genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18683774--18683807	16	2.2	15	89	5	50	88	2	0	8	0.62
18684351--18684402	16	3.2	17	75	20	58	59	1	0	38	1.08
18685944--18686028	29	3.0	28	80	10	93	32	1	3	62	1.20
18685845--18686098	9	27.6	9	68	15	83	33	1	2	61	1.22
18686048--18686117	29	2.4	29	83	11	90	25	4	2	67	1.23
18697869--18697914	16	2.9	16	87	9	67	34	19	0	45	1.51
18700185--18700251	10	6.5	10	70	13	55	34	0	1	64	1.03
18700179--18700233	22	2.5	23	82	5	78	40	0	0	60	0.97
18712034--18712185	50	3.0	50	93	0	250	31	13	24	30	1.93
18714884--18714951	31	2.2	32	91	2	111	32	7	2	57	1.41
18717036--18717098	20	3.3	19	76	17	58	39	0	3	57	1.15
18717048--18717118	19	3.7	19	83	5	81	36	0	5	57	1.22
18717048--18717118	20	3.7	20	81	9	76	36	0	5	57	1.22
18717412--18717539	70	1.9	67	85	4	175	35	11	8	44	1.72
18719321--18719378	3	19.7	3	73	16	50	31	3	3	62	1.29
18719317--18719366	23	2.2	22	82	3	64	32	4	2	62	1.25
18719319--18719369	18	2.7	18	80	17	59	33	3	1	60	1.26
18719312--18719368	7	7.6	8	75	16	52	33	3	1	61	1.23
18723288--18723621	167	2.0	167	100	0	668	39	22	22	14	1.91
18731446--18731688	44	5.5	43	67	10	141	29	20	23	27	1.98
18731497--18731771	44	6.2	45	67	6	130	29	19	23	27	1.98
18731446--18731673	89	2.6	89	89	0	366	30	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18733525--18733554	15	2.0	15	93	0	51	33	0	3	63	1.11
18736748--18736805	3	19.7	3	73	16	50	31	3	3	62	1.29
18736744--18736793	23	2.2	22	82	3	64	32	4	2	62	1.25
18736746--18736796	18	2.7	18	80	17	59	33	3	1	60	1.26
18736739--18736795	7	7.6	8	75	16	52	33	3	1	61	1.23
18746718--18746750	16	2.1	16	100	0	66	36	27	6	30	1.81
18753466--18753879	109	3.8	109	87	4	566	35	18	16	29	1.93
18753993--18754052	4	15.0	4	79	6	52	70	6	3	20	1.25
18753993--18754070	22	3.5	22	76	13	79	70	7	3	17	1.27
18754369--18754446	3	25.7	3	73	12	52	65	3	5	25	1.30
18755077--18755123	18	2.6	18	82	0	67	78	0	12	8	0.95
18755951--18756284	88	3.8	86	87	5	447	25	23	25	26	2.00
18756058--18756284	44	5.2	44	66	17	130	25	22	25	27	2.00
18755951--18756284	176	1.9	176	89	1	517	25	23	25	26	2.00
18758363--18758417	7	7.6	7	82	13	67	1	14	0	83	0.73
18758363--18758407	15	2.9	16	87	9	58	2	13	0	84	0.72
18758363--18758416	22	2.5	22	87	6	74	1	14	0	83	0.73
18758370--18758417	15	3.2	15	91	5	71	0	14	0	85	0.60
18759146--18759182	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
18762325--18762719	108	3.6	109	93	2	634	34	19	15	30	1.93
18762838--18762902	22	3.0	22	78	13	71	69	7	4	18	1.31
18763215--18763298	3	27.7	3	74	11	64	66	2	4	26	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18763215--18763256	22	1.9	22	90	0	66	69	4	0	26	1.08
18763218--18763284	31	2.2	30	81	7	73	65	2	2	28	1.22
18763947--18763993	18	2.6	18	82	0	67	78	0	12	8	0.95
18765675--18765706	12	2.6	13	90	9	50	6	40	28	25	1.79
18766980--18767010	7	4.4	7	100	0	62	29	25	0	45	1.54
18771915--18771950	19	2.0	18	89	10	56	33	0	5	61	1.19
18776098--18776135	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
18776115--18776158	12	3.7	11	80	14	52	45	2	0	52	1.13
18776110--18776172	24	2.7	23	78	9	65	50	1	0	47	1.10
18776127--18776175	20	2.5	20	76	6	55	53	2	0	44	1.12
18781686--18781723	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
18785162--18785197	19	2.0	18	89	10	56	33	5	5	55	1.46
18785721--18785760	15	2.6	16	88	4	55	12	47	0	40	1.41
18785728--18785772	24	1.9	23	90	4	72	13	46	0	40	1.43
18785720--18785771	17	3.2	16	77	20	54	15	46	0	38	1.46
18789940--18789986	3	16.0	3	95	4	87	0	31	0	68	0.90
18792972--18793016	22	2.0	22	100	0	90	31	17	4	46	1.68
18793982--18794054	21	3.3	20	77	17	65	49	2	1	46	1.24
