genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27652185--27652234	22	2.3	22	96	3	93	28	8	24	40	1.83
27652817--27652845	15	1.9	15	100	0	58	13	13	13	58	1.63
27656788--27657009	64	3.4	64	73	12	182	24	29	15	31	1.95
27657503--27657560	30	1.9	30	85	0	80	29	22	8	39	1.84
27665130--27665258	42	3.0	44	83	5	147	24	19	27	28	1.98
27678118--27678201	39	2.2	39	93	0	141	28	25	23	22	1.99
27682615--27682773	39	4.1	39	90	0	228	26	19	23	30	1.98
27697252--27697598	49	7.2	49	94	4	607	31	8	29	30	1.87
27697578--27697618	20	2.0	20	100	0	82	19	19	36	24	1.95
27697520--27697665	67	2.1	67	94	5	256	29	10	30	28	1.91
27697471--27697712	116	2.1	115	94	4	423	30	9	30	28	1.89
27697591--27697786	47	4.2	47	91	1	297	31	9	31	27	1.88
27714040--27714068	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
27716843--27716881	16	2.5	15	83	4	51	38	2	2	56	1.27
27717805--27717865	31	1.9	32	87	12	90	34	6	13	45	1.69
27719140--27719401	68	3.9	68	83	1	328	34	17	20	27	1.95
27721015--27721119	29	3.6	29	77	3	113	45	18	11	24	1.82
27724741--27724821	40	2.0	40	95	0	144	34	20	18	25	1.96
27733466--27733517	22	2.4	22	90	0	86	23	1	26	48	1.62
27740460--27740523	33	1.9	33	93	6	112	9	15	28	46	1.77
27747181--27747295	59	1.9	59	85	0	158	23	26	30	19	1.98
27748066--27748210	41	3.5	41	87	3	229	33	16	28	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27750077--27750108	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
27762911--27763159	50	4.8	50	85	4	284	23	29	21	26	1.99
27769385--27769441	30	1.9	29	82	10	71	29	22	3	43	1.70
27776333--27776861	125	4.2	125	84	2	679	29	18	22	30	1.97
27776303--27776861	249	2.2	250	90	0	868	29	17	22	30	1.97
27778144--27778342	22	8.8	22	76	12	163	18	0	30	51	1.47
27778131--27778342	44	4.7	44	79	9	185	19	0	29	50	1.51
27778154--27778288	72	1.9	72	86	6	193	17	0	30	52	1.44
27778621--27778665	21	2.1	21	91	0	72	4	24	35	35	1.76
27780158--27780205	19	2.4	21	76	16	57	33	2	8	56	1.41
27780525--27780578	12	4.3	12	81	9	72	20	20	1	57	1.50
27780648--27780687	19	2.1	19	86	9	55	50	5	5	40	1.46
27784962--27785006	11	3.9	12	78	18	51	46	0	28	24	1.53
27795322--27795359	18	2.1	18	100	0	76	26	10	5	57	1.53
27801369--27801556	45	4.2	45	84	4	220	22	14	27	36	1.93
27801372--27801548	90	2.0	88	86	2	246	22	14	27	35	1.93
27808171--27808204	11	3.0	11	83	8	50	32	2	8	55	1.45
27810085--27810203	44	2.7	44	84	3	159	29	18	20	31	1.96
27810411--27810598	45	4.3	42	75	11	144	34	17	20	28	1.95
27810429--27810544	42	2.7	42	82	6	117	34	14	24	26	1.94
27812299--27812408	53	2.1	54	85	10	156	33	6	1	58	1.34
27812319--27812424	53	2.0	55	90	7	173	33	6	1	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27820793--27820838	4	11.8	4	82	13	60	73	0	2	23	0.94
27822064--27822286	44	5.0	44	83	4	227	30	21	15	33	1.94
27822064--27822285	88	2.5	86	82	6	250	30	21	15	32	1.94
27829012--27829060	4	12.5	4	79	12	57	71	4	0	24	1.03
27829012--27829060	11	4.5	11	72	23	50	71	4	0	24	1.03
27834243--27834276	17	2.0	17	100	0	68	35	0	5	58	1.22
27847674--27847725	26	2.0	26	88	0	77	30	30	17	21	1.96
27847817--27847936	26	4.6	26	72	0	105	21	27	17	33	1.96
27847808--27847936	52	2.5	52	78	5	127	23	25	17	34	1.96
27853956--27854002	22	2.1	23	84	11	62	44	4	12	38	1.62
27853956--27854004	23	2.1	23	82	14	57	44	4	12	38	1.61
27864540--27864581	22	1.9	22	90	0	66	38	2	16	42	1.61
27864673--27864926	127	2.0	127	99	0	499	29	14	12	43	1.82
27878105--27878168	25	2.6	25	79	0	74	29	25	17	28	1.97
27881036--27881243	27	7.7	27	82	5	213	43	21	14	20	1.87
27881036--27881269	82	2.9	82	81	8	235	43	20	14	21	1.88
27881116--27881259	27	5.3	26	78	15	132	43	20	14	20	1.87
