genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17644808--17644869	19	3.2	19	78	15	65	27	4	6	61	1.41
17646585--17646611	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
17649993--17650148	30	5.2	31	73	11	121	33	21	4	40	1.74
17650015--17650146	59	2.2	60	80	9	144	37	20	3	39	1.68
17650560--17650592	15	2.2	15	94	0	57	69	21	6	3	1.24
17650703--17650781	8	9.6	9	69	28	52	78	0	17	3	0.90
17650702--17650781	24	3.2	24	76	11	81	78	0	17	3	0.89
17650734--17650780	13	3.6	13	83	11	60	78	0	17	4	0.90
17651452--17651545	23	4.2	23	85	5	131	41	7	12	38	1.72
17651657--17651699	21	2.2	19	84	12	52	48	6	4	39	1.51
17651659--17651738	37	2.2	37	82	13	94	41	8	7	42	1.64
17651681--17651717	17	2.2	17	90	4	58	35	8	8	48	1.62
17651702--17651742	21	2.0	21	95	4	75	43	9	9	36	1.71
17651747--17651777	16	2.0	16	93	6	55	32	12	6	48	1.67
17651785--17651838	16	3.3	15	80	15	54	31	7	11	50	1.66
17658877--17658982	1	106.0	1	69	0	68	84	11	3	0	0.73
17658879--17658959	13	6.3	13	91	4	121	85	13	1	0	0.67
17658873--17658964	33	2.7	34	82	12	118	84	14	1	0	0.67
17658864--17658965	46	2.2	44	85	11	127	84	12	1	0	0.76
17658879--17658959	38	2.1	39	88	6	121	85	13	1	0	0.67
17658877--17658982	25	4.2	25	84	5	126	84	11	3	0	0.73
17659853--17660006	81	1.9	82	95	1	283	27	14	18	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17661231--17661393	30	5.5	29	77	9	150	34	22	3	39	1.72
17661231--17661391	59	2.7	59	80	10	159	34	22	3	39	1.70
17661779--17661812	10	3.4	10	87	0	50	76	17	5	0	0.98
17661806--17661838	15	2.2	15	94	0	57	69	21	6	3	1.24
17661948--17662037	24	3.7	25	77	14	89	81	0	14	4	0.85
17661960--17662019	22	2.8	22	70	25	56	78	0	16	5	0.92
17661980--17662026	13	3.6	13	83	11	60	78	0	17	4	0.90
17661948--17662027	8	9.8	8	71	15	56	80	0	16	3	0.86
17661948--17662037	9	9.7	9	76	17	53	81	0	14	4	0.85
17662700--17662734	18	1.9	18	88	0	52	25	11	14	48	1.77
17662719--17662808	23	4.0	23	82	2	112	42	7	11	38	1.69
17662916--17662958	21	2.2	19	84	12	52	48	6	4	39	1.51
17662918--17662997	37	2.2	37	82	13	94	41	8	8	41	1.67
17662940--17662975	17	2.2	17	90	5	56	36	8	8	47	1.64
17662961--17663001	21	2.0	21	90	4	66	43	9	12	34	1.75
17663043--17663096	16	3.3	15	80	15	54	31	7	11	50	1.66
17665006--17665076	35	2.0	35	100	0	142	40	14	19	25	1.89
17665501--17665546	5	9.0	5	81	13	58	41	2	0	56	1.11
17665498--17665550	18	3.0	16	79	17	52	41	1	0	56	1.10
17665501--17665546	21	2.2	21	92	3	76	41	2	0	56	1.11
17665572--17665638	35	1.9	34	82	8	82	65	4	23	5	1.34
17672973--17673126	41	3.8	41	94	0	281	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17672945--17673131	82	2.3	82	89	0	293	27	26	19	26	1.99
17676273--17676325	12	4.2	12	77	13	52	43	7	3	45	1.50
17679969--17680109	40	3.6	39	74	9	117	31	24	17	26	1.97
17679969--17680067	40	2.5	40	82	4	123	28	27	19	25	1.98
17680937--17680961	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
17680989--17681025	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
17693710--17693736	5	5.4	5	100	0	54	44	0	0	55	0.99
17694637--17694662	11	2.4	11	100	0	52	57	15	11	15	1.65
17695593--17695626	17	2.0	17	100	0	68	11	0	35	52	1.38
17701733--17701778	19	2.4	19	85	0	65	28	19	2	50	1.60
17701919--17702205	51	5.7	51	79	5	305	31	29	16	22	1.96
17701919--17702205	101	2.8	100	86	5	355	31	29	16	22	1.96
17701919--17702196	152	1.8	152	92	0	475	32	29	16	22	1.96
17704788--17704863	26	2.9	26	94	0	125	46	6	2	44	1.43
17706937--17706990	24	2.2	25	83	3	65	37	24	27	11	1.89
17706949--17706995	25	1.9	24	91	4	76	36	23	25	14	1.93
17709372--17709409	18	2.1	19	85	5	51	15	5	18	60	1.53
17710541--17710624	43	2.0	43	83	9	109	29	3	21	45	1.69
