genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26930742--26930821	26	3.1	26	77	0	70	38	26	18	16	1.92
26931037--26931210	79	2.2	79	81	6	208	25	14	16	43	1.85
26931037--26931221	27	6.9	27	77	6	162	25	15	16	42	1.88
26932039--26932078	18	2.2	19	86	8	57	70	5	25	0	1.08
26936041--26936069	15	1.9	15	100	0	58	20	3	0	75	0.94
26939354--26939383	13	2.4	12	94	5	51	26	0	0	73	0.84
26952043--26952091	22	2.1	24	85	7	66	18	8	12	61	1.55
26952771--26952824	19	2.7	19	77	5	54	14	44	1	38	1.56
26953921--26953958	17	2.2	17	90	0	58	57	5	0	36	1.21
26958313--26958546	41	5.7	41	89	0	360	28	20	28	23	1.98
26958717--26958830	34	3.3	34	77	8	86	33	7	17	41	1.79
26960556--26960719	43	3.9	42	81	7	170	29	15	25	29	1.96
26979000--26979041	21	2.0	21	86	4	59	33	9	0	57	1.31
26979355--26979380	9	2.9	9	100	0	52	11	23	7	57	1.59
26987944--26988095	27	5.6	27	90	2	223	26	15	28	30	1.96
26987944--26988095	55	2.8	55	89	2	234	26	15	28	30	1.96
26987944--26988095	82	1.9	82	91	0	250	26	15	28	30	1.96
26997906--26998088	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
26997942--26998123	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
26999690--26999989	150	2.0	150	100	0	600	34	26	14	25	1.93
27000687--27000724	18	2.1	19	95	5	69	15	34	34	15	1.90
27003002--27003111	55	2.0	55	98	0	211	29	16	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27004657--27004772	58	2.0	58	96	0	214	37	6	25	30	1.82
27006105--27006327	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
27006180--27006362	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
27008149--27008667	46	11.5	46	89	4	801	33	15	23	28	1.95
27008149--27008667	91	5.8	91	93	2	854	33	15	23	28	1.95
27008149--27008643	268	1.8	269	94	0	884	33	15	22	28	1.95
27013123--27013290	20	8.2	20	77	6	142	25	14	23	36	1.92
27013123--27013236	41	2.8	41	79	7	117	23	14	23	37	1.92
27013120--27013237	61	1.9	61	85	0	164	22	14	23	38	1.91
27013207--27013269	21	3.1	20	84	10	83	28	17	20	33	1.95
27020352--27020381	11	2.7	11	94	0	51	43	0	20	36	1.52
27021605--27021683	40	2.0	40	89	0	122	24	16	31	27	1.96
27030885--27030930	24	1.9	24	86	8	67	34	2	13	50	1.53
27045650--27045711	30	2.1	30	93	0	106	58	9	3	29	1.46
27050471--27050642	63	2.7	63	82	0	200	33	33	8	25	1.86
27053978--27054026	6	8.2	6	97	0	89	48	0	2	48	1.12
27054315--27054366	26	2.0	26	85	7	70	32	5	5	55	1.47
27061382--27061427	11	4.0	12	83	8	60	52	0	0	47	1.00
27061382--27061427	23	2.0	23	91	0	74	52	0	0	47	1.00
27061315--27061427	52	2.2	52	82	9	142	50	2	1	45	1.26
27061726--27061771	21	2.2	21	88	0	65	63	0	0	36	0.95
27061746--27061807	31	2.0	32	93	3	108	62	0	3	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27066687--27066731	8	5.9	8	89	7	58	86	0	13	0	0.57
27066687--27066730	18	2.5	18	92	3	72	88	0	11	0	0.51
27066687--27066731	23	2.0	23	90	0	72	86	0	13	0	0.57
27067848--27067890	16	2.7	16	88	0	68	20	27	0	51	1.48
27071236--27071273	20	1.9	20	88	0	58	31	36	5	26	1.79
27073211--27073239	10	3.0	10	95	5	51	93	0	0	6	0.36
27073211--27073240	15	2.0	15	93	0	51	90	0	0	10	0.47
27075096--27075137	15	2.8	16	85	10	61	9	33	26	30	1.88
27077622--27077669	15	3.3	15	77	11	55	14	25	33	27	1.94
27084184--27084221	20	1.9	20	94	0	67	15	21	5	57	1.57
27088953--27089002	25	2.0	25	100	0	100	28	16	16	40	1.89
27089445--27089869	69	6.2	69	80	2	341	37	20	20	22	1.95
27089514--27089869	138	2.6	138	79	1	383	37	20	19	21	1.94
27099217--27099715	250	2.0	250	99	0	980	30	9	5	53	1.57
27104353--27104387	10	3.6	10	92	3	54	77	8	0	14	0.99
27104381--27104410	8	3.9	8	95	4	53	90	0	10	0	0.47
27105318--27105355	15	2.5	15	83	8	51	71	0	13	15	1.16
