genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18966656--18967221	126	4.5	125	89	2	778	31	22	16	29	1.96
18966656--18967221	251	2.3	249	87	3	805	31	22	16	29	1.96
18975177--18975226	26	1.9	26	87	0	73	32	28	6	34	1.81
18976828--18976873	24	1.9	23	83	16	58	45	4	4	45	1.43
18985758--18985930	86	2.0	86	95	0	310	31	18	18	31	1.95
18986919--18986969	15	3.5	14	70	19	50	27	23	5	43	1.77
18986931--18986981	15	3.3	16	72	10	52	25	25	5	43	1.77
18986916--18986979	30	2.1	31	97	2	121	26	26	6	40	1.79
18987858--18987882	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18987878--18987938	22	2.8	22	82	9	72	31	0	1	67	1.01
18988962--18989028	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
18992450--18992490	20	2.0	21	85	4	57	31	17	19	31	1.95
18992752--18992869	38	3.1	38	80	0	137	33	15	17	33	1.91
18994276--18994302	10	2.7	10	100	0	54	40	37	0	22	1.54
18999139--18999188	24	2.0	25	85	11	68	42	0	0	58	0.98
18999166--18999199	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
19000134--19000170	17	2.2	18	85	9	51	51	0	0	48	1.00
19000947--19000980	17	1.9	18	88	5	52	58	32	5	2	1.37
19002080--19002195	29	4.0	29	86	2	135	23	32	28	15	1.95
19012911--19012961	26	2.0	26	92	0	84	35	17	21	25	1.95
19015111--19015161	26	2.0	26	92	0	84	35	17	21	25	1.95
19019126--19019269	3	48.0	3	100	0	288	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19019379--19019406	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
19019456--19019499	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
19019460--19019518	27	2.3	25	83	16	68	57	1	8	32	1.39
19019539--19019630	40	2.2	40	83	7	114	58	1	5	34	1.28
19019624--19019692	32	2.2	31	82	5	86	49	5	11	33	1.63
19020220--19020270	21	2.5	21	93	6	88	37	13	11	37	1.82
19020812--19020922	44	2.5	44	86	0	150	24	23	22	29	1.99
19021025--19021719	45	15.4	45	88	0	933	28	24	16	30	1.97
19022385--19022436	16	3.2	16	79	15	54	38	1	1	57	1.21
19029774--19029838	30	2.2	30	91	0	103	40	3	20	36	1.68
19045196--19045224	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
19046108--19046144	18	2.1	18	100	0	74	59	13	10	16	1.61
19053958--19053988	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
19054283--19054332	18	2.8	18	76	11	57	40	16	2	42	1.59
19059981--19060051	31	2.3	32	85	9	103	23	7	23	45	1.78
19060042--19060090	20	2.5	20	100	0	98	36	10	28	24	1.88
19060400--19060490	37	2.4	38	80	12	109	30	2	4	62	1.27
19072344--19072443	50	2.0	51	94	2	175	28	18	11	43	1.83
19083019--19083128	57	1.9	56	83	5	141	26	21	18	33	1.96
19083013--19083239	57	4.2	53	70	13	140	25	21	16	36	1.94
19084378--19084423	18	2.8	18	78	15	55	32	41	26	0	1.56
19085910--19085988	39	2.0	40	90	2	124	39	16	20	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19085835--19085988	40	3.8	39	75	7	139	36	18	22	23	1.95
19086024--19086139	41	2.8	41	90	2	180	19	20	31	27	1.97
19086357--19086431	21	3.5	22	75	8	75	28	0	30	41	1.56
19086373--19086413	14	2.9	15	82	10	59	29	0	31	39	1.57
19086426--19086488	22	2.9	22	85	4	74	19	0	42	38	1.51
19086519--19086561	11	3.8	12	78	9	54	30	0	0	69	0.88
19086518--19086571	23	2.3	24	84	6	76	37	0	0	62	0.95
19086769--19086809	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
19086766--19086819	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
19091369--19091614	43	5.7	43	86	1	280	27	17	28	26	1.98
19091369--19091602	85	2.7	85	84	2	272	26	16	29	27	1.97
19091686--19091728	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
19096028--19096071	12	3.4	14	73	20	51	36	0	36	27	1.57
19096751--19096937	27	6.9	27	83	0	230	40	22	18	18	1.91
19096751--19096937	54	3.5	54	87	0	266	40	22	18	18	1.91
19096747--19096935	81	2.3	82	88	1	283	40	23	17	17	1.91
