genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8065646--8065678	17	1.9	17	93	0	57	18	30	3	48	1.63
8078365--8078408	18	2.6	16	82	10	52	29	0	9	61	1.27
8078512--8078548	15	2.3	17	81	9	51	59	0	0	40	0.97
8102018--8102063	25	2.0	25	83	12	62	17	26	10	45	1.81
8104425--8104457	16	2.1	16	100	0	66	39	12	12	36	1.80
8107740--8107800	31	2.0	31	93	6	106	37	14	19	27	1.91
8121093--8121142	3	16.7	3	95	0	91	36	0	32	32	1.58
8122053--8122080	12	2.3	12	100	0	56	32	7	0	60	1.24
8126584--8126657	37	2.0	37	100	0	148	35	8	18	37	1.81
8127995--8128027	15	2.1	16	88	5	50	42	0	21	36	1.53
8139895--8140058	73	2.2	73	74	9	163	36	23	22	17	1.94
8139948--8140048	25	4.1	24	70	7	78	33	23	22	19	1.97
8140042--8140108	26	2.6	25	79	11	64	35	20	26	16	1.94
8144298--8144351	28	1.9	29	85	7	76	16	7	31	44	1.75
8149171--8149204	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
8153810--8153843	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
8158464--8158499	18	2.1	17	94	5	63	0	11	13	75	1.06
8161653--8161737	28	3.0	28	89	6	120	32	11	22	32	1.90
8162675--8162822	22	6.5	22	75	16	131	30	11	13	44	1.79
8162675--8162823	68	2.2	68	92	2	244	30	11	13	44	1.79
8162711--8162905	47	4.2	47	80	8	188	29	12	14	43	1.83
8162673--8162905	22	10.1	23	69	18	119	30	12	14	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8167414--8167476	30	2.1	30	90	0	99	55	1	1	41	1.19
8167520--8167580	31	1.9	32	83	9	81	60	1	9	27	1.38
8170040--8170073	10	3.4	10	88	11	52	26	0	0	73	0.83
8177699--8177740	10	4.3	10	80	17	52	64	4	0	30	1.14
8177699--8177757	29	2.0	30	87	9	86	61	6	0	32	1.22
8177824--8177875	19	2.7	19	82	11	61	53	5	0	40	1.25
8177767--8177888	10	12.1	10	70	8	59	60	4	0	34	1.18
8181130--8181223	10	9.3	10	73	12	68	28	3	2	65	1.19
8181288--8181312	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
8183208--8183245	6	6.3	6	100	0	76	0	15	50	34	1.45
8183443--8183566	45	2.7	45	98	1	239	37	14	12	34	1.85
8185287--8185558	136	2.0	135	97	0	517	36	15	14	33	1.88
8189204--8189273	28	2.5	28	97	0	131	58	4	0	37	1.18
8195531--8195597	34	2.0	34	91	5	109	41	17	4	35	1.70
8205559--8205702	70	2.0	71	97	1	272	38	6	9	44	1.64
8207544--8207595	21	2.5	22	81	12	65	32	28	7	30	1.85
8212801--8213223	209	2.0	210	91	1	679	34	19	13	32	1.91
8213564--8213635	9	7.4	9	71	13	54	68	0	2	29	1.04
8213564--8213640	19	4.0	18	75	12	73	66	0	2	31	1.05
8217266--8217522	129	2.0	129	92	0	424	21	18	26	33	1.96
8221279--8221415	39	3.5	39	86	0	175	18	19	21	40	1.92
8225739--8225764	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8230896--8230935	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
8237159--8237285	67	1.9	67	86	3	184	24	14	31	29	1.95
8243982--8244075	44	2.1	45	84	9	122	42	7	6	43	1.58
8244049--8244092	22	2.0	22	82	8	54	25	6	6	61	1.46
8254955--8255018	19	3.3	19	68	23	60	51	1	3	43	1.26
8254959--8255029	21	3.5	21	67	7	65	49	1	2	46	1.25
8254940--8255030	40	2.3	40	96	0	164	49	2	4	43	1.34
8257030--8257099	21	3.3	21	75	0	77	44	18	24	12	1.85
8256992--8257116	42	3.0	42	86	0	151	42	19	23	15	1.88
8256998--8257116	21	5.7	21	69	0	76	42	19	22	15	1.89
8258902--8258952	18	2.9	18	73	2	50	72	0	11	15	1.12
8259046--8259116	28	2.5	28	84	13	83	47	7	12	32	1.68
8263165--8263199	17	2.0	18	88	5	54	42	2	0	54	1.15
8264609--8264635	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8268143--8268177	15	2.3	15	90	0	52	37	34	2	25	1.71
8269760--8269784	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
8270209--8270301	37	2.4	39	77	12	102	43	3	3	50	1.34
8272135--8272183	5	9.2	5	88	6	62	40	0	0	59	0.98
8272236--8272278	22	2.0	22	86	9	61	62	0	37	0	0.95
