genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22763358--22763408	7	6.9	7	89	10	75	84	0	15	0	0.63
22763354--22763420	8	8.4	8	84	15	77	80	0	19	0	0.71
22763341--22763410	15	4.7	15	87	5	97	81	0	18	0	0.69
22763970--22764013	23	2.0	22	86	8	63	54	15	4	25	1.60
22764010--22764066	17	3.2	18	85	12	64	35	8	8	47	1.66
22764005--22764069	16	3.7	17	84	11	78	30	10	7	50	1.65
22763896--22764245	177	2.0	174	97	1	655	36	12	12	39	1.80
22764147--22764187	20	2.2	20	86	8	59	51	17	4	26	1.65
22764183--22764345	17	9.4	17	75	9	132	30	12	9	47	1.72
22764184--22764423	35	6.7	34	71	14	142	30	10	10	48	1.72
22764357--22764401	23	2.0	23	86	0	63	20	6	15	57	1.60
22764336--22764463	40	3.3	39	70	9	120	35	7	11	45	1.68
22764298--22764455	78	2.0	79	97	1	300	30	7	13	48	1.70
22764377--22764423	18	2.7	17	83	3	67	29	8	14	46	1.74
22764733--22764844	56	2.0	56	96	3	206	30	19	17	32	1.95
22774711--22774875	72	2.3	74	83	6	203	26	20	25	27	1.99
22774622--22775376	186	4.1	185	74	10	595	26	21	24	27	1.99
22774784--22775117	113	2.9	113	82	7	460	25	22	25	26	2.00
22775016--22775255	74	3.3	73	81	6	299	27	22	23	27	1.99
22774745--22775479	374	2.0	373	88	1	1098	26	21	24	27	1.99
22775162--22775611	114	3.9	114	92	2	681	24	19	26	28	1.99
22775829--22775895	21	3.4	20	76	16	77	20	2	38	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775829--22775906	38	2.0	39	92	2	131	20	2	39	37	1.66
22775829--22775918	21	4.5	21	76	17	75	21	2	38	37	1.66
22775924--22775999	35	2.2	35	87	0	107	26	0	25	48	1.51
22775960--22776012	21	2.5	21	75	3	52	32	0	20	47	1.51
22776509--22776533	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22777667--22777698	16	2.0	16	93	0	55	28	18	6	46	1.73
22779466--22779547	20	4.2	20	73	14	82	51	4	4	39	1.45
22781226--22781294	21	3.3	21	95	0	120	33	18	44	2	1.65
22781258--22781336	12	7.1	12	69	16	71	37	17	40	3	1.68
22781258--22781342	33	2.6	33	92	0	143	37	16	41	4	1.69
22781747--22781868	42	2.9	42	91	0	190	25	20	24	29	1.99
22789283--22789816	44	11.6	44	66	18	149	27	20	18	33	1.96
22789220--22789863	94	6.9	93	81	5	606	27	20	18	33	1.96
22805362--22805455	25	3.6	25	81	9	100	57	6	6	29	1.49
22822587--22823232	138	4.7	139	79	3	547	29	17	22	30	1.97
22822603--22823232	276	2.3	275	82	2	762	29	17	22	30	1.96
22823312--22823350	20	2.0	20	89	0	60	12	20	30	35	1.90
22830369--22830407	21	1.9	21	89	5	62	66	0	10	23	1.22
22830858--22830890	5	6.6	5	100	0	66	81	0	18	0	0.68
22832007--22832049	22	2.0	22	100	0	86	18	30	23	27	1.98
22836651--22836702	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
22836683--22836777	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22836939--22836973	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22836897--22836969	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
22836858--22837132	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
22837086--22837120	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22838505--22838551	19	2.4	19	96	3	85	44	21	4	29	1.71
22839244--22839278	14	2.4	14	95	4	61	65	0	25	8	1.21
22839254--22839298	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
22840863--22840941	27	2.9	28	82	1	88	62	0	5	32	1.17
22840912--22840964	20	2.7	19	72	11	52	58	0	9	32	1.30
22840888--22840957	28	2.4	30	81	11	83	64	0	5	30	1.17
22847539--22847583	18	2.5	18	100	0	90	55	4	17	22	1.60
22854595--22854862	42	6.3	42	83	6	283	28	19	22	29	1.98
22855314--22855354	21	2.0	21	90	0	64	4	43	14	36	1.67
22856925--22856955	10	3.0	10	90	9	53	67	0	3	29	1.06
22857786--22858121	147	2.3	146	78	3	327	37	21	13	27	1.91
22859075--22859117	17	2.9	14	78	18	50	46	27	0	25	1.53