18793998--18794048	25	2.1	23	89	7	75	49	3	0	47	1.20
18796024--18796099	37	2.1	37	100	0	152	39	10	10	39	1.74
18804348--18804402	28	2.0	28	96	0	101	36	7	23	32	1.82
18808797--18808841	22	2.1	22	87	4	65	62	2	2	33	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18810720--18810759	21	1.9	21	85	10	55	45	17	10	27	1.80
18820672--18820717	23	2.1	21	92	8	74	52	0	0	47	1.00
18820729--18820773	20	2.3	19	84	3	54	73	2	22	2	1.05
18827619--18827724	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	34	1.47
18828092--18828208	16	6.9	17	72	19	59	57	1	4	36	1.29
18828407--18828450	3	14.7	3	95	0	79	68	0	0	31	0.90
18828549--18828616	3	22.3	3	73	8	57	61	7	0	30	1.23
18829081--18829116	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
18829227--18829278	27	1.9	27	84	0	68	23	0	5	71	1.07
18836089--18836119	16	1.9	16	93	0	53	16	19	16	48	1.81
18840495--18840747	40	6.2	40	93	0	416	28	10	27	33	1.90
18840628--18840696	23	3.2	23	62	19	58	30	8	27	33	1.87
18846152--18846739	289	2.0	288	87	3	849	42	10	16	30	1.81
18868728--18868767	21	1.9	21	85	10	55	40	25	7	27	1.82
18870822--18870893	24	3.1	23	84	8	101	26	11	6	55	1.60
18871037--18871103	21	3.2	22	76	18	72	34	8	1	55	1.40
18876961--18877238	84	3.3	84	90	2	430	31	20	18	28	1.97
18877003--18877272	86	3.2	82	78	11	253	30	20	19	30	1.97
18878445--18878473	11	2.7	11	94	5	51	37	10	24	27	1.88
18878663--18878764	13	7.5	13	74	18	73	39	20	9	30	1.85
18880259--18880304	21	2.2	21	88	0	65	30	19	47	2	1.61
18880272--18880328	21	2.7	21	83	0	69	33	19	43	3	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18880646--18880901	42	6.1	42	81	4	237	29	19	21	29	1.98
18881684--18881782	38	2.6	39	85	1	137	39	18	24	18	1.92
18881834--18882063	93	2.5	92	82	2	262	41	14	19	24	1.89
18890666--18890694	14	2.1	14	93	6	51	31	0	17	51	1.45
18892606--18892931	46	7.6	46	80	14	383	29	21	14	34	1.93
18892741--18892895	36	4.0	36	74	18	141	29	20	14	36	1.91
18892695--18892931	82	2.9	83	93	2	399	29	21	13	35	1.91
18892606--18892931	128	2.6	126	76	10	374	29	21	14	34	1.93
18898662--18898802	36	3.6	36	75	20	140	30	19	14	36	1.91
18898684--18898838	46	3.6	46	76	19	197	29	21	12	36	1.90
18898666--18898838	82	2.1	82	95	0	310	30	19	13	36	1.90
18907054--18907145	48	1.9	48	88	0	139	25	23	6	44	1.77
18909562--18909600	5	8.4	5	88	11	57	0	20	0	79	0.73
18909566--18909600	9	3.9	9	89	10	54	0	20	0	80	0.72
18915661--18915696	10	3.7	10	88	3	56	25	0	0	75	0.81
18933791--18933843	19	2.7	21	83	13	69	30	20	7	41	1.80
18947410--18947910	44	11.0	44	77	8	414	32	17	20	29	1.96
18947412--18947909	183	2.7	179	81	6	495	32	17	20	29	1.96
18949437--18949653	52	4.2	52	78	14	220	25	10	4	59	1.48
18949499--18949580	26	3.2	25	66	13	67	23	8	6	62	1.46
18949441--18949649	101	2.1	99	85	11	282	25	11	4	58	1.50
18949436--18949663	104	2.2	100	81	14	277	24	11	4	59	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18951545--18951569	7	3.6	7	100	0	50	0	16	36	48	1.46
18960843--18961082	120	2.0	120	96	0	444	42	2	4	51	1.33
18960997--18961055	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
18961010--18961065	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
18961282--18961334	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
18962411--18962471	11	5.5	11	78	3	61	24	31	1	42	1.64
18962411--18962485	22	3.4	22	79	18	84	26	29	1	42	1.63
18962411--18962485	11	6.7	11	70	22	59	26	29	1	42	1.63
18962447--18962544	51	1.9	51	85	4	135	26	23	3	46	1.66
18962542--18962588	10	4.8	10	78	5	51	31	2	0	65	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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