8281736--8282167	180	2.4	180	91	3	676	35	5	14	44	1.69
8291066--8291188	62	2.0	62	98	0	237	26	8	18	47	1.76
8295074--8295126	15	3.5	15	81	0	52	11	39	11	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8297559--8297598	20	2.0	21	85	5	55	42	15	20	22	1.88
8297795--8297819	7	3.6	7	100	0	50	24	12	0	64	1.27
8298144--8298171	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
8312934--8312993	27	2.2	26	80	16	68	30	11	0	58	1.34
8314073--8314218	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
8314182--8314450	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8314225--8314444	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8314182--8314450	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
8317576--8317779	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
8317660--8317778	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
8317669--8317759	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
8319032--8319177	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
8319141--8319409	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
8319184--8319403	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8319141--8319409	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
8327402--8327777	66	5.7	65	71	7	220	14	27	18	40	1.88
8327533--8328045	198	2.6	198	87	4	642	15	25	20	38	1.91
8327426--8327832	132	3.1	130	82	3	465	14	26	19	39	1.90
8327465--8328045	66	8.8	66	69	8	331	14	25	20	38	1.91
8330010--8330055	23	2.0	23	95	0	83	19	28	17	34	1.94
8330699--8330734	16	2.2	16	90	5	54	52	0	2	44	1.15
8331304--8331582	109	2.6	109	86	3	366	35	19	14	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8331889--8331922	18	1.9	18	88	5	52	52	0	14	32	1.42
8332156--8332180	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8334209--8335116	87	10.5	87	86	3	1058	25	22	22	29	1.99
8334209--8335116	173	5.3	174	83	6	1048	25	22	22	29	1.99
8334897--8336945	87	24.0	80	82	10	980	24	23	23	28	1.99
8335058--8335180	65	1.9	65	93	0	210	21	23	22	32	1.98
8334979--8335268	152	1.9	152	92	0	490	23	22	22	31	1.98
8335123--8336945	87	20.9	87	90	1	2366	24	23	23	28	2.00
8335358--8335673	44	7.2	43	63	13	142	27	25	24	23	2.00
8335667--8335802	42	3.2	42	62	16	98	22	22	26	28	1.99
8336187--8336499	44	7.2	44	63	14	146	25	24	25	24	2.00
8335123--8336947	784	2.3	784	91	1	3001	24	23	23	28	2.00
8336451--8336586	42	3.2	42	62	16	98	23	21	25	29	1.99
8338146--8338213	7	9.9	7	85	9	95	16	13	0	70	1.17
8338146--8338213	13	4.9	14	85	8	95	16	13	0	70	1.17
8338148--8338203	20	2.8	20	97	0	103	14	16	0	69	1.19
8339125--8339276	47	3.2	45	70	17	114	10	11	5	72	1.27
8339209--8339266	6	9.7	6	85	9	57	13	5	10	70	1.31
8339162--8339219	23	2.5	24	81	16	68	6	8	5	79	1.06
8339185--8339272	37	2.5	35	85	7	115	11	5	7	75	1.19
8339208--8339273	24	2.7	25	77	11	66	12	6	9	72	1.26
8339202--8339233	7	4.6	7	96	0	55	12	3	9	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8342641--8342889	109	2.3	109	88	2	356	35	19	14	30	1.91
8343196--8343229	18	1.9	18	88	5	52	52	0	14	32	1.42
8343461--8343517	3	19.0	3	96	0	105	64	0	1	33	1.04
8347142--8347390	109	2.3	109	88	2	356	35	19	14	30	1.91
8347697--8347730	18	1.9	18	88	5	52	52	0	14	32	1.42
8347964--8347988	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8349093--8349489	211	1.9	211	97	0	758	14	9	34	41	1.79
8350861--8350918	29	2.0	29	80	12	66	31	0	5	63	1.16
8350932--8350980	23	2.1	22	88	7	71	34	0	2	63	1.06
8350925--8350990	24	2.7	23	78	17	71	36	0	4	59	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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