17711509--17711664	76	2.1	76	93	0	267	27	12	25	35	1.91
17714087--17714129	18	2.3	20	84	11	56	34	4	0	60	1.17
17715792--17715825	18	1.9	18	94	5	61	55	2	0	41	1.15
17716048--17716092	15	2.7	17	80	19	51	44	2	6	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17718048--17718239	42	4.6	42	82	5	212	18	22	15	43	1.87
17718048--17718225	63	2.8	63	79	3	198	19	22	14	43	1.87
17718048--17718228	21	8.6	21	75	2	130	18	22	14	43	1.87
17739839--17739906	21	3.3	21	85	4	95	11	25	19	44	1.84
17740732--17740767	15	2.4	15	95	0	63	11	22	30	36	1.89
17743173--17743211	20	1.9	20	84	5	51	43	0	0	56	0.99
17749472--17749584	42	2.7	41	84	2	136	22	22	37	18	1.94
17759417--17759458	22	1.9	22	85	0	57	66	7	14	11	1.43
17768085--17768109	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
17768159--17768188	6	5.0	6	100	0	60	16	16	16	50	1.79
17770073--17770277	84	2.4	84	96	0	374	48	15	13	22	1.80
17773571--17773600	15	1.9	16	93	6	53	36	0	36	26	1.57
17775738--17775776	19	2.1	19	85	0	51	84	2	12	0	0.72
17775815--17775843	14	2.0	15	93	6	51	79	0	20	0	0.74
17777928--17778860	132	7.1	132	90	0	1350	32	19	23	24	1.98
17778445--17778626	44	4.1	44	64	10	111	32	19	25	23	1.97
17778937--17779056	44	2.7	44	79	2	134	26	16	25	30	1.97
17780500--17780542	3	14.3	3	90	9	70	30	2	0	67	1.03
17780609--17780995	194	2.0	194	98	0	756	33	6	5	53	1.51
17784155--17784210	27	2.1	27	100	0	112	25	5	26	42	1.76
17784386--17784415	15	2.0	15	93	0	51	6	23	20	50	1.71
17787453--17787660	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17787575--17787635	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
17787493--17787635	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
17787687--17787875	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
17787714--17787912	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
17787676--17787973	120	2.5	120	93	1	517	42	2	5	49	1.37
17787749--17787936	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
17787801--17787852	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
17787917--17787951	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17788113--17788203	45	2.0	45	82	2	112	37	27	6	28	1.82
17788184--17788252	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
17788184--17788252	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
17793202--17793239	17	2.3	17	95	4	69	34	0	2	63	1.09
17793655--17793712	30	1.9	30	96	0	107	46	10	1	41	1.48
17797808--17798014	42	5.0	41	85	4	252	35	19	18	26	1.95
17801554--17801614	13	4.7	13	77	4	61	45	3	8	42	1.50
17801630--17801721	44	2.1	43	84	9	125	52	3	3	41	1.34
17802117--17802165	7	6.9	7	88	4	71	71	10	14	4	1.27
17802117--17802167	21	2.4	22	96	3	95	70	9	13	5	1.32
17802169--17802217	18	2.6	19	77	6	55	59	12	16	12	1.62
17803035--17803117	6	13.8	6	100	0	166	50	15	0	33	1.45
17804412--17804511	47	2.1	49	83	3	123	45	3	9	43	1.51
17804506--17804545	18	2.3	17	87	12	55	15	2	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17804548--17804591	9	4.7	9	79	20	54	31	9	0	59	1.29
17804563--17804596	8	4.2	8	89	10	52	35	8	0	55	1.31
17804550--17804574	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
17804562--17804596	17	2.1	16	94	5	61	34	8	0	57	1.29
17804585--17804639	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
17804688--17804855	82	2.0	86	81	10	202	42	28	2	26	1.68
17804687--17804919	89	2.5	96	85	5	302	42	28	1	27	1.65
17804687--17804956	95	2.9	96	80	6	272	42	28	1	27	1.64
17804968--17805018	7	7.6	7	80	8	52	35	45	0	19	1.51
17805041--17805074	14	2.3	15	90	5	52	35	26	0	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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