genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22124737--22124818	26	3.1	25	84	11	94	40	26	2	30	1.69
22134429--22134484	24	2.3	24	75	6	60	37	0	3	58	1.15
22134459--22134507	19	2.5	19	80	9	55	38	0	6	55	1.25
22136303--22136353	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
22137621--22137805	101	1.8	102	91	3	311	23	17	28	30	1.97
22137617--22137803	51	3.7	51	83	4	236	23	17	28	30	1.97
22137727--22137807	26	3.2	26	62	28	64	22	14	29	33	1.94
22137814--22137902	45	2.0	45	93	0	151	25	17	23	32	1.97
22140552--22140587	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
22150122--22150410	144	2.0	144	97	1	544	30	28	21	20	1.98
22151037--22151097	18	3.4	17	78	17	61	80	3	9	6	1.00
22162359--22162473	45	2.6	45	80	6	117	41	10	23	24	1.85
22162661--22162753	47	2.0	47	82	4	116	44	21	17	17	1.87
22168389--22168499	40	2.8	40	78	0	105	17	27	17	38	1.91
22168412--22168483	20	3.6	20	70	7	56	19	27	16	36	1.93
22169122--22169147	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
22174834--22175606	399	1.9	400	80	5	889	32	17	21	27	1.97
22188397--22188679	147	1.9	147	92	0	476	39	18	8	33	1.81
22191980--22192180	21	9.6	21	72	4	163	16	20	16	45	1.85
22191983--22192177	42	4.6	42	83	2	239	16	20	16	45	1.85
22194292--22194346	21	2.6	21	85	0	74	23	10	38	27	1.88
22201972--22202018	21	2.1	21	81	18	60	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22201977--22202024	20	2.5	19	80	12	62	60	0	0	39	0.97
22201982--22202024	20	2.1	20	91	4	68	62	0	0	37	0.95
22203124--22203210	42	2.1	42	97	0	165	33	0	19	47	1.50
22210502--22210600	49	2.0	49	98	0	189	38	10	27	24	1.87
22216439--22216505	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
22217696--22217729	11	3.1	11	91	0	59	47	8	11	32	1.71
22217980--22218022	18	2.4	18	88	0	68	60	13	4	20	1.51
22218620--22218653	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
22222177--22222228	20	2.8	18	78	21	63	51	1	1	44	1.23
22236978--22237020	19	2.3	19	84	8	52	41	0	41	16	1.48
22240893--22240930	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
22244658--22244772	57	2.0	57	94	0	203	21	13	26	38	1.90
22247647--22247683	7	5.1	7	87	6	56	29	0	45	24	1.53
22247631--22247686	14	3.7	15	86	11	71	33	0	46	19	1.50
22252532--22252563	16	2.0	16	93	0	55	71	3	18	6	1.20
22260599--22260715	59	2.0	58	98	1	225	24	22	13	39	1.90
22261183--22261259	31	2.5	31	83	6	86	28	3	9	58	1.47
22263960--22264024	21	3.1	21	69	8	60	43	15	20	21	1.88
22263950--22264065	42	2.8	42	83	0	151	46	17	17	18	1.84
22271645--22271765	42	2.9	42	79	4	127	44	15	21	18	1.86
22278638--22278690	26	2.0	26	85	7	72	28	39	24	7	1.82
22279612--22279659	25	1.9	25	86	0	69	37	18	22	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22279858--22279913	25	2.3	25	84	3	69	39	19	23	17	1.92
22281307--22281349	18	2.4	17	81	11	50	37	18	0	44	1.50
22281810--22281870	16	4.0	16	79	12	74	54	16	1	27	1.52
22281818--22281888	29	2.5	29	88	2	108	53	16	1	28	1.52
22283963--22284006	19	2.3	19	84	4	52	56	13	2	27	1.49
22284593--22284764	24	7.0	23	69	24	79	54	16	4	25	1.60
22284593--22284643	9	5.6	9	80	13	59	54	17	1	25	1.53
22284585--22284732	77	1.9	75	89	2	224	54	17	3	25	1.59
22284593--22284764	33	5.2	33	67	20	97	54	16	4	25	1.60
22284600--22284764	77	2.1	76	81	7	199	53	16	4	25	1.60
22285985--22286029	19	2.3	20	85	7	58	28	8	0	62	1.25
22288539--22288596	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
22288808--22288839	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
22288934--22289175	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
22288934--22289183	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
22296135--22296192	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
