genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16001772--16001824	27	1.9	28	85	11	74	35	13	13	37	1.83
16001631--16002070	130	3.4	130	87	0	616	32	17	12	38	1.86
16001779--16001979	63	3.1	63	62	16	140	31	16	12	39	1.86
16002031--16002097	24	2.7	24	90	6	98	32	13	14	38	1.86
16001901--16002188	154	1.9	154	90	1	461	32	18	12	36	1.88
16001901--16002227	154	2.1	153	86	5	451	32	18	12	37	1.88
16001774--16002335	284	2.0	284	87	1	822	30	18	13	37	1.89
16002055--16002341	130	2.2	130	85	3	389	30	20	13	34	1.92
16004572--16004608	19	1.9	19	88	0	56	45	18	0	35	1.50
16005524--16005591	5	13.4	5	77	20	70	58	0	0	41	0.98
16005524--16005601	13	6.2	13	73	16	58	58	2	0	38	1.12
16007840--16007878	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
16012652--16012715	1	64.0	1	74	0	56	87	9	3	0	0.64
16012654--16012713	7	8.9	7	89	7	72	86	10	3	0	0.67
16012655--16012702	6	7.8	6	90	9	71	87	12	0	0	0.54
16013569--16013604	16	2.2	17	95	5	65	80	0	8	11	0.90
16014835--16015521	88	7.8	88	90	0	1099	26	20	24	28	1.99
16015213--16015831	310	2.0	309	94	0	1085	27	21	24	26	1.99
16015125--16015908	398	2.0	397	93	0	1318	27	21	24	26	1.99
16015037--16015987	486	2.0	485	90	0	1490	27	21	24	26	1.99
16015523--16016010	88	5.5	88	90	1	696	27	22	24	25	2.00
16018032--16018070	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16020817--16020890	27	2.7	28	93	6	125	43	10	0	45	1.39
16020954--16021020	27	2.5	27	92	0	107	29	29	25	14	1.95
16021062--16021171	4	26.2	4	73	21	68	67	0	32	0	0.91
16021066--16021218	12	10.9	14	69	20	72	66	0	33	0	0.92
16021055--16021147	20	4.8	19	81	16	86	64	0	35	0	0.94
16021078--16021203	37	3.5	37	83	13	140	68	0	31	0	0.90
16021100--16021200	49	2.1	45	82	14	123	69	0	30	0	0.89
16027530--16027560	12	2.6	12	94	0	53	61	19	0	19	1.35
16027566--16027618	26	2.0	26	85	7	72	47	7	1	43	1.42
16027829--16027855	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
16027911--16027949	20	2.0	21	85	10	55	66	7	0	25	1.18
16028073--16028148	27	2.8	27	91	0	116	18	30	27	23	1.98
16028191--16028219	12	2.3	13	94	5	51	0	0	10	89	0.48
16028219--16028321	28	3.7	27	88	8	138	45	0	12	41	1.42
16030452--16030483	13	2.4	14	85	15	50	0	28	0	71	0.86
16030439--16030490	17	3.0	17	82	2	59	1	26	1	69	1.10
16036576--16036610	14	2.4	14	90	4	52	22	0	31	45	1.53
16041223--16041252	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
16041305--16041343	15	2.6	16	84	12	55	43	0	0	56	0.99
16043702--16043731	7	4.3	7	100	0	60	46	0	0	53	1.00
16047183--16047256	31	2.6	26	74	24	69	44	1	1	52	1.17
16048117--16048155	3	13.0	3	88	0	60	0	0	66	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16048569--16048599	2	16.0	2	93	6	55	51	0	48	0	1.00
16050338--16050379	21	2.0	21	86	13	59	35	0	0	64	0.94
16055398--16055439	3	14.0	3	100	0	84	33	0	33	33	1.58
16055950--16055981	13	2.5	13	94	0	55	31	3	0	65	1.08
16058950--16058984	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16058963--16059238	66	4.6	58	68	21	178	43	2	3	50	1.33
16058987--16059185	66	3.2	63	71	19	202	42	3	5	49	1.40
16058923--16059238	120	2.6	120	95	1	571	43	1	4	49	1.33
16059078--16059117	21	2.0	19	85	9	53	47	0	0	52	1.00
16059190--16059238	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
16059190--16059244	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
16059389--16059479	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
16059460--16059511	16	3.2	16	97	0	95	38	34	0	26	1.57
16061604--16061668	28	2.3	28	84	7	87	18	7	1	72	1.17
16071802--16071944	78	1.8	77	89	4	225	45	4	2	46	1.39
16071849--16071905	17	3.3	16	74	13	51	47	1	1	49	1.22
16093755--16093800	24	1.9	25	86	8	69	41	0	0	58	0.98
