genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28702627--28702794	42	4.0	42	89	0	246	25	22	19	32	1.98
28702854--28702887	14	2.4	14	95	0	59	58	20	8	11	1.59
28703111--28703181	21	3.4	21	84	7	90	4	43	16	35	1.68
28708621--28708785	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
28708635--28709052	18	21.6	19	66	24	82	32	0	20	46	1.56
28708666--28709071	26	16.1	26	87	6	579	32	0	20	46	1.56
28708666--28709071	51	8.0	51	88	6	571	32	0	20	46	1.56
28708841--28709067	19	12.5	19	67	23	100	32	0	19	46	1.56
28709108--28709255	74	2.0	74	100	0	296	40	6	1	51	1.37
28709405--28709475	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
28709404--28709475	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
28709480--28709738	17	14.6	17	72	22	178	42	1	11	44	1.51
28709447--28709747	57	5.5	57	84	11	432	43	1	10	43	1.51
28709497--28709721	40	5.7	40	72	23	199	43	1	11	44	1.50
28709497--28709612	44	2.7	44	89	5	159	43	1	11	43	1.50
28709464--28709747	101	2.6	107	92	7	454	43	1	10	43	1.50
28711869--28712305	84	5.1	84	91	3	694	29	19	18	31	1.96
28711869--28712305	172	2.6	172	93	1	747	29	19	18	31	1.96
28714818--28715072	112	2.3	112	93	0	420	27	27	17	28	1.98
28715019--28715152	40	3.3	40	90	1	196	20	30	16	32	1.95
28715423--28715457	18	1.9	18	88	11	54	62	5	0	31	1.18
28716934--28717311	44	8.6	44	73	7	169	29	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28716917--28717459	218	2.5	217	88	0	791	28	24	18	28	1.98
28717428--28717947	128	4.0	128	92	1	844	25	24	19	30	1.98
28717452--28717944	257	1.9	257	95	0	896	25	24	18	30	1.98
28719323--28719367	15	2.9	15	90	9	65	13	8	0	77	0.98
28719321--28719365	22	2.0	23	91	4	74	15	6	0	77	0.96
28722284--28722334	25	2.0	25	100	0	102	23	23	21	31	1.98
28726543--28726729	90	2.1	90	87	2	268	49	11	17	20	1.78
28734105--28734202	49	2.0	49	91	0	160	40	14	10	34	1.79
28737341--28737747	124	3.3	124	90	1	602	33	17	19	29	1.95
28740336--28740371	14	2.6	14	95	0	63	36	16	25	22	1.94
28741317--28741359	18	2.4	18	92	0	68	44	6	27	20	1.77
28743159--28743183	11	2.3	11	100	0	50	48	8	28	16	1.74
28743194--28743256	11	5.7	12	78	17	66	42	1	31	23	1.64
28743196--28743256	22	2.8	22	85	9	81	42	1	32	22	1.64
28743194--28743256	33	1.9	33	87	12	94	42	1	31	23	1.64
28743215--28743268	22	2.4	22	84	3	63	48	1	27	22	1.61
28743940--28744016	30	2.6	29	80	10	84	49	2	1	46	1.23
28765139--28765168	13	2.3	13	94	0	51	43	3	0	53	1.17
28767360--28767412	23	2.2	24	86	3	72	35	3	7	52	1.48
28771965--28772017	23	2.2	24	86	3	72	35	3	7	52	1.48
28797451--28797521	24	3.0	24	93	0	115	38	16	5	39	1.73
28797668--28797731	30	2.1	30	85	5	83	37	20	26	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28803293--28803392	17	5.5	17	67	13	65	33	3	13	51	1.56
28803289--28803401	37	3.1	37	92	0	181	34	3	14	47	1.61
28803311--28803375	20	3.4	19	71	14	62	33	4	15	46	1.66
28803400--28803439	9	4.4	9	90	0	62	25	7	27	40	1.82
28804390--28804451	25	2.4	27	81	13	76	40	0	1	58	1.08
28809707--28809929	10	22.9	9	66	19	69	34	4	2	58	1.32
28812597--28812652	16	3.6	16	76	16	64	46	1	0	51	1.11
28812734--28812790	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
28818275--28818420	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
28818384--28818652	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
28818427--28818646	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
28818384--28818652	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
28822689--28822727	14	2.8	14	88	0	60	41	30	2	25	1.69
28823675--28823719	18	2.3	20	85	7	58	13	13	0	73	1.10
28829412--28829492	20	4.1	20	69	22	53	18	24	18	38	1.93
28835147--28835184	8	4.8	8	84	9	51	34	2	0	63	1.09
