genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17021969--17022032	30	2.2	29	83	10	78	40	7	4	46	1.53
17025024--17025126	51	2.0	52	86	1	145	33	14	17	34	1.90
17027187--17027227	3	13.7	3	100	0	82	31	0	34	34	1.58
17027887--17027946	24	2.6	23	81	5	84	16	8	5	70	1.31
17033325--17033350	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
17039400--17039730	110	3.0	109	96	1	608	16	25	5	52	1.64
17044034--17044472	166	2.6	164	83	4	567	33	16	17	32	1.93
17057863--17057957	31	3.1	31	83	1	120	20	17	21	41	1.91
17058204--17058282	31	2.5	30	82	8	86	44	21	13	20	1.86
17061331--17061387	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
17061914--17061983	25	2.8	25	71	6	61	37	0	0	62	0.95
17065014--17065055	19	2.2	20	86	4	59	7	7	30	54	1.54
17075853--17075890	13	2.9	13	80	11	51	15	2	10	71	1.25
17076163--17076225	28	2.1	30	80	13	69	50	1	0	47	1.10
17076373--17076412	20	2.0	20	100	0	80	35	15	5	45	1.68
17076631--17076675	21	2.1	21	83	0	54	33	0	2	64	1.06
17082653--17082705	28	1.9	27	84	3	70	22	1	32	43	1.64
17084984--17085010	6	4.5	6	100	0	54	29	37	14	18	1.91
17093124--17093153	11	2.7	11	89	0	51	40	3	0	56	1.16
17093138--17093191	26	2.0	26	85	10	72	33	0	1	64	1.04
17093242--17093269	13	2.2	13	100	0	56	14	14	39	32	1.86
17096860--17097330	144	3.3	140	84	4	592	33	21	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17096866--17097330	137	3.3	137	85	3	561	33	21	16	28	1.95
17113010--17113034	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
17116266--17116307	22	2.0	21	85	4	57	47	0	4	47	1.23
17136059--17136529	231	2.0	232	86	2	649	21	26	16	35	1.95
17142248--17142304	21	2.8	21	84	10	66	12	12	40	35	1.80
17157133--17157191	4	14.8	4	96	0	91	45	23	5	25	1.73
17162080--17162108	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
17163020--17163154	40	3.4	40	77	9	143	28	17	22	31	1.97
17164248--17164277	11	2.7	11	89	0	51	20	6	10	63	1.47
17165182--17165217	5	7.6	5	87	12	58	80	0	0	19	0.71
17165184--17165211	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
17165182--17165216	18	1.9	18	100	0	70	80	0	0	20	0.72
17173054--17173105	16	3.3	15	81	10	52	42	0	0	57	0.98
17177536--17177936	198	2.0	198	96	0	730	36	13	19	30	1.90
17178237--17178271	18	1.9	18	100	0	70	11	0	17	71	1.14
17178239--17178279	18	2.2	18	91	4	64	17	0	17	65	1.27
17178564--17178657	47	2.0	46	89	6	145	41	9	12	36	1.76
17184555--17184649	33	2.8	34	74	18	90	57	0	3	38	1.14
17184563--17184653	37	2.7	34	74	14	89	57	0	3	39	1.15
17188958--17189573	164	3.7	164	86	3	810	34	17	20	26	1.95
17191766--17191815	19	2.5	19	84	15	57	60	16	10	14	1.59
17207744--17207783	20	2.0	20	85	9	55	27	2	2	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17208068--17208123	29	1.9	29	92	0	94	42	7	14	35	1.73
17211194--17211364	66	2.6	65	84	1	207	22	30	17	29	1.97
17212164--17212223	18	3.3	18	86	6	68	3	13	3	80	0.97
17215387--17215445	29	2.0	29	100	0	118	32	16	16	33	1.92
17215607--17215650	20	2.5	16	75	25	52	40	15	15	27	1.88
17215612--17215652	20	2.0	20	100	0	82	46	14	14	24	1.82
17215807--17215832	7	3.7	7	100	0	52	26	42	0	30	1.56
17222533--17222889	146	2.4	145	89	4	522	25	16	18	40	1.91
17234586--17234639	4	13.5	4	100	0	108	50	25	0	24	1.50
17236444--17236513	31	2.2	32	87	5	97	44	11	11	32	1.76
17238106--17238131	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
17238701--17238737	18	2.1	18	100	0	74	45	10	16	27	1.80
17240075--17240151	30	2.5	31	87	8	113	50	2	1	45	1.23
17245882--17246076	102	1.9	103	89	1	302	27	16	27	28	1.97
17248878--17248927	10	4.6	11	76	14	59	22	32	0	46	1.52
17248888--17248943	22	2.5	22	91	2	85	28	28	0	42	1.56
17248915--17249030	51	2.3	51	92	0	187	28	24	0	47	1.52
17250173--17250197	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