16093778--16093816	16	2.5	17	84	16	57	33	0	2	64	1.08
16093924--16094054	35	3.8	32	80	12	102	44	0	3	52	1.16
16093930--16094060	12	11.1	12	70	20	71	42	0	3	53	1.19
16093920--16094038	23	5.3	22	65	16	57	43	0	2	53	1.14
16094092--16094123	14	2.3	15	89	10	50	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16094093--16094169	13	6.5	13	70	28	57	57	1	0	41	1.07
16094101--16094176	21	3.5	21	83	7	98	57	1	0	40	1.07
16094245--16094292	24	2.1	23	85	11	64	62	2	0	35	1.07
16097871--16097895	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
16100719--16100780	26	2.3	27	80	2	72	27	3	4	64	1.29
16118387--16118427	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
16125389--16125423	14	2.5	14	90	9	54	28	8	14	48	1.73
16127589--16127644	21	2.7	21	85	0	85	28	8	33	28	1.87
16129388--16129432	18	2.6	17	77	19	56	62	2	2	33	1.20
16154302--16154330	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
16158032--16158105	31	2.4	31	90	0	112	27	24	17	31	1.97
16160565--16160848	46	6.6	45	84	12	377	34	14	21	28	1.93
16160579--16160831	86	3.0	84	89	5	372	34	15	20	29	1.93
16160733--16160805	36	2.0	36	97	0	137	35	15	20	28	1.93
16160571--16160850	132	2.1	132	82	12	360	35	14	21	28	1.93
16163267--16163352	30	3.0	29	76	13	79	33	1	5	59	1.29
16163965--16164006	12	3.6	12	83	3	50	47	7	0	45	1.30
16163965--16164006	18	2.4	18	88	4	59	47	7	0	45	1.30
16165222--16165273	18	2.7	20	74	17	56	59	0	3	36	1.16
16165350--16165392	19	2.3	18	84	11	59	55	6	4	32	1.47
16171238--16171279	22	1.9	21	85	9	57	30	2	14	52	1.54
16173873--16173911	14	2.5	15	84	16	53	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16174347--16174371	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16179377--16179464	41	2.2	41	97	2	169	19	4	17	59	1.54
16187609--16187651	19	2.3	18	84	7	59	39	2	9	48	1.48
16188904--16188959	29	1.9	29	89	7	87	46	10	5	37	1.62
16191367--16191447	38	2.1	38	80	13	87	64	0	2	33	1.07
16191644--16191691	15	3.1	15	75	3	51	64	2	2	31	1.16
16192101--16192167	34	1.9	35	84	3	91	35	7	8	47	1.63
16195157--16195213	29	2.0	28	83	16	73	45	12	0	42	1.41
16195425--16195453	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
16205069--16205119	24	2.2	23	82	3	57	37	3	7	50	1.50
16205876--16205911	18	1.9	19	88	5	56	52	5	2	38	1.39
16205869--16205930	27	2.3	27	78	13	65	51	6	1	40	1.37
16207510--16207626	59	2.0	60	81	8	141	23	16	17	42	1.88
16207672--16207808	59	2.3	59	87	2	195	42	12	20	24	1.87
16207710--16207839	58	2.2	59	83	1	154	40	14	19	25	1.89
16209330--16209364	17	2.1	17	100	0	70	45	20	5	28	1.73
16210039--16210123	33	2.8	29	77	19	93	36	7	12	43	1.70
16211257--16211295	17	2.3	17	86	0	51	66	0	5	28	1.12
16213988--16214063	20	3.7	21	77	5	75	25	2	31	40	1.69
16213998--16214063	34	1.9	34	87	0	96	25	1	28	43	1.63
16214804--16214836	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
16216808--16216842	6	5.8	6	86	0	52	68	0	2	28	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16216834--16216878	23	2.0	23	86	0	63	53	11	0	35	1.37
16218004--16218042	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
16228026--16228071	24	1.9	24	82	8	58	4	58	2	34	1.30
16238963--16239047	9	8.7	10	78	8	70	67	3	4	24	1.26
16238994--16239031	3	12.7	3	88	0	58	65	2	2	28	1.19
16248644--16248694	24	2.1	24	85	7	68	33	0	0	66	0.92
16250215--16250257	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
16250507--16250566	21	2.9	22	82	5	72	28	40	16	15	1.89
16250670--16250788	61	2.0	61	83	3	150	36	5	10	47	1.61
16253818--16254155	127	2.7	126	86	3	486	28	15	17	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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