22859528--22859750	114	2.0	114	80	5	254	27	23	21	27	1.99
22865015--22865098	41	2.0	41	100	0	168	44	23	9	22	1.82
22866090--22866121	13	2.5	13	94	0	55	43	3	6	46	1.44
22876761--22877058	149	2.0	149	100	0	596	24	22	16	36	1.94
22892866--22892904	3	12.7	3	89	5	60	28	0	5	66	1.12
22893402--22893725	110	3.0	109	89	1	474	31	16	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22903155--22903440	112	2.5	113	77	6	267	31	18	22	27	1.97
22903506--22904047	115	4.7	110	77	10	448	31	19	23	25	1.98
22903549--22904047	229	2.2	228	81	6	589	30	20	23	25	1.98
22906695--22906721	12	2.2	12	100	0	54	37	7	14	40	1.74
22908596--22908916	9	37.4	9	69	13	180	46	17	3	33	1.64
22908669--22908712	23	1.9	23	90	0	70	50	15	2	31	1.57
22908878--22908923	7	6.0	7	90	9	56	52	17	0	30	1.45
22908860--22908923	32	2.0	32	90	6	103	46	18	1	32	1.59
22908875--22908923	25	2.0	23	92	7	80	51	18	0	30	1.47
22914377--22914511	66	2.0	66	91	0	216	40	17	27	14	1.89
22914930--22915059	42	3.1	42	87	2	181	37	21	14	26	1.92
22915175--22915218	22	2.0	22	86	0	61	43	22	20	13	1.87
22915922--22916012	42	2.2	42	87	0	137	20	31	27	19	1.97
22916899--22916979	25	3.3	24	77	5	90	30	22	29	17	1.96
22916886--22916979	25	3.8	24	77	5	89	30	20	29	19	1.97
22916900--22917018	49	2.4	49	81	4	123	31	21	29	17	1.96
22922463--22922511	19	2.6	19	84	9	57	53	4	2	40	1.32
22922867--22922908	21	2.0	21	90	0	66	54	11	11	21	1.68
22922941--22923018	21	3.8	21	67	13	63	52	11	11	24	1.70
22922933--22923011	40	2.0	40	90	2	124	48	11	11	29	1.74
22932406--22932460	21	2.7	21	78	10	62	58	3	0	38	1.16
22932398--22932456	31	1.9	30	86	10	84	57	3	0	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22932443--22932484	16	2.6	17	89	10	63	61	0	0	38	0.96
22932462--22932503	21	2.1	19	86	8	57	59	0	0	40	0.97
22932456--22932520	22	3.0	21	80	15	62	60	1	0	38	1.07
22932561--22932672	21	5.5	21	76	18	105	59	0	0	40	0.97
22932614--22932649	13	2.5	15	86	13	58	61	0	0	38	0.96
22932625--22932672	23	2.1	23	88	7	71	62	0	0	37	0.95
22932542--22932655	41	2.7	43	72	12	110	56	0	0	43	0.99
22932593--22932672	36	2.3	32	85	12	106	61	0	0	38	0.96
22935341--22935397	29	2.0	28	82	3	69	54	8	5	31	1.53
22938496--22938525	5	6.0	5	92	0	51	0	23	0	76	0.78
22940977--22941013	17	2.2	17	100	0	74	35	5	18	40	1.74
22947376--22947442	22	3.0	23	78	6	57	61	10	11	16	1.57
22950135--22950511	126	3.0	123	84	6	490	29	14	21	33	1.93
22953538--22953755	116	1.9	116	94	0	382	42	8	9	39	1.69
22953757--22953804	23	2.2	20	85	10	60	29	0	27	43	1.55
22953787--22954639	23	35.9	23	79	13	885	29	0	22	46	1.58
22953917--22953974	28	2.0	29	83	3	73	36	1	18	43	1.61
22954324--22954439	57	2.0	57	90	3	180	25	0	27	46	1.59
22954481--22954676	23	7.9	27	75	18	112	30	1	21	46	1.58
22954623--22954687	31	2.1	31	85	2	87	29	0	21	49	1.50
22954713--22954799	44	2.0	45	88	6	133	49	13	0	36	1.43
22956190--22956224	18	1.9	18	100	0	70	17	22	0	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22956941--22956988	20	2.5	20	80	16	64	20	6	12	60	1.54
22961104--22961143	20	2.0	20	90	4	64	15	10	5	70	1.32
22963455--22964840	132	10.5	132	90	2	1970	28	19	24	27	1.98
22964902--22965009	44	2.4	46	82	11	136	33	16	24	25	1.96
22966498--22966545	20	2.5	20	80	16	64	20	6	12	60	1.54
22967764--22967788	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22968930--22969045	51	2.3	51	95	0	205	44	0	25	28	1.60
22969017--22969072	22	2.5	22	97	2	103	39	0	32	28	1.57
22969692--22969716	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22976968--22977007	21	1.9	21	84	0	53	37	52	0	10	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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