17250850--17250884	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
17251248--17251390	53	3.0	44	72	20	119	41	0	6	51	1.34
17251256--17251372	53	2.2	53	92	3	193	37	0	7	54	1.29
17251473--17251528	29	1.9	29	92	0	94	46	26	1	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17251602--17251643	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
17254595--17254946	126	2.8	124	83	3	472	34	20	13	31	1.92
17256730--17256779	21	2.5	20	84	12	68	0	32	2	66	1.03
17257147--17257720	291	2.0	291	85	3	769	36	19	15	27	1.93
17263507--17263534	7	4.0	7	100	0	56	0	14	0	85	0.59
17266717--17266777	4	15.2	4	100	0	122	49	24	0	26	1.51
17270956--17270996	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
17276828--17276888	30	2.1	30	81	9	72	49	8	3	39	1.49
17277943--17277975	16	2.1	16	88	5	50	36	12	3	48	1.56
17278012--17278036	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
17282059--17282211	58	2.6	58	88	0	225	33	9	20	37	1.84
17283050--17283105	11	4.8	12	76	14	55	62	0	1	35	1.06
17283057--17283123	22	3.0	22	79	16	68	65	0	4	29	1.12
17284077--17284191	37	2.9	39	73	13	101	26	18	22	33	1.97
17286080--17286155	39	1.9	39	86	0	107	39	18	10	31	1.85
17286823--17286868	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
17287112--17287160	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
17287175--17287265	46	2.0	46	87	6	132	47	15	1	36	1.53
17292315--17292349	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17292515--17292599	44	1.9	45	85	2	118	36	27	7	29	1.83
17292585--17292653	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
17292585--17292653	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17298771--17298813	9	4.8	9	94	0	77	37	30	9	23	1.86
17299321--17299362	19	2.2	20	86	4	59	61	2	0	35	1.09
17303081--17303120	20	2.1	20	90	9	66	42	0	0	57	0.98
17305557--17305596	13	3.1	14	82	13	50	40	25	7	27	1.82
17306210--17306261	24	2.2	24	85	0	68	34	5	7	51	1.54
17314286--17314347	30	2.1	30	93	0	106	24	3	12	59	1.48
17314470--17314500	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
17314470--17314504	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
17315054--17315111	29	2.0	29	93	0	98	27	36	5	31	1.79
17319528--17319673	72	2.0	72	94	0	256	20	16	25	37	1.93
17323594--17323660	29	2.2	30	81	7	82	28	1	0	70	0.96
17342675--17342704	8	3.8	8	100	0	60	40	13	13	33	1.83
17344974--17345050	32	2.4	32	86	4	102	40	22	18	19	1.92
17354894--17355136	50	4.8	50	88	0	351	25	23	30	20	1.98
17357213--17357243	15	2.1	15	93	0	53	32	6	19	41	1.77
17360212--17360254	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
17360237--17360334	37	2.7	37	82	7	103	45	1	6	46	1.34
17360456--17360548	45	2.1	44	86	6	125	36	21	5	36	1.77
17360530--17360569	16	2.5	16	91	0	62	27	25	10	37	1.88
17361045--17361073	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
17367186--17367220	13	2.7	13	100	0	70	42	25	31	0	1.55
17372593--17372621	10	2.7	11	94	5	51	0	10	0	89	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17377219--17377246	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17380729--17380768	11	3.6	12	83	16	59	67	5	0	27	1.11
17382643--17382704	19	3.3	20	77	18	64	53	3	1	41	1.27
17388178--17388211	18	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
17388173--17388354	59	3.0	60	68	15	158	49	4	0	45	1.28
17388297--17388331	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
17389682--17389719	18	2.1	18	90	0	58	34	23	7	34	1.84
17392077--17392107	15	2.1	15	93	0	53	25	0	0	74	0.82
17392076--17392131	15	3.9	14	70	11	51	23	0	0	76	0.78
17392082--17392144	26	2.3	27	89	10	94	26	0	0	73	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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