27106563--27106804	86	2.8	87	87	1	351	30	22	25	21	1.99
27106563--27106809	44	5.7	44	80	2	293	29	21	26	21	1.99
27106804--27107129	88	3.7	88	88	0	483	27	23	25	23	2.00
27106806--27107012	44	4.7	44	66	16	133	27	23	25	23	2.00
27112406--27112446	20	2.0	20	90	0	64	29	24	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27119594--27119625	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
27127488--27128023	285	1.9	285	94	0	957	22	18	10	47	1.79
27130823--27131014	40	4.8	40	96	0	348	24	21	30	23	1.99
27146289--27146466	27	6.6	27	82	5	171	28	29	15	26	1.96
27146310--27146465	82	1.9	81	85	3	215	28	29	16	26	1.96
27158696--27158722	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
27158768--27158812	22	2.0	22	83	8	56	53	0	4	42	1.21
27159822--27159878	30	1.9	30	100	0	114	35	8	28	28	1.87
27162457--27162518	30	2.1	30	84	6	81	48	9	8	33	1.65
27173561--27173611	22	2.3	22	83	6	59	64	9	9	15	1.48
27182627--27182741	61	1.9	61	82	7	144	38	5	15	40	1.70
27187736--27187761	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27199040--27199086	23	2.0	24	83	4	60	42	4	4	48	1.42
27203202--27203373	68	2.5	68	83	0	227	34	15	22	27	1.94
27210381--27210433	23	2.3	23	81	12	65	41	22	1	33	1.65
27212631--27212685	20	2.7	21	77	5	58	25	16	14	43	1.86
27228068--27228193	50	2.5	50	79	2	137	31	22	24	21	1.98
27244194--27244363	40	4.3	40	88	0	225	26	28	21	24	1.99
27244192--27244416	40	5.7	40	84	4	195	26	28	21	24	1.99
27260990--27261042	18	2.9	18	82	2	61	41	45	1	11	1.51
27261095--27261149	26	2.2	25	78	12	58	32	7	16	43	1.75
27261170--27261254	9	9.4	9	82	5	100	25	11	21	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27263211--27263264	26	2.1	26	82	6	65	31	0	0	68	0.90
27275115--27275186	24	2.9	24	80	12	83	56	16	0	26	1.40
27275121--27275192	23	3.0	24	83	6	92	54	18	0	27	1.44
27275121--27275195	24	3.1	24	76	7	80	53	18	0	28	1.45
27282946--27282993	9	5.3	9	79	0	51	29	8	16	45	1.76
27282946--27282993	18	2.7	18	86	0	69	29	8	16	45	1.76
27297912--27297963	25	2.1	25	92	0	86	36	17	15	30	1.91
27298669--27298707	19	2.1	19	85	0	51	35	0	2	61	1.10
27302606--27302644	18	2.2	18	86	9	53	17	0	7	74	1.05
27304537--27304611	31	2.5	30	86	6	98	41	6	4	48	1.48
27305581--27305610	16	1.9	15	93	6	51	60	3	6	30	1.39
27305981--27306105	27	4.6	27	79	4	135	20	31	27	20	1.98
27305984--27306105	54	2.3	54	85	5	167	21	31	27	19	1.97
27306346--27306375	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27313270--27314206	318	3.0	317	96	0	1775	29	11	7	51	1.65
27318406--27318480	3	24.3	3	78	8	71	61	4	2	32	1.28
27320840--27320877	9	4.2	9	86	0	58	42	2	36	18	1.64
27321852--27321885	16	2.1	17	88	5	52	26	29	2	41	1.70
27322285--27322335	25	2.0	26	92	3	86	11	37	23	27	1.90
27334238--27334263	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
27334330--27334360	16	1.9	16	93	0	53	74	12	9	3	1.19
27337061--27337127	34	2.0	34	100	0	134	35	19	8	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27345319--27345356	15	2.6	14	91	8	58	0	15	0	84	0.63
27348915--27348976	32	1.9	33	90	3	99	40	8	3	48	1.49
27351989--27352031	19	2.3	18	84	7	59	74	2	0	23	0.93
27352811--27352851	20	2.0	21	85	9	57	21	0	12	65	1.25
27356305--27356347	4	10.8	4	100	0	86	25	0	23	51	1.49
27356995--27357048	16	3.6	15	76	18	51	12	20	24	42	1.87
27357683--27357724	18	2.3	18	88	8	59	38	2	2	57	1.25
27359207--27359252	21	2.1	21	81	18	51	17	2	4	76	1.06
27362531--27362555	9	2.8	9	100	0	50	32	20	12	36	1.89
27377471--27377496	9	2.9	9	100	0	52	19	0	0	80	0.71

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