28835156--28835185	9	3.4	9	95	4	53	30	0	0	70	0.88
28835240--28835303	19	3.2	19	72	14	58	39	4	0	56	1.20
28837806--28838008	110	1.8	110	93	2	354	33	19	17	30	1.95
28849218--28849253	14	2.6	14	86	0	54	61	0	0	38	0.96
28849731--28849757	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
28850908--28850950	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28853085--28853126	21	2.0	21	86	9	59	50	0	4	45	1.23
28861736--28862046	148	2.1	148	100	0	622	36	2	17	43	1.62
28861745--28861995	74	3.4	74	74	10	278	36	2	17	43	1.64
28861819--28862048	74	3.1	74	74	12	281	36	2	17	43	1.61
28862331--28862439	41	2.6	41	88	1	155	26	21	29	22	1.99
28865018--28865080	25	2.6	24	82	5	81	19	26	19	34	1.95
28865225--28865341	24	4.8	23	72	8	90	17	25	23	33	1.96
28865225--28865334	49	2.2	49	87	3	150	18	26	22	32	1.97
28871568--28871630	25	2.6	24	75	5	63	19	26	19	34	1.95
28871730--28871853	24	4.9	25	66	15	60	15	23	21	39	1.91
28876382--28876458	35	2.1	36	92	4	129	25	9	14	50	1.72
28889917--28889954	14	2.7	14	91	0	58	78	2	10	7	1.04
28893649--28893868	84	2.6	86	82	5	247	35	15	18	30	1.92
28896044--28896093	19	2.5	20	77	6	57	52	0	8	40	1.31
28898508--28898556	24	2.0	24	100	0	98	28	16	20	34	1.94
28920491--28920570	29	2.6	32	75	13	96	36	3	0	60	1.15
28922287--28922480	104	1.9	105	81	3	239	19	31	26	22	1.97
28931377--28931422	23	2.0	23	82	0	56	30	13	32	23	1.93
28931895--28931924	16	1.9	15	93	6	51	23	0	10	66	1.21
28932055--28932278	113	2.0	113	95	0	403	35	12	13	37	1.83
28936118--28936259	57	2.5	57	83	4	198	45	1	2	50	1.25
28937594--28937625	11	2.9	11	95	0	55	34	34	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28939452--28939494	18	2.4	18	88	0	59	18	30	9	41	1.82
28939731--28939758	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
28939697--28939745	9	5.3	9	81	13	64	28	0	8	63	1.23
28939738--28940035	49	6.1	49	96	0	517	42	3	8	45	1.50
28943243--28943528	124	2.3	124	88	1	430	29	19	18	32	1.96
28943715--28943753	12	3.2	12	88	3	51	38	38	0	23	1.55
28944553--28944603	19	2.5	20	82	14	61	52	0	1	45	1.12
28946084--28946122	21	1.9	19	85	10	51	35	10	0	53	1.35
28947445--28947476	3	10.7	3	93	0	55	28	0	0	71	0.86
28950197--28950242	23	2.0	23	86	0	65	54	0	4	41	1.20
28950567--28950593	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
28951843--28951881	16	2.4	17	87	8	55	2	0	15	82	0.79
28951843--28951881	20	2.0	20	94	0	69	2	0	15	82	0.79
28952169--28952245	37	2.1	38	95	2	138	35	5	22	37	1.76
28953972--28954012	20	2.0	20	95	0	73	43	46	0	9	1.36
28957655--28957707	20	2.4	23	79	20	60	62	3	3	30	1.30
28958797--28958838	19	2.3	18	84	12	50	7	0	11	80	0.88
28959914--28959968	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
28961045--28961082	15	2.5	15	83	8	51	84	0	10	5	0.77
28961996--28962034	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
28972893--28972983	42	2.2	42	89	0	146	23	26	34	16	1.95
28972893--28973001	42	2.6	42	86	2	139	21	26	34	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28975883--28975926	20	2.2	20	87	0	61	43	40	0	15	1.47
28998180--28998244	21	3.1	22	81	14	77	38	9	16	35	1.81
28998180--28998235	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
28998279--28998343	16	4.1	16	95	0	121	38	6	35	20	1.77
29001917--29001992	36	2.1	36	80	11	84	38	9	1	51	1.42
29002085--29002127	23	1.9	22	90	4	68	32	6	4	55	1.47
29007038--29007066	12	2.4	12	100	0	58	41	6	31	20	1.79
29018280--29018393	29	3.9	29	78	15	103	34	21	16	27	1.95
29018292--29018440	28	5.2	28	85	3	165	36	20	14	27	1.92
29020895--29020952	22	2.6	22	72	0	62	36	17	20	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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