genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  65570391

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  187  of  203  ( 24357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59463859--59463902	22	2.0	23	86	4	63	68	2	18	11	1.30
59465143--59465393	28	8.9	28	83	2	263	38	20	16	24	1.92
59465155--59465393	84	2.8	83	84	5	293	39	20	16	23	1.92
59467465--59467494	15	1.9	16	93	6	53	40	0	10	50	1.36
59489844--59489883	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
59489940--59489982	19	2.1	21	83	8	54	6	30	0	62	1.21
59490544--59491236	173	4.0	173	97	0	1269	36	11	20	31	1.88
59499877--59499909	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
59501162--59501188	11	2.5	11	100	0	54	18	33	11	37	1.86
59505517--59505586	27	2.7	26	80	4	68	72	11	7	8	1.27
59507776--59507912	42	3.2	43	65	17	111	29	25	21	23	1.99
59507715--59508157	87	5.1	87	89	0	663	29	22	24	23	1.99
59508338--59508609	44	6.1	43	74	12	226	33	20	20	26	1.97
59508534--59508687	44	3.6	44	76	9	122	29	20	22	27	1.98
59508736--59508911	50	3.5	49	76	6	174	35	23	18	22	1.96
59508707--59508895	100	1.9	100	86	4	274	33	22	19	23	1.97
59509646--59509691	21	2.1	21	84	4	56	13	15	2	69	1.28
59514023--59514071	18	3.0	16	76	23	57	71	0	24	4	1.03
59522488--59522556	26	2.7	26	71	8	68	24	18	21	34	1.96
59522652--59522724	33	2.2	33	82	0	83	27	23	21	27	1.99
59530837--59530869	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
59531302--59531355	4	13.5	4	88	0	81	24	1	25	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59532021--59532067	20	2.4	20	85	3	60	55	0	6	38	1.26
59533316--59533395	31	2.6	31	95	0	142	23	23	35	17	1.96
59539629--59539958	128	2.6	128	92	0	561	24	24	19	32	1.98
59539949--59540446	87	5.7	87	91	0	784	24	25	22	28	1.99
59539949--59540446	173	2.9	174	94	0	854	24	25	22	28	1.99
59541782--59541840	12	5.3	11	73	17	50	8	3	8	79	1.03
59541799--59541841	12	3.6	12	78	9	52	9	0	9	81	0.88
59547373--59547397	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
59553819--59554082	79	3.3	80	90	4	385	25	22	27	25	2.00
59553820--59554082	40	6.6	40	82	10	292	25	22	27	24	2.00
59553819--59554101	119	2.4	119	81	11	355	26	22	26	24	2.00
59572790--59572859	25	2.8	25	84	0	95	32	20	21	25	1.97
59577960--59578011	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
59584946--59585502	138	4.0	138	87	1	812	40	8	5	45	1.59
59591232--59591474	51	4.8	50	79	7	233	31	27	16	25	1.96
59591231--59591470	101	2.4	101	86	2	313	31	26	16	25	1.96
59591224--59591494	101	2.7	98	79	7	285	30	26	15	27	1.96
59599439--59599719	94	3.0	95	92	5	457	38	9	7	44	1.65
59599567--59599716	46	3.2	46	66	17	137	40	7	4	47	1.52
59599821--59599868	23	2.1	23	92	0	78	54	16	4	25	1.60
59606500--59606534	12	3.0	12	87	4	54	62	0	8	28	1.24
59607262--59607286	8	3.1	8	100	0	50	12	12	40	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59607752--59607838	43	2.0	43	88	0	129	52	1	19	26	1.53
59608810--59608868	30	2.0	30	93	0	100	18	28	37	15	1.91
59613811--59613982	27	6.5	26	79	10	129	26	15	27	29	1.96
59613810--59613956	78	1.9	77	86	9	210	27	16	27	28	1.97
59621957--59622134	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59621958--59622113	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59621954--59622134	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59631690--59631999	40	7.8	40	86	0	408	15	18	29	36	1.91
59642485--59642676	40	4.9	39	81	2	170	17	22	27	32	1.96
59642486--59642677	80	2.4	79	84	3	235	17	22	27	32	1.96
59648284--59648318	17	2.0	18	88	5	54	31	5	2	60	1.35
59652581--59652610	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
59661590--59662003	27	15.4	27	83	2	404	35	17	21	25	1.95
59662281--59662547	32	8.3	32	78	5	202	18	20	23	37	1.94