22296404--22296435	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
22296530--22296771	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
22296530--22296779	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
22298716--22298785	31	2.3	31	76	0	77	37	4	8	50	1.53
22299849--22299877	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
22303481--22303524	19	2.1	22	80	20	58	34	0	2	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22303963--22304001	14	2.8	14	88	7	53	25	15	20	38	1.92
22314593--22314681	26	3.4	26	85	0	115	22	19	22	35	1.95
22314794--22314857	29	2.2	29	91	0	101	20	21	21	35	1.96
22318478--22318539	31	2.0	31	100	0	124	41	12	16	29	1.85
22323663--22323705	22	2.0	20	82	8	50	37	2	18	41	1.63
22324689--22324723	18	1.9	18	94	0	61	48	25	0	25	1.51
22325852--22325896	18	2.5	17	85	7	63	42	2	35	20	1.64
22332337--22332441	40	2.7	38	77	15	106	38	0	2	59	1.13
22332330--22332441	39	2.8	37	79	14	100	37	0	2	59	1.11
22332336--22332412	21	3.8	21	76	13	70	35	0	2	62	1.09
22342669--22342748	27	3.0	27	84	0	106	30	22	28	18	1.98
22347744--22347799	22	2.5	22	72	16	53	25	10	21	42	1.85
22355985--22356037	25	2.1	25	100	0	106	32	0	20	47	1.51
22356823--22356870	25	1.9	25	87	8	71	16	18	20	43	1.88
22363884--22363931	25	1.9	25	87	8	71	16	18	22	41	1.90
22365043--22365125	30	2.8	29	87	3	103	27	25	26	20	1.99
22365236--22365333	26	3.8	26	78	4	108	39	24	20	15	1.91
22365551--22366160	27	22.6	27	82	6	695	20	20	17	42	1.90
22367289--22367317	14	2.1	14	100	0	58	20	0	34	44	1.52
22369448--22369506	25	2.4	25	82	2	75	35	22	25	16	1.95
22369519--22369578	26	2.3	26	82	5	77	41	23	20	15	1.89
22372976--22373274	33	8.4	33	68	26	150	21	19	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22372975--22373173	101	2.0	101	88	2	301	21	20	25	32	1.98
22373076--22373274	75	2.6	76	91	0	310	21	19	26	32	1.97
22373076--22373284	76	2.8	75	89	2	303	22	20	25	31	1.98
22381038--22381069	13	2.5	13	94	0	55	6	25	40	28	1.79
22393970--22393996	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22397333--22397364	10	3.0	11	90	9	57	37	18	0	43	1.51
22399801--22399847	20	2.3	20	85	3	58	21	2	23	53	1.57
22400543--22400689	46	3.2	46	86	1	179	29	23	17	28	1.97
22402495--22402699	27	7.6	27	85	2	243	44	20	15	20	1.87
22402495--22402699	80	2.5	81	80	7	231	44	20	15	20	1.87
22402495--22402699	107	1.9	108	82	3	261	44	20	15	20	1.87
22403050--22403107	28	2.1	27	87	3	80	25	24	24	25	2.00
22408810--22409071	27	9.7	27	84	2	256	46	16	14	22	1.83
22408993--22409088	27	3.5	27	80	8	104	48	19	11	19	1.79
22409394--22409563	27	6.3	27	82	5	193	44	18	14	22	1.85
22409394--22409600	54	3.8	53	79	11	197	46	18	13	21	1.83
22409394--22409600	81	2.5	81	83	6	258	46	18	13	21	1.83
22409404--22409588	27	6.8	28	80	7	152	46	18	13	21	1.83
22409960--22410017	28	2.1	27	87	3	80	22	22	25	29	1.99
22412850--22412887	19	2.0	19	90	10	60	50	18	5	26	1.68
22412982--22413822	3	280.3	3	99	0	1673	33	0	0	66	0.93
22418652--22418692	20	2.0	20	100	0	82	43	9	24	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22419146--22419197	25	2.1	25	96	0	95	42	3	13	40	1.62
22419926--22419957	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
22422824--22422927	52	2.0	52	98	0	199	48	12	1	37	1.52
22423475--22423508	16	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
22428087--22428158	21	3.4	21	68	0	63	43	18	25	13	1.86
22428067--22428213	42	3.5	42	79	5	138	42	17	23	16	1.89
22430602--22430764	87	1.9	86	87	6	240	39	21	12	26	1.89
22442914--22443010	49	2.0	49	91	0	158	25	25	6	42	1.78
22444302--22444342	18	2.2	19	91	4	66	24	21	0	53	1.46
22444317--22444402	43	2.0	43	86	0	118	24	22	2	51	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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