27881441--27881518	26	3.0	26	72	7	68	20	19	19	41	1.91
27881627--27881675	24	2.0	24	92	0	80	24	24	24	26	2.00
27888572--27888819	27	9.2	27	83	4	268	45	19	14	20	1.85
27890352--27890392	18	2.3	18	84	16	50	24	7	4	63	1.40
27891422--27891483	17	3.4	17	69	26	54	27	1	24	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27891395--27891530	39	3.5	39	91	0	218	28	3	22	45	1.69
27897719--27897859	39	3.6	39	87	0	210	30	4	19	45	1.70
27900394--27900426	13	2.6	13	90	4	50	21	0	3	75	0.93
27900383--27900425	17	2.4	18	88	3	61	20	2	4	72	1.14
27901508--27901621	57	2.0	58	87	1	167	45	7	18	28	1.75
27903010--27903065	28	2.0	28	100	0	112	32	10	10	46	1.73
27905492--27905537	16	2.9	16	87	6	67	32	15	2	50	1.56
27906426--27906474	7	7.0	7	90	0	80	42	0	0	57	0.99
27906426--27906483	21	2.8	21	82	10	66	41	1	0	56	1.09
27906492--27906530	21	1.9	21	84	5	53	43	2	2	51	1.29
27909770--27909835	35	1.9	34	84	9	89	53	1	3	42	1.25
27909959--27910024	19	3.3	19	72	12	60	59	19	3	18	1.51
27909943--27910006	22	3.0	22	66	13	62	57	20	7	14	1.61
27909943--27910024	41	2.0	41	95	0	146	57	20	6	15	1.60
27910296--27910360	30	2.2	30	83	5	78	26	44	0	29	1.54
27910576--27910633	18	3.2	17	76	16	55	24	24	0	51	1.48
27910905--27910939	18	1.9	18	88	11	54	34	5	0	60	1.21
27911589--27911640	23	2.3	23	79	0	59	34	7	30	26	1.85
27915900--27916196	146	2.0	148	84	3	395	32	12	14	40	1.83
27917661--27917983	41	7.9	40	84	4	353	30	27	21	20	1.98
27918151--27918176	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
27922356--27922416	21	2.9	21	85	0	77	24	9	36	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27926081--27926108	13	2.2	13	100	0	56	35	0	35	28	1.58
27930689--27930749	30	2.0	30	93	0	104	29	31	21	18	1.96
27932862--27932957	39	2.5	39	92	0	165	27	19	15	37	1.92
27932970--27933024	16	3.4	16	73	26	62	20	32	3	43	1.69
27932967--27933027	32	1.9	32	100	0	122	22	31	3	42	1.70
27937296--27937405	39	2.7	41	84	5	129	28	15	18	38	1.91
27937310--27937405	39	2.5	39	87	0	147	27	17	16	38	1.91
27937418--27937472	16	3.4	16	71	26	53	20	30	3	45	1.68
27937415--27937475	32	1.9	32	96	0	113	22	29	3	44	1.69
27939127--27939206	20	3.9	20	82	6	88	28	22	21	27	1.99
27944254--27944305	26	2.0	25	85	3	68	57	13	0	28	1.36
27945895--27945958	33	1.9	33	93	0	110	43	17	23	15	1.87
27952586--27952643	29	2.0	29	100	0	116	13	17	20	48	1.81
27953509--27953533	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
27953909--27953959	23	2.2	23	89	0	75	29	9	19	41	1.84
27962617--27962655	20	2.0	19	94	0	60	20	33	23	20	1.95
27964593--27964630	20	1.9	20	94	0	67	31	21	21	26	1.98
27967059--27967085	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
27967957--27968028	28	2.4	29	81	9	74	36	4	5	54	1.43
27970237--27970294	24	2.4	25	83	8	68	29	22	3	44	1.69
27973167--27973232	20	3.4	18	75	22	55	77	0	22	0	0.77
27973164--27973232	31	2.3	30	85	9	88	76	0	23	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27974936--27974996	3	19.7	3	80	12	70	63	3	3	29	1.26
27974926--27974996	22	3.2	22	88	7	83	63	4	2	29	1.27
27977090--27977180	45	2.0	45	91	0	146	29	21	24	24	1.99
27977228--27977424	44	4.5	44	74	9	163	30	18	21	29	1.97
27977222--27977516	88	3.4	88	79	10	298	31	20	21	27	1.98
27977396--27977555	44	3.6	45	77	5	137	29	20	23	27	1.98
27998883--27998940	26	2.2	26	87	0	80	17	24	22	36	1.95
27998892--27999013	26	4.9	26	68	12	85	20	24	21	33	1.97
27998970--27999021	25	2.1	25	85	0	68	19	26	23	30	1.98
27999067--27999129	25	2.5	24	84	5	90	25	26	15	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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