59662281--59662576	96	3.1	95	80	6	296	19	20	22	37	1.95
59662281--59662556	64	4.3	64	79	6	240	19	20	23	36	1.95
59662568--59662631	22	2.9	21	76	4	65	17	21	17	43	1.87
59662626--59662677	26	2.0	26	84	0	68	21	25	19	34	1.96
59664295--59664372	29	2.7	28	82	11	95	26	14	29	29	1.95
59664325--59664686	174	2.1	174	97	0	688	29	14	24	30	1.95
59664524--59664797	145	1.9	145	95	0	494	29	14	23	31	1.95
59673103--59673167	28	2.3	27	82	7	76	16	24	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59677460--59677763	54	5.6	54	80	5	296	46	20	15	17	1.84
59677481--59677763	81	3.5	81	81	10	321	46	19	15	17	1.83
59677460--59677762	27	11.3	27	80	0	268	46	20	15	17	1.84
59678913--59678947	17	2.0	17	88	5	52	48	11	22	17	1.79
59685068--59685613	27	20.3	27	80	7	477	47	19	16	16	1.83
59685776--59685852	26	3.0	25	79	5	91	16	23	25	33	1.96
59685972--59686055	28	2.7	33	80	14	99	23	25	23	27	2.00
59690094--59690155	30	2.1	30	84	0	79	35	8	22	33	1.84
59690492--59690544	26	2.0	26	92	7	90	20	20	32	26	1.98
59690525--59690704	42	4.3	41	78	11	186	23	16	25	35	1.95
59690549--59690712	85	1.9	84	87	6	242	23	17	25	34	1.96
59691180--59691215	18	2.0	18	100	0	72	44	5	11	38	1.63
59700433--59700499	25	2.7	25	83	4	82	26	22	25	25	2.00
59705671--59705755	27	3.1	27	77	3	82	40	23	11	24	1.88
59705632--59705758	54	2.4	54	78	7	132	37	22	11	28	1.90
59706250--59706310	28	2.2	28	96	0	113	14	22	22	39	1.91
59712359--59712413	26	2.1	26	93	0	92	27	50	14	7	1.69
59713478--59713506	8	3.6	8	100	0	58	13	0	0	86	0.58
59713513--59713550	19	2.1	19	90	5	60	28	5	2	63	1.30
59713612--59713638	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
59719116--59719243	1	128.0	1	65	0	58	82	10	1	5	0.88
59719117--59719220	7	14.9	7	76	11	72	82	10	0	6	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59719117--59719243	21	6.2	21	74	14	97	82	10	1	5	0.89
59719152--59719191	19	2.2	19	95	4	73	80	20	0	0	0.72
59719119--59719242	41	3.1	38	77	18	119	82	10	1	5	0.90
59719114--59719243	11	12.7	10	78	11	97	82	10	1	5	0.90
59719131--59719232	48	2.1	48	82	10	120	82	11	0	4	0.87
59719131--59719244	10	11.8	9	73	18	79	81	12	1	4	0.91
59719666--59719783	46	2.5	46	90	1	182	44	22	22	11	1.84
59719666--59719845	46	3.8	46	80	7	130	42	20	23	12	1.87
59720712--59720788	24	3.2	24	96	0	136	32	9	25	32	1.87
59721116--59722687	51	31.9	51	75	9	1158	30	17	23	29	1.97
59721149--59722687	148	10.4	148	73	10	1028	30	17	23	28	1.97
59721116--59722271	97	11.8	97	74	11	690	30	16	23	29	1.97
59722188--59722965	194	4.0	194	79	5	780	29	18	22	28	1.98
59722026--59722920	395	2.3	399	83	3	1137	29	18	23	28	1.98
59724459--59724487	8	3.8	8	95	4	51	13	0	0	86	0.58
59724494--59724531	19	2.1	19	90	5	60	28	5	2	63	1.30
59724783--59724817	4	8.8	4	93	0	52	17	0	5	77	0.96
59743789--59743856	34	2.0	34	97	0	127	30	33	11	23	1.91
59744608--59744680	37	2.0	36	94	0	119	38	15	30	15	1.87
59745345--59745434	45	2.0	45	97	0	171	37	32	16	13	1.88
59750115--59750180	32	2.1	32	97	0	123	36	16	12	34	1.86
59753168--59753241	37	2.0	37	94	0	130	21	43	14	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59754279--59754346	34	2.0	34	97	0	127	26	17	13	42	1.86
59755590--59755675	42	2.0	42	97	0	163	33	26	15	24	1.95
59758465--59758744	6	46.7	6	100	0	560	33	0	16	50	1.46
59760153--59760193	21	2.0	21	100	0	82	34	14	21	29	1.93
59760335--59760621	93	3.1	91	86	4	405	37	12	5	44	1.66
59764527--59764604	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
59764557--59764884	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
59789360--59789410	20	2.5	20	90	0	84	52	1	27	17	1.55
59791348--59791393	22	2.1	21	84	11	58	23	0	19	56	1.42
59793383--59793416	7	4.9	7	89	10	52	0	8	0	91	0.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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