2.1	24	89	10	79	25	0	1	73	0.94
1730680--1730758	12	6.8	11	75	12	61	22	0	5	72	1.04
1735484--1735528	22	2.1	21	84	12	56	48	4	8	37	1.55
1739384--1739416	13	2.5	13	95	0	57	24	21	0	54	1.45
1739410--1739466	13	4.5	13	77	2	53	31	22	3	42	1.71
1739509--1739569	25	2.4	25	83	0	86	32	24	18	24	1.97
1743478--1743511	17	2.0	17	88	11	52	38	0	47	14	1.45
1750209--1750256	25	2.1	22	85	14	62	54	10	16	16	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1756738--1756781	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
1756925--1757111	51	3.7	51	77	6	209	32	27	16	23	1.96
1760480--1760747	137	2.0	137	87	1	394	18	22	26	32	1.97
1766424--1766608	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
1766425--1766608	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
1766477--1766641	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
1768620--1768677	16	3.6	16	75	9	55	20	15	12	51	1.75
1770292--1770516	40	5.7	40	86	5	269	24	28	21	25	1.99
1770294--1770516	119	1.9	120	83	6	292	24	27	21	25	1.99
1772982--1773039	25	2.3	25	78	0	62	20	31	24	24	1.98
1783822--1783846	11	2.3	11	100	0	50	44	24	0	32	1.54
1787168--1787222	27	2.0	27	85	0	74	18	25	1	54	1.53
1790611--1790787	51	3.5	50	84	5	223	29	26	15	28	1.96
1795629--1795676	23	2.1	23	92	0	78	10	31	16	41	1.82
1811511--1811544	14	2.4	14	86	13	52	17	11	0	70	1.16
1813643--1813834	51	3.8	50	80	8	210	31	25	13	30	1.93
1824461--1824504	20	2.2	20	83	0	52	43	18	13	25	1.86
1825651--1825680	10	3.0	10	95	0	51	50	0	6	43	1.28
1837488--1837571	22	3.8	23	81	9	86	16	0	46	36	1.48
1839575--1839614	21	1.9	21	89	0	62	42	7	12	37	1.71
1841847--1842031	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
1841848--1842031	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1841900--1842064	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
1844217--1844296	40	2.0	40	97	0	151	38	10	26	25	1.87
1849542--1849646	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
1860649--1860757	50	2.2	50	83	1	139	24	14	18	42	1.88
1861175--1861227	24	2.2	24	89	0	79	11	18	20	49	1.78
1861183--1861237	24	2.2	25	93	3	94	9	18	23	49	1.76
1862861--1862913	23	2.3	23	81	9	56	45	0	5	49	1.26
1863620--1863674	19	2.8	20	78	13	62	65	1	1	30	1.13
1863663--1863687	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1863705--1863780	20	4.0	20	76	15	79	34	0	1	64	1.02
1863702--1863780	9	8.3	9	71	19	54	32	0	1	65	1.00
1866177--1866383	108	1.9	107	86	4	292	45	8	13	32	1.73
1870721--1870927	108	1.9	107	86	4	292	45	8	13	32	1.73
1874954--1875348	203	1.9	203	94	0	700	33	20	22	23	1.97
1877186--1877219	17	2.0	17	94	0	59	38	0	11	50	1.39
1890446--1890630	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
1890447--1890630	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
1890499--1890663	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
1911393--1911433	18	2.2	19	86	4	57	65	2	7	24	1.30
1917606--1917643	18	2.1	19	85	9	53	50	0	7	42	1.31
1924750--1924934	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
1924717--1924934	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1931029--1931291	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
1931029--1931291	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
1931223--1931300	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
1938975--1939237	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
1938975--1939237	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
1939169--1939246	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
1942094--1942144	10	5.2	10	76	9	52	5	15	0	78	0.93
1942079--1942141	29	2.1	30	82	8	76	12	14	0	73	1.11
1942094--1942141	14	3.2	15	76	8	53	6	16	0	77	0.97
1942089--1942145	29	2.0	29	86	6	80	10	14	0	75	1.05
1945322--1945372	12	4.2	13	78	14	54	41	5	21	31	1.77
1947129--1947233	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
1947089--1947233	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
1947090--1947252	40	4.1	39	79	10	100	25	23	28	23	2.00
1947089--1947239	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
1952527--1952566	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
1953621--1953717	14	7.0	14	98	1	187	21	14	0	63	1.29
1953755--1953801	13	3.5	14	88	8	71	10	4	6	78	1.06
1955302--1955367	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
1960465--1960540	12	6.3	12	68	17	50	61	1	25	11	1.38
1960488--1960521	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
1977061--1977100	21	1.9	21	89	0	62	22	12	15	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979136--1979264	65	2.0	65	98	0	249	24	18	24	31	1.97
1987042--1987086	23	1.9	24	86	4	65	55	13	11	20	1.68
1989132--1989177	21	2.2	21	88	0	65	30	4	6	58	1.43
1992257--1992303	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
1998113--1998230	60	2.0	60	98	0	227	22	24	28	23	1.99
2006154--2006181	11	2.5	11	100	0	56	25	25	10	39	1.87
2009524--2009571	24	2.0	24	88	8	71	10	43	0	45	1.38
2010672--2010725	18	3.1	18	81	7	58	12	46	0	40	1.42
2013335--2013386	22	2.4	22	93	3	88	38	25	11	25	1.89
2017757--2017850	46	2.0	46	95	0	170	34	21	20	24	1.97
2020332--2020438	50	2.2	49	86	5	144	33	18	22	25	1.97
2020362--2020438	25	3.1	24	83	5	100	35	18	23	23	1.96
2023547--2023762	40	5.6	39	78	15	202	25	28	22	24	1.99
2023619--2023682	33	2.0	32	96	3	119	25	34	21	18	1.96
2039624--2039681	16	3.6	16	75	9	55	20	15	12	51	1.75
2041445--2041508	31	2.1	31	100	0	128	56	9	14	20	1.65
2044535--2044575	16	2.7	16	88	7	59	51	7	0	41	1.30
2044546--2044575	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
2051622--2051646	11	2.3	11	100	0	50	44	24	0	32	1.54
2061107--2061160	20	2.7	20	73	2	54	35	5	11	48	1.62
2070343--2070531	51	3.8	51	79	7	185	29	25	15	29	1.96
2075377--2075462	45	1.9	45	90	0	136	17	34	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091289--2091327	14	2.9	13	85	7	51	23	15	0	61	1.33
2098131--2098172	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
2110123--2110188	26	2.5	26	90	0	96	24	24	27	24	2.00
2113704--2113742	19	2.1	19	90	9	62	28	7	20	43	1.79
2126261--2126339	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
2126457--2127334	47	18.7	47	99	0	1729	31	28	8	31	1.87
2135397--2135438	20	2.2	19	87	12	59	54	0	0	45	0.99
2141424--2141483	29	2.1	29	81	6	68	36	16	13	33	1.88
2143118--2143168	8	6.6	8	78	13	54	56	0	1	41	1.10
2147336--2147381	22	2.1	22	100	0	92	56	4	13	26	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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