19096922--19096951	15	2.1	15	93	6	53	40	10	30	20	1.85
19096895--19096978	41	2.0	42	86	2	116	45	21	16	16	1.86
19096868--19097005	68	2.0	69	88	1	206	42	22	18	16	1.89
19096937--19097005	27	2.6	27	93	2	113	44	23	15	15	1.85
19098409--19098516	56	1.9	56	100	0	216	30	25	3	40	1.73
19099603--19099631	14	2.1	14	100	0	58	41	37	0	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19103228--19103362	40	3.4	40	87	0	207	12	16	25	45	1.83
19113409--19113474	29	2.3	28	89	2	96	45	16	6	31	1.72
19114734--19114787	28	2.0	28	85	7	76	35	5	0	59	1.21
19127237--19127268	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
19127406--19127490	46	1.9	43	85	7	116	32	27	16	23	1.96
19127496--19127682	51	3.7	50	80	8	218	29	27	18	24	1.98
19129330--19129365	18	2.0	18	94	0	63	19	0	22	58	1.40
19131270--19131316	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
19134466--19134508	22	2.0	22	90	0	68	39	4	9	46	1.57
19135183--19135208	10	2.6	10	100	0	52	19	30	7	42	1.79
19140138--19140202	30	2.2	30	89	8	98	27	26	6	40	1.80
19147893--19148447	274	2.0	274	90	0	867	29	28	15	26	1.96
19151651--19151693	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
19155303--19155343	3	13.7	3	94	0	73	65	2	0	31	1.05
19158408--19158464	28	2.0	30	86	6	82	24	24	14	36	1.92
19175185--19175327	39	3.7	39	91	0	223	30	2	19	47	1.64
19177676--19177864	51	3.7	50	83	5	218	32	26	15	24	1.95
19177676--19177862	102	1.8	102	84	2	259	33	27	14	24	1.95
19186241--19186288	21	2.3	21	78	7	53	20	4	22	52	1.64
19187091--19187132	17	2.5	17	100	0	84	9	28	47	14	1.75
19194071--19194119	18	2.7	18	84	6	64	40	0	20	38	1.53
19195613--19196186	287	2.0	286	94	1	1015	23	23	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19197261--19197316	21	2.6	22	83	5	80	28	28	8	33	1.87
19204072--19204110	16	2.4	17	95	4	71	51	5	2	41	1.38
19205360--19205417	23	2.5	23	78	16	57	20	8	3	67	1.33
19205630--19205658	13	2.1	14	93	6	51	13	0	13	72	1.13
19209874--19209909	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19217623--19217706	25	3.4	25	68	12	64	17	22	21	38	1.94
19217673--19217728	25	2.2	25	83	0	76	21	21	23	33	1.97
19227491--19227570	31	2.6	30	86	5	99	35	3	10	51	1.53
19227512--19227570	30	2.0	29	90	3	91	32	3	11	52	1.54
19227693--19227753	31	2.0	31	83	0	77	44	4	11	39	1.62
19235615--19235693	5	16.0	5	76	19	69	62	1	0	36	1.04
19235619--19235694	19	3.9	19	78	8	82	63	1	0	35	1.03
19235617--19235683	24	2.8	22	79	16	71	64	1	0	34	1.03
19236540--19236577	20	1.9	20	84	10	51	21	15	39	23	1.92
19246355--19246541	82	2.3	82	87	2	286	21	24	16	37	1.93
19246355--19246570	82	2.6	81	84	5	281	21	24	15	37	1.93
19247652--19247747	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
19249298--19249339	21	2.1	19	86	8	57	30	9	9	50	1.67
19249877--19249952	30	2.5	30	84	0	107	28	14	21	35	1.92
19258944--19258974	5	6.2	5	100	0	62	38	61	0	0	0.96
19269234--19269291	20	2.7	20	78	10	62	77	5	1	15	1.02
19269617--19269662	23	2.1	22	92	8	76	58	4	6	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19271203--19271255	27	2.0	27	88	0	79	22	13	20	43	1.86
19271212--19271292	28	2.9	27	85	1	99	22	11	18	48	1.79
19275551--19275615	27	2.4	28	94	2	114	41	10	0	47	1.38
19276105--19276269	82	2.0	82	96	0	303	37	7	10	44	1.66
19276349--19276414	19	3.5	19	79	4	89	50	1	10	37	1.47
19276826--19276890	28	2.4	28	94	2	114	47	0	10	41	1.38
19277160--19277190	12	2.6	12	94	0	53	74	0	0	25	0.82
19287397--19287429	17	1.9	17	93	0	57	33	0	9	57	1.30
19296237--19297199	44	21.2	44	74	9	668	32	17	20	29	1.95
19296237--19297166	89	10.2	88	75	10	642